td5 - travaux pratiques biochimie structurale
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Filiere : SVI Semestre : S3 Module : Biochimie structurale Pr : DAHMANE El Montassir Année universitaire : 2016/2017 Universite Sidi Mohamed Ben Abdellah Faculté Polydisciplinaire de Taza Travaux dirigés 5 Exercice 1 : 1 Les acides aminés possèdent les caractères généraux suivants (vrai ou faux?): 0 a. Ce sont des molécules amphotères. 0 b. Tous les acides aminés possèdent un atome de carbone asymétrique 0 c. La plupart des acides aminés naturels appartiennent à la série L. 0 d. Ils se différencient par la nature de leur chaîne latérale. 0 e. Ils entrent dans la composition des protéines. 2- Le pKa de la fonction. acide carboxylique de la glycine est de 2,4, celui de la fonction amine de 9,8. Indiquer la (les) proposition(s) juste(s). 0 a. Le pHi vaut 2,4 0 b. Le pHi vaut 9,8 0 c. Le pHi vaut 6,1. 0 d. À pH 1,0, on a 50% de la fonction acide sous forme COO- et 50% de la fonction amine sous forme NH3+ 0 e. À pHi, la charge globale de la glycine est nulle. 3- Parmi les propositions suivantes, laquelle ou lesquelles sont exactes? 0 a. Les acides aminés standards possèdent tous un groupement carboxyle et un groupement amine portés par le même atome de carbone. 0 b. Des D-acides aminés ont été trouvés dans de petits peptides des parois bactériennes et dans certains peptides à propriété antibiotique. 0 c. La forme zwittérionique de la glycine est chargée positivement et migre vers la cathode dans un champ électrique 0 d. La L-Leucine est un acide aminé qui n'existe pas dans la nature 4- Parmi les propositions suivantes, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s)? 0 a. La valine est un acide aminé possédant une chaîne latérale R aromatique non polaire 0 b. La phénylalanine est un acide aminé possédant une chaîne latérale R aliphatique 0 c. Le tryptophane est un acide aminé possédant une chaîne latérale R aliphatique 0 d. À pH 7, l'arginine est un acide aminé possédant une chaîne latérale R chargée négativement 0 e. À pH 7, l'acide glutamique est un acide aminé possédant une chaîne latérale R chargée positivement 1 Universite Sidi Mohamed Ben Abdellah Faculté Polydisciplinaire de Taza Filiere : SVI Semestre : S3 Module : Biochimie structurale Pr : DAHMANE El Montassir Année universitaire : 2016/2017 Exercice 2 : - un peptide P contient douze résidus d’acides aminés, deux d’entre eux étant présents chacun deux fois. Il contient de la lysine et pas d’arginine. Le réactif d’Edman détache un diacide à 4 carbones. Le clivage par le bromure de cyanogène donne deux peptides, un peptide A de 5 résidus et un peptide B de 7 résidus. a- du peptide A le réactif d’Edman détache successivement le diacide de 4 carbones, puis le plus simple des acides aminés. La typsine coupe A en deux peptides, A1 et A2, dont l’un a comme acide aminé N-terminal un acide alcool à 3 carbones. b- du peptide B le réactif d’Edman détache un acide aminé faiblement basique contenant 3 atomes d’azote et la carboxypeptidase un acide aminé alcool à 3 carbones. La chymotrypsine détache un peptide terminé par un acide aminé porteur d’une fontion phénol. La trypsine sépare B en deux peptides, B1 et B2. Le peptide B1 donne par hydrolyse acide 3 acides aminés et 4 par hydrolyse alcaline. Du peptide B2 le réactif d’Edman enlève Ile puis un acide alcool à 4 carbones. Donner la séquence du peptide P. 2
