Bactéries anaérobies

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info 5/2013
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Bactéries anaérobies : tester aussi leur résistance !
Les bactéries anaérobies représentent toujours
une problématique particulière en médecine
vétérinaire. Lors de suspicion d’infections à
anaérobies, des examens bactériologiques
ciblés restent indispensables. Il faut tenir
compte du fait que leur recherche n’est en
routine pas réalisée; celle-ci doit être demandée
à part au laboratoire car c’est une procédure
longue et coûteuse nécessitant des techniques
inhabituelles. En effet, leur culture, en général difficile et lente, impose des réensemencements successifs sur des milieux de culture
sélectifs. Ainsi, la patience du praticien
attendant l’antibiogramme est rudement mise à
l’épreuve (durée d’analyse pouvant aller jusqu’à
14 jours).
Sont présentés succintement ci-dessous les
bactéries anaérobies strictes d’importance
clinique en médecine vétérinaire.Leur classification est basée sur leur morphologie et la coloration de Gram.
1 .Bacilles sporulés à Gram négatif
Bacteroides fragilis - B. du groupe fragilis
Fusobacterium sp.
Prevotella sp.
Porphyromonas sp.
2. Bacilles (non) sporulés à Gram positif
Clostridium sp.
Actinomyces sp. (non sporulés)
Propionibacterium sp. (non sporulés)
3. Coques à Gram positif
Peptostreptococcus sp.
Généralités / Les maladies
Les anaérobies sont
rarement rencontrés
en monoculture,il s’agit en règle générale
d’infections
polymicrobiennes
associant
des anaérobies strictes à des aéro-anaérobies
facultatives. L’ infection est la plupart du temps
d’origine endogène, à l’exception de certaines
clostridioses, car ce sont des commensaux
naturellement présents au sein de la flore
endogène de l’hôte. Les anaérobies ne vivent
jamais dans les tissus sains mais d’ordinaire
associés à d’autres micro-organismes producteurs d’oxygène au sein des muqueuses des
cavités naturelles (digestive,buccale, génitale).
Certaine des espèces présentes possèdent des
facteurs de virulence tels que adhésines, toxines
et enzymes et peuvent entraîner, lors d’ altération
de la barrière muqueuse (chirurgie, blessure),un
processus infectieux dans les tissus voisins,
seuls ou en compagnie d’ aérobies. De telles
infections opportunistes sont décrites dans tous
les organes et appareils. En voici quelques exemples.
L’espèce Bacteroides fragilis resp. les Bacteroides du groupe fragilis peuvent se trouver
en quantité importante à l’état physiologique au
niveau du tractus intestinal. Cette espèce peut
toutefois provoquer des infections intra-abdominales, génitales et de plaies, des péritonites,
abcès du cerveau, septicémies. Les Fusobacterium sp., une famille très importante en médecine
vétérinaire, sont largement répandus et responsables d’ inflammations suppurées nécrotiques.
Sont également décrites des mammites d’été,
pneumonies, et infections mixtes des onglons.
Prevotella sp. appartient à la flore bucco-pharyngée et génitale mais peut aussi causer des infections dans l’abdomen et le tractus respiratoire.
Porphyromonas gingivalis est un agent réputé
de parodontite et de suppurations odontologiques
(mâchoire) et pharyngées, tant chez l’homme
que chez l’animal. Dans des co-infections avec
des bactéries Gram positif sont souvent rencontrés Peptostreptococcus, Actinomyces et les
clostridies. Un exemple d’affection: les kératites
ulcéreuses. En 2008, Scarlett et col. isolèrent
chez des chiens des anaérobies dans 14 % des
cas. Plus récemment,dans des kératites ulcéreuses chez l’homme et le cheval ont aussi été identifiés des anaérobies, jusqu’à 13 % des cas chez
le cheval (Plummer et col.).
Prévalence des anaérobies
Depuis novembre 2012, chez différentes espèces (chien, chat, cheval, rongeur), le laboratoire de bactériologie de LABOKLIN a isolé
des anaérobies sur 242 prélèvements d’origine
variée: plaies (12,4%),abcès (29,8 %) et di-
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vers (57,8 %). En tête de liste des isolats arrive
le groupe Bacteroides (69,8 %), puis Fusobacterium (9,9 %). La répartition des espèces est
détaillée sur le graphique 1 ci-après.
Profil de résistance des anaérobies (n=242)
sensible
intermédiaire
résistant
Anaérobies 2012-mars 2013 (n=242)
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Graphique 2: Profils de résistance des anaérobies isolées
(n=242)
Graphique 1: Répartition des espèces bactériennes isolées
L’ antibiothérapie des infections à anaérobies
Apprécier l’activité des anti-infectieux sur les
anaérobies est problématique, techniquement
difficile et coûteux. Une appréciation adéquate
de la sensibilité des bactéries aux antimicrobiens
disponibles est donnée par la CMI (Concentration Minimale Inhibitrice) pour chaque couple bactérie/antimicrobien testé. Ainsi, depuis environ un
semestre, LABOKLIN utilise pour déterminer les
CMI une méthode de microdilution en bouillon, le
Micronaut -S anaérobies MIC (Sekisui Virotech).
Dans le graphique 2 sont rassemblés les résultats des antiobiogrammes de cette série de 242
prélèvements.
L’amoxicilline + ac.clavulanique présente véritablement une bonne efficacité (89,3 %), suivi loin
derrière par la pradofloxacine et l’imipénème, ce
dernier étant de recours exceptionnel car faisant
partie de la réserve hospitalière humaine. Il est
à noter que des molécules éprouvées comme
la pénicilline et le métronidazole montrent ici un
taux de résistance élevé. Au vu des délais particulièrement longs nécessaires à l’isolement puis
à l’identification des anaérobies, les infections
seront la plupart du temps traitées en l’absence
de documentation bactériologique. Baser un
traitement uniquement sur des données issues
d’études rétrospectives sans recourir à un antibiogramme peut conduire à un échec thérapeutique. L’antibiothérapie probabiliste mise en
place sans attendre les résultats des tests de
résistance pourrait aussi favoriser dans le futur
l’émergence de multirésistances, phénomène
déjà bien connu chez les Staphylocoques méti-R
SARM/SPRM et les Entérobactéries BLSE.
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