Manager les ressources microbiennes impliquées dans la

A L I M E N T A T I O N
A G R I C U L T U R E
E N V I R O N N E M E N T
Manager les ressources
microbiennes impliquées
dans la digestion anaérobie
Marina Moletta-Denat (Merci Patrick!),
Jérôme Hamelin, Kim Milferstedt et Eric Trably
Journées Recherche-Industrie
Biogaz-Méthanisation
Rennes du 3 au 5 Février 2015
Marina Moletta-Denat
INRA Transfert Environnement
[e-mail]

INRA TRANSFERT ENVIRONNEMENT est
régulièrement sollicité pour apporter des réponses
à des problématiques liées à la microbiologie.
Par exemples :
Choisir un inoculum ?
Diagnostiquer un dysfonctionnement de la biomasse ?
Identifier et surveiller les espèces pathogènes présentes dans un procédé ou
une filière ?
Prévenir une dérive de la microflore d’un bioprocédé ?
Suivre l’impact microbiologique d’un rejet dans l’environnement ?
Suivre et tracer la microflore d’une matrice ? Etc…
De la recherche à l’industrie…

Offre de services
Prestations tertiaires
Formation, information,
accompagnement
•Formation en accompagnement
d’actions de transfert
•Mise à jour technologique
•Organisation de formation
thématiques et de journées
techniques
•Expertise, veille technologique et
synthèses bibliographiques
•Accompagnement des porteurs de
projets dans le cadre de projets de
R&D, ou de projets industriels
Prestations
technologiques
Prestations « catalogues »
•Analyses et caractérisation de
sources de pollution (MST,
séquençage haut débit), mesures
de biodégradabilité, mesure de
biodiversité (CE-SSCP), Recherche
d’espèces pathogènes, Mesure
d’impact microbiologique
Prestations « sur-mesure »
•Études de faisabilité au stade
laboratoire et/ou au stade pilote
•Étude des microorganismes dans
leur environnement
•Expertise des procédés
industriels de dépollution
• …

Identifier, Suivre, Quantifier les espèces présentes dans un procédé …
… pour Diagnostiquer le fonctionnement du procédé
De la recherche à l’industrie…
Collecte échantillon et extraction des acides
nucléiques
Empreintes moléculaires (CE-SSCP), PCR et RT-PCR quantitative en
temps réel, Illumina MiSeq.

Petit rappel de biologie moléculaire
ADN
ADN = présence et identité des microorganismes + potentialité des microorganismes
ARNr = activité globale des microorganismes
ARNm = activité spécifique des microorganismes (méthanisation, nitrification, pathogénicité, etc…)
Bactéries