trame sujet - Laboratoire de Microbiologie, Adaptation et Pathogénie

CONCOURS ALLOCATIONS MINISTERIELLES 2014
Intitulé du sujet : Caractérisation de nouveaux facteurs de virulence de la bactérie
phytopathogène Dickeya dadantii
Couleur scientifique : Micro-organismes, interactions, infections
Directeur (NOM Prénom) :
Co-directeur (NOM Prénom) :
CONDEMINE Guy
Unité de recherche : N° et libellé
Unité de recherche : N° et libellé
UMR5240, Microbiologie Adaptation
Pathogénie
Mail :
Mail :
[email protected]
HDR (OUI / NON) :
HDR (OUI / NON):
Les bactéries phytopathogènes nécrotrophes provoquent des dégats considérables sur des plantes d’intérêt
agronomiques comme les pommes de terre, les endives, les choux, les plantes ornementales. Ces bactéries
sécrètent dans le milieu extracellulaire de nombreuses enzymes, en particulier des pectinases, qui vont
dégrader les composants des parois des cellules végétales et provoquer le symptôme de pourriture molle.
Ces enzymes sont sécrétées par des systèmes de sécrétion de type II. Cependant, l’étude du sécrétome de
ces bactéries a montré que des protéines qui ne semblent pas impliquées dans la dégradation des
polysaccharides pariétaux sont aussi sécrétées. Par exemple, on trouve dans le surnageant de culture de
Pectobacterium atrosepticum les protéines NipE, dont des homologues sont présents chez des eucaryotes
phytopathogènes, AvrL et Svx dont les fonctions sont inconnues. Le rôle de certaines de ces protéines
dans la virulence de la bactérie a pu être démontré.
Chez la bactérie Dickeya dadantii étudiée au laboratoire, des gènes de protéines homologues à
celles sécrétées chez P. atrosepticum par un système de type II sont présents. Cependant, rien n’est connu
sur la synthèse, la sécrétion et le rôle de ces protéines. L’étude de ces protéines est le but principal de cette
thèse. Le travail portera principalement sur une protéine sécrétée mais annotée « composant périplasmique
d’un système de transport ABC ». Le gène de cette protéine qui est présent en deux copies dans le génome
de la bactérie, est localisé à côté de ceux d’autres facteurs de virulence mais n’est jamais associé à ceux de
systèmes de transport ABC. Des homologues sont présents chez des bactéries à Gram positif, des
champignons et des oomycètes phytopathogènes. Des résultats préliminaires obtenus au laboratoire
montrent un rôle de cette protéine dans la virulence de la bactérie. Les protéines de cette famille pourraient
donc être un facteur de virulence général retrouvé chez tous les types d’organismes phytopathogènes.
Le but de ce travail sera d’analyser les conditions d’expression de ces gènes chez D. dadantii, de
prouver le rôle de la protéine dans la virulence de la bactérie, de caractériser sa gamme d’hôte et son mode
d’action. Cette étude devrait permettre de comprendre la fonction de ces protéines présentes chez de
nombreux phytopathogènes.
Résumé (ne pas dépasser l’encadré) :