5V616 - Master BMC

Intitulé de l’UE : QUALITE DU MILIEU : MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE
Code de l’UE : 5V616
Responsable de l’UE : Julia BAUDART-LENFANT, Maître de Conférences
Mel : [email protected]
Secrétariat : Lydie&FERON (mention BMC) / Marc GAUDIN (QUESS)
Tél. : [phone]
Mel : [e-mail] / [email protected]
1. Descriptif de l’UE
Volumes horaires globaux (CM, TD, TP, stage, autre) : 60 h (20 h CM + 30 h TP + 10 h
Conférences/Visites)
Nombre de crédits de l’UE : 6 ECTS
Mention et Parcours de Master où l’UE est proposée : Mention "Biologie Moléculaire &
Cellulaire", Parcours "Microbiologie", thématique en alternance "Qualité - Environnement -
Sécurité sanitaire" (QUESS)
Semestre où l’enseignement est proposé : Semestre 4 du Master
Effectifs prévus : 20
2. Présentation pédagogique de l’UE
a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement
Cet enseignement vise à acquérir des connaissances sur les questions et problèmes relatifs à la
qualité des environnements aquatiques. Les étudiants recevront des enseignements fondamentaux
sur la nature, l’origine et le devenir, de polluants d’origine anthropique, de microorganismes
pathogènes, sur les pathologies associées et leur impact sur la santé et les activités socio-
économiques. Ils doivent leur permettre de proposer et, le cas échéant, de mettre en place des
solutions adaptées dans le cadre de la surveillance des pollutions liées à l'activité humaine
(polluants et rejets issus des différents secteurs industriels, impact sur la qualité microbiologique de
l'eau et à l'analyse de systèmes microbiens complexes). Sur la base de la réglementation européenne
en vigueur, les étudiants seront amenés à réaliser des analyses sanitaires sur différents sites du
littoral et à interpréter les résultats.
b) Thèmes abordés
- Taxonomie des procaryotes.
- Méthodes d’étude moléculaire de la diversité bactérienne.
- Eutrophisation en milieux côtiers et lagunaires.
- Les pollutions urbaines et industrielles : techniques d’épuration et traitement des déchets.
- Rôle des microorganismes dans la dépollution des eaux.
- Réglementation sur la qualité des eaux de baignade et des produits de la mer.
- Les méthodes permettant :
• les détections des microorganismes d’intérêt sanitaire,
• l’évaluation de la diversité bactérienne,
• les études phylogénétiques.
- Survie des bactéries pathogènes et des ICF et états viables mais non cultivables.
- Pollutions environnementales et impact sur les microorganismes.
c) Organisation pédagogique
L’ensemble de l’unité d'enseignement se déroule à l’Observatoire Océanologique de Banyuls qui
dispose d’un centre d’hébergement et de salles d’enseignement. Les thèmes abordés seront illustrés
par des TP, des visites et des rencontres avec des professionnels et par l’utilisation des moyens à la

mer présents à l’observatoire. Cette unité d'enseignement est évaluée sous la forme d’un examen
écrit (60 points) et de la rédaction d’un compte rendu de TP (40 points).
d) Prérequis
Connaissances générales en microbiologie.
3. Equipe pédagogique
Animateur de l’équipe : Julia Baudart-Lenfant.
Cours Magistraux : Julia Baudart-Lenfant, Fabien Joux, François Lantoine, Raphaël Lami et Sophie
Sanchez.
Travaux Pratiques : Julia Baudart-Lenfant, Fabien Joux, Raphaël Lami et Sophie Sanchez.