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UNIVERSITE DE OU
AGADOUGOU
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UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE
SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE
(UFR/SVT)
LABORATOIRE DE BIOLOGIE MOLÉCULAIRE
ET DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE
(LABIOGENE)
Mémoire Présenté
Par : SAWADOGO Salfo
Pour l’obtention du Master II
de Biologie Moléculaire et de Génétique Moléculaire Appliquées
de l’Université de Ouagadougou
SUR LE THÈME:
Diagnostic moléculaire de Campylobacter, Salmonella et
Shigella dans les échantillons de coproculture à
Ouagadougou.
Soutenu le 27 Décembre 2013 devant le jury composé de :
Président : Pr Aboubakar S. OUATTARA, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou
Membres : Pr Jacques SIMPORE, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou
Dr Djeneba OUERMI, Maître Assistant, Université de Ouagadougou
N° d’Ordre ...................../LABIOGENE

Master II BIOGEMA 2011-2012 / SAWADOGOGO Salfo Page I
Préface du Coordonnateur du Master BIOGEMA
De nos jours, les connaissances avancées en génétique et biologie moléculaires sont incontournables
pour conduire des études de hautes valeurs ajoutées en sciences biologiques. Les outils de la Biologie
moléculaire ont permis d’accomplir de grands progrès dans le domaine du diagnostic, de la pharmacie,
de la thérapeutique, de l’agriculture et même dans l’aide à la justice par l’identification humaine. Les
Universités et les laboratoires de recherche des Pays membres de l’UEMOA dans leur grande majorité,
restent arrimés aux pays et laboratoires de recherche du Nord pour leurs besoins en recherches et
activités en génétique et biologie moléculaires. Cet état de fait est lié au déficit en personnel qualifié et
le manque de ressources financières et matériel pour conduire les recherches en local in situ. Cela a
pour conséquence, une non maîtrise de la finalité ainsi que de l’utilisation des résultats et produits des
recherches que nous conduisons, une surenchère du coût des examens et des études en biologie et
génétique moléculaires. Un autre corollaire et non des moindres de cet état de fait est la fuite de
capitaux mais également la fuite des cerveaux car les étudiants les plus compétents envoyés dans les
pays du Nord ont tendance à y rester.
Le master en Biologie Moléculaire et en génétique moléculaires appliquées (BioGeMA) a pour but de
combler le vide constaté dans l’expertise en génétique et biologie moléculaires par la mise à disposition
des pays de l’espace UEMOA, de personnels qualifiés, de haut niveau de compétences pour conduire
des études et recherches en génétique et biologie moléculaires.
Le master BioGeMA est :
 Un Master à dimension sous-régionale
 Géré par un réseau de chercheurs et praticiens en génétique et biologie moléculaires
 Soutenu par une plateforme technologique sous-régionale à LABIOGENE (Laboratoire de
Biologie et de Génétique Moléculaires)
Ce Master a pour objectif de former des biologistes, des pharmaciens, des vétérinaires et des médecins
biologistes capables d’effectuer des diagnostics biomoléculaires dans des centres hospitaliers et
d’élaborer des études d’investigations dans des structures de recherches. En outre, il ouvrira la porte
d’études doctorales aux meilleurs étudiants pour permettre la formation de chercheurs et d’enseignants-
chercheurs afin d’assurer la relève du corps enseignants, la constitution d’une masse critique d’experts
africains et la mise en place d’un véritable réseau africain de recherche dans le domaine ci-dessus cité.
Professeur Jacques SIMPORE
Professeur Titulaire de Biologie Moléculaire et de
Génétique Moléculaire
UFR/SVT - École Doctorale Sciences et Technologies

Master II BIOGEMA 2011-2012 / SAWADOGOGO Salfo Page II
DÉDICACES
Je dédie ce travail :
A feu mon Père SAWADOGO Mahamoudou ,
A ma Mère SAWADOGO Kadidiata,
A mon épouse Assiénata,
A mes enfants Neïla, Dallel et Ayman
A mes frères et sœurs,
A tous mes proches qui m’ont d’une manière ou d’une autre soutenu.

Master II BIOGEMA 2011-2012 / SAWADOGOGO Salfo Page III
REMERCIEMENTS
Ce travail a été réalisé dans le laboratoire de biologie moléculaire du Centre de Recherche
Biomoléculaire Pietro ANNIGONI /Laboratoire de Biologie Moléculaire et de Génétique
(CERBA/LABIOGENE).
Nous exprimons notre profonde gratitude :
A notre Directeur de mémoire, Pr Jacques SIMPORE, Professeur titulaire de Génétique et de Biologie
moléculaires, Coordonnateur du Master BioGeMA, Directeur du laboratoire du Centre Médical Saint
Camille (CMSC) à Ouagadougou, Directeur du Centre de Recherche Biomoléculaire Pietro
ANNIGONI /Laboratoire de Biologie Moléculaire et de Génétique (CERBA/LABIOGENE), Recteur
de l’Université Saint Thomas d’Aquin , pour avoir accepté la direction de ce Master, pour le choix
pertinent de ce thème, pour le support économique de cette étude et pour son encadrement exceptionnel.
Au Pr Aboubakar S. OUATTARA, Professeur titulaire de Microbiologie et au Dr Djénéba OUERMI,
Maître assistant, pour avoir accepté de faire partie du jury chargé d’apprécier ce travail, afin de
l’améliorer non seulement dans sa forme mais aussi et surtout dans le fond.
Au Dr Cyrille BISSEYE, pour son encadrement technique au laboratoire et son expertise dans la
rédaction de ce mémoire.
Au Dr Florencia DJIGMA et au Père Albert YONLI pour leurs appuis multiformes.
A tout le personnel du CERBA/LABIOGENE et du laboratoire du Centre Médical Saint Camille de
OUAGADOUGOU pour l’accueil et l’accompagnement durant ce travail
Au corps professoral de l’UFR/SVT en général et celui du Master II de BioGeMA en particulier pour
avoir contribué à notre formation.
Au Directeur de la Clinique El Fateh SUKA, à mes collègues de service, à PORGO Lassane, à tous les
amis pour les multiples soutiens.
A Birama DIARRA, pour son soutien lors des manipulations et pendant la rédaction de ce mémoire.
A toute la première promotion du Master II de BioGeMA, pour cette ambiance familiale et cette
solidarité.
A l’Union Economique et Monétaire Ouest Africaine (UEMOA) et à la Conférence Episcopale
Italienne (CEI) pour leur soutien financier.

Master II BIOGEMA 2011-2012 / SAWADOGOGO Salfo Page IV
RÉSUMÉ
Introduction : A l’instar des autres pays en développement, les gastroentérites infectieuses demeurent
un problème de santé publique au Burkina Faso. Salmonella spp., Shigella spp. et Campylobacter spp.
font partie des causes majeures de ces pathologies. La coproculture, méthode de diagnostic habituelle
utilisée telle qu’elle est pratiquée par les laboratoires de bactériologie du pays ne prend pas en compte la
recherche de Campylobacter spp. La présente étude a pour objectif de déterminer concomitamment les
fréquences de ces 3 bactéries entéropathogènes grâce à l’utilisation des méthodes modernes de
diagnostic.
Méthodes : L’étude a porté sur les échantillons de coproculture reçus en routine dans les deux
laboratoires de la clinique El Fateh SUKA et du Centre Médical Saint Camille (CMSC) à Ouagadougou
du 05 février au 09 mars 2013. L’examen bactériologique des selles a consisté en la recherche
systématique de Salmonella et Shigella dans tous les échantillons, d’E. coli entéropathogène (ECEP)
dans les échantillons des enfants d’âge inférieur ou égal à 2 ans. Après conservation des matières fécales
à -80 °C pendant 4 à 5 mois, une PCR en temps réel ciblant les gènes 23SrRNA (Campylobacter), TtrB
(Salmonella) et IpaH (gène commun à Shigella et à E. coli entéroinvasif (ECEI)) a été réalisée pour le
diagnostic moléculaire.
Résultats : Sur l’ensemble des 200 échantillons étudiés, la culture a été positive chez 12 (6,00%)
patients. Shigella spp. et Salmonella spp. qui ont été recherchés dans tous les échantillons ont été isolés
respectivement dans 5 cas (2,50%) et dans 3 cas (1,50%). E. coli entéropathogène, recherché
uniquement dans 37 échantillons (âge des patients ≤ 2 ans) a été isolé 4 fois (10,81%). Le diagnostic
moléculaire a été positif pour 20 échantillons (10,00%) dont Shigella spp./ECEI: 17 cas,
Salmonella spp.: 1 cas et Campylobacter spp.: 2 cas.
Conclusion : La présente étude a utilisé les méthodes de biologie moléculaire pour évaluer la fréquence
de Salmonella spp., Shigella spp. et Campylobacter spp. dans les échantillons de selles reçus en routine
pour examen bactériologique. Si dans l’ensemble, une faible fréquence de ces 3 genres bactériens a été
constatée (10, 00%), ces résultats posent la problématique de la recherche de Campylobacter dans les
échantillons de coproculture. Une caractéristique principale de cette étude est la faible sensibilité de la
culture par rapport à la PCR dans le diagnostic de Shigella.
Mots clés : Coproculture, PCR en temps réel, Shigella spp., Salmonella spp., Campylobacter spp.,
Burkina Faso.