A. Les micro-organismes du sol

Ecologie microbienne - 1 -
Cours de microbiologie 2nde CSS / M. Mercier
Ecologie microbienne
Séance 1 : Les milieux de vie des micro-organismes
Objectifs
1. Énoncer les flores présentes dans le sol, l’eau, l’air les aliments
2. énoncer le rôle de ces différentes flores
A. Les micro-organismes du sol
Le rôle fondamental des micro-organismes présents dans le sol est le recyclage de la
matière organique. Les bactéries présentes dans le sol assurent sa fertilisation.
Le sol est peuplé de 3 sortes de flores spécialisées :
 la flore de décomposition : constituée de bactéries et de champignons permet la
transformation de la matière organique morte (ex : débris de végétaux) en humus
qui fertilise les sols
 La flore de minéralisation : constituée surtout de bactéries, transforme l’humus en
éléments minéraux simples, en particulier en nitrates assimilés par les plantes pour
leur croissance.
 La flore fixatrice d’azote atmosphérique : les racines des légumineuses (trèfle,
soja,…) présentent au niveau de leurs racines des nodosités qui contiennent des
bactéries capables de fixer le diazote de l’air et de le transformer en nitrates
assimilables par les plantes
B. Les micro-organismes de l’eau :
La flore des eaux est composée de protozoaires, d’algues de mycètes, de bactéries qui
font partie du plancton et de virus.
Ces micro-organismes permettent l’autoépuration des eaux en éliminant la pollution
naturelle grâce à la décomposition permanente des matières organiques présentes en
ions minéraux.
CHAINE ALIMENTAIRE :
Débris de végétaux (feuilles mortes,
brindilles), cadavres d’animaux
Forment la litière
HUMUS
HUMUS
NITRATES
Cellules mortes provenant de
cadavres animaux et végétaux,
de déchets organiques
Substances organiques
Ions minéraux
Assimilation par les algues
et plantes aquatiques
Alimentation des petits
animaux aquatiques
herbivores
Alimentation des animaux plus
gros carnivores
DIAZOTE de l’air
NITRATES

Ecologie microbienne - 2 -
Cours de microbiologie 2nde CSS / M. Mercier
C. Les micro-organismes de l’air
L’air n’est pas un milieu favorable à la multiplication microbienne.
L’air joue le rôle de transporteur (de vecteur) dans la transmission de certains micro-
organismes.
Les micro-organismes sont véhiculés par les poussières et les microgouttelettes.
On rencontre le plus souvent des bactéries et des mycètes.
D. Les micro-organismes des aliments
De nombreux micro-organismes sont présents sur les aliments frais (viande, poisson,
lait, fruits et légumes…) ils représentent la flore alimentaire.
La flore alimentaire est composée de :
 La flore d’altération
 La flore utile
a) La flore d’altération :
 Certains micro-organismes, sans danger pour le consommateur, modifient l’aspect
et les qualités organoleptiques (goût, odeur…) de l’aliment.
Ils sont responsables de la décomposition de l’aliment.
Ex : le pain moisit, le poisson prend une odeur d’ammoniaque, les fruits et légumes
ramollissent…
 Des micro-organismes pathogènes peuvent aussi coloniser les aliments.
Ils peuvent se multiplier dans l’organisme et provoquer des troubles. Il s’agit
d’une MIA : maladie infectieuse alimentaire (gastro-entérite à salmonelle,
hépatite A, …)
Ils peuvent fabriquer une toxine dans l’aliment. Cette toxine va être responsable
des troubles qui se manifestent. Il s’agit d’une TIA : toxi-infection alimentaire
(listériose, botulisme…)
b) La flore utile :
Certains micro-organismes permettent d’obtenir des produits alimentaires tels que les
yaourts, les fromages, le vin, le cidre, la bière, le pain, le saucisson sec…
Les micro-organismes sont introduits dans l’aliment de départ, l’aliment est alors placé
dans des conditions particulières (température, teneur en eau, pH, présence d’air ou
non…) il acquiert alors des propriétés organoleptiques nouvelles grâce à la multiplication
microbienne.
Ce sont des bactéries ou des champignons qui assurent ce processus de transformation
appelé fermentation
Exemple : la fermentation lactique :
Lactose du lait
Acide lactique
(yaourt, choucroute…)
Lactobacillus bulgaricus,
Streptococcus thermophilus

Ecologie microbienne - 3 -
Cours de microbiologie 2nde CSS / M. Mercier
Ecologie microbienne
Séance 2 : Les relations des micro-organismes avec leurs milieux
de vie
Objectif général:
Présenter les relations des micro-organismes avec leurs milieux de vie
objectif 1 : énoncer les différentes relations possibles d’un micro-organisme
avec son milieu
il existe plusieurs types de relations entre un micro-organisme et son milieu :
 Le saprophytisme,
 La symbiose
 Le parasitisme
 Le commensalisme
Objectif 2 définir les différentes relations des micro-organismes avec leur milieu
 Le saprophytisme :
 La symbiose :
 Le parasitisme :
 Le commensalisme