2 - fsr
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AA à fonction ionisable anionique AA à fonction ionisable neutre AA à fonction ionisable cationique Chaîne latérale polaire sans fonction ionisable Chaîne latérale non polaire Acides aminés: propriétés physico-chimiques. Acide Aminé pK a(-COOH) pK a(-NH3+) pK(-R) Propriétés R non polaire aliphatique Glycine Alanine Valine Leucine Isoleucine Proline Gly Ala Val Leu Ile Pro G A V L I P 2,34 2,34 2,32 2,36 2,36 1,99 9,6 9,69 9,62 9,6 9,68 10,96 R aromatique Phénylalanine Phe F 1,83 9,13 Tyrosine Tyr Y 2,2 9,11 Tryptophane Trp W 2,38 9,39 R polaire non chargé Sérine Thréonine Cystéine Méthionine Asn Glutamine Ser Thr Cys Met Asn Gln S T C M N Q 2,21 2,11 1,96 2,28 2,02 2,17 9,15 9,62 10,28 9,21 8,8 9,13 13,6 13,6 8,18 groupe -OH glycosylé dans les glycoprotéines. groupe -OH glycosylé dans les glycoprotéines. groupe thiol (-SH): oxydation en pont disulfure (cystine); ligand ion métallique. ligand ion métallique dans les métalloprotéines. amide. amide. R polaire chargé Asp Aspartate Glu Glutamate Lys Lysine Arg Arginine His Histidine D E K R H 1,88 2,19 2,18 2,17 1,82 9,6 9,67 8,95 9,04 9,17 3,65 4,25 10,53 12,48 6 chaîne latérale acide, pI chaîne latérale acide, pI chaîne latérale basique, chaîne latérale basique, ligand ion métallique. groupe imine, produit un changement de direction de la chaîne. -1 -1 λmax = 257 nm, ε = 200 M cm 10,07 -1 -1 -1 -1 λmax = 275 nm, ε = 1400 M cm , tyrosinate: λmax = 295 nm, ε = 2600 M cm -1 -1 λmax = 280 nm, ε = 5600 M cm = 2,77; ligand ion métallique (métalloprotéine). = 3,22. pI = 9,74. pI = 10,76. H H2N C COOH R Le carbone Cα est asymétrique (sauf pour R=H). Représentation de Fischer COOH H2 N C H R L-acide aminé COOH H C NH2 R D-acide aminé L-acide aminé L-isomère Tous les AA sont de la série L sauf la Gly ( pas de carbone asymétrique). Les AA de la série D sont isolés de microorganismes. Spectre d’absorption Les protéines absorbent la lumière UV à 280 nm A-Chromatographie de partage La phase aqueuse est constituée par l’humidité du papier La phase organique migre par capillarité sur le parier . Chaque AA est caractérisé par la vitesse de son déplacement sur le parier. Rf = h parcourue AA H front de migration B-Chromarographie sur échangeur d’ions Echangeur de cations Echangeur d’anions Forts G.Sulfonyl Faibles Carboxyméthyl Cellulose DEAECellulose C- Eléctrophorèse: Bande de papier sur laquelle sont déposés les AA La différence pHt - pHi détermine le signe de la charge Q d'un acide aminé . A- Caractères tenant à α−COOH 1-Déprotonation COOH COO- + H+ 2-Décarboxylation NH2 R-CH COOH Haute température R-CH2-NH2 + CO2 Amine primaire 3- Réduction par le Borohydrure de Lithium LiBH4 R-CH-NH2 R-CH-CH2OH + H2O COOH NH2 Alcool α aminé AA B- Caractères tenant à αNH2 1-Protonation -NH2 + H+ 2-N-alkylation et N-arylation: -NH3+ (Réaction avec le DNFB) NO2 NO2 NO2 F + H2N-CH-COOH R Dinitrofluorobenzène (DNFB) coloration jaune AA HF+ O2N NH-CH-COOH R 2-4 dinitrophényl aminoacide (DNP-aminoacide) Le DNP-AA est caractérisé par une coloration jaune. 3-N-acylation ( Dancylation) : (Réaction avec le DNS-Cl) H 3C H 3C N + H2N-CH-COOH SO2-Cl R H3C N H3C SO2-NH + HCl R-CH COOH Chlorure de dansyl (DNS-Cl) Fluorescent AA Dansyl-aminoacide (DNS aminoacide) Le DNS-AA est fluorescent et peut être caractérisé à l’aide d’AA témoins. 4-Carbamylation ( Réaction d’Edman ) Phényl isothiocyanate Phénylthiohydantoine AA1AA2… Phénylthiocarbamyl AA2… 5-Réaction de l’amine avec le formol R-CH-NH2 + 2 HCHO COOH formaldéhyde R-CH-COOH N-CH2OH Dérivé N-méthoxy CH2OH C- Caractères liés à la présence simultanée en α des fonctions COOH et NH2 Réaction avec la ninhydrine: C’est une réaction de désamination et de décarboxylation . AA Forme énolique Coloration violette Si on chauffe à 60°c, la forme énolique colore les AA en violet sauf la proline qui se colore en jaune Spectre d’absorption de la forme énolique D-Propriétés associées à certains radicaux 1- La fonction SH de la cystéine (Fonction Thiol) Oxydation performique: Cys SO3H 2 OH 2 OH Acide performique Oxydation douce par l’air: (Formation de pont disulfure) 2 2 2 Cys OH + 1/2O2 R1-S-S-R2 + H2O Pont disulfure Acide sulfonique Réduction d’un pont disulfure: 2 Agents réducteurs: - Le β−mercaptoéthanol : HS-CH2-CH2OH - Le dithiotréitol (DTT) : La réduction est une réaction réversible. Carboxyméthylation des Cystéines 2 Cys OH + Ac Iodoacétique Cette réaction est irréversible. 2 OH + HI Carboxyméthyl Cystéine 2-Thioéther de la Méthionine : (Réaction au Bromure de cyanogène) BrCN Met Homosérine lactone Cette réaction est spécifique des méthionines. 3-L’hydroxyl de la Sérine OH2N-CH-COOH + HO-P-OCH2 O OH Sérine Ac phosphorique H2N-CH-COOH + H2O CH2 O O p OO Sérine phosphorylée ou phosphosérine Certaines sérines sont phosphorylées naturellement.
