Chapitre 10 : Représentation spatiale des molécules Chapitre 10 : Représentation spatiale des molécules Compétences à acquérir : Reconnaître des espèces chirales à partir de leur représentation. Utiliser la représentation de Cram. Identifier les atomes de carbone asymétrique d’une molécule donnée. Reconnaître si des molécules sont identiques, énantiomères ou diastéréoisomères. Pratiquer une démarche expérimentale pour mettre en évidence des propriétés différentes de diastéréoisomères. Visualiser, à partir d’un modèle moléculaire ou d’un logiciel de simulation, les différentes conformations d'une molécule. Utiliser la représentation topologique des molécules organiques. Extraire et exploiter des informations sur : - les propriétés biologiques de stéréoisomères, - les conformations de molécules biologiques, pour mettre en évidence l’importance de la stéréoisomérie dans la nature. I Représentation des molécules I.1 Représentation topologique La représentation topologique ne fait apparaître ni les atomes de carbone, ni les atomes d'hydrogène liés aux atomes de carbone : y figurent uniquement les autres atomes et les liaisons autres que les liaisons C – H. A chaque extrémité d'un segment se trouve un atome de ………………………………., entouré des atomes d'hydrogène nécessaire pour que la règle …………………………………. soit satisfaite. I.2 Représentation de Cram La représentation de Cram permet de visualiser la structure tridimensionnelle des molécules. Les liaisons dans le plan de la feuille sont symbolisées par un trait simple, les liaisons en avant par un triangle plein et celles en arrière par un triangle hachuré. . La représentation de Cram est parfois utilisée sur une partie uniquement d'une molécule, afin d'indiquer la structure tridimensionnelle adoptée par un atome particulier et ses voisins. 1 Chapitre 10 : Représentation spatiale des molécules II Conformations d’une molécule Les conformations d'une molécule correspondent aux différentes dispositions spatiales adoptées par les atomes qui la composent. La rotation des groupes d'atomes autour de l' axe C – C est possible. La rotation autour des liaisons doubles n'est pas possible. En première approche, une conformation est d'autant plus stable que les atomes ou les groupes d'atomes les plus volumineux sont éloignés les uns des autres. Les conformations les plus stables correspondent aux plus bas niveaux d’énergie de la molécule. 2 Chapitre 10 : Représentation spatiale des molécules III Stéréoisoméries des molécules III.1 Définition Deux structures moléculaires dont l'enchainement des liaisons et des atomes est le même, mais qui diffèrent par la disposition des atomes dans l'espace, sont appelés stéréoisomères. Les stéréoisomères ont la même formule semi-développée. On distingue alors 2 types de stéréoisomères : • les stéréoisomères de conformation, on passe de l'un à l'autre en effectuant une rotation autour d'une ou plusieurs liaisons simples. • les stéréoisomères de configuration, on passe de l'un à l'autre en rompant et créant des liaisons. On distingue parmi les isomères de configuration les énantiomères et les diastéréoisomères. III.2 Les énantiomères Deux stéréoisomères de configuration images l'un de l'autre dans un miroir plan sont appelés énantiomères. Deux énantiomères sont forcément chiraux. La chiralité est la propriété d'un objet ou d'une molécule d'être non superposable à son image dans un miroir plan. On ne peut pas superposer les molécules de part et d’autre de la ligne pointillée, images l’une de l’autre dans un miroir, donc ces molécules sont des énantiomères. Si une molécule possède un unique atome de carbone asymétrique, alors elle est chirale. Dans une entité moléculaire, un atome de carbone est dit asymétrique s'il est lié à quatre atomes ou quatre groupes d'atomes différents. Il est parfois noté avec un astérisque (C*). 3 Chapitre 10 : Représentation spatiale des molécules Une molécule possédant un seul atome de carbone asymétrique est chirale, elle a donc une énantiomère : la molécule qui est son image dans un miroir. Les énantiomères ont les mêmes propriétés physiques (à part les propriétés optiques) mais des propriétés biologiques différentes. Un mélange équimolaire de 2 énantiomères est dit racémique. III.3 Les diastéréoisomères Les stéréoisomères qui ne sont pas énantiomères (ni des stéréoisomères de conformation) sont appélés diastéréoisomères. Les diastéréoisomères ont des propriétés chimiques et physiques différentes. III.3.a Diastéréoisomérie Z-E Contrairement à la simple liaison, la double liaison carbone-carbone ne permet pas de rotation autour de son axe. Les positions des groupes d’atomes autour de la double liaison carbone-carbone sont désignées par : - E lorsque les plus groupes d’atomes sont de part et d’autre de la double liaison, - Z lorsque les plus groupes d’atomes sont du même coté de la double liaison. Les isomères E et Z sont des diastéréoisomères. III.3.b Diastéréoisomérie due à plusieurs atomes de carbone asymétriques Exemple avec 2 atomes de carbone asymétriques. 4 Chapitre 10 : Représentation spatiale des molécules IV Propriétés biologiques des stéréoisomères Les molécules biologiques comme les protéines réagissent différemment avec les stéréoisomères d’une molécule de même formule semi-développée. Cela montre que la géométrie des molécules influence leur propriété chimique. Cas des molécules médicamenteuses : La plupart des médicaments sont utilisés sous la forme de leur racémique. C'est le cas par exemple des bétabloquants (comme le propranolol, Avlocardyl®) utilisés la plupart du temps sous leur forme racémique notamment comme agents anti-hypertenseurs et dont les énantiomères lévogyres sont beaucoup plus actifs que les énantiomères dextrogyres. Exemple 1 : Certains médicaments sont cependant et depuis longtemps utilisés sous la forme du seul de leurs stéréoisomères actifs. C'est le cas par exemple de la lévo dopa (Sinemet®), l'énantiomère lévogyre de la dopa, un précurseur de la dopamine utilisé dans le traitement de la maladie de Parkinson. Celle-ci, en effet, doit se présenter sous la même forme énantiomérique que la dopa naturelle et ce d'autant plus qu'elle doit, pour être transformée en dopamine, subir l'action d'une enzyme spécifique de la forme lévogyre : la dopadécarboxylase. Exemple 2 : L’ibuprofène existe sous deux formes, R et S, ce sont deux énantiomères. La forme S est a des propriétés anti-inflammatoires alors que la forme R est inactive. V Pour s’y retrouver dans les isomères Voir le diagramme « relations d’isomérie » du manuel Hachette, page 266. 5