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La lumière, généralement émise par un laser (et dans ce cas monochromatique), est
réfléchie par un miroir dichroïque vers la lentille objectif. L'objectif focalise le faisceau sur
l'échantillon en un « spot » dont la taille peut être réduite à un diamètre de 0,25 μm dans
un plan horizontal et 0,5 μm en profondeur. Un système de balayage (non représenté)
assure un déplacement du spot dans le plan horizontal et parfois vertical. La fluorescence
émise par l'élément éclairé retourne à travers l'objectif, traverse le miroir dichroïque et un
système (non représenté) de sélection de la bande de longueur d’onde à observer avant
d’atteindre le détecteur. Devant le détecteur, un diaphragme de très petite ouverture
(pinhole) ne laisse passer que la lumière émise par les éléments fluorescents présents
dans le plan focal : une grande partie de la fluorescence en provenance de plans situés au
dessus ou au dessous du plan focal (rayons lumineux représentés en pointillés) est
éliminée grâce au diaphragme du détecteur. La source lumineuse, le détecteur et le spot
éclairant l'échantillon sont dans le même plan focal, d'où l'appellation « microscope
confocal ».