Nadia El-Mabrouk
Alignement multiple
Plan
1. Introduction
2. Solution exacte pour l’alignement multiple
3. Heuristique bornée
4. Alignement phylogénétique
5. Heuristiques usuelles: Méthodes progressives
6. Heuristiques usuelles: Méthodes itératives
7. Heuristiques usuelles: Méthodes par point d’ancrage
1. Introduction
Généralisation de l’alignement de 2 séquences
Données: Un ensemble de séquence homologues (nucléotides ou
AA): S1, S2, …, Sk
Alignement multiple: Matrice A = (aij ), 1≤i≤k; 1 ≤j≤l.
aij symboles de l’alphabet ou‘-’, tq contaténation des caractères à
la ligne i produit Si
Exemple: Alignement multiple d’ARN
http://en.wikipedia.org/wiki/File:Multiple_alignment_and_the_consensus_secondary_structure_model_of_the_sRNA-Xcc1_homologs.jpg
sRNA-Xcc1
Alignement multiple d’acides aminés
Alignment of forkhead box (Fox) genes in mice.
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