French version of cv - Environmental Microbial Genomics
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CURRICULUM VITAE TRAVAUX ET PUBLICATIONS VOGEL Timothy M. Professeur classe 1 Université Claude Bernard Lyon1 Date de naissance : 05/06/1956 Section 67 Sommaire RÉSUMÉ DES ACTIVITÉS D’ENSEIGNEMENT ET DE RECHERCHE .............................................. 3 Enseignement................................................................................................................................ 3 Recherche ..................................................................................................................................... 3 CURRICULUM VITAE COURT ............................................................................................................. 6 Formation et titres universitaires ................................................................................................... 6 Expérience professionnelle ........................................................................................................... 7 CURRICULUM VITAE ........................................................................................................................... 8 Renseignements personnels ......................................................................................................... 8 Titres universitaires ....................................................................................................................... 8 Distinctions .................................................................................................................................... 8 EXPÉRIENCE PROFESSIONNELLE .......................................................................................................... 9 Expérience de recherche et d’enseignement ................................................................................ 9 Participation à des sociétés savants ........................................................................................... 12 Participation au comité de lecture des journaux ......................................................................... 12 Participation au comité de lecture de projets de recherche pour les organismes ...................... 12 ACTIVITÉS D’ENSEIGNEMENT .............................................................................................................. 12 Cours : ......................................................................................................................................... 12 Développement d’un programme de DEA et de doctorat et conseils aux étudiants ................... 12 Développement de cours nouveaux ............................................................................................ 13 Encadrement et participation à des Jurys de Thèse et d’Habilitation à Diriger des Recherches 13 Encadrement des étudiants DEA ................................................................................................ 17 Encadrement des étudiants (hors thèse et DEA) ........................................................................ 17 RECHERCHE À L’UNIVERSITÉ DE STANFORD UNIVERSITY ET AUX UNIVERSITÉS DE MICHIGAN .................. 20 Les effets des composés xénobiotiques sur l’écologie microbienne .......................................... 20 Les voies métaboliques de dégradation des xénobiotiques : .................................................... 20 Applications pratiques (bioréacteurs, systèmes experts, modélisations mathématiques) .......... 20 Dépollution du sol ........................................................................................................................ 20 Sources des financement aux universités de Michigan .............................................................. 21 RECHERCHE ET RESPONSABILITÉS À RHÔNE-POULENC ........................................................................ 21 Collaborateurs universitaires français et CNRS : ........................................................................ 21 RECHERCHE À L’UNIVERSITÉ CLAUDE BERNARD (LYON I) ..................................................................... 22 LISTE DE PUBLICATIONS, RESPONSABILITÉS DES COLLOQUES ET CONTRATS ........................................ 24 Publications (avec comité de lecture).......................................................................................... 24 Livres (ou Chapitres) ................................................................................................................... 31 Articles de vulgarisation .............................................................................................................. 31 Ouvrages collectifs et publications dans les actes de congrès ................................................... 31 Communications présentées à des Colloques ............................................................................ 33 Participation et présentations à des colloques ou séminaire comme invité: ............................... 41 Principaux contrats récents ou en cours ..................................................................................... 42 Brevets ........................................................................................................................................ 43 2 Résumé des Activités d’Enseignement et de Recherche Enseignement Les activités d'enseignement et d'administration ont commencé à l’université de Stanford en 1980 entant que chercheur pour le gouvernement américain. Pendant mon doctorat, j’ai enseigné la microbiologie environnementale (cours magistraux et des travaux pratiques) à cette même université. En 1987, j’ai été nommé professeur à l'université de Michigan State où j’étais responsable de l’enseignement sur la microbiologie environnementale (développement des cours, gestion du programme d’étude). J’ai par la suite obtenu une chaire de professeur à l’université de Michigan (Ann Arbor MI USA) où j’étais responsable d’une équipe d’une vingtaine de personnes (recherche, enseignement, administration). Entre 1987 et 1992 j’ai donné 120 heures de cours (heures réels) par an. Pendant cette période, j’ai pris la direction du DEA de « Environmental Science and Engineering » et du programme de doctorat (recrutement, bourses, rapports des comités de suivi, habilitations, ..). En plus de la responsabilité du DEA et du doctorat à l'université de Michigan, j'ai participé à des comités universitaires de recherche, de recrutement, des bourses, et j'ai représenté l'université auprès des diverses institutes extérieures. En 1992 j’ai accepté un poste chez Rhône-Poulenc tout en continuant à donner des cours (l’École Nationale Supérieur des Mines à Paris et à INSA TOULOUSE). Depuis novembre 2000, je suis Professeur dans l'UFR de Biologie à l'université Claude Bernard (LYON1). J’ai donné environ 200 heures (en équivalent TD) à la MST Chimie et Biologie Végétales, MSE (Environnement), Maîtrise Biologie de Populations et Ecosystèmes et DU des Fruits et Légumes à l'IUT de Biologie (UCB LYON1) jusqu’ à démarrage du système « LMD ». J’ai participé au projet du plaquette et site web pour les stagiaires du UFR de Biologie. Dans le système LMD, je suis responsable de trois UE : Biotechnologie pour l’Environnement (M1), Microbiologie de l’Environnement (L3) et Microorganismes et Environnement, Gestion des Risques (eaux, sols,...) (M2 Pro). Au cours de l’année scolaire 2004-2005, j’ai pris le relais en étant responsable du Master Pro de Microbiologie Appliquée à l’Agroalimentaire au Biomédical et à l’Environnement. De plus cette année (2006-2007), je donne des cours aux étudiants à l’Ecole Centrale de Lyon qui n’ont pas eu beaucoup accès à la biologie appliquée auparavant. Recherche Depuis 1980, mes travaux de recherche portent, sur l’écologie microbienne et plus particulièrement sur les interactions entre les microorganismes et les composés xénobiotiques. Mes travaux s’orientent vers les mécanismes d'adaptation des bactéries aux composés xénobiotiques. La méthodologie utilisée pour résoudre ces problèmes est une approche à trois niveaux : l’observation, l’expérimentation et la modélisation. 3 J’ai tout d’abord travaillé comme chercheur pour le gouvernement américain en étudiant l’écologie microbienne des sédiments marins (2 publications). Ensuite, j’ai terminé mes études (doctorales) à l'université de Stanford, durant lesquelles j’ai publié une dizaine d’articles traitant des différentes voies de dégradation des composés xénobiotiques comme les solvants chlorés. En 1987, je suis nommé Professeur à l’université de Michigan State où j’ai co-créé Centre National d’Ecologie Microbienne (US National Science Foundation Center for Microbial Ecology). J’ai par la suite obtenu une chaire de professeur à l’université de Michigan (Ann Arbor MI USA), et créé une équipe de chercheurs et enseignants tout en continuant à collaborer avec le Centre National d’Ecologie Microbienne. Pendant cette période j’ai étudié les mécanismes microbiens de dégradation et les effets des composés xénobiotiques sur les communautés microbiennes. A l’université de Michigan, j’ai dirigé 5 thèse (dont 4 qui sont actuellement devenus eux-mêmes professeurs). En 1992, pendant ma première année sabbatique accordée par l’université du Michigan, je suis venu en France au sein du Département de Sécurité et Environnement de Rhône Poulenc Industrialisation (Décines) en tant qu’expert environnemental. J’étais chargé de gérer les programmes de recherche interne, de diriger le laboratoire d’écotoxicologie (12 personnes) et de gérer les projets de recherche en collaboration avec les universités et les chercheurs du CNRS. Durant 2 ans, j’ai mené en parallèle mon travail de professeur à l’université du Michigan et mes différents activités dans le groupe Rhône-Poulenc. En 1994, j’ai quitté mon poste de professeur pour pouvoir m’investir pleinement chez R.P. Ainsi mes responsabilités au sein du groupe se développèrent avec quelques grands projets comme la biodégradation intrinsèques des composés xénobiotiques, la biodégradation des effluents contaminés et la création de nouvelles techniques de traitement des sols pollués. Depuis novembre 2000, je suis professeur à l’université de Claude Bernard (LYON 1). J’ai participé à l'équipe d'Adaptation et Transfert de Gènes (dans l’UMR 5557) entre 2000 et 2007, dirigé trois postdoc, et trois thésards et j’ai collaboré à plusieurs sujets de recherche avec mes collègues (voir les publications faits ensemble). Depuis mon arrivée à l’université, j’écrivais plusieurs propositions au niveau nationale dont plusieurs sont déjà acceptés (2 de PNETOX et BRG, et GENOTUBE), région (2 projets acceptés EMERGENCE et PUCES à ADN) et, je étais coordinateur d’un projet européenne sur les plantes transgéniques « TRANSBAC » qui a commencé en janvier 2002 et participant dans un autre projet européenne METACONTROL sur les sols suppressives qui a commencé en 2003. En 2004, j’écrivais une proposition ADEME aussi sur les puces à ADN. Avec mes expériences antérieurs et la compétence du laboratoire d’Écologie Microbienne, je travail actuellement sur les adaptations microbiennes aux composés xénobiotiques et antibiotiques et sur le transfert de gènes. Depuis mon arrivée à l’université Claude Bernard Lyon 1, j’ai publié 70 articles. En 2007, notre groupe de recherche a déménagé à l’École Centrale de Lyon pour améliorer notre interaction avec des ingénieurs. 4 Mes travaux se sont concrétisés par - la publication de 100 articles scientifiques (indice H=36) - la rédaction de 2 livres - la direction de 15 thèses - la direction de programmes de Master et doctorat - plus que 2500 heures enseignés - plus de 150 communications à des colloques - la participation des comités de lecture des journaux scientifiques et des organismes de financement de la recherche (Science, Appl Environ Microbiol., FEMS, NSF (US), EU...) - Rédacteur en Chef du journal « European Journal of Soil Biology » - plus de 100 participations à des colloques ou séminaire comme invité 5 Curriculum vitae court Nom et Prénoms : VOGEL, Timothy Moore Date et lieu de naissance : 5 juin 1956 à Santa Rosa, California, USA (59 ans) Situation familiale : marié, 1 enfant Adresse : 18, rue Barrème 69006 LYON Tel : 06 18 00 67 57 email: [email protected]; [email protected] Langues étrangères : anglais (langue maternelle) Années d’expérience : 30 Nombre de publications : 100 Nombre de communications à des colloques : 150 Formation et titres universitaires 1975 Chimie, Harvey Mudd College, Claremont, CA USA 1979 Maîtrise (BS) en Océanographie, University of Washington, Seattle, WA, USA. 1979 Maîtrise (BS.) en Géologie, University of Washington, Seattle, WA, USA. 1983 DEA (MSE) en Génie de l`Environnement (Procédés), Stanford University, Stanford CA, USA 1988 Doctorat (Ph. D.) en Génie de l`Environnement (Microbiologie), Stanford University, Stanford CA, USA Thèse : “ Biotic and Abiotic Transformations of Halogenated Aliphatic Compounds ” 6 Expérience professionnelle 1979-1982 Biogéochimiste U.S. Geological Survey, Menlo Park, CA, USA 1981-1987 Assistant de Recherche Stanford University, Stanford, CA, USA 1985 Enseignant Stanford University, Stanford, CA, USA 1987-1988 Professeur Michigan State University, East Lansing, MI, USA 1988-1994 Professeur The University of Michigan, Ann Arbor, MI, USA 1992-1994 Expert en Environnement Rhône-Poulenc Industrialisation, Décines-Charpieu 1994-1998 Animateur Scientifique et Technique Rhône-Poulenc Industrialisation, Décines-Charpieu 1998-2000 Chef de Projet Rhodia Eco Services (Rhône-Poulenc Groupe) Meyzieu 2000- Professeur Université Claude Bernard LYON 1, Villeurbanne 7 CURRICULUM VITAE Renseignements personnels Nom et Prénoms : VOGEL, Timothy Moore Date et lieu de naissance : 5 juin 1956 (59 ans) Santa Rosa, California, USA Nationalité : Américaine et Française Situation familiale : marié, 1 enfant Adresse : 18, rue Barrème 69006 LYON Tel : 06 18 00 67 57 email: [email protected] Titres universitaires 1979 Maîtrise Océanographie, (Option Biologie), Département d’Océanographie, University of Washington, Seattle, Washington, 98195 USA. 1979 Maîtrise Géologie, University of Washington, Seattle, Washington, 98195 USA. 1983 DEA Génie de l`Environnement (Procédés), Stanford University, Stanford California, 94305 USA 1988 Doctorat Génie de l`Environnement (Microbiologie), Stanford University, Stanford, California, 94305 USA Thèse : “ Biotic and Abiotic Transformations of Halogenated Aliphatic Compounds ” Jury : Profs. P.L.McCARTY, P. ROBERTS, A. MATIN (Microbiologie Médicale), D. GRBIC-GALIC (Ecologie Microbienne) et M. REINHARD Distinctions Harvey Mudd College Academic Scholarship Stanford University Fellowship Michigan Biotechnology Institute Faculty Development Award Herrick Foundation Award for PCB Research Membre de ESF EERO Nomination au Conseil Scientifique Tchèque pour les nouvelles technologies de traitement du sol 8 Expérience Professionnelle Expérience de recherche et d’enseignement 1979-1982 Biogéochimiste United States Geological Survey, Menlo Park, California, 94025 USA Participation à une étude océanographique sur les origines biologiques des composés organiques de la mer. Responsable du projet sur les niches écologiques microbiennes produisant les hydrocarbures aliphatiques. Cours de biogéochimie à l’université de Stanford 1981-1987 Assistant de Recherche Laboratoire de Science Environnementale, Génie de l`Environnement, Stanford University, Stanford, California, 94305 USA Responsable du projet de recherche sur les capacités microbiennes des communautés méthanogènes à déchlorer les composés xénobiotiques, en particulier ceux de type aliphatique chloré. Responsable du laboratoire d’analyses des composés chlorés Responsable du projet de recherche sur les transformations abiotiques des composés chlorés dans l’eau naturelle. 1985 Enseignant Département du Génie Civile et de l`Environnement, Stanford University, Stanford, California, 94305 USA Chargé de cours (90h/an) sur la microbiologie environnementale et l’écologie microbienne. 1987-1988 Professeur Michigan State University, East Lansing, Michigan, 48824 USA Recherche sur les thèmes Déchloration biologique des composés aliphatiques chlorés Effet de configuration des bioréacteur sur les communautés microbiennes utilisées. Implication des ligninases dans la biodégradation des composés xénobiotiques. Responsable d’enseignement Cours sur le génie des procédés d’assainissement de l’eau (30h/an) et microbiologie environnementale (40h/an) et de la biodégradation (50h/an). 1988-1994 Professeur The University of Michigan, Ann Arbor, Michigan, 48109 USA Recherche sur les thèmes Déchloration biologique des composés aliphatiques chlorés Effet de configuration des bioréacteur sur les communautés microbiennes utilisées. Biodégradation des polychlorobiphényles Modélisation des procédés biologiques dans les aquifères. Compétition parmi les hydrocarbures pendant leurs biodégradation dans le sol. Effet de la surface sur l’attachement des microorganismes aux surfaces hydrophobes et hydrophiles. 9 Étude des mécanismes de biodégradation en utilisant des systèmes biomimétiques. Effets des perturbations environnementales sur l’écologie microbienne voire la diversité microbienne. Responsable d’enseignement et d’administration Encadrement d’enseignants Direction du programme de Masters (DEA) en Génie d’Environnement. Cours sur l’écologie microbienne (40h/an), procédés biologiques (30h/an), et voies de métabolismes des xénobiotiques (30h/an). Direction du diplôme de doctorat de Science et Génie d’Environnement (recrutement, bourses, rapports des comités de suivi, habilitation) Membres de comités de recherche, de recrutement (permanents), et d’attribution des bourses. 1992-1994 Expert en Environnement Département de Sécurité - Environnement, Rhône-Poulenc Industrialisation, 69153 Décines-Charpieu Responsable du laboratoire “ Ecotoxicologie ” (12 personnes) Directeur scientifique pour les thèses dans le domaine d'application de la microbiologie à l'environnement (suivi des contrats, avancements de travaux, et membres de jurys) Responsable du projet de recherche sur la méthodologie pour le biotraitement des effluents industriels à la source. Responsable du projet de recherche sur la prédiction de la biodégradabilité des produits chimiques Enseignement de la biotechnologie à l’Ecole Nationale Supérieur des Mines de Paris (vacataire) 1994-1998 Animateur Scientifique et Technique Département de Sécurité - Environnement, Rhône-Poulenc Industrialisation, 69153 Décines-Charpieu Animateur des réunions des biologistes pour discuter les projets sur le plan technique. Expert en microbiologie: Aider les membres du comité de technologie, les membres du département, les activités commerciales (ex : présentations et réunions techniques avec clients - audit technique des sociétés Directeur scientifique de thèses dans le domaine d'application de la microbiologie à l'environnement (suivi des contrats, de l’avancement de travaux, et membres des jurys) Responsable de projets de recherche (recherche de budget, mise en place de l’équipe, déroulement de projet) pour l'application de microbiologie dans le domaine de l'environnement. Responsable du projet de recherche sur le développement des techniques de mesure de la biodégradabilité des tensioactifs et des modèle prédictif. Responsable du projet de recherche sur la bioaccessibilité des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAPs). Responsable du projet de recherche sur l’atténuation naturelle des composés xénobiotiques dans l’environnement. Développement des nouvelles techniques pour améliorer la bioaccessibilité des polluants aux microorganismes. Enseignement de la biotechnologie à l’Ecole Nationale Supérieur des Mines de Paris et à INSA Toulouse (vacataire). 1998-2000 Chef Projet Rhodia Eco Services / Antipollution Techniques Entreprise, 69330 Meyzieu 10 Expert microbiologiste: Aide aux filières (ex. : Antipollution Techniques Entreprise), le département de recherche et développement, et les activités commerciales (présentations et réunions techniques avec clients, audit technique des sociétés) Développement des nouvelles technologies pour le traitement du sol et de la nappe phréatique ( 8 brevets) Directeur scientifique pour les thèses dans le domaine de l'environnement (suivi des contrats, les avancements de travaux, et membres des jurys) 1985- 1992 Services et travaux d’expertise (Conseil aux entreprises) GRANDES ENTREPRISES BACARDI INC /PUERTO RICO DOW CHEMICAL COMPANY MIDLAND/ MI USA FAIRCHILD CAMERA AND INSTRUMENT COMPANY (FILIÈRE DE SCHLUMBERGER) /SAN JOSE, CA USA GENERAL ELECTRIC COMPANY/, SCHENACTADY, NY USA HERRICK FOUNDATION (TECUMSEH PRODUCTS)/TECUMSEH MI USA UPJOHN COMPANY KALAMAZOO, MI USA PETITES ET MOYENS ENTREPRISES ACCUPAC, INC/ ELKHART, IN USA MAT COM/ BOSTON MA USA STANFORD UNIVERSITY USA ORGANISMES PUBLICS STATE OF CALIFORNIA USA STATE OF MICHIGAN USA CITY OF FRANKENMUTH MI USA CITY OF SAGINAW MI USA US ENVIRONMENTAL PROTECTION AGENCY USA SOCIETES DE CONSEIL BBE ENGINEERS/SYRACUSE NY USA CANONIE ENGINEERS/ SANTA CLARA CA USA DUNN GEOSCIENCES/ ALBANY NY USA EMCON ASSOCIATES/ CUPERTINO CA USA ENCOTEC/ ANN ARBOR MI USA GEOMATRIC CONSULTANTS/ SAN FRANCISCO CA USA MC NAMEE PORTER AND SEELEY ENGINEERS/ ANN ARBOR MI USA NTH CONSULTANTS/ DETROIT MI USA R.MORRISON ASSOCIATES/ ANAHEIM CA USA SME INC/LIVONIA MI USA TOXICO CORPORATION/ SOUTHFIELD MI USA CABINETS JURIDIQUES SHEPPARD, MULLIN AND CROSS/ LOS ANGELES CA USA WARNER NORCROSS AND JUDD/ GRAND RAPIDS MI USA 2000- Professeur Université Claude Bernard LYON 1, Villeurbanne (UMR 5557 2000-2007 ; UMR 5005 2007-2016) Enseignement de la microbiologie environnementale (environ 200 heures). Responsable du module Biotechnologie Environnementale ( 2002-2016). Responsable du Master Pro de la Microbiologie Appliquée à l’Agroalimentaire, au Biomédical, et à l’Environnement (2004-2016). 11 Coordination du projet européenne « TRANSBAC » sur le transfert des gènes des plantes transgénique vers les bactéries du sol (2001-2005) Coordination de projet ANR Metasol (2009-2011) Rédacteur en Chef du journal « European Journal of Soil Biology » (20022010) Participation à des sociétés savants American Biotreatment Association American Geophysical Union American Society for Microbiology American Society of Civil Engineers American Chemical Society Association Générale des Hygiénistes et Techniciens Municipaux Association of Environmental Engineering Professors Bay Area Mass Spectrometry Society European Environmental Research Organization International Association for Water Quality International Society of Microbial Ecology Society of Environmental Toxicology and Chemistry Société Française de Microbiologie Participation au comité de lecture des journaux Science Nature ISME Environmental Science and Technology Applied Environmental Microbiology Groundwater Environmental Toxicology and Chemistry Bioengineering and Biotechnology Bioremediation Chemosphere Participation au comité de lecture de projets de recherche pour les organismes European Environmental Research Organisation (ESF) US National Science Foundation Indo-Swiss Collaboration in Biotechnology New York Hazardous Waste Research Center United States Geological Survey State of Michigan Research Excellence Funds US Environmental Protection Agency Activités d’Enseignement Cours : Microbiologie Environnementale (Université du Michigan) Procédés Biologiques et Environnementaux (École Nationale Supérieur des Mines de Paris) Biodégradation des composés xénobiotiques (Université de Michigan) Écologie microbienne (Université de Michigan) Pédologie (Université Claude Bernard LYON 1) Microbiologie (Université Claude Bernard LYON 1) Xénobiotiques (Université Claude Bernard LYON 1) Traitement Biologique du Sol (Université Claude Bernard LYON 1) Développement d’un programme de DEA et de doctorat et conseils aux étudiants 12 Développement de la publicité pour les programmes de recherche et les programmes de Masters (DEA) et doctorat. Gestion du programme doctorat de Génie et Science de l’Environnement. Mise au point d’un système d’évaluation des étudiants potentiels ainsi que des étudiants actuels du programme de Masters (DEA) en Génie et Science de l’Environnement. Développement de cours nouveaux Mise au point d’un module “ Microbiologie Environnementale ” avec 30 h de cours et 30h de travaux pratiques. Mise au point d’un module “ Procédés Biologiques ” avec 30 h de cours et 40h de travaux pratiques. Jury de Promotion des Professeur à l'Étranger Lisa ALVAREZ (Université de Californie à Berkeley) Elisabeth EDWARDS (Université de Toronto) Jan Roeleof van der Meer (Université de Lausanne, Suisse) Jack Gilbert (Université de Chicago) Encadrement et participation à des Jurys de Thèse et d’Habilitation à Diriger des Recherches Directeur “ Metabolic Differences Between Suspended Growth and Attached Growth for Xenobiotic Degrading Microorganisms ”. Gina SHREVE (Université du Michigan – Ann Arbor) 1991. Directeur “ Substrate Interactions among soil bacteria in the presence of Benzene, toluene, and xylene ”. Pedro ALVAREZ (Université du Michigan – Ann Arbor) 1993. Directeur “ Microbial and chemical reductive dechlorination of polychlorinated biphenyls and chlorinated benzenes ”. Loring F. NIES (Université du Michigan – Ann Arbor) 1993. Directeur “ Reductive dechlorination of chlorinated pollutants by metals and organometals ”. Nada ASSAF-ANID (Université du Michigan – Ann Arbor) 1993. Directeur “ Cofactors responsible for the dechlorination of chlorinated organics by Schwevanella” Erik PETROVSKIS (Université du Michigan – Ann Arbor) 1993. Directeur “Origine du gene linA” Hasna BOUBAKRI (Université Claude Bernard Lyon 1) 2002-2005 Directeur « Biodiversité et diversité chimique des métabolites PKS »Cyrille JARRIN (Université Claude Bernard Lyon 1) 2002-2005 Directeur « Apport de la bioinformatique pour la découverte de nouveaux biocatalyseurs au sein de banques metagénomiques « Aurélien GINOLHAC (Université Claude Bernard Lyon 1) 2003-2006 Directeur « Adaptation bactérienne aux composés chlorés : rôle de la plasticité génomique » Maude DAVID (Université Claude Bernard Lyon 1) 2006-2009 Directeur « Effects of climate change on mobile genetic elements » (Ecole Centrale de Lyon) Tom DELMONT 2008-2011 Directeur Exploration des interactions virus-hôte et leur importance pour l'adaptation microbienne à travers du CRISPRs Laura SANGUINI-CASADO (2012-2015) Directeur L’écosystème neige, structure et fonctionnement des communautés microbiennes du manteau neigeux en Arctique. Lorrie MACCARIO (2012-2015) 13 Directeur Analyse spatiale et multi-échelle de la distribution des bactéries dans le sol et les sédiments. Jean-Sébastien BEAULNE (2012-2015) Co-Directeur “ Rôle de la matière organique des sols sur la biodégradation par Rhodanobacter lindanoclasticus d’un composé organo-chloré hydrophobe. ” Virginie GANAYE (Université Henri Poincaré – Nancy I) 1995-1998. Co-Directeur Modélisation numérique de la biodégradation des composés organochlorés dans les aquifères fondée sur les expérimentations in situ Fabien NEX (Université Louis Pasteur Strasbourg) 2001-2004 Co-Directeur « Rôle fonctionnel de l'organisation spatiale de la diversité bactérienne. Date de soutenance approximative » Benoit REMENANT (Université Claude Bernard Lyon 1) 2003-2006 Co-Directeur Bioréporteur du MTBE.Cédric MALANDAIN (Université Claude Bernard Lyon 1) 2004-2007 Co-Directeur Diversité bactérienne et génétique dans des cultures dégradant les éthers carburants (ETBE/MTBE). Yoann LE GIGABEL (École Centrale de Lyon) 20102013 Rapporteur de thèse et de HDR Rapporteur “ Transferts de solutés dans les sols saturés et non saturés : Application au Pentachlorophénol ”. Mara Gabriela NOVY QUADRI (Université Joseph Fourier – Grenoble I) 1993. Rapporteur “ Les aspects hydrodynamiques, physico-chimiques et biologiques du devenir des pesticides dans les sols : Application au transfert du Pentachlorophénol en colonnes ”. Joao MARTINS (Université Joseph Fourier – Grenoble I) 1993. Rapporteur “ Dynamique de croissance de biofilms nitrifiants appliqués au traitement des eaux ” .Yu LIU (INSA Toulouse) 1994. Rapporteur “ Étude microbiologique et génétique de bactéries du sol capables de dégrader des composés xénobiotiques chlorés en aérobiose ”. Jean-Christophe THOMAS (Université technologie de Compiègne) 1994. Rapporteur “ Mise au point en Ecotoxicologie : Détection des perturbations fonctionnelles des sédiments en présence de composés chimiques. ” Frédéric GARRIVIER, (Université de Savoie) 1995. Rapporteur “ Etude d’un consortium bactérien tellurique dégradant les hydrocarbures : Optimisation de la biodégradation du gasoil dans le sol ”. Jean-Yves RICHARD (Université Claude Bernard Lyon I) 1997. Rapporteur “ Biodégradation oxydative des polychlorobiphényles (PCB) par les bactéries. Caractérisation du biphényle dioxygénase de Pseudomonas sp. B4 et conception d’un biocapteur à PCB. David RODARIE (Université Joseph Fourier Grenoble 1) 1999 Rapporteur "Biodégradation de composés organophosphorés à liaison P-S" Didier HILAIRE (Université Henri Poincaré – Nancy I) 2001 Rapporteur Habilitation à Diriger des Recherches. Benoit COURNOYER (UFR Biologie) Université Claude Bernard Lyon I) 2002. Rapporteur « Biodégradation des hydrocarbures aromatiques polycycliques, sélection et dynamique des populations bactériennes dans la rhizosphère en fonction de la 14 distance aux racines ». Stéphane CORGIE (Université Henri Poincaré – Nancy I) 2004 Rapporteur « Biodégradation du gazole dans l’environnement : Composition et performances des microflores dégradatrices » Sophie PENET (Université Pierre et Marie CURIE Paris VI) 2004 Rapporteur « Devenir de l’ADN d’origine végétale dans les compartiments environnementaux : analyse systémique, rémanence et transport de l’ADN transgénique dans le sol » John POTE (Université de Genève) 2004 Rapporteur Habilitation à Diriger des Recherches, François FAYOLLE-GUICHARD (Institut Français du Pétrole et l’Université de Bourgogne) 2005 Rapporteur Habilitation à Diriger des Recherches, Cindy MORRIS (Université de Montpellier) 2005 Rapporteur Sylvain ouny (Université Joseph Fourier – Grenoble I) 2005 Rapporteur PHE Ming (Université Henri Poincaré Nancy I) 2006 Rapporteur Habilitation à Diriger des Recherches. Jeans MARTIN (Université Joseph Fourier – Grenoble I) 2008 Rapporteur Marianne QUEMENEUR (Université Henri Poincaré – Nancy I) 2008 Rapporteur Habilitation à Diriger des Recherches. Jean-Christophe AVARRE. (Université Montpellier) 2008 Rapporteur Claire PERRIN 2009 Rapporteur Réponses Microbiennes Au Tétrachlorométhane, Christian PENNY (Université de Strasbourg) Rapporteur Habilitation à Diriger des Recherches. Karine LAVAL Rapporteur Nouveaux outils pour l’évaluation de la biodégradabilité des composés pétroliers Marc AUFFRET (Université de Nantes ) 2010 Rapporteur Pertinence des indicateurs microbiens dans l’évaluation de l’état des sols agricoles Pierre PLASSART (Université de Rouen) 2010 Rapporteur Caroline MONTEIL (Université d'Avignon) 2011 Rapporteur Noam SHANI (École Polytechnique Fédérale de Lausanne) 2012 Rapporteur Adrien VIGNERNON (Université de Brest 2013) Rapporteur Peter Holmsgaard Université de Copenhagen 2013 Rapporteur Florian HUMILY Université Pierre et Marie Curie 2013 Rapporteur Lasse Bergmark Université de Copenhagen 2013 Rapporteur Aurélien Saghaï Université Paris Saclay 2016 Rapporteur Eric Pinto Université Lausanne 2016 Membre du Jury “Biodisponibilité du naphtalène dans des suspensions argileuses ”. Sandrine MAGDALINIUK (Université Henri Poincaré – Nancy I) 1995. 15 Membre du Jury “Biodégradation de solvants chlorés par une biomasse bactérienne nitrifiante ”. Philippe GINESTET (Université Henri Poincaré – Nancy I) 1998. Membre du Jury “Altération microbienne des minéraux dans les sols hydromorphes, incidence du couplage entre les cycles du carbone et du fer ”. Sébastien STEMMLER (Université Henri Poincaré – Nancy I) 2001. Membre du Jury Habilitation à Diriger des Recherches. Isabelle DANIELS (UFR Sciences de la Terre Université Claude Bernard Lyon I) 2002. Membre du Jury Habilitation à Diriger des Recherches François BURET (Ecole Centrale de Lyon) 2006 Membre du jury Rôle fonctionnel de l'organisation spatiale de la diversité bactérienne. Benoit REMENANT (Université Claude Bernard Lyon 1) 2007 Membre du Jury Habilitation à Diriger des Recherches. Theodore BOUCHEZ 2012 Président du Jury “ La bactériose du melon : écologie et stratégies de lutte contre Pseudomonas syringae pv. aptata. ”. Christine RIFFAUD (Université Claude Bernard Lyon I) 2002. Président du Jury “ Transfert des gènes et écologie des Ralstonia. ”. Anne MERCIER (Université Claude Bernard Lyon I) 2003 Président du Jury « Sélection d’écotypes bactériens pathogènes et non-pathogènes par la plante en relation avec la différenciation en espèces génomiques chez Agrobacterium spp. » Perrine POITIER (Université Claude Bernard Lyon I) 2004 « Opponent » Anna Edlund, université de Uppsala, Swede 16 mai 2007 Président du Jury Elodie NICOLAU (Université Joseph Fourier – Grenoble I) 2008 Président du Jury Marianne QUEMENEUR (Université Henri Poincaré – Nancy I) 2008 Président du Jury Martina (Université Claude Bernard Lyon I) 2008 Président du Jury Christian PENNY 2009 Président du Jury Claire PERRIN INSA Lyon 2009 Président du Jury Marc AUFFRET (Université de Nantes ) 2010 Président du Jury Samuel JACQUIOD (Ecole Centrale de Lyon) 2012 Encadrement des étudiants post-doctoraux Paul ANID, Peter ADRIENS Jean Michel MONIER (avr. 2003-sept.2004) Programme européen TRANSBAC; (oct. 2004-sept. 2005) Programme européen METACONTROL; (oct2005-sept2006) bourse ADEME Aurore CADORET (oct.-déc. 2004) Financement post-doctoral par l’université de Nancy. Arnaud DECHESNE (oct.-déc. 2004) Financement sur vacations UCBL. 16 Hélène CEREMONIE (fév. 2002-aout 2004) Programme européen TRANSBAC Hélène BERTRAND (oct. 2003- aout 2004) Programme européen METACONTROL. Franck POLY (jan.-sept. 2003) Programme européen METACONTROL Saliou FALL (mars 2003-mars 2005) Programme du ministère "Génotube" et européen TRANSBAC; (jan. 2005-avr. 2006) Programme TOXNUC, ANR AlimIntest (2007). Amy Chapin « Amy SAPKOTA » (oct 2005 – juillet 2007) Collaboration avec Johns Hopkins University Baltimore plus ANR PRECODD HYBIOX. Sibel BERGER Delina LYON Catherine LAROSE Emmanuel PRESTAT Tom DELMONT Lorrie MACCARIO Jean-Sébastien BEAULNE Encadrement des étudiants DEA/ Master Recherche (et publication de leur travail) Directeur Hasna BOUBAKRI 2001/2002 (publication) Directeur Nathalie LOMBARD 2002/2003 (publication) Directeur Sébastein DUPRAZ 2002/2003 (publication) Directeur Caroline FREISSINET 2004/2005 (publication) Directeur Maude DAVID 2005/2006 (publication) Directeur Lorris NIARD (2006/2007) Directeur Cécile THION (2007-2008) (publication) Directeur Nathalie FUSCO (2007-2008) (publication) Directeur Margaux MESLE (2008-2009) Directeur Jérémy PIVETAL (2008-2009) (publication) Directeur Adrien VIGNERNON (2008-2009) Directeur Joseph NESME (2009-2010) Directeur Coralie SUSCILLON (2009-2010) Directeur Natalia FERRERO (2012-2013) (publication) Encadrement des étudiants (hors thèse et DEA) 17 Steve YOUNG 1985 Stanford University “ Biodegradation of chlorinated solvents ”. Steve MASON 1986 Stanford University “ Biodegradation of chlorinated solvents ”. John PORTER 1988 Université de Michigan “ Aerobic Biotransformation of Benzene, Toluene, and Xylene in Aquifer Material. ” Mary STRONG 1990 Université de Michigan “ Bioreactor Influence on Microbial Diversity ”. Eric POPPELE 1991 Université de Michigan “ Environmental effects of bacterial movement in the subsurface ” Hildegarde SELIG 1992 Université de Michigan “ Anaerobic/Aerobic Biofilm Reactors For Pharmaceutical Waste ”. Jean-Guillaume PELADAN 1993 Polytechnique/ École Nationale Supérieure des Mines de Paris “ Traitement biologiques des effluents difficiles ” Jean-Michel LECUYER 1994 École Nationale Supérieure des Mines de Paris “ Traitement biologique des effluents à la source ” Lionel GEORGES 1993 École Nationale Supérieure d’Agriculture de Rennes “ BIOR : BioRéacteurs ” Etienne CHAMPION 1996 Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris “ Bioaccessibilité des polluants dans le sol ” Pierre-François CHAUT 1995 Université des Science de Limoges DESS Traitement des Eaux “ Bioréacteurs pour le traitement des effluents industriels ” Cécile MAYOUX Université de LYON Maîtrise de Sciences et Techniques de Chimie et Biologie Végétales “ Le compostage des sols pollués ” Nathalie BENDRISS, ISI CUST “ Étude de la réduction de la production de boues biologiques dans une station de traitement d’effluent ”. Craig Steven HUNT 1995 Université de Claude Bernard Lyon 1 “ Développement des sondes biomécaniques. ” Karine POL 1995 Institut Supérieur d’Agriculture Rhône-Alpes “ Comparaison, à l’échelle de pilotes de laboratoire, de divers traitements d’un sol contaminé ” 1993 “ BIOR ” Jérôme METIVIER 1998 Université Joseph Fourier Grenoble I, “ Barrières Réactives ” François SERTOUR 1999 Université de Claude Bernard Lyon 1 ENSSIB. “ Base de données relationnelle ” Claudine HERITIER 2002 Université de Claude Bernard Lyon 1 MST Chimie et Biologie Végétales « Transfert des gènes des plantes transgéniques vers les bactéries du sol » Audrey DETIEUX 2002 Université de Claude Bernard Lyon 1 MST Chimie et Biologie Végétales « Adaptation microbienne aux composés xénobiotiques » Mélanie BEUF 2003 Université de Claude Bernard Lyon 1 MST Chimie et Biologie Végétales « Remodelage de l’ADN du métagenôme » (publication) Audra NEMIR 2005 Pomona College « Bioindicateur : Puces à ADN appliqué à la santé des sites et sols pollués » (publication) 18 Paul BERTOLLA 2006 Université de Claude Bernard Lyon 1 IUT de Biologie « Dispersion des antibiotiques dans le sol » Jérémy SIMONETTA 2008 BTS « Biologie moléculaire appliqué à l’environnement » 19 Recherche à l’université de Stanford University et aux universités de Michigan Ma recherche a été centrée autour de trois thèmes : les effets des composés xénobiotiques sur l’écologie microbienne, les voies de biodégradation des composés xénobiotiques, et les applications des connaissances de l’écologie microbienne pour résoudre les problèmes environnementaux. Il faut constater que souvent, ces recherches sont pleinement dans la problématique de l’adaptation des microorganismes aux composés xénobiotiques. Les effets des composés xénobiotiques sur l’écologie microbienne La qualité de l’environnement est souvent associée à la diversité écologique. Cette diversité peut être mesurée soit par des tests génétiques soit par des tests morphologiques. Ces mesures peuvent être influencées par les perturbations physique et chimique comme la présence d’une molécule xénobiotique. Ce thème est abordé de plusieurs façons. La première est l’effet des perturbations environnementales sur la diversité microbienne. Ces perturbations sont des changements de salinité, température, et des ajouts de substances diverses. La base de ces études est la relation entre un microorganisme et son environnement soit dans l’environnement soit dans des systèmes construits. Parmi ces différents projets, citons des études sur l’adhésion des bactéries aux surfaces, la disponibilité des substances dans le sol, et la croissance des bactéries dans le sol. L’adhésion des bactéries est étudiée sur différentes surfaces, et avec différents substrats et xénobiotiques. D’autres études portent sur le changement de la diversité microbienne et la stabilité communautaire en fonction des changements de l’environnement. Ces changements sont des différences de pH, salinité, température, teneur ionique et la présence de xénobiotiques. Dans ces études, des mesures de la diversité génétique et de la diversité morphologique sont très utiles. Une des difficultés est le développement des méthodes pour mesurer ces diversités parmi des populations difficilement caractérisées et isolables. Heureusement, il existe des techniques appliquées à toute la communauté bactérienne qui donnent quelques images de la diversité communautaire relative. Deux de ces méthodes sont les %G+C dans l’ADN total du sol et l’activité métabolique telle qu’elle est mesurée par les boites de BIOLOG (95 substrats). L’utilisation de ces méthodes montre des effets assez intéressants. Par exemple, sous stress ionique, la diversité génétique diminue en montrant la réduction des populations au sein d’une communauté en même temps que la diversité métabolique augmente car les bactéries résistantes au stress utilisent plus de substrats potentiels. Les voies métaboliques de dégradation des xénobiotiques : La recherche sur les voies de dégradation a progressée plus que prévu. Au début, les études examinaient la possibilité de dégradation des composés xénobiotiques par différentes communautés microbiennes. Ce travail étudie la capacité potentielle de différentes populations à dégrader des composés différents. Par exemple, le tetrachoroéthylène et l’héxachlorobenzène ne sont pas dégradés en présence d’oxygène par les bactéries aérobies, mais ils peuvent être biodégradés par les bactéries anaérobies. En résumé, beaucoup des composés fortement chlorés ne se biodégradent qu’en condition anoxique. Ce processus de dégradation est caractérisé par le remplacement du chlore par un hydrogène. Nous avons publié plusieurs articles sur ce sujet. Nous avons montré qu’ au moins dans un cas, les bactéries ne profitent pas de cette réaction qui est purement fortuite. Nous avons tenté une approche réductionniste pour trouver les composés responsables de la dégradation constatée. Un de ces composés est la vitamine B12. Récemment, nous avons découvert un phototrophe qui dégrade les polychlorobiphényles en présence de lumière sans les utiliser comme source de carbone et d’énergie. Applications pratiques (bioréacteurs, systèmes experts, modélisations mathématiques) Pour les travaux pratiques et pour attirer l’attention des industriels, nous avons mis en place des bioréacteurs pour étudier les changements de l’écologie microbienne. Ces systèmes comprenaient la compréhension, le contrôle et la gestion, et la modélisation de ces procédés. La compréhension inclue les analyses des populations et leurs relations avec le fonctionnement. Donc, la stabilité des bioréacteurs est liée à la stabilité de l’écologie microbienne. Cette approche permet aux chercheurs et aux étudiants de faire les évaluations simultanées du modèle mathématiques et du réacteur. Dépollution du sol L’application des connaissances en écologie microbienne au problème de la compréhension des techniques de dépollution du sol est aussi étudiée. Techniquement, les conditions aérobies sont les plus souhaitées et les plus faciles à manipuler, donc, les microorganismes qui pourraient aussi utiliser 20 le nitrate comme accepteur d’électron augment l’efficacité du oxygène présent. Nous avons montré que ces bactéries facultatives sont responsables souvent de la biodégradation des hydrocarbures non-substitués. Pour les composés chlorés, s’ils sont peu chlorés les conditions aérobies (ceux avec un système non spécifique d’oxygénation) sont satisfaisantes ; s’ils sont hautement chlorés, les bactéries anaérobies sont nécessaires. Pratiquement, quelques composés demandent les deux systèmes anaérobie et aérobie. En résumé, l’emploi des microorganismes pour la biodégradation des composés xénobiotiques dans la nature ou en bioréacteur est relativement récent. La nécessité de l’écologie microbienne pour comprendre et optimiser les applications de la biotechnologie est évidente. Sources des financements aux universités de Michigan Dow Chemical Company General Electric Company Herrick Foundation Michigan Oil and Gas Association National Institutes of Environmental Health Sciences Superfund Research Center National Science Foundation: Science and Technology Center for Microbial Ecology Research Institute for Technology for the Earth. RITE (Japan) U.S. Environmental Protection Agency: Office of Exploratory Research U.S. Environmental Protection Agency: Great Lakes and Mid-Atlantic Hazardous Substance Research Center Recherche et responsabilités à Rhône-Poulenc Je suis venu en France il y a sept ans et demi pour l’année sabbatique accordée tout les sept ans aux universitaires américains. Mon thème de recherche à Rhône-Poulenc est la compréhension des interrelations entre l’écologie microbienne et les composés xénobiotiques. Rhône-Poulenc est intéressé pour appliquer cette compréhension aux problèmes environnementaux, pour mettre au point des traitements d’effluents industriels, pour prédire les demi-vies des composés xénobiotiques dans la nature, pour développer des tests d’écotoxicité et pour optimiser le traitement des sols pollués Un des avantages de la diversité microbienne est la capacité d’adaptation à une grande gamme de conditions d’environnement. Les modèles les plus étudiés sont du type marais, boues activées, sol forestier, mais ces noms ne nous renseignent pas sur leur capacité à encaisser un stress tel qu’un changement de température, salinité, pH ou la présence des composés xénobiotiques. Ces études couplées avec les mesures de la diversité génétique et métabolique nous ont éclairé sur ces capacités Ces thèmes de recherche ont été fait en collaboration avec plusieurs équipes en France. Elles sont listées ci-dessous : Collaborateurs universitaires français et CNRS : J.-P. GAUDET (Université Joseph Fourier Grenoble I Laboratoire d’Étude des Transferts en Hydrologie et Environnement) “ Les aspects hydrodynamiques, physicochimiques et biologiques du devenir des pesticides dans les sols ”. Joao MARTINS, Mara Gabriela NOVY QUADRI, thésards. L. CHARLET (Université Joseph Fourier Grenoble I) “ La capacité des espèces du fer à dégrader les solvants chlorés ” Thésard : Virginie BARBU. B. CAPEDEVILLE (INSA TOULOUSE), “ Dynamique de croissance de biofilms nitrifiants appliqués au traitement des eaux ” Thésard : LIU, Yu G. GOMA (INSA TOULOUSE) “ Les effets découplants sur la production des boues biologiques ” Jean-Luc ROLS, chercheur ; Magali ROCHER, thésards 21 J.-C. BLOCK (Université de Henri Poincaré NancyI) “ Bioaccessibilité et atténuation naturelle des polluants ” Sylvain FASS (post-doc), Thésards : Sandrine MAGDELINIUK et Virginie GANAYE, Karine LOUIS-ROSE (DEA), G. BLAKE (Université de Savoie) “ Mise au point en Ecotoxicologie : Détection des perturbations fonctionnelles des sédiments en présence de composés chimiques. ” Frédéric GARRIVIER, thésards P. LECOMTE (Centre National de Sites et Sols Pollués) “ Les effets des métaux lourds sur la biodiversité des microorganismes du sol ” Florence CHEVRON post-Doc J. BERTHELIN (CNRS Centre Pédologie Biologique) “ Bioaccessibilité des hydrocarbures aromatiques polycycliques dans le sols ” Amellal, N., Portal, JM., Leyval, C., Villemin, G chercheurs CNRS P. SIMONET (Université Claude Bernard Lyon 1) “ Étude microbiologique et génétique de bactéries du sol capables de dégrader des composés xénobiotiques chlorés ” Jean-Christophe THOMAS, Renaud NALIN post-docs Recherche à l’université Claude Bernard (Lyon I) L’analyse des séquences de la totalité du génome de plus de 40 bactéries révèle le rôle fondamental qu’ont joué transferts horizontaux de gènes et recombinaison entre génomes dans l’évolution des bactéries. A notre époque, ces mécanismes jouent très certainement un rôle pivot en ce qui concerne la stratégie adaptative des procaryotes face à des situations environnementales perturbantes d’origine anthropique. Mes travaux viseront à comprendre l’implication des échanges latéraux d’informations génétiques dans l’adaptation des bactéries à 2 types de produits : Les polluants xénobiotiques, avec comme modèle la dégradation microbiologique du pesticide lindane. Ce composé est particulièrement récalcitrant dans différents environnements mais, dans de rares circonstances des bactéries du sol ont développé les traits cataboliques nécessaires à sa dégradation. Ce modèle s’avère particulièrement intéressant pour appréhender les mécanismes de genèse de nouveaux gènes par transferts de modules génétiques et recombinaison. Les antibiotiques, avec comme modèle la résistance des bactéries à une nouvelle molécule le florfénicol utilisé en médecine vétérinaire. Ce volet me permettra d’identifier les sources et de comprendre les différents mécanismes de dissémination des gènes de résistance en fonction de l’utilisation de la molécule correspondante. Dégradation microbiologique du lindane. Mes travaux viseront à déterminer dans le métagénome d'un sol non pollué la prévalence de fragments d’ADN qui, après transfert et recombinaison potentiels dans un hôte récepteur seraient susceptibles de servir de matrice à la constitution du gène catabolique clé du polluant (gène linA). Cette analyse sera couplée à une étude bio-informatique visant à repérer dans les bases de données des régions de forte homologie avec celles du gène linA. Dans un sol pollué nous tenterons de repérer les différentes étapes évolutives conduisant à la genèse du gène tout en essayant d’accroître le rythme évolutif par des cycles successifs d’électroporation de la métapopulation Résistance bactérienne au florfénicol. Ce modèle d’étude me permettra d’aborder les mécanismes de dissémination de gènes pré-existants à l’utilisation massive de la molécule antibiotique. Le modèle proposé permettra d’identifier les réservoirs biologiques des gènes de résistance (bactéries porteuses du gène) mais aussi moléculaires (plasmides, intégrons), et de déterminer l’influence de l’utilisation progressive de l’antibiotique sur leur vitesse de dissémination. Classiquement, on reconnaît trois mécanismes pour les transferts de gènes entre bactéries : la conjugaison, la transduction et la transformation naturelle codée génétiquement. Mais ces mécanismes semblent à eux seuls insuffisants pour expliquer les innombrables échanges de gènes observés dans les séquences des génomes bactériens (analyses bio-informatiques). Nos objectifs sont de déterminer si d’autres mécanismes pourraient être impliqués, en particulier ceux liés à une pénétration passive de l’ADN sous l’effet de facteurs environnementaux. Peuvent être impliquées la composition chimique du milieu environnant ou des chocs thermiques. 22 Au sein de notre équipe nous avons plus particulièrement étudié, en collaboration avec le CEGELY (Centre de Génie Électrique de Lyon) - UMR 5005 accueilli au département EEA (Électronique Électrotechnique Automatique) de l'École Centrale de Lyon, la possibilité pour les micro-organismes présents dans le sol d’être électro-transformés in situ, lors des décharges de foudre, sous l’influence des champs électriques et du passage du courant dans le sol. À cette fin, des échantillons de sol ont été doublement inoculés avec une souche cible d’Escherichia coli, organisme non transformable naturellement et de l’ADN du plasmide pBR328 porteur de trois marqueurs de résistance aux antibiotiques puis soumis à des injections de courant simulant les décharges de foudre naturelles. Différents paramètres biotiques (concentration des cellules bactériennes, du plasmide) et abiotiques (texture du sol, humidité) ont été étudiés et les résultats ont clairement montré qu’il y avait transformation dans les échantillons de sol soumis à ces décharges de foudre artificielle. Recherche à l’Ecole Centrale de Lyon Attaché au Laboratoire Ampère l’UMR 5005 depuis janvier 2007, mon programme de recherche continue ce qui est décrit ci-dessus et de plus nous avons lancé un thème nouveau qui est la production d’électricité par des bactéries. Ce domaine est pluridisciplinaire avec les microbiologistes et les électrochimistes. 23 Liste de Publications, Responsabilités des Colloques et Contrats Publications (avec comité de lecture) 1. Kvenvolden, K.A., Vogel, T.M., et Gardner, J.V. 1981. Geo-chemical prospecting for hydrocarbons in the outer continental shelf, Southern Bering Sea, Alaska. Journal of Geochemical Exploration, 14:209-219. 2. Vogel, T.M., Oremland, R.S., et Kvenvolden, K.A. 1982. Low temperature formation of C1 C4 alkanes in an estuarine sediment. Chemical Geology( IF=1.7), 37:289-298. 3. Vogel, T.M. et McCarty, P.L. 1985. Biotransformation of tetrachloroethylene to trichloroethylene, dichloroethylene, vinyl chloride, and carbon dioxide under methanogenic conditions. Applied and Environmental Microbiology ( IF=3.35), 49:1080-1083. 4. Vogel, T.M. et Grbic'-Galic', D. 1986. Incorporation of oxygen from water into toluene and benzene during methanogenic transformation. Applied and Environmental Microbiology( IF=3.35), 52:200-202. 5. Vogel, T.M. et Reinhard, M. 1986. Reaction products and rates of disappearance of simple bromoalkanes, 1,2-dibromopropane, and 1,2-dibromoethane in water. Environmental Science and Technology( IF=3.5), 20:992-997. 6. Vogel, T.M. et McCarty, P.L. 1987. Rate of abiotic formation of 1,1-dichloroethylene from 1,1,1-trichloroethane in groundwater. Journal of Contaminant Hydrology, 1:299-308. 7. Grbic'-Galic', D. et Vogel, T.M. 1987. Transformation of toluene and benzene by mixed methanogenic cultures. Applied and Environmental Microbiology( IF=3.35), 53:254-260. 8. Vogel, T.M., Criddle, C.S. et McCarty, P.L. 1987. Transformations of halogenated aliphatic compounds. Environmental Science and Technology( IF=3.5), 21:722-736. 9. Vogel, T.M. et McCarty, P.L. 1987. Abiotic and biotic transformations of 1,1,1trichloroethane under methanogenic conditions. Environmental Science and Technology( IF=3.5), 21:1208-1213. 10. Nies, L. et Vogel, T.M. 1990. Effects of organic substrates on dechlorination of Aroclor 1242 in anaerobic sediments. Applied and Environmental Microbiology( IF=3.35), 56:2612-2617. 11. Shreve, G., Olsen, R. et Vogel, T.M. 1991. Development of pure culture biofilms of P. putida on solid supports. Biotechnology and Bioengineering( IF=2.4), 37:512-518. 12. Nies, L. et Vogel, T.M. 1991. Identification of the proton source for the microbial reductive dechlorination of a chlorinated aromatic compound (2,3,4,5,6 penta chlorobiphenyl PCB). Applied and Environmental Microbiology( IF=3.35), 57:2771-2774. 13. Alvarez, P.J.J., Anid, P.J., et Vogel, T.M. 1991. Kinetics of aerobic biodegradation of benzene and toluene in sandy aquifer material. Biodegradation( IF=2.0), 2:43-51. 14. Alvarez, P.J.J., et Vogel, T.M. 1991. Substrate interactions of benzene, toluene, and paraxylene during microbial mixed culture aquifer slurries. Applied and Environmental Microbiology(IF=3.35), 57:2981-2985. 15. Fathepure, B.Z. et Vogel, T.M. 1991. Complete degradation of polychlorinated hydrocarbons by a two-stage biofilm reactor. Applied and Environmental Microbiology ( IF=3.35, 57:3418-3422. 24 16. Assaf-Anid, N., Nies, L., et Vogel, T.M. 1991. Reductive dechlorination of a PCB congener and hexachlorobenzene by vitamin B12. Applied and Environmental Microbiology (IF=3.35). 58:1057-1060. 17. Montgomery, L. et Vogel, T.M. 1992. Dechlorination of 2,3,5,6-tetrachlorobiphenyl by a phototrophic enrichment culture. FEMS Microbiology Letters (IF=1.6), 94:247-250. 18. Chen, Y.M., Abriola, L.M., Alvarez, P.J.J., Anid, P.J., et Vogel, T.M. 1992. Biodegradation and transport of benzene and toluene in sandy aquifer material. Water Resources Research.28:1833-1847. 19. Shreve, G.S. et Vogel, T.M. 1992.Comparison of substrate utilization and growth kinetics between immobilized and suspended Pseudomonas cells. Biotechnology and Bioengineering (IF=2.4), 41:370-379. 20. Anid, P.J., Alvarez, P.J.J. et Vogel, T.M. 1993. Biodegradation of monoaromatic hydrocarbons in aquifer columns amended with hydrogen peroxide and nitrate. Water Research (IF=1.6). 27:685-691. 21. Assaf-Anid, N., Hayes, K.F., et Vogel, T.M. 1993. Effect of redox potential and pH on the reductive dechlorination of carbon tetrachloride by cyanocobalamin (II). Environmental Science and Technology ( IF=3.5), 28:246-252. 22. Anid, P.J., Ravest-Webster, B.P., et Vogel, T.M. 1993. Effect of hydrogen peroxide on the biodegradation of PCBs in anaerobically dechlorinated river sediments. Biodegradation (IF=2.0), 4:241-248. 23. Petrovskis, E.A., Vogel, T.M., et Adriaens, P. 1994. Effects of electron donors and acceptors on carbon tetrachloride transformation by Shewanella putrefaciens. FEMS Microbiology Letters (IF=1.6). 121:357-364. 24. Alvarez, P.J.J., Anid, P.J. et Vogel, T.M. 1994. Kinetics of toluene degradation by denitrifying aquifer microorganisms. ASCE J. Environmental Engineering ( IF=1.3); 120: 1327-1336. 25. Alvarez, P.J.J. et Vogel, T.M. 1995. Degradation of BTEX and their aerobic metabolites by indigenous microorganisms under nitrate reducing conditions. Water Science and Technology; 31:15-28. 26. Vogel, T.M. 1996. Bioaugmentation as a bioremediation approach. Current Opinions in Biotechnology (IF=3.2) 7:311-316. 27. Thomas, J.-C., Berger, F., Jacquier, M., Bernillon, D., Baud-Grasset, F. Truffaut, N., Normand, P., Vogel, T.M., et Simonet, P. 1996. Isolation and characterization of a novel gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium. J. Bacteriology ( IF=3.9) 178:60496055. 28. Ganaye, V.A., Keiding, K.K., Vogel, T.M., Viriot, M.-L. et Block, J.-C. 1997. Evaluation of soil organic matter polarity by pyrene fluorescence spectrum variations. Environmental Science and Technology ( IF=3.5) 31:2701-2706. 29. Nalin, R., Simonet, P., Vogel, T.M., et Normand, P. 1999. Rhodanobacter lindaniclasticus gen. Nov., sp. Nov., a lindane-degrading bacterium. International Journal of Systematic Bacteriology (IF = 3.0), 49 :19-23. 30. Richard, J-Y, et Vogel, T.M. 1999. Characterization of a soil bacterial consortium capable of degrading diesel fuel. International Biodeterioration & Biodegradation (IF=0.6). 44 :93-100. 25 31. Amellal, N., Portal, J.-M., Vogel, T.M., Berthelin, J. 2001. Distribution and location of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) and PAH-degrading bacteria within polluted soil aggregates. Biodegradation ( IF=2.0), 12:49-57. 32. Demanèche S., Bertolla F., Buret F., Nalin R., Sailland A., Auriol P., Vogel T.M. and Simonet P. 2001. Laboratory-scale evidence for lightning-mediated gene transfer in soil. Applied Environmental Microbiology (IF=3.35) 67: 3440-3444. 33. Kay E., Bertolla F. Vogel T.M and Simonet P. 2002. Opportunistic colonization of Ralstonia solanacearum-infected plants by Acinetobacter sp. and its natural competence development. Microbiol.Ecol.43:291-297. 34. Kay E., Vogel T. M., Bertolla F., Nalin R. and Simonet P. 2002. In situ transfer of antibiotic resistance genes from transgenic (transplastomic) tobacco plants to bacteria Applied Environmental Microbiology (IF=3.35) 68: 3345-3351. 35. Ceccherini, MT., Poté, J., Kay, E., Tran Van, V., Maréchal, J., Pietramellara, G., Nannipieri, P., Vogel, T.M., Simonet, P. 2003. 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Détermination de la fréquence et ème identification de bactéries du sol potentiellement réceptrices d’ADN de plantes transgéniques. 6 Rencontres Plantes – Bactéries. 11-15 janvier 2004, Aussois, France. Poster. Herrera A, Sanguin H,Grundmann G, Nesme X, Bally R , Simonet P, Vogel TM, Navarro E. Microarray technology for environmental technology. Workshop in "Array-Technology", COST Action 853. 25-25 Juin 2004, Ascona, Italie. Conférencière invitée, 20 min. anglais. Monier J.-M., D. Bernillon, Y. Dessaux, P. Simonet et T. M. Vogel. Frequency and identification of th potential transplastomic plant DNA recipients among plant-associated bacteria. 10 International Symposium on Microbial Ecology, Cancun, Mexico (Août 2004). Boubakri, H., Mavingui, P. Simonet, P.,et T. M. Vogel Remodelage génétique ou « DNA shuffling » d’un gène impliqué dans la voie de dégradation du Lindane. PNETOX Lyon 2004 Herrera A, Sanguin H,Grundmann G, Nesme X, Bally R , Simonet P, Vogel TM, Navarro E. 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VI Congrès de la Société Française de Microbiologie. 10-12 mai 2004, Bordeaux France. Conférence, 20 min., français. Cérémonie H., Buret ;, Auriol Simonet P. et T.M. Vogel. Gene transfer with lightning competent soil th bacteria. 10 International Symposium on Microbial Ecology, Cancun, Mexico (Août 2004). 37 Herrera, A., Sanguin, H., Nesme, X., Grundmann, G. et T. M. Vogel, I. Navarro Strategy to design oligonucleotides for Microarray Development and Exploration of Extreme th Environments 10 International Symposium on Microbial Ecology, Cancun, Mexico (Août 2004). Navarro E., Herrera A, Héry M, Simonet P, Vogel TM. Does human activity create extreme th environments? 10 International Symposium on Microbial Ecology, ISME10. 21-28 Août 2004, Cancun, Mexique. Conférence 20 min. anglais. Sanguin H, Herrera A, Navarro E, Moënne-Loccoz Y, Vogel TM, Simonet P, Nesme X, Grundmann th G. Development of a 16S oligonucleotide microarray for evaluating bacterial diversity in soil. 10 International Symposium on Microbial Ecology, ISME10. 21-28 Août 2004, Cancun, Mexique. Conférence 20 min. anglais. Boubakri, H., Beuf, M. Simonet, P.,et T. M. Vogel Bacterial adaptation and DNA Shuffling of a novel th gene evolved in degrading pathway of a xenobiotic compound. 10 International Symposium on Microbial Ecology, Cancun, Mexico (Août 2004). Fall S., Mercier A., Perrière G., Prior P., Vogel T.M., Simonet P., Bertolla F. Evaluation of genomic evolution of Ralstonia solanacearum by natural transformation and hypermutation. ISME10. 21-28 Août 2004, Cancun, Mexique. Poster. Sanguin H, Herrera A, Navarro E, Moënne-Loccoz Y, Vogel TM, Normand P, Simonet P, Oger C, Nesme X, Grundmann G. Development of a 16S taxonomic microarray to Assess bacterial diversity in the maize rhizosphere. International Rhizosphere Congress. Septembre 2004, Munich, Allemagne. Poster. 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Transformation bactérienne in situ : une nouvelle approche pour l'isolement des gènes d'intérêt des ème Colloque d’Ecologie Microbienne. Obernai, France. 9-12 mai 2005. Conférence, bactéries du sol. 2 20 min. français. Sanguin H, Remenant B, Dechesne A, Simonet P, Vogel TM, Normand P, Nesme X, Moënne-Loccoz Y, Grundmann GL. Application d'une puce à ADN de type taxonomique (16S) pour l'analyse de la ème Colloque d’Ecologie Microbienne. Obernai, France. 9-12 mai 2005. communaute bactérienne. 2 Poster. Boubakri H, H Cérémonie, P Mavingui, P Simonet, TM. Vogel. Mechanisms of bacterial adaptation to th xenobiotic compounds, the case for lindane degradation. 8 Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. BAGECO-08. 26-29 juin 2005, Lyon. Conférence, 20 min. anglais. Fall S, F Bertolla, A Calteau, L Gueguen, X Nesme, TM Vogel, G Perrière, P Simonet. Detection of th hot-spots of recombination in Ralstonia solanacearum genome. 8 Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. BAGECO-08. 26-29 juin 2005, Lyon. Conférence, 20 min. anglais. 38 Herrera A, Héry, Fall S, N Helassa, P Simonet, TM Vogel, E Navarro . Adaptation of bacterial th communities to nickel rich serpentine soils: a metagenomic approach. 8 Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. BAGECO-08. 26-29 juin 2005, Lyon. Conférence, 20 min. anglais. Costechareyre D., Portier P., Bertolla F., Chapulliot D., Vogel TM, Nesme X. Genome and gene th diversity, and sexual isolation. 8 Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. BAGECO-08. 2629 juin 2005, Lyon. Poster. , Portier P. Costechareyre D., Lerondelle C., Thioulouse J., Perrière G., Vogel T.M., Nesme X. th Unmasking genes involved in genomic species delineation. 8 Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. BAGECO-08. 26-29 juin 2005, Lyon. Poster. Lombard, J Madic, E Kay, P Pujic, P Mavingui, R Nalin, TM Vogel, P Simonet. Development of th inducible suicide selection system. 8 Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. BAGECO-08. 26-29 juin 2005, Lyon. Poster . Monier JM, D Bernillon, Y Dessaux, P Simonet ,TM Vogel. Frequency and identification of potential th transplastomic plant dna recipients among plant-associated bacteria. 8 Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. BAGECO-08. 26-29 juin 2005, Lyon. Poster. Pontiroli A, JM Monier, MT Ceccherini , J Pote , E Kay, F Poly, P Nannipieri, TM Vogel, P Simonet. Long term persistence of dna naturally released in soil from transplastomic tobacco plants as th assessed by real time pcr and bacterial transformation. 8 Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. BAGECO-08. 26-29 juin 2005, Lyon. Poster. Sanguin H, Remenant B, Dechesne A, Vogel TM, Nesme X, Moënne-Loccoz Y, Simonet P, Grundmann GL. Application of a 16S taxonomic microarray to assess bacterial community diversity in the environment. BAGECO-08. 26-29 juin 2005, Lyon. Poster. Costechareyre D, P Portier, D Chapulliot, C Lerondelle, V Daubin, TM Vogel, X Nesme. 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Horizontal gene transfer regulation in bacteria as a “spandrel” of DNA repair mechanisms Fall, Guidot, Mercier, Bertolla, Calteau, Gueguen, Perrière, Prior, Vogel, Simonet 9th symposium on bacterial genetics and ecology (BAGECO-9), Wernigerode, Allemagne. oral. The “omics” fate of microbial ecology. 9th symposium on bacterial genetics and ecology (BAGECO-9), Wernigerode, Allemagne. Invited keynote oral. Electricity producing bacterial community structures in microbial fuel cells Monier, Liard, Haddour, Simonet, Buret, Vogel. 9th symposium on bacterial genetics and ecology (BAGECO-9), Wernigerode, Allemagne. oral. Gene shuffling: An in vitro simulator of bacterial adaptation David, Boubakri, Simonet, Vogel 9th symposium on bacterial genetics and ecology (BAGECO-9), Wernigerode, Allemagne. Poster. M. Frenea-Robin, J. Laforet, G. Robin, B. Le Pioufle et L. Nicolas. Selecting an electrode structure for cell sorting by differential dielectric affinity. IEEE EMBC, août 2007 Prospecting for nickel resistant determinants in a soil metagenome from New Caledonia Fall, Simonet, Vogel, Navarro. Conférence Jacques-Monod, Environmental Genomics : from individual genomes to genomes of complex community, 9 –14 juin 2007, Roscoff Métagénomique fonctionnelle des communautés bactériennes du sol Fall, Simonet, Vogel, Navarro. Troisième colloque AFEM d’Ecologie Microbienne, 15- 18 octobre 2007, La Grande Motte, poster. Résistances bactériennes aux antibiotiques dans les sols. Demanèche, Poté, Sanguin, Bernillon, Mavingui, Wildi, Vogel, Simonet. Troisième colloque AFEM d’Ecologie Microbienne, 15- 18 octobre 2007, La Grande Motte, poster. Bacterial adaptation Invited talk, Berkeley USA 15 octobre 2007 J-Y.Richard, C.Curvers, *E.Dugat-Bony, C.Biderre-Petit, P.Peyret, *D.Fitouchi, B.Maréchal, F.Lagarde, N.Jaffrezic, G.Perchet, J.Troquet, M.David, T.Vogel Evaluation et Développement du Traitement Anaérobie des Nappes Polluées par les Solvants Chlorés (EVASOL). 2èmes Rencontres nationales de la Recherche sur les sites et sols pollués : pollutions locales et diffuses (ADEME, Paris, France / 20 et 21 Octobre 2009)* Organisation de colloques ou workshops internationaux 40 Nesme X., Bertolla F., Grundmann G., Mavingui P., Navarro E., Simonet P., Vogel T.M. Comité st d'organisation du 1 International Symposium on Antimicrobial Resistance in Animals and the Environment. ARAE-2005 (http//www.arae2005.fr). Colloque de restitution de l'AIP transversalité INRA 253"Utilisation raisonnée des antibiotiques en élévage", SA et SPE. 23-25 février 2005, Lyon. Initiateur du colloque et président du comité d'organisation scientifique (130 participants, 20 nationalités). Vogel T.M. Simonet, P., Bertolla F., Grundmann G., Mavingui P., Navarro E., Nesme X., Comité th d'organisation du 8 Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. BAGECO-08. 26-29 juin 2005, Lyon. Président du comité d'organisation scientifique (400 microbiologistes). Vogel, T.M. and Simonet, P. Scope MicroEnGen III conference 30 nov – 2 dec 2007. Président du comite d’organisation scientifique. Simonet, P. and Vogel, T.M. Launching the International Soil Metagenome Consortium, 13-14 déc 2008, Lyon, France. Co-Président du comité d’organisation scientifique. Colloque Génomique Environnementale Lyon 2011 organisé par le RTP-GE de l’INEE-CNRS et Réseau Ecologie Microbienne de l’INRA (28 au 30 novembre 2011), Ecole Centrale de Lyon, Ecully. Participation et présentations à des colloques ou séminaire comme invité: Metagenomic 2008, San Diego, Californie, USA 3 nov 2008 Clermont Ferrand 2008 Scope MicroEnGen III, Lyon, France december 2007 Bacterial adaptation Invited talk, Berkeley USA 15 octobre 2007 Petrobras, Riio de Janerio, Brésil, août 2007 Université Fédérale de Santa Catarina, Florianopolis, Brésil juillet 2007Université de Uppsala, Sweden mai 2007 Université de Californie Berkeley, Berkeley, CA, USA oct 2007 Université de Lausanne Symposium Microbiologie Environnementale Lausanne Suisse nov 2006 EU Workshop on Ecology Genomics, Wageningen, Pays Bas, fév 2006 European Bioremediation Conference Keynote Lecture and Chair, juillet, 2005 SCOPE Environmental Genomics, Shanghai, Chine, juin 2005 Biotechnologie en Chine « Both sides of the Strait » Tian Jian, sept 2004 US-EU Taskforce on Environmental Biotechnology, Rockville Maryland USA, mars 2004 European Geophysical Union, Nice, avril, 2004 Specialist group on Gene Ecology, Hannovre, décembre, 2003 The impact of genetically modified plants (GMPs) on microbial communities, Tromso, mai 2003 Fate of Transgenes in Soil, Institut of Genetically Modified Organisms, Vienna, sept 2002 Microbiology of Hydrocarbons : State of the Art and Perspectives, Paris, juin 2002 (chair) QSARs in Environmental Science, ECETOX, Lisbon, mars 2002 Biodégradation anaérobie et aérobie, Technologisch Institut, Anvers Belgique, oct 2001 In situ and On-site Bioremediation Conference, San Diego, California, USA, avril 2001 (chair) Première Réunion Française de Chimie Environnementale. Nancy (chair) Biodégradation des solvants chlorés. Technologisch Institut, Anvers Belgique, nov 2000 In situ and On-site Bioremediation Conference, San Diego, California, USA, avril 1999 (keynote) Ecole Des Mines Paris, France, mars, 1999 Recalcitrant and Chlorinated Compounds Symposium, Monterrey, California, USA, mai, 1998 Société Française de Microbiologie, Lille, France, avril, 1998 Ecole Des Mines Paris, France, mars, 1998 NATO CCMS Conference on Reactive Barriers, Vienna, Austria, février, 1998 In Situ and On-Site Bioreclamation, Session Chair, New Orleans, USA mai, 1997 L'Ecole des Mines, Paris, mars 1997 L'Ecole des Mines, Paris, mars 1996 In Situ and On-Site Bioreclamation, Session Chair, San Diego, CA, USA, avril, 1995 L'Ecole des Mines, Paris, mars 1995 Earthcare Conference, Toulouse, novembre, 1994 INSA Toulouse, Toulouse, septembre 1994 Centre de Bouchet, L'OTAN, Petit le Vert, juin 1994 SCOPE Workshop and Symposium on Soil Pollution, Prague, Czech, juin 1994 41 Université de Paris 7, Paris, mars 1994 L'Ecole des Mines, Paris, mars 1994 EAWAG, Swiss Federal Institute of Technology, Dubendorf, Switzerland, mars 1994. Université de Amsterdam, Amsterdam, Pays-Bas, janvier 1994 Université de Grenoble I, Grenoble, juin 1993 In Situ and On-Site Bioreclamation Symposium, San Diego, CA, USA, avril 1993 Centre de Recherche à Vitry, Rhône-Poulenc Rorer, Vitry, octobre 1992 Gordon Research Conference, New London, NH, USA juillet 1991. Swiss Federal Institute of Technology, Dubendorf, Switzerland, juillet, 1991. Groundwater Research Institute, Université de Waterloo, Waterloo, Canada, juin 1991. General Electric Company, Schenectady, NY, USA mai 1991. Department of Microbiology, Wageningen Agricultural Université, Wageningen, Netherlands, mai 1991. Department of Ocean Sciences, Texas A&M Université, Galveston, TX, USA avril 1991. In Situ and On-Site Bioreclamation Symposium, San Diego, CA, USA mars, 1991 Department of Molecular Biology, University of Wyoming, USA février 1991. ASCE, Southeastern Branch, Michigan Section, janvier 1991. National Council of the Paper Industry for Air and Stream Improvement, Dearborn, MI, septembre 1990. NIEHS Superfund Research Center, East Lansing, MI, juin 1990. Lawrence Livermore National Laboratory, Livermore, CA, mai 1990. United States Geologic Survey, Denver, CO, février 1990. Dow Chemical Company, Midland, MI, février, 1990. Engineering Society of Detroit, Sanitary Landfill Design Course, Ann Arbor, MI, décembre 1989. Agronomy Society of America, Annual Meeting, Symposium on Soil Remediation, Las Vegas, NV, octobre, 1989. Gray Freshwater Biological Institute, Symposium on Microbial Ecology and Biodegradation, Navarre, MN, juillet 1989. Department of Civil and Mineral Engineering, Université de Minnesota, Minneapolis, MN, mai,1989. New York University Medical Center, New York, NY, mars, 1989. American Geophysical Union, Annual Meeting, San Francisco, CA, décembre, 1988. American Water Works Association, Annual Meeting, Orlando, FL, juin, 1988. American Society for Microbiology, Annual Meeting, Miami Beach, FL, mai, 1988. School of Public Health, Université de California à Los Angeles, Los Angeles, CA, mars, 1986. Civil Engineering Department, Stanford Université, Stanford, CA. Guest lecturer, février 1985, 1986. Water Microbiology. Geology Department, Stanford Université, Stanford, CA. Winter, 1981. Guest lecturer, février, 1981. Organic Geochemistry. Principaux contrats récents ou en cours Communauté Européenne ème 1. 5 Programme RTD. TRANSBAC: Gene Flow from Transgenic Plants: Evaluation and Biotechnology. (2002-2004). Responsable et Coordinator du programme: T.M. Vogel. ème Programme RTD. METACONTROL (2003-2005). 2. Communauté Européenne 5 Responsable: T.M. Vogel. 3. Marie Curie Initial Training Networks (ITN) Call: FP7-PEOPLE-2011-ITN (2012-2015) Titre: TRAINBIODIVERSE “Training for functional soil microorganism biodiversity Coordination : Pr Soren Sorensen (Université de Copenhague). Partenaire : Timothy M. Vogel Ministère de la Recherche et ANR : 1. Programme GenHomme. Projet Génotube (2003-2005). Responsable: T.M. Vogel 2. Programme de recherche du BRG, Rôle du transfert des gènes dans l'adaptation microbienne aux composés xénobiotiques. (2001-2003). Responsable T.M. Vogel 3. Ministère de l'Environnement, PNETOX, Adaptation microbienne aux composés xénobiotiques. Responsable: T.M. Vogel 4. « Pôles Emergents » PALSE-2013 Intitulé du projet : MaPCoD. Matériaux et procédés à faibles impacts environnementaux pour une construction durable 42 Responsable scientifique: Hervé Di Benedetto, Laboratoire de Tribologie et Dynamique des Systèmes (LTDS). Partenaire : Timothy M. Vogel NEEDS CNRS-ANDRA-IRSN-EDF. Projet Fédérateur NEEDS-ENVIRONNEMENT. TITRE DU PROJET : Analyse métagénomique en environnement contaminé par des radionucléides : Exploration de la diversité des gènes fonctionnels en fonction des conditions géochimiques Responsable scientifique : Timothy Vogel Institut Polaire IPEV, programme CHIMERPOL III, 2011-2014 (financement logistique Ampère et LGGE). Ce programme finance les études de terrain en Arctique. Timothy M. Vogel ADEME. Développement de Bio-indicateurs de l’état sanitaire du sol, basés sur le profil taxonomique de la communauté bactérienne tellurique définie par hybridation sur « puces à ADN ». (2004-2007). Responsable: T.M. Vogel. Région Rhône-Alpes. Programme de recherche EMERGENCE de la région Rhône-Alpes. Adaptation bactérienne aux composes xénobiotiques et antibiotiques (2002-2005) Responsable T.M. Vogel Thématique: Sciences analytiques appliquées (2004-2006). Les communautés microbiennes outils d’analyse du potentiel biologique des sols. Responsable: T.M. Vogel. CIBLE 2011, CREATIVITE – INNOVATION – PROJETS BLANCS Titre : « Analyse fonctionnelle par approche métaprotéomique des communautés bactériennes impliquées dans la bioremédiation d'environnements pollués par des composés chlorés. » Coordinateur : Timothy M. VOGEL Brevets R. Nalin, S. Demanèche, F. Bertolla, F. Buret, P. Auriol, T.M. Vogel, P. Simonet. 2001. Methods of creating genetics diversity. N° 01401944.2-2105. Brevet JM Monier, N. Haddour and T.M. Vogel. 2008. Production d’un biofilm sur electrode pour un biopile. Brevet 08 53441 EPS ° 01401944.2-2105 Methods of creating genetics diversity. N. Français: 98 13481 Technologie par les plantes pour la réhabilitation des sols et sédiments contaminés par les métaux 98 13482 Utilisation de palladium greffé ou fixé sur des zéolites, pour la dégradation des composés organiques chlorés des nappes phréatiques, et procédé correspondant de traitement des nappes 98 13483 Procédé utilisant du fer non-zéro valent comme barrière pour le traitement de la nappe phréatique, et nouvel agent de traitement correspondant 98 13484 Procédé de bioaugmentation aérobie pour le gamma-hexachlorocyclohexane 98 13485 Phytoremediation des sols contaminés par des hydrocarbures 98 13486 Procédé de bioremediation séquentielle aérobie et anaérobie des polychlorobiphényles (PCBs) 43
