Mémoire en vue de l’obtention du diplôme d’études spécialisées en

Mémoire en vue de l’obtention du diplôme d’études spécialisées en
oncologie médicale
Inter-Région Nord-Ouest
Année Universitaire 2016-2017
Evaluation du NGS ciblé dans la recherche des mutations ALK de
résistance, une étude rétrospective de 22 patients.
Présenté en séance publique le 23 juin 2017 à Rouen
par
Philippe Jamme
Ce travail a été réalisé sous la direction du Professeur Alexis Cortot, service de Pneumologie
et oncologie thoracique du CRHU Lille

Remerciements
Je remercie le Pr Alexis Cortot de m’avoir accordé sa confiance pour la réalisation de ce projet ainsi
que de ses nombreux conseils m’ayant permis de progresser.
Je remercie l’ensemble des oncologues médicaux et radiothérapeutes pour leur enseignement
durant ces 5 années d’internat et tout particulièrement le Pr Bonneterre et toute l’équipe du
département de sénologie du Centre Oscar Lambret, le Pr Hebbar et toute l’équipe du département
d’oncologie générale du CHRU de Lille, le Pr Adenis et toute l’équipe du département d’oncologie
digestive du Centre Oscar Lambret et le Dr Penel et toute l’équipe du département d’oncologie
générale du centre Oscar Lambret .
Je remercie le Pr Marie Wislez pour sa contribution au projet.
Je remercie le Dr Descarpentries pour l’aide et la disponibilité dans la réalisation de ce projet.
Je remercie le Dr Zoulika Kherrouche pour ses conseils, son aide et sa patience dans la réalisation de
ce travail.
Je remercie le Dr Simon Baldacci pour les conseils apportés à l’élaboration de ce travail.
Je remercie tous mes collègues internes qui m’ont accompagné durant toutes ces années.
Je remercie ma famille pour le soutien apporté durant ces études de médecine.

Sommaire
Evaluation du NGS ciblé dans la recherche des mutations ALK de résistance, une étude rétrospective
de 22 patients. ......................................................................................................................................... 1
Résumé .................................................................................................................................................... 4
Abréviations ............................................................................................................................................ 6
I) Introduction.......................................................................................................................................... 7
II) Revue générale .................................................................................................................................... 9
Le récepteur ALK : structure , mode d’activation et rôle physiologique chez l’homme ................... 9
Le réarrangement EML4-ALK : caractéristiques clinico-biologiques et techniques de diagnostic.... 10
Les inhibiteurs de tyrosine kinases de ALK ........................................................................................ 12
Les mécanismes de résistance associés au TKI de ALK ..................................................................... 16
Place du NGS ciblé et du séquençage entier des exons dans le dépistage d’anomalies moléculaires
........................................................................................................................................................... 19
III) Justification, hypothèse et objectifs ................................................................................................ 20
Justification........................................................................................................................................ 20
Hypothèse ......................................................................................................................................... 20
Objectifs ............................................................................................................................................ 20
IV) Matériel et méthodes ...................................................................................................................... 20
Recueil de données ........................................................................................................................... 20
Analyse NGS ...................................................................................................................................... 21
Evaluation statistique ........................................................................................................................ 21
V) Résultats ............................................................................................................................................ 21
Caractéristiques initiales des patients ............................................................................................... 21
Traitements reçus .............................................................................................................................. 22
Analyse moléculaire .......................................................................................................................... 25
VI) Discussion ......................................................................................................................................... 29
Existe-il un intérêt au diagnostic des mécanismes de résistances dans les cancers bronchiques avec
réarrangement EML4/ALK dans l’établissement de stratégies thérapeutiques. .............................. 29
La biopsie liquide suffit-elle au diagnostic des mutations de résistance ALK. .................................. 32

L’arrivée des inhibiteurs de nouvelle génération rendra-t-elle obsolète l’utilisation du crizotinib ?33
Analyse des données de survie ? ....................................................................................................... 34
Limites de l’étude .............................................................................................................................. 35
Perspectives....................................................................................................................................... 35
VII) Conclusion ....................................................................................................................................... 36
VIII) Bibliographie .................................................................................................................................. 36
Résumé
Titre : Evaluation du NGS ciblé dans la recherche des mutations ALK de
résistance, une étude rétrospective.
Contexte
Le traitement des cancers bronchiques non à petites cellules avec réarrangement ALK repose sur les
inhibiteurs de tyrosine kinase (TKI) d’ALK, dont l’efficacité est néanmoins limitée par l’émergence de
mécanismes de résistance. Les anomalies moléculaires de ALK représentent 20 à 50% des
mécanismes de résistance aux TKI ALK. Bien que des données cliniques et fondamentales suggèrent
des sensibilités différentes des mutations aux TKI ALK de nouvelle génération, ces dernières ne sont
habituellement pas recherchées en routine clinique. Le NGS ciblé est de plus en plus utilisé dans la
pratique, néanmoins aucune donnée n’est à ce jour disponible concernant la recherche de mutation
ALK par cet outil.
Méthodes
Les patients issus de 3 centres et porteurs d’un CBNPC métastatique avec réarrangement EML4-ALK
pour lequel on dispose de matériel génétique analysable à progression sous TKI ALK ont été inclus
dans l’étude. Les données cliniques et moléculaires ont été analysées rétrospectivement.
Résultats
22 patients ont été inclus. L’âge médian était de 55 ans. La population était composée de 12 femmes
(55%) majoritairement non-fumeurs (82%). Le crizotinib était pour 21 patients (95%) le 1er TKI de
ALK reçu. 18 patients (82%) avait reçu un traitement antérieur au 1er TKI de ALK. 15 patients (68%)
ont reçu un TKI de 2ème génération et 3 patients (14%) un TKI de 3ème génération durant leur prise
en charge. 16 patients (72%) ont pu avoir une analyse par NGS ciblé. Pour 7 patients (32%), une
anomalie moléculaire d’ALK a été identifiée : 3 mutations G1202R, 1 mutation C1156Y, 1 mutation
V1180L, 1 mutation L1196M et 1 amplification d’ALK). 5 des anomalies ont été détectées sur

prélèvement tissulaire 1 sur biopsie liquide. Les médianes de survie globale et sans progression à
partir de la 1ère ligne de traitement par TKI étaient respectivement de 797 jours (IC 95% 460-1135)
et 168 jours (IC 95% 84-302).
Conclusion
Le NGS ciblé permet une détection des anomalies moléculaires de résistance qui semble comparable
aux données de la littérature permettant d’envisager une utilisation en routine chez les patients
progressant sous thérapie ciblée.