HORAIRE DES SEMINAIRES

HORAIRE DES SEMINAIRES
Lundi le 26 octobre 2015, pavillon Vachon - local 3820
Heure
8h30
maîtrise
9h15
maîtrise
10h00
10h20
maîtrise
11h05
maîtrise
11h50
13h00
maîtrise
13h45
maîtrise
14h30
14h45
maîtrise
15h30
maîtrise
16h15
Étudiants
r
Examinateurs
P Steve Charette
Pr Michel Frenette
Marie-Laurence Lemay
Pr Rong Shi
CRISPR-Cas9 pour l’édition de génome et l’étude des gènes du phage virulent p2
Pr Michel Guertin
Pr Patrick Lagüe
Jérémie Hamel
Pr Sylvain Moineau
Étude Structurale de Protéines du Phage p2 par Cristallographie aux Rayons X et Résonance
Magnétique Nucléaire
PAUSE
Pr Yves Bourbonnais
Pr Michel Cusson
Marie-Ève Picard
Pr Stéphane Gagné
Caractérisation structurale et essais d’inhibition d’une prényltransférase de
papillons
Pr Steve Charette
Pr Alexander Culley
Vanessa Dion-Dupont
Pr Sylvain Moineau
Exposition aux bioaérosols dans les centres de traitement des eaux usées: évaluation
du risque bactérien par l’emploi d’outils de biologie moléculaire
Dîner
Pr Steve Charette
Pr Michel Guertin
Gabrielle Labrie
Pre Monique Turmel
Caractérisation de la protéine ChuY de la voie d’acquisition de l’hème chez E. coli O157:H7
Pr Yves Bourbonnais
Pre Manon Couture
Loreleï Masselot-Joubert
Pr Claude Lemieux
Études structurale et fonctionnelle de cytochromes P450 impliqués dans la biosynthèse de la
tiacumicine B
PAUSE
Pre Louise Brisson
Pre Caroline Duchaine
Alix Denoncourt
Pr Michel Frenette
Caractérisation biochimique et écologique des corps multilamellaires produits chez
Dictyostelium discoideum
Pre Manon Couture
Pr Stéphane Gagné
Andrei Tudor
Pr Simon Hardy
Développement d’une méthode de prédiction de l’orientation et de l’insertion des
protéines membranaires et périphériques dans les membranes
Fin des séminaires
CRISPR-Cas9 pour l’édition de génome et l’étude des gènes du phage virulent p2
Par Marie-Laurence Lemay
Sous la direction du Professeur Sylvain Moineau
Les bactériophages (ou phages) sont les entités biologiques les plus abondantes sur Terre. Dans
l’industrie laitière, ils compromettent le processus de transformation du lait et occasionnent des
pertes de ressources et de qualité. Naturellement présents dans le lait et résistants à la
pasteurisation, les phages peuvent infecter et lyser les souches bactériennes soigneusement
sélectionnées. Lactococcus lactis est l’espèce bactérienne la plus utilisée pour la production de
fromages et elle est susceptible à l’infection par des phages. Parmi les nombreux phages virulents
de lactocoques, ceux appartenant au groupe sk1-like sont les plus problématiques dans l’industrie
laitière. Le phage p2 est le virus modèle de ce groupe. Étonnamment, près de la moitié des ses
gènes, soit une vingtaine, codent pour des protéines aux fonctions encore inconnues. Une des
raisons pour ce manque de connaissances était l’absence d’un outil pour la modification
génomique des phages virulents. L'étude des phages strictement virulents représente un défi de
taille puisque leur génome passe peu de temps dans la cellule bactérienne. Or, l'édition de leur
génome est restreinte à un cycle infectieux.
CRISPR-Cas est un système naturel de défense bactérien contre les infections virales. Le
mécanisme a été récemment adapté avec succès pour l'édition de génome d'une variété
d'organismes. Brièvement, il est constitué d'un ARN qui porte une séquence d'une vingtaine de
nucléotides identique à l'ADN envahisseur. Cet ARN guide forme un complexe avec la nucléase
Cas9, une protéine qui clive l'ADN. Lorsque le complexe rencontre sa séquence cible par
appariement des bases, l'ADN subit une coupure double-brin franche. La puissance de l'outil
réside dans le fait que la séquence de l'ARN peut facilement être modifiée afin de cibler n'importe
quelle séquence. La coupure double-brin ainsi générée peut ensuite être réparée par la machinerie
moléculaire de la cellule. En fournissant un gabarit de recombinaison homologue, nous pouvons
contraindre la cellule à réparer le bris de manière à remplacer le gène sauvage par une version
mutée, délétée ou marquée de celui-ci.
L’objectif principal de ce projet était de développer un outil d’édition génomique basé sur le
système CRISPR-Cas9 afin d’étudier le phage virulent p2. Le système CRISPR-Cas9 de
Streptococcus pyogenes a donc été cloné sur un plasmide et introduit dans la souche hôte L. lactis
MG1363, naturellement dépourvue de ce système. Ce plasmide a aussi été construit pour
produire un ARN ciblant un gène d’intérêt du phage p2, et ainsi conférer une résistance contre ce
phage. Sur un second plasmide, un gabarit de recombinaison portant un gène délété d'intérêt a été
cloné. La délétion a été choisie pour permettre aux phages d'échapper au système de défense
CRISPR-Cas9 puisque la recombinaison avec ce plasmide enlève la séquence cible. Les bactéries
portant les deux plasmides ont été infectées avec le phage p2. Seulement des phages ayant
recombinés se sont propagés sur cette souche. Le génome des phages mutants a été séquencé
pour confirmer la mutation attendue. Jusqu'à présent, deux gènes non-essentiels du phage p2 ont
été inactivés. Le système est maintenant fonctionnel pour passer à l'inactivation, la mutation et le
marquage de chacun des gènes/protéines d'intérêt. Cet outil nous permettra d'étudier l'impact de
ces inactivations et mutations sur la multiplication des phages et sur les bactéries infectées
incluant l'impact sur leurs protéomes et leurs réseaux d’interactions protéiques.
Étude Structurale de Protéines du Phage p2 par Cristallographie aux Rayons X et
Résonance Magnétique Nucléaire
Par Jérémie Hamel
Sous la direction Rong Shi et la co-direction de Stéphane Gagné
Dans l’industrie laitière, l’introduction de bactériophages dans du lait destiné à la manufacture de
fromage peut retarder ou arrêter le processus de fermentation lactique par les bactéries. La
bactérie Lactococcus lactis, largement utilisée comme levain de départ, est la proie de plusieurs
de ces virus, en majorité du groupe 936, de la famille des Siphoviridae. Une meilleure
compréhension du mécanisme d’infection une fois que le matériel génétique phagique est
introduit dans la cellule et des tactiques de défenses bactériennes sont nécessaires afin de mieux
combattre l’infection par les phages en industrie. Le présent projet porte sur l’étude structurale
des gènes exprimés au début et au milieu de l’infection de L. lactis par le phage p2, populaire
représentant du groupe 936. Les méthodes de cristallographie aux rayons X et résonance
magnétique nucléaire seront utilisées afin de déterminer la structure des protéines exprimées par
ces gènes, puis l’étude de leur structure permettra de donner des indices sur la nature de leur(s)
rôle(s)grâce à la reconnaissance des motifs et la recherche d'homologues structuraux dans les
bases de données.
Caractérisation structurale et essais d’inhibition d’une prényltransférase de papillons
Par Marie-Ève Picard
Sous la direction du Pr Rong Shi et la co-direction du Pr Michel Cusson
Les insectes ravageurs s’attaquant aux étendues de forêts infligent des dommages considérables.
Au Canada seulement, les pertes de revenus et les dépenses en prévention, en lutte et en
atténuation des risques associées à ces insectes sont évaluées à des centaines de millions de
dollars. La tordeuse des bourgeons de l’épinette est le ravageur forestier le plus menaçant au
Canada et le Québec est en plein cœur d’une épidémie de cet insecte nuisible. Pour agir contre la
tordeuse, un insecte de l’ordre des Lépidoptères (chenilles et papillons), la bactérie Bacillus
thuringiensis ssp. kurstaki est utilisée à titre d’agent de lutte biologique, mais la recherche se
poursuit toujours afin d’améliorer ou de mettre au point des produits de lutte antiparasitaire
respectueux de l’environnement et à impact réduit pour les espèces non ciblées. Le
développement d’insecticides dits bio-rationnels se montre ainsi être une voie intéressante pour
contrôler les insectes ravageurs forestiers. Ces insecticides s’attaquent à un insecte ou à un
groupe d’insectes en perturbant la fonction d’une molécule (p. ex. une enzyme) lui étant
spécifique.
L’inhibition des enzymes impliquées dans la voie de biosynthèse de l’hormone juvénile (JH)
entraînerait vraisemblablement des conséquences physiologiques menaçant la survie des
insectes. La voie de biosynthèse de la JH est presque uniquement retrouvée chez les insectes, ce
qui en fait une cible intéressante pour le développement d’insecticides. Les JH sont des
composés qui régulent le développement des insectes et leur reproduction. Plusieurs formes de
JH ont été identifiées. La JH III est présente chez la majorité des insectes. L’identification et la
caractérisation des JH a permis de constater l’existence de quatre formes qui sont spécifiques aux
Lépidoptères. Les structures de celles-ci révèlent la présence d’une particularité structurale
intéressante chez cet ordre d’insectes, soit la présence de branches éthyliques. Ainsi il serait
possible de cibler spécifiquement l’ordre des Lépidoptères dans le but de développer de
nouveaux pesticides bio-rationnels. Les branches éthyliques exclusives aux Lépidoptères sont
introduites dès le début de la biosynthèse de la JH, par une enzyme de la classe des
prényltransférases appelée farnésyle diphosphate synthase (FPPS).
Ce projet de recherche propose l’hypothèse selon laquelle la FPPS des Lépidoptères possède des
caractéristiques structurales uniques qui peuvent être utilisées pour développer un ou plusieurs
inhibiteurs enzymatiques spécifiques entraînant un dérèglement métabolique important, voire
fatal, pour cet ordre d’insectes. Les principaux objectifs de ce projet consistent en la
détermination de la structure, par cristallographie aux rayons-X, de FPPS de Lépidoptères en
présence et en absence d’inhibiteurs connus. La détermination de la structure de FPPS2 chez la
tordeuse permet de mieux comprendre le rôle des résidus dans le site actif et d’identifier les
particularités structurales associées aux FPPS des insectes de l’ordre des Lépidoptères. Une
approche in silico pourrait être utilisée éventuellement pour développer des inhibiteurs
spécifiques à cet ordre d’insectes, dont fait partie la tordeuse.
Exposition aux bioaérosols dans les centres de traitement des eaux usées : évaluation du
risque bactérien par l’emploi d’outils de biologie moléculaire
Par Vanessa Dion Dupont
Sous la direction du Pre Caroline Duchaine
Les centres de traitement des eaux usées (CTEUs) comportent plusieurs étapes de traitement
reconnues pour générer d’importante concentration de bioaérosols. Ces particules
biologiques, chargées de microorganismes tels des bactéries, peuvent ensuite être inhalées ou
ingérées par les travailleurs œuvrant dans ce milieu. Ces deux voies de contamination peuvent
causer des désordres respiratoires et gastroentériques connus. Pourtant, les informations quant
à la composition des bioaérosols, particulièrement pour la présence d’agents infectieux ou
sensibilisants, sont quant à elles peu nombreuses. De plus, afin de ne pas incommoder les
populations avoisinantes, bien des CTEUs opèrent à l’intérieur de bâtiments fermés
conduisant alors à une accumulation ou à une persistance des bioaérosols dans l’air si la
ventilation est inadéquate. La situation au Québec est également particulière, car les
paramètres de ventilation des bâtiments, le débit de traitement et la température de l’eau
peuvent grandement différer selon les saisons. La prévalence des symptômes respiratoires et
gastroentériques est également peu documentée. Il y a ainsi une sous-estimation du risque
d’exposition des travailleurs des CTEUs. L’absence d’études exhaustives nuit aussi à
l’établissement de valeurs limites d’exposition ou simplement, à la mise sur pied de
meilleures mesures de prévention pour la santé des travailleurs.
Cette étude a ainsi pour but de combler les lacunes relatives au risque professionnel des
travailleurs des CTEUs. Dix établissements seront recrutés et visités à deux reprises pour tenir
compte de l’effet saisonnier. Différents marqueurs de la qualité de l’air seront mesurés à
l’aide d’échantillonneurs d’air stationnaires : les bactéries totales, des bactéries pathogènes, la
biodiversité bactérienne, les endotoxines et la granulométrie des bioaérosols. Les données
d’ingénierie du bâtiment telles que la ventilation, le débit de traitement de l’eau et la
température intérieure et extérieure seront également prises en note afin de comprendre leur
impact sur la concentration des bioaérosols. Finalement, au cours de l’étude, des travailleurs
seront aussi recrutés pour porter des échantillonneurs d’air personnels afin d’évaluer leur
niveau d’exposition en conditions estivales et hivernales. Finalement, au cours de l’étude, les
travailleurs seront invités à remplir un questionnaire, de façon mensuelle, afin de répertorier
leurs symptômes respiratoires et gastroentériques. Certains d’entre eux seront également
recrutés pour porter des échantillonneurs d’air personnels afin d’évaluer leur niveau
d’exposition en conditions estivales et hivernales.
À ce jour, quatre CTEUs ont été visités. Ces derniers sont caractérisés par la présence d’une
importante concentration de bactéries dans l’air soit de 102 à 108 UFC/m3 pour les bactéries
totales et de 102 à 103 UFC/m3 pour Escherichia coli. Il est à noter que d’autres bactéries
pathogènes à l’étude ont également été détectées à des concentrations allant jusqu’à 104
UFC/m3. Les concentrations en bactéries semblent différer selon les différents sites de
traitement des eaux usées, les CTEUs et selon les saisons.
Caractérisation de la protéine ChuY de la voie d’acquisition de l’hème chez E. coli
O157:H7
Par Gabrielle Labrie
Sous la direction de Manon Couture
Les microorganismes ont besoin de fer pour croître et se multiplier puisqu’il est un cofacteur
essentiel pour des enzymes impliquées dans des processus cellulaires vitaux. À cause de sa faible
solubilité et de ses propriétés oxydantes, la majorité du fer est séquestré par des protéines chez
l’humain, notamment dans l’hème de l’hémoglobine [1]. Les bactéries pathogènes ont développé
diverses façons d’acquérir le fer de l’hôte. Ainsi on retrouve chez certaines bactéries, dont E. coli
O157:H7, l’opéron chu codant pour un système d’acquisition direct de l’hème. Quatre des huit
gènes de cet opéron codent pour des protéines nécessaires à la capture et au transport de l’hème
de la membrane vers le cytoplasme. Une cinquième protéine, la protéine cytoplasmique ChuS,
dégrade l’hème en ouvrant l’anneau porphyrine pour rendre le fer disponible à l’organisme [2]. Il
y a ainsi trois gènes auxquels peu d’attention a été portée soit chuX, chuY et chuW. L’objectif de
ce projet était de purifier et de caractériser les protéines codées par ces gènes afin de mieux
comprendre leurs rôles respectifs dans cette voie d’acquisition de l’hème chez E. coli O157:H7.
Les résultats concernant la protéine ChuY sont présentés. Cette protéine fait partie de la famille
des SDRs (déshydrogénase/réductase à courtes chaînes) impliquées dans un large éventail de
fonctions métaboliques. Plus précisément, ChuY fait partie de la sous-catégorie des SDRS
atypiques caractérisées par la faible conservation du motif YXXXK du site actif. Par contre, tout
comme les SDRs classiques, ces SDRs atypiques possèdent un motif N-terminal riche en glycine
capable de lier le NAD(P)(H) nécessaire à l’oxydation/réduction leur(s) substrat(s) [3]. Notre
hypothèse est que ChuY serait une réductase utilisant comme substrat le produit de la réaction de
dégradation de l’hème catalysée par ChuS, soit un tripyrrole.
Nos études cinétiques en spectroscopie optique à l’aide d’un mélangeur à flux arrêté ont
effectivement permis de confirmer que la protéine ChuY est une réductase du tripyrrole issu de la
réaction de dégradation de l’hème catalysée par ChuS. Cette activité catalytique s’effectue en
utilisant préférentiellement le NADP(H) comme cofacteur. Nos résultats ont également montré
que ChuY accélère neuf fois la vitesse de l’étape limitante de la réaction catalysée par ChuS qui
est l’ouverture de l’anneau porphyrine de l’hème à partir du verdohème. Ce dernier résultat
suggère que le complexe ChuS/verdohème est un substrat de ChuY au même titre que le
complexe ChuS/tripyrrole. L’accélération de la réaction par ChuY a été confirmée par le dosage
du fer. Ces dosages ont montré que 71% du fer de l’hème a été libéré en 10 minutes par le duo
ChuY et ChuS comparativement à 46% en 60 minutes par ChuS seule. Bien que la nature du
produit final issu de la réaction avec ChuY reste à être caractérisée, la détermination des
constantes cinétiques a permis de proposer un modèle pour la réaction de dégradation de l’hème
impliquant le travail concerté des protéines ChuS et ChuY.
[1] Carpenter, C. and Payne, S. M. (2014) J. Inorg. Biochem. 133 : 110-117; [2] Ouellet, Y. H. et
al., J. Inorg. Biochem., en révision; [3] Persson, B. and Kallberg Y. (2013) Chem. Biol. Interac.
202, 111-115.
Études structurale et fonctionnelle de cytochromes P450 impliqués dans la biosynthèse de
la tiacumicine B
Par Loreleï Masselot--Joubert
Sous la direction du Dr. Rong Shi
Le Clostridium difficile est une bactérie Gram (-) opportuniste qui vit dans l’intestin. La
souche virulente produit deux toxines qui dégradent la paroi intestinale et entraînent des
diarrhées. C. difficile est à l’origine de 25% des diarrhées apparues suite à un traitement
antibiotique. La lutte contre cette bactérie passe principalement par un traitement antibiotique
composé de métronidazole ou de vancomycine. Ces deux traitements ont entraînés l’apparition
de résistance. Depuis 2012, Santé Canada a autorisé la mise sur le marché d’un nouvel
antibiotique : la tiacumicine B ou fidaxomicine. Ce médicament inhibe l’activité de l’ARN
polymérase avant le début de la transcription.
La tiacumicine B a été découverte en 1986 chez une bactérie du sol Dactylosporangium
aurantiacum subsp hamdenesis. Elle est composé d’un cycle macrolactone composé de 18
atomes et de sucres modifiés. Sa biosynthèse utilise de nombreuses enzymes dont l’activité est
connue mais pas l’ordre d’action. Le but de ce projet est de déterminer la structure et le substrat
de deux cytochromes P450 appartenant à cette voie de biosynthèse: TiaP1 et TiaP2.
Les cytochromes P450 sont une famille de protéines hémiques qui catalysent l’oxydation
de carbones saturés. TiaP1 et TiaP2 ajoutent des groupement hydroxyles au niveau des carbones
C20 et C18 du macrolacone. La cristallographie aux rayons X est utilisée pour déterminer la
structure tridimensionnelle de TiaP1 et l’arrimage moléculaire pour prédire quelle molécule
pourrait être le substrat de TiaP2.
Caractérisation biochimique et écologique des corps multilamellaires produits chez
Dictyostelium discoideum
Par Alix Denoncourt
Sous la direction de Steve Charette
Les protozoaires sont des eucaryotes unicellulaires ubiquitaires des sols humides et des
environnements aquatiques, et un grand nombre se nourrissent de bactéries par phagocytose.
Certaines bactéries pathogènes comme Legionella pneumophila peuvent résister à la dégradation
dans les lysosomes de certains protozoaires et se retrouver enrobées dans des structures
membraneuses appelées corps multilamellaires (CML). Ces CML contenant des agents infectieux
sont ensuite sécrétés dans l’environnement. Les micro-organismes enrobés dans des CML
bénéficient d’une protection contre divers stress environnementaux (chimiques ou physiques) et
sont susceptibles d’être aérosolisés et inhalés par l’humain. Ainsi, le processus d’enrobage de
bactéries est suspecté de contribuer à la propagation de certaines maladies infectieuses d’origine
environnementale. Afin de mieux comprendre ce phénomène, il est nécessaire d’identifier les
mécanismes de formation et le rôle physiologique des CML qui demeurent inconnus à ce jour. En
utilisant l’amibe modèle Dictyostelium discoideum, la présente étude visait donc à 1) identifier et
caractériser le contenu protéique des CML et 2) analyser l’interaction entre les CML sécrétés et
des populations de protozoaires. Quatre protéines majeures des CML ont été identifiées par SDSPAGE et spectrométrie de masse, incluant les protéines GP17 et CDD dont les fonctions sont
inconnues. La présence de GP17 sur les CML a été vérifiée par immunofluorescence et par
western blot à l’aide d’un anticorps spécifique. La protéine CDD a quant à elle été identifiée dans
des analyses d’immunoprécipitation réalisées avec l’anticorps H36, précédemment utilisé comme
marqueur de CML, ce qui suggère que cette protéine pourrait être l’épitope reconnu par H36 sur
les CML. Enfin, des analyses d’immunofluorescence et de cytométrie en flux ont révélé que
l’anticorps H36 constitue un meilleur marqueur de CML que l’anti-GP17. Toutefois, les
fonctions des protéines identifiées sur les CML ne permettent pas d’attribuer un rôle précis à ces
structures. Pour tenter d’éclaircir la situation, l’interaction entre les amibes et leurs CML a été
étudiée afin de déterminer si les cellules pouvaient ré-internaliser les CML après leur sécrétion.
Ainsi, un test de phagocytose de billes fluorescentes enrobées dans des CML a permis de révéler
que la ré-internalisation était possible, ouvrant la porte à de nombreuses interprétations. Les CML
sont-ils des réserves de nutriments ? Les protéines présentes sur les CML constituent-elles un
signal influençant le comportement cellulaire ? D’autres investigations sont prévues afin
d’élucider la fonction biologique des CML dans l’écologie de l’amibe et d’autres protozoaires, et
ainsi mieux comprendre les mécanismes sous-jacents au processus d’enrobage de bactéries.
Développement d’une méthode de prédiction de l’orientation et de l’insertion des protéines
membranaires et périphériques dans les membranes
Par Andrei Tudor
Sous la direction de Patrick Lagüe
Pour l'exécution de leur fonction biologique, plusieurs protéines ont besoin d’être liées à la
membrane cellulaire. Les protéines membranaires représentent seulement 2 % des soumissions de
structures sur Protein Data Bank (PDB), alors que 20 à 30 % des cadres de lectures ouverts
(ORF) codent pour des protéines transmembranaires (1). Si on prend en compte les protéines
périphériques, on peut s'attendre que ces derniers pourcentages augmentent. L’orientation,
l’insertion et la conformation que les protéines membranaires ont lorsqu’elles interagissent avec
une bicouche lipidique sont importantes pour la compréhension de leur fonction, mais ce sont des
caractéristiques difficiles à étudier par des méthodes expérimentales.
Compte tenu de la difficulté d’étudier cette interaction en utilisant des méthodes expérimentales,
l’orientation, l’insertion membranaire et la conformation en présence des lipides d’une partie des
structures se trouvant sur PDB ne sont pas connues. Parmi les méthodes expérimentales on
compte la diffraction par rayons X, la résonance magnétique (RMN), la fluorescence du
tryptophane, la spectroscopie infrarouge et le dichroisme circulaire orienté. Ces méthodes étant
coûteuses en temps et argent, des méthodes computationnelles ont été développées pouvant
réduire le temps et le coût de l'identification des caractéristiques des protéines membranaires. Les
méthodes computationnelles se divisent en deux catégories, soit celles utilisant de la dynamique
moléculaire et celles n'utilisant pas la dynamique moléculaire. Parmi les méthodes utilisant la
dynamique moléculaire on compte les simulations de dynamique toute-atome, les simulations à
gros grains et les simulations de type Generalized Born with simple smoothed SWitching
(GBSW). Parmis les méthodes n'utilisant pas la dynamique moléculaire on compte la méthode
Membrane Protein EXplorer (MPEx), la méthode Positioning of Proteins in Membranes (PPM)
employée par Orientation of Proteins in Membranes (OPM) et finalement l’algorithme
DETermine TransMembrane planes (TMDET).
Dans le cadre de ce projet de maîtrise, nous proposons une nouvelle méthode computationnelle
n'utilisant pas la dynamique moléculaire appelée Membrane Protein Prediction and Positioning
(MemP3) qui permet de prédire l’orientation et l’insertion d’une protéine dans une membrane. La
méthode est basée sur les potentiels de force moyenne (PMF) de l’insertion membranaire des
chaînes latérales des acides aminés dans une membrane modèle dioléoylphosphatidylcholine
(DOPC) qui ont été calculés par MacCallum et al (2).
Références
1. Wallin, E., & von Heijne, G. (1998). Genome-wide analysis of integral membrane proteins
from eubacterial, archaean, and eukaryotic organisms. Protein Science : A Publication of the
Protein Society, 7(4), 1029–38.
2. MacCallum, J. L., Drew Bennett, W. F., and Peter Tieleman, D. (2008) Distribution of Amino
Acids in a Lipid Bilayer from Computer Simulations, Biophys. J. 94, 3393–3404.