Biochimie Part I

Avenue de l'Hôpital, 1, B-4000 LIEGE
CATEGORIE PARAMEDICALE
Formation de bachelier en Biologie Médicale
1ère année
CHU-B36/ Tour 4 / Bureau 4/35
Tél. : 04 / 366 43 70 / Fax : 04 / 366 43 74
Email : [e-mail]
Website : www.biomedcharlemagne.be
Biochimie Part I
2009-2010
Steve Gillet, D. Sc.
Email : [email protected]
Website : http://perso.latribu.com/shagar

Biochimie Part I
Note : Le texte ci-dessous est extrait de « En bref… Biochimie structurale et métabolique »
2ème édition de Christian Moussard aux éditions de boeck.
Sommaire
0. Introduction ........................................................................................................................... 4
Organisme vivant .............................................................................................................. 4
Conservation ..................................................................................................................... 4
Perpétuation ...................................................................................................................... 4
Energie et matière ............................................................................................................. 4
Biochimie ........................................................................................................................... 5
1. Les acides aminés : structure et propriétés .......................................................................... 6
Définition ........................................................................................................................... 6
Importance biologique ....................................................................................................... 6
Classification ..................................................................................................................... 7
Les séries D et L ............................................................................................................. 11
Le caractère amphotère .................................................................................................. 13
Les principales réactions des acides aminés .................................................................. 14
2. Les protéines : Structure et propriétés ............................................................................... 14
Définition ......................................................................................................................... 14
Importance biologique ..................................................................................................... 15
Classification ................................................................................................................... 16
2.1. Liaison peptidique et structure primaire ....................................................................... 16
2.2. Les structures supérieures .......................................................................................... 18
3. Bioénergétique ................................................................................................................... 18
3.1. Variation d’énergie libre standard ∆G°’ ........................................................................ 19
3.2. Variation d’énergie libre ∆G ......................................................................................... 20
3.3. Les 5 conséquences pratiques .................................................................................... 21
1ère conséquence ............................................................................................................ 21
2ème conséquence ........................................................................................................... 22
Gillet Steve, D.Sc. -1-

Biochimie Part I
3ème conséquence ........................................................................................................... 22
4ème conséquence ........................................................................................................... 22
5ème conséquence ........................................................................................................... 23
3.4. Energie libre d’activation ∆G# ...................................................................................... 23
3.5. Variation d’énergie libre ∆G et potentiel rédox ............................................................ 25
4. Les enzymes ...................................................................................................................... 27
4.1. Définition et propriétés ................................................................................................. 27
5. Les coenzymes .................................................................................................................. 28
5.1. Définition et propriétés ................................................................................................. 28
6. Les glucides : Structure et propriétés ................................................................................. 29
Définition ......................................................................................................................... 29
Importance biologique ..................................................................................................... 29
Classification ................................................................................................................... 30
6.1. Les monosaccharides .................................................................................................. 31
Classification ................................................................................................................... 31
Les séries D- et L- ........................................................................................................... 32
La structure cyclique ....................................................................................................... 36
Les principales réactions ................................................................................................. 38
Résumé Stéréoisomérie .................................................................................................. 39
6.2. Les disaccharides ........................................................................................................ 39
6.3. Oligosaccharides et glycoprotéines ............................................................................. 41
6.4. Les polysaccharides .................................................................................................... 43
6.5. Glycosaminoglycanes et proteoglycanes .................................................................... 43
6.6 Les peptidoglycanes ..................................................................................................... 44
12. Les lipides : structure et propriétés .................................................................................. 45
Définition ......................................................................................................................... 45
Classification ................................................................................................................... 46
Importance biologique ..................................................................................................... 48
12.1. Les acides gras .......................................................................................................... 48
Gillet Steve, D.Sc. -2-

Biochimie Part I
12.2. Les triglycérides ......................................................................................................... 51
12.3. Les glycérophospholipides ........................................................................................ 52
12.4. Les sphingolipides ..................................................................................................... 53
12.5. Les isoprénoïdes ....................................................................................................... 54
27. Le mécanisme des nucléotides ........................................................................................ 56
27.1. Qu’est-ce ? ................................................................................................................ 56
Les bases ........................................................................................................................ 56
Les pentoses ................................................................................................................... 58
Les nucléosides et nucléotides ....................................................................................... 58
27.2. Pourquoi ? ................................................................................................................. 60
27.3. Où ? ........................................................................................................................... 61
27.4. Comment ? ................................................................................................................ 61
Synthèse de novo des nucléotides puriques et pyrimidiques ......................................... 61
Catabolisme des nucléotides puriques et pyrimidiques .................................................. 61
28. Le métabolisme de l’hème ............................................................................................... 62
28.1. Qu’est-ce ? ................................................................................................................ 62
28.2. Pourquoi ? ................................................................................................................. 62
28.3. Où et comment ? ....................................................................................................... 63
Gillet Steve, D.Sc. -3-

Biochimie Part I
0. Introduction
Organisme vivant
Un organisme vivant est une structure complexe ayant pour fins de se conserver
(individuellement) et de se perpétuer (globalement) en usant de la matière et de l’énergie
prélevées dans l’environnement.
Il est programmé par un génotype, dont l’ADN (Acide DésoxyRibonucléique) est le
support chimique. C’est l’ensemble des informations qui donne une description complète de
cet organisme. Ce dernier possède également un phénotype qui est l’expression
structurelle et fonctionnelle de ce génotype, en interaction avec l’environnement.
Le phénotype est sous la dépendance du génotype : toutes les réactions
biochimiques sont catalysées par des enzymes, protéines dont la synthèse est gouvernée
par le génotype.
Conservation
La conservation de la structure d’un organisme vivant se fait au niveau du génotype
grâce à la réplication de l’ADN qui précède la mitose des cellules somatiques et au
niveau du phénotype grâce à la matière et l’énergie prélevées dans l’environnement. Cette
conservation exige :
- Un travail chimique réalisé au cours du métabolisme qui comprend :
o Le catabolisme : ensemble des réactions qui extraient l’énergie et la matière
des molécules complexes.
o L’anabolisme : ensemble des réactions qui utilisent l’énergie et la matière
pour la synthèse de molécules complexes.
- D’autres travaux cellulaires : osmostique, électrique, mécanique, etc. réalisés
grâce à l’énergie libérée par le catabolisme.
Perpétuation
La perpétuation de la structure d’un organisme vivant se fait au niveau du
génotype, grâce à la réplication de l’ADN qui précède la méiose dans les cellules
germinales.
Energie et matière
La possibilité de prélever de l’énergie et de la matière dans l’environnement pour
fournir un travail biologique est une propriété fondamentale des organismes vivants. Deux
stratégies sont possibles :
Gillet Steve, D.Sc. -4-