Les infections intestinales
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BTS ABM MICROBIOLOGIE (E4 – U42) AFBB Page 1 BTS BLANC 2010 Les infections intestinales 1. Les infections virales (10 points) 1.1. Microscope électronique : les virus sont trop petits pour être visibles en microscopie optique (50 nm sur le document 1). 1.2. (1 point) molécules impliquées dans la reconnaissance des cellules cibles : spicules virus non enveloppé : génome + capside + spicules (sur la capside) (1,5 point) virus enveloppé : enveloppe phospholipidique (+ spicules de glycoprotéines) + protéines de matrice + capside + génome (éventuellement une enzyme) 1.3. (2,5 points) famille Herpesviridae : HSV-1 ; HSV-2 ; VZV ; CMV ; EBV famille Hepadnaviridae : virus de l’hépatite B famille Retroviridae : HIV ; HTLV famille Orthomyxoviridae : virus de la grippe (Influenza) 1.4. (1 point) Symétrie hélicoïdale : nucléocapside en hélice (les protomères forment un cylindre autour du génôme ; symétrie cubique (icosaédrique) : les protomères forment une structure polyédrique à 20 faces triangulaires. (2 points) 1.5. ARN monocaténaire de polarité positive : acide ribonucléique simple brin ayant une séquence nucléotidique identique à celle de l’ARNm. En présence d’une coiffe en 5’ et d’une « queue polyA » en 3’, il peut être directement traduit en protéines. (1 point) 1.6. L’ARN positif des rétrovirus en copié en ADN négatif puis en ADN double-brin par la reverse transcriptase (ou transcriptase inverse) dans le cytoplasme de la cellule hôte. L’ADN viral migre ensuite dans le noyau pour y être intégré dans le génome de la cellule hôte par une intégrase. Le HIV forme alors un provirus. 2. Les infections et intoxications d’origine bactérienne (42 points) 2.1. (4 points) BACTERIES GRAM POSITIVES Couche épaisse de peptidoglycane BACTERIES GRAM NEGATIVES Membrane externe composée de : Acides teichoïques - phospholipides Acides lipoteichoïques - lipopolysaccharides (LPS) - protéines (dont les porines) - lipoprotéines Substances polyosidiques facultatives Enzymes périplasmiques ou protéiques de Braun (liées au peptidoglycane) Couche fine de peptidoglycane dans l’espace periplasmique et enzymes périplasmiques BTS ABM MICROBIOLOGIE (E4 – U42) 2.2. - AFBB Page 2 BTS BLANC 2010 (2,5 points) réalisation d’un frottis sur une lame avec une suspension bactérienne ou un prélèvement (séchage, fixation à l’alcool ou par la chaleur) ; - coloration primaire au violet de gentiane (1 mn) et mordançage au lugol (1 mn) le cytoplasme de toutes les bactéries est alors violet ; - décoloration à l’éthanol pendant quelques secondes : les bactéries à paroi épaisse conservent le complexe violet-lugol mais les bactéries à paroi fine sont décolorées ; - après rinçage à l’eau, le frottis est contre-coloré avec de la fuchsine : les bactéries décolorées précédemment deviennent roses ; - lors de l’observation microscopique, les bactéries violettes sont dites « Gram + » ; les bactéries roses sont dites « Gram – ». 2.3. 2.3.1. composant : peptidoglycane. 1. pont interpeptidique ; 2. N-acétyl glucosamine ; 3. acide N-acétyl muramique ; 4 : pentapeptide 2.3.2. Fixation sur le dipeptide d’alalnine (2,5 points) (0,5 point) 2.4. 2.4.1. La transpeptidase catalyse la formation du pont interpeptidique. 2.4.2. Toutes les -lactamines (pénicillines, céphalosporines) (0,5 point) (1,5 point) 2.4.3. Résistance par production de -lactamase (inactivation de l’antibiotique) 2.5. (1 point) (4 points) 2.5.1. Une souche bactérienne est inoculée dans un milieu de culture liquide. La suspension obtenue est introduite dans des tubes (ou des puits) contenant différentes concentrations d’antibiotiques à tester. Généralement, deux concentrations sont soumises à l’essai : - une concentration « faible » c ou concentration critique inférieure (taux sanguin d’antibiotique obtenu pour une administration d’une dose normale) ; - une concentration « forte « C ou concentration critique supérieure (taux sanguin d’antibiotique obtenu pour une administration d’une dose forte) Après incubation, un trouble dans le tube (ou le puits) indique que le germe s’est développé malgré la présence de l’antibiotique ; un contenu limpide indique l’inhibition du germe par l’antibiotique. - si CMI < c, le germe est sensible ; - si CMI > C, le germe est résistant ; - si c < CMI < C, le germe est intermédiaire. 2.5.2. Témoin : culture dans les cupules, l’antibiogramme peut être lu. Vancomycine : culture aux concentrations c et C ; la souche est résistante (CMI > 16 mg/L). BTS ABM MICROBIOLOGIE (E4 – U42) AFBB Page 3 BTS BLANC 2010 2.6. 2.6.1. Entérotoxine : substance nocive (synthétisée par un micro-organisme) entrant dans l’organisme cible par les cellules épithéliales de l’intestin. (0,5 point) 2.6.2. Détection immunoenzymatique de l’entérotoxine staphylococcique : (2 points) 2.7. 2.7.1. ETEC : Escherichia coli entérotoxinogène EIEC : Escherichia coli entéroinvasif 2.7.2. Mécanismes physiopathologiques des ETEC : (1 point) (3 points) - ingestion d’aliments ou d’eau contaminés par un ETEC ; - adhésion de la bactérie sur la muqueuse intestinale grâce à ses pili (1) ; - libération de la toxine dans la lumière intestinale (2) ; - adhésion la toxine (par sa sous-unité B) sur un récepteur de l’entérocyte (3) ; - translocation de la sous-unité A de la toxine dans le cytoplasme de l’entérocyte (4) ; - hyperactivation de l’adényl cyclase de l’entérocyte : augmentation de la [AMPc] (5) ; - sortie massive d’eau et d’ions diarrhée et déshydratation (6). 2.7.3. Pouvoir invasif : capacité d’un micro-organisme à se développer dans les tissus de l’hôte. (0,5 point) 2.8. 2.8.1. Les antigènes de surface des micro-organismes sont mis en évidence par réaction d’agglutination avec des réactifs contenant généralement des billes de latex sensibilisées avec des anticorps dirigés contre les antigènes recherchés. (1 point) BTS ABM MICROBIOLOGIE (E4 – U42) AFBB Page 4 BTS BLANC 2010 2.8.2. O157 : antigène polyosidique de paroi (présent au niveau de la molécule de LPS) ; H7 : antigène protéique flagellaire (variabilité de la flagelline nombreux Ag H). (2 points) 2.8.3. (4 points) - Centrifugation de la culture de 3 heures en eau peptonée ; - Extraction de l’ADN chromosomique des bactéries ; - Amplification de l’ADN cible grâce à des amorces spécifiques ; - Migration du produit d’amplification sur gel d’agarose ; - Révélation des séquences amplifiées (par le bromure d’éthydium). - Interprétation : témoin négatif : pas de contamination (lecture possible) témoin positif : trois bandes (étalon interne, gènes stx1 et stx 2) E1 : deux bandes (étalon interne et gène stx1) E2 et E3 : deux bandes (étalon interne et gène stx2) E4 : une bande (étalon interne, pas de gène de pathogènicité) E5 : pas de bande non interprétable (l’étalon interne est absent) Conclusion : les patients 1, 2 et 3 sont infectés par un EHEC mais pas le patient 4 ; pour le patient 5, il faut recommencer l’analyse. 2.9. 2.9.1. Incidence : nombre de nouveaux cas d’une maladie pendant une période donnée rapporté à l’effectif de la population étudiée. (0,5 point) 2.9.2. (1 point) 2.9.3. (2 points) - Hétérotrophe vis à vis du carbone : la source de carbone est constituée de molécules organiques ; - Chimio(organo)trophes vis à vis de l’énergie : la source d’énergie est chimique (elle provient de réactions d’oxydation de substrats organiques). 2.9.4. Milieu Hektoen (3 points) protéose-peptone : source de C, N et acides aminés ; extrait de levure : source de facteurs de croissance ; lactose, saccharose et salicine : source de C et d’énergie (substrats osidiques dont on teste l’utilisation grâce à la présence du bleu de bromothymol, indicateur coloré de pH) ; citrate d’ammonium : BTS ABM MICROBIOLOGIE (E4 – U42) AFBB Page 5 BTS BLANC 2010 source de C et N ; thiosulfate de sodium : substrat précurseur de H2S dont la présence sera révélée grâce au citrate de fer ; sels biliaires et fuchsine acide : agents sélectifs ; NaCl : pression osmotique. Colonies de Salmonella : colonies bleues (car sucres -) à centre noir (car H2S +) ou sans centre noir (H2S -). 2.9.5. Test uréase : (2 points) - préparer 5 tubes contenant 0,2 mL de milieu urée-indole ; - dans chaque tube, introduire une colonie suspecte du milieu Hektoen ; - homogénéiser et incuber 2 heures à 37°C - lecture : uréase + si le milieu est rouge/rose (alcalinisation liée à l’hydrolyse de l’urée) ; uréase – si le milieu est resté orange. - Pour Salmonella : uréase négative. 2.9.6. (3 points) TEST Substrat Caractère Ortho-nitro-phénylONPG Résultats recherché Négatif Positif -galactosidase incolore jaune Lysine jaune/orange rouge/rose vert bleu D-galactoside Lysine LDC décarboxylase Citrate Utilisation du citrate CIT comme seule source de C 3. Les parasitoses d’origine intestinale (8 points) 3.3.4. « TOXO-HAI » : technique d'hémagglutination indirecte Des hématies sensibilisées avec des antigènes toxoplasmiques sont mises en présence de différentes dilutions du sérum d’une patiente. En présence d’anticorps en concentration suffisante dans le sérum, il y a agglutination ; dans le cas inverse, les hématies sédimentent au fond du puits. Le titre est l’inverse de la dernière dilution du sérum donnant une agglutination. Interprétation : les hématies non sensibilisées du puits n°12 n’agglutinent pas, la lecture est possible (car les autres témoins sont également validés). Le titre du sérum est 320 U.mL-1, cela montre la présence d'anticorps anti-toxoplasmiques chez la patiente.
