French version of cv - Environmental Microbial Genomics

CURRICULUM VITAE
TRAVAUX ET PUBLICATIONS
VOGEL
Timothy M.
Professeur classe 1
Université Claude Bernard Lyon1
Date de naissance : 05/06/1956
Section 67

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Sommaire
RÉSUMÉ DES ACTIVITÉS D’ENSEIGNEMENT ET DE RECHERCHE .............................................. 3
Enseignement ................................................................................................................................ 3
Recherche ..................................................................................................................................... 3
CURRICULUM VITAE COURT ............................................................................................................. 6
Formation et titres universitaires ................................................................................................... 6
Expérience professionnelle ........................................................................................................... 7
CURRICULUM VITAE ........................................................................................................................... 8
Renseignements personnels ......................................................................................................... 8
Titres universitaires ....................................................................................................................... 8
Distinctions .................................................................................................................................... 8
EXPÉRIENCE PROFESSIONNELLE .......................................................................................................... 9
Expérience de recherche et d’enseignement ................................................................................ 9
Participation à des sociétés savants ........................................................................................... 12
Participation au comité de lecture des journaux ......................................................................... 12
Participation au comité de lecture de projets de recherche pour les organismes ...................... 12
ACTIVITÉS D’ENSEIGNEMENT .............................................................................................................. 12
Cours : ......................................................................................................................................... 12
Développement d’un programme de DEA et de doctorat et conseils aux étudiants ................... 12
Développement de cours nouveaux ............................................................................................ 13
Encadrement et participation à des Jurys de Thèse et d’Habilitation à Diriger des Recherches 13
Encadrement des étudiants DEA ................................................................................................ 17
Encadrement des étudiants (hors thèse et DEA) ........................................................................ 17
RECHERCHE À L’UNIVERSITÉ DE STANFORD UNIVERSITY ET AUX UNIVERSITÉS DE MICHIGAN .................. 20
Les effets des composés xénobiotiques sur l’écologie microbienne .......................................... 20
Les voies métaboliques de dégradation des xénobiotiques : .................................................... 20
Applications pratiques (bioréacteurs, systèmes experts, modélisations mathématiques) .......... 20
Dépollution du sol ........................................................................................................................ 20
Sources des financement aux universités de Michigan .............................................................. 21
RECHERCHE ET RESPONSABILITÉS À RHÔNE-POULENC ........................................................................ 21
Collaborateurs universitaires français et CNRS : ........................................................................ 21
RECHERCHE À L’UNIVERSITÉ CLAUDE BERNARD (LYON I) ..................................................................... 22
LISTE DE PUBLICATIONS, RESPONSABILITÉS DES COLLOQUES ET CONTRATS ........................................ 24
Publications (avec comité de lecture) .......................................................................................... 24
Livres (ou Chapitres) ................................................................................................................... 31
Articles de vulgarisation .............................................................................................................. 31
Ouvrages collectifs et publications dans les actes de congrès ................................................... 31
Communications présentées à des Colloques ............................................................................ 33
Participation et présentations à des colloques ou séminaire comme invité: ............................... 41
Principaux contrats récents ou en cours ..................................................................................... 42
Brevets ........................................................................................................................................ 43

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Résumé des Activités d’Enseignement et de Recherche
Enseignement
Les activités d'enseignement et d'administration ont commencé à l’université de Stanford en 1980
entant que chercheur pour le gouvernement américain. Pendant mon doctorat, j’ai enseigné la
microbiologie environnementale (cours magistraux et des travaux pratiques) à cette même université.
En 1987, j’ai été nommé professeur à l'université de Michigan State où j’étais responsable de
l’enseignement sur la microbiologie environnementale (développement des cours, gestion du
programme d’étude).
J’ai par la suite obtenu une chaire de professeur à l’université de Michigan (Ann Arbor MI USA) où
j’étais responsable d’une équipe d’une vingtaine de personnes (recherche, enseignement,
administration). Entre 1987 et 1992 j’ai donné 120 heures de cours (heures réels) par an. Pendant
cette période, j’ai pris la direction du DEA de « Environmental Science and Engineering » et du
programme de doctorat (recrutement, bourses, rapports des comités de suivi, habilitations, ..). En
plus de la responsabilité du DEA et du doctorat à l'université de Michigan, j'ai participé à des comités
universitaires de recherche, de recrutement, des bourses, et j'ai représenté l'université auprès des
diverses institutes extérieures.
En 1992 j’ai accepté un poste chez Rhône-Poulenc tout en continuant à donner des cours (l’École
Nationale Supérieur des Mines à Paris et à INSA TOULOUSE).
Depuis novembre 2000, je suis Professeur dans l'UFR de Biologie à l'université Claude Bernard
(LYON1). J’ai donné environ 200 heures (en équivalent TD) à la MST Chimie et Biologie Végétales,
MSE (Environnement), Maîtrise Biologie de Populations et Ecosystèmes et DU des Fruits et
Légumes à l'IUT de Biologie (UCB LYON1) jusqu’ à démarrage du système « LMD ». J’ai participé
au projet du plaquette et site web pour les stagiaires du UFR de Biologie. Dans le système LMD, je
suis responsable de trois UE : Biotechnologie pour l’Environnement (M1), Microbiologie de
l’Environnement (L3) et Microorganismes et Environnement, Gestion des Risques (eaux, sols,...) (M2
Pro). Au cours de l’année scolaire 2004-2005, j’ai pris le relais en étant responsable du Master Pro
de Microbiologie Appliquée à l’Agroalimentaire au Biomédical et à l’Environnement. De plus cette
année (2006-2007), je donne des cours aux étudiants à l’Ecole Centrale de Lyon qui n’ont pas eu
beaucoup accès à la biologie appliquée auparavant.
Recherche
Depuis 1980, mes travaux de recherche portent, sur l’écologie microbienne et plus particulièrement
sur les interactions entre les microorganismes et les composés xénobiotiques. Mes travaux
s’orientent vers les mécanismes d'adaptation des bactéries aux composés xénobiotiques. La
méthodologie utilisée pour résoudre ces problèmes est une approche à trois niveaux : l’observation,
l’expérimentation et la modélisation.

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J’ai tout d’abord travaillé comme chercheur pour le gouvernement américain en étudiant l’écologie
microbienne des sédiments marins (2 publications). Ensuite, j’ai terminé mes études (doctorales) à
l'université de Stanford, durant lesquelles j’ai publié une dizaine d’articles traitant des différentes
voies de dégradation des composés xénobiotiques comme les solvants chlorés.
En 1987, je suis nommé Professeur à l’université de Michigan State où j’ai co-créé Centre National
d’Ecologie Microbienne (US National Science Foundation Center for Microbial Ecology). J’ai par la
suite obtenu une chaire de professeur à l’université de Michigan (Ann Arbor MI USA), et créé une
équipe de chercheurs et enseignants tout en continuant à collaborer avec le Centre National
d’Ecologie Microbienne. Pendant cette période j’ai étudié les mécanismes microbiens de dégradation
et les effets des composés xénobiotiques sur les communautés microbiennes. A l’université de
Michigan, j’ai dirigé 5 thèse (dont 4 qui sont actuellement devenus eux-mêmes professeurs).
En 1992, pendant ma première année sabbatique accordée par l’université du Michigan, je suis venu
en France au sein du Département de Sécurité et Environnement de Rhône Poulenc Industrialisation
(Décines) en tant qu’expert environnemental. J’étais chargé de gérer les programmes de recherche
interne, de diriger le laboratoire d’écotoxicologie (12 personnes) et de gérer les projets de recherche
en collaboration avec les universités et les chercheurs du CNRS.
Durant 2 ans, j’ai mené en parallèle mon travail de professeur à l’université du Michigan et mes
différents activités dans le groupe Rhône-Poulenc. En 1994, j’ai quitté mon poste de professeur pour
pouvoir m’investir pleinement chez R.P. Ainsi mes responsabilités au sein du groupe se
développèrent avec quelques grands projets comme la biodégradation intrinsèques des composés
xénobiotiques, la biodégradation des effluents contaminés et la création de nouvelles techniques de
traitement des sols pollués.
Depuis novembre 2000, je suis professeur à l’université de Claude Bernard (LYON 1). J’ai participé
à l'équipe d'Adaptation et Transfert de Gènes (dans l’UMR 5557) entre 2000 et 2007, dirigé trois
postdoc, et trois thésards et j’ai collaboré à plusieurs sujets de recherche avec mes collègues (voir
les publications faits ensemble). Depuis mon arrivée à l’université, j’écrivais plusieurs propositions au
niveau nationale dont plusieurs sont déjà acceptés (2 de PNETOX et BRG, et GENOTUBE), région
(2 projets acceptés EMERGENCE et PUCES à ADN) et, je étais coordinateur d’un projet
européenne sur les plantes transgéniques « TRANSBAC » qui a commencé en janvier 2002 et
participant dans un autre projet européenne METACONTROL sur les sols suppressives qui a
commencé en 2003. En 2004, j’écrivais une proposition ADEME aussi sur les puces à ADN. Avec
mes expériences antérieurs et la compétence du laboratoire d’Écologie Microbienne, je travail
actuellement sur les adaptations microbiennes aux composés xénobiotiques et antibiotiques et sur le
transfert de gènes. Depuis mon arrivée à l’université Claude Bernard Lyon 1, j’ai publié 70 articles.
En 2007, notre groupe de recherche a déménagé à l’École Centrale de Lyon pour améliorer notre
interaction avec des ingénieurs.

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Mes travaux se sont concrétisés par
- la publication de 100 articles scientifiques (indice H=36)
- la rédaction de 2 livres
- la direction de 15 thèses
- la direction de programmes de Master et doctorat
- plus que 2500 heures enseignés
- plus de 150 communications à des colloques
- la participation des comités de lecture des journaux scientifiques et des organismes de financement
de la recherche (Science, Appl Environ Microbiol., FEMS, NSF (US), EU...)
- Rédacteur en Chef du journal « European Journal of Soil Biology »
- plus de 100 participations à des colloques ou séminaire comme invité