1 ONERBA Evaluation du portage de ERV chez les patients

CS de l’ONERBA Portage digestif de ERV Version finale-3
26 avril 2006
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ONERBA
Evaluation du portage de ERV chez les patients hospitalisés
Rationnel :
La résistance aux glycopeptides chez les entérocoques est de deux types :
la résistance naturelle, ou intrinsèque, qui est observée chez les espèces Enterococcus
gallinarum, Enterococcus casseliflavus et Enterococcus flavescens. Ces espèces
contiennent un gène vanC qui typiquement confère une résistance de bas niveau à la
vancomycine (CMI < 16 mg /l).
la résistance acquise qui est observée principalement chez l'espèce Enterococcus faecium,
mais également parfois chez Enterococcus faecalis, et d'autres espèces (E. durans, E.
avium). Chez ces espèces, la résistance secondaire à l'acquisition du gène vanA est
habituellement de haut niveau (CMI de la vancomycine >128 mg / l, CMI de la
teicoplanine > 16 mg / l). L'acquisition du gène vanB se traduit typiquement par un plus
bas niveau de résistance à la vancomycine (CMI 16-64 mg / l) et une sensibilité à la
teicoplanine (CMI de la teicoplanine 1 mg / l). Plus rarement, des souches de E. faecium
hébergeant le gène vanD ont également été décrites : la résistance à la vancomycine est
d’un niveau moyen (CMI 64-128 mg / l) et la résistance à la teicoplanine étant modérée
(CMI 4-8 mg / l). Ce sont les souches qui ont une résistance acquise que l'on appelle
couramment entérocoque résistant à la vancomycine (ERV), et ceci quel que soit le
mécanisme de résistance.
Depuis plus de 10 ans, les hôpitaux des Etats-Unis font face à une épidémie d'entérocoque
résistant à la vancomycine (ERV).
Jusqu'à ce jour, la France était peu touchée par ce phénomène. Toutefois, depuis 2004, une
augmentation du nombre de signalement d’infections nosocomiales à ERV a été constatée par
l’Institut de Veille Sanitaire (IVS) et au moins 6 épidémies d’ampleur inhabituelle ont été
rapportées en 2005 dans des CHU français. De plus, quatre pays européens (Portugal, Italie,
Grèce, Irlande) ont observé récemment une augmentation du pourcentage de ERV, avec des
proportions allant jusqu’à plus de 10% du total des entérocoques. Au Royaume Uni, le
pourcentage de E. faecium résistant à la vancomycine était de 22 % en 2004 parmi les souches
isolées d'hémocultures.
Les données les plus récentes disponibles en France en dehors des épidémies sont celles
générées par les réseaux de surveillance fédérés par l’ONERBA. Elles ne mettent pas en

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évidence une augmentation comme celle observées dans d'autres pays d'Europe, le
pourcentage de souches de ERV au sein de l’espèce E. faecium dans des prélèvements à visée
diagnostique restant < 2 % dans les 4 réseaux disposant de données récentes (Ile de France
2004, AZAY-Résistance 2004, Col BVH bactériémies 1999-2003, REUSSIR 2000-2004).
Toutefois, en raison de la participation d'un hôpital en situation épidémique à un de ces
réseaux de surveillance, le pourcentage observé au sein du réseau en 2004 est passé de 2,5 %
sans cet hôpital à 6,2 % avec cet hôpital dans le réseau (http://www.earss.rivm.nl).
Cependant, dans les épidémies hospitalières rapportées, il existe toujours beaucoup plus de
patients colonisés que de patients infectés. La proportion de portage digestif sans infection
(portage asymptomatique) semble plus élevée que pour les autres bactéries multirésistantes
(BMR). Comme pour les autres BMR, les patients colonisés et non dépistés représentent un
réservoir important qui contribue à la dissémination des souches. Le portage digestif occulte
est souvent un préalable à l’infection. Le nombre de porteurs digestifs de ERV pourrait donc
être beaucoup plus important que ne laissent paraître les résultats de la surveillance des
prélèvements cliniques (cf ci-dessus). Il n’existe pas de données récentes (en dehors des
épidémies) concernant le portage des ERV au sein de la population des patients hospitalisés
en France. Les données anciennes sur les patients d’hématologie ou cancérologie
objectivaient des taux de portage digestif d’environ 2%.
Le risque principal de l'émergence de ERV est en fait lié à l'importance des infections à S.
aureus résistant à la méticilline (SARM) dans les hôpitaux. En effet, le "co-portage" de
SARM et de ERV représente un très haut risque de santé publique comme l’a montré
l’apparition aux USA de 3 souches de SARM résistantes à la vancomycine par acquisition du
gène vanA chez des patients qui hébergeaient à la fois une souche de SARM sensible à la
vancomycine (souche réceptrice) et une souche de ERV (souche donneuse).
C’est pourquoi, en raison
du nombre inhabituel d’épidémies enregistrées,
du risque majeur de Santé Publique du à l'apparition de SARM porteur du gène vanA
du faible pourcentage de ERV au sein du genre objectivé dans les prélèvements cliniques
en 2004 dans les réseaux de l’ONERBA
de la proportion importante de porteurs asymptomatiques,
l’ONERBA propose d’évaluer, en collaboration avec le "laboratoire associé entérocoque" du
CNR de la Résistance aux antibiotiques, et avec le soutien de l'Institut de Veille Sanitaire
(InVS), l’importance du portage digestif des ERV dans les hôpitaux français en 2006.

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Bien que la surveillance du pourcentage de ERV parmi les souches d’entérocoque isolées de
prélèvements cliniques ne mette pas en évidence d’augmentation récente du phénomène, il
semble utile de recueillir également cette donnée en 2005 parmi les réseaux fédérés au sein de
l’ONERBA (AZAY-Résistance, Col-BVH, Ile de France, REUSSIR). Le fait que plusieurs de
ces réseaux aient des données depuis plusieurs années permettra d’évaluer les tendances au
sein des prélèvements cliniques. Il s’agit ici de surveillance passive, rétrospective ou
prospective pour les réseaux surveillant les bactériémies.
Objectifs :
Objectif principal :
Evaluer le pourcentage de colonisation digestive par ERV chez les patients hospitalisés.
Objectifs secondaires
- évaluer la proportion d’hôpitaux hébergeant des patients porteurs de ERV et
décrire ces hôpitaux
- identifier d'éventuelles sous-populations à risque
- identifier les mécanismes de résistance, les facteurs de virulence et la diversité
génétique de ces souches.
Méthode :
Objectif . Evaluation de la fréquence du portage digestif chez les patients hospitalisés en
établissement de soins (public ou privés)
Enquêtes « trans-réseaux » de l’ONERBA :
- surveillance active, prospective, multicentrique
réalisée à partir des laboratoires hospitaliers français des réseaux fédérés au sein de
l’ONERBA, en 2006.
L’appel à participation des laboratoires se fera comme pour les enquêtes « trans-réseaux »
précédentes (résistance aux fluoroquinolones, SARM-PVL, résistance aux antibiotiques chez
Streptococcus pyogenes) par le représentant de chaque réseau au sein du Conseil Scientifique
de l’ONERBA. Entre 40 et 50 laboratoires sont présentis pour participer à ce travail.

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- Afin de répondre à la question, trois enquêtes indépendantes sont proposées et la
participation à chaque enquête laissée au choix de chaque participant :
1) Proportion de portage digestif de ERV chez les patients pour lesquels le laboratoire
effectue une recherche de Clostridium difficile ou de ses toxines dans les selles.
2) Proportion de portage digestif de ERV chez les patients d’onco-hématologie pour
lesquels le laboratoire effectue une coproculture quantitative ou semi-quantitative.
3) Densité d’incidence du portage digestif de ERV chez les patients de réanimation pour
lesquels une recherche de BMR rectaux a été adressée au laboratoire.
Les 3 enquêtes se dérouleront pendant le mois de JUIN [y compris pour les coprocultures
(semi)-quantitatives en hémato-cancérologie] 2006 afin de faciliter la gestion des milieux et
des envois de souches.
Des données concernant l'activité des services et laboratoires en 2005 seront également
demandées afin d'évaluer l'activité du site pour une année entière et d’extrapoler les résultats
obtenus à une année entière.
La recherche de ERV dans les selles repose sur les mêmes techniques de laboratoire pour les
3 enquêtes (cf fiche technique de bactériologie jointe). Trois questions se sont posées :
- quel type de prélèvement : coproculture ou écouvillon rectal ?
- faut-il ensemencer un bouillon d’enrichissement avant culture sur milieu sélectif ?
- quel milieu sélectif utiliser ?
Le prélèvement de selles semble plus sensible que l’écouvillon rectal ou péri-anal pour
détecter de petites concentrations de ERV. Ceci est principalement du à la quantité de selles
ensemencée. Il n’y a pas de différence entre les 2 techniques quand la concentration de ERV
est élevée, ce qui est le cas chez les malades sous haute pression de sélection antibiotique
comme en réanimation. L’utilisation des écouvillons rectaux réalisés pour la recherche de
portage d’entérobactéries productrices de beta-lactamase à spectre élargi (EBLSE) en
réanimation est donc satisfaisante.
Le bouillon d’enrichissement semble augmenter la sensibilité, ce qui s’avère utile quand la
concentration en ERV est faible (< 104 /ml). Toutefois certaines études ne trouvent pas
d'intérêt à l'enrichissement, en particulier quand on s'intéresse à des malades de réanimation.

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De plus celui-ci augmente le délai de rendu du résultat de 24 heures (mais variable selon la
durée d'enrichissement).
Plusieurs types de milieu sélectif pour entérocoque ont été proposés dans la littérature avec
des concentrations de vancomycine allant de 6 à 64 mg / l. Les milieux sélectifs pour
entérocoque sont les plus sensibles et facile d’utilisation (bile-esculine, …). La concentration
de vancomycine retenue sera celle de 6 mg / l, cadrant avec la définition de la résistance à la
vancomycine chez Enterococcus. Elle aura l’inconvénient de laisser croître les espèces
d’entérocoque ayant une résistance naturelle (vanC) voire parfois des espèces d’entérocoque
parfaitement sensibles (inoculum bactérien). Une identification rigoureuse des espèces isolées
est donc requise. Il faut rappeler que, en dehors des entérocoques, certaines espèces
bactériennes à Gram positif sont naturellement résistantes à la vancomycine (Pediococcus sp.,
Lactobacillus rhamnosus, Leuconostoc sp.) et peuvent être isolées sur les milieux contenant
cet antibiotique.
Au total,
- comme il s'agit d'un travail de recherche et
- qu'en cas d'incidence de ERV faible, il ne puisse être reproché à l'ONERBA de ne pas
avoir utilisé la technique la plus sensible et que finalement
- un délai rapide de positivité n'est pas le but recherché,
le CS de l'ONERBA a opté pour l'utilisation d'un bouillon d'enrichissement pendant 18-24
heures puis l'ensemencement de ce bouillon sur un milieu gélosé contenant de la vancomycine
à 6 mg/l. Afin de disposer de milieux de qualité homogène dans chaque laboratoire, il a été
décidé de faire appel à un industriel pour préparer les milieux de cette enquête. Ces milieux,
ainsi que les souches destinées à effectuer un contrôle de qualité seront fournis aux
laboratoires participants par l'intermédiaire du CNR et leur achat sera financé par l'InVS.
Cette méthode n'est pas nécessairement la plus adaptée au dépistage de routine dans un
laboratoire ou dans le cadre d'un phénomène épidémique.
Pour chaque enquête, une fiche de renseignement sur le laboratoire et l’hôpital seront
remplies (en cas de participation à plus de une enquête, la fiche laboratoire ne sera remplie
qu'une seule fois).
Pour chaque cas porteur de ERV une fiche PATIENT sera remplie.
Remarque :
Les 3 enquêtes proposées par l'ONERBA ne couvrent pas les malades de néphrologie ou
dialysés, population bien connue pour être à risque de BMR (SARM +++) et en particulier