La sensibilité aux antibiotiques des bactéries uropathogènes dans

Progrès en urologie (2016) 26, 346—352
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ARTICLE ORIGINAL
La sensibilité aux
antibiotiques des
bactéries
uropathogènes dans la ville de
Nouakchott
— Mauritanie
Sensitivity
to antibiotics uropathogens bacteria in Nouakchott — Mauritania
N.S.M.
Hailajia,
M.L. Ould Salema,∗,b, S.M. Ghabera,c
aDépartement
des
sciences fondamentales,
faculté de médecine de Nouakchott (USTM),
Nouakchott,
Mauritanie
bLaboratoire
de
bactériologie,
centre hospitalier
national (CHN) de Nouakchott, laboratoire
MEDILAB,
Nouakchott, Mauritanie
cLaboratoire
d’analyses médicales MAURILAB, Nouakchott, Mauritanie
Rec¸u
le 29 octobre 2015 ; accepté le 13 avril 2016
Disponible
sur Internet le 17 mai 2016
MOTS
CLÉS
Infection
urinaire ;
Examen
cytobactériologique
des
urines ;
Antibiogramme
;
BLSE
;
Nouakchott
;
Mauritanie
Résumé
Introduction.
— L’infection urinaire (IU) est une pathologie fréquente aussi bien en commu-
nauté
qu’à l’hôpital. Au cours de ces dernières années, on a assisté à une augmentation de
l’incidence
des résistances aux antibiotiques des germes responsables d’IU, notamment à cause
de
l’émergence des entérobactéries ayant une bêtalactamase à spectre étendu (BLSE).
But.
— Le but de ce travail était d’étudier l’épidémiologie des germes responsables des infec-
tions
urinaires, ainsi que leur sensibilité aux antibiotiques au niveau de 3 laboratoires d’analyses
médicales
dans la ville de Nouakchott (Mauritanie) chez tous les patients se présentant à ces
laboratoires
pour ECBU durant une période de six mois.
Matériels
et méthodes. — Il s’agit d’une étude prospective réalisée au niveau de trois labo-
ratoires
d’analyses médicales à Nouakchott, sur une période de six mois allant du début
janvier
à fin juin 2014 chez tous les patients se présentant à ces structures pour ECBU durant
cette
période. La culture a été faite selon les techniques usuelles, et l’antibiogramme a
été
réalisé selon
les recommandations du Comité de l’antibiogramme de la Société franc¸aise
de
microbiologie
(CA-SFM). L’analyse
statistique a été effectuée à l’aide du logiciel SPSS
Statistics
20.
∗Auteur
correspondant.
Adresse
e-mail : [email protected] (M.L. Ould Salem).
http://dx.doi.org/10.1016/j.purol.2016.04.004
1166-7087/©
2016 Elsevier Masson SAS. Tous droits r´ eserv´ es.

La sensibilité aux antibiotiques des bactéries uropathogènes 347
Résultats. — Sur 3082 prélèvements d’urine, 568 répondaient aux critères d’infection urinaire,
soit
18,4 % de positivité. Ces infections ont concerné des patients hospitalisés (17,8 %) et surtout
des
consultants externes (82,2 %). Le sex-ratio F/H était 1,6. L’épidémiologie des infections
urinaires
au niveau de ces 3 laboratoires d’analyses médicales est globalement comparable
aux
données de la littérature en ce qui concerne l’âge, le sexe, le terrain, et le germe le plus
fréquemment
responsable (Escherichia coli 64,4 %). Mais, des différences sur les résistances sont
observées
: résistances plus élevées aux bêtalactamines, aux quinolones de 1re génération, aux
fluoroquinolones
et
au cotrimoxazole. L’IU
était fréquente chez les patients sondés (64,9 %),
les
diabétiques
(52,4
%), les hospitalisés (49,3 %), et chez les femmes enceintes (38,7 %). La
prévalence
des infections urinaires à entérobactéries productrices des BLSE dans notre étude
était
de 12,8 %, parmi toutes les infections urinaires à entérobactéries. Les souches d’E. coli et
de
Klebsiella spp isolées ont exprimé une BLSE respectivement dans 10,4 et 20,4 % des cas.
Conclusion.
— La répartition des souches dans notre étude est comparable à la littérature,
en
revanche, la résistance aux antibiotiques est plus importante dans notre série, conséquence
probablement
de
l’usage inapproprié de ces molécules dans notre pays, d’où l’intérêt de prévoir
une
bonne stratégie d’approvisionnement et de dispensation de ces molécules ainsi que la
révision
du traitement empirique des IU dans notre pays.
Niveau
de preuve.— 4.
©
2016 Elsevier Masson SAS. Tous droits r´ eserv´ es.
KEYWORDS
Urinary
tract
infection;
Urine
culture;
Antibiogram;
ESBL;
Nouakchott;
Mauritania
Summary
Introduction.
— A
urinary tract
infection (UTI) is a frequent pathology in outpatients and admit-
ted
patients as well. In recent years, there has been an increase in the resistance of germs
responsible
for UTI to tested antibiotics, particularly because of the emergence of Enterobac-
teria
secreting extended-spectrum beta-lactamase (ESBL).
Objective.
— The aim of this work was to study the epidemiology of germs responsible for
urinary
tract infections and their antibiotic sensitivity at three clinical laboratories in the city
of
Nouakchott (Mauritania) in all patients presenting to these laboratories for urine culture
during
a period of six months.
Methods.
— This is a prospective study conducted at three clinical laboratories in Nouakchott,
over
a period of six months from January 1st to June 30th 2014 for all patients coming to
these
laboratories for urinalysis test during this period. The culture was performed according
to
the usual techniques, and the antibiogram was done according to the recommendations of
the
Antibiogram Committee of the French Society of Microbiology. The statistical analysis was
performed
using SPSS Statistics 20.
Results.
— From 3082 urine exam, 568 were positive, which means 18.4%. These infections
were
for hospitalized patients (17.8%) and outpatients in particular (82.2%). Sex ratio F/M was
1.6.
The epidemiology of urinary tract infections in these three medical analysis laboratories
is
comparable to the past studies data regarding age, sex, and the bacteria, the most fre-
quently
responsible (Escherichia coli 64.4%). But differences in the resistance of E. coli are
observed:
higher
resistance to beta-lactam antibiotics, the quinolones, the fluoroquinolones,
and
cotrimoxazol. UTI was common in patients with urinary catheter (64.9%), diabetics (52.4%),
hospitalized
patients (49.3%) and pregnant women (38.7%). The prevalence of urinary tract
infections
caused
by
Enterobacteria ESBL in our study was 12.8%, of all urinary tract infec-
tions
caused
by Enterobacteria; 10.4 and 20.4% of the E. coli and Klebsiella spp, respectively
produced
a ESBL.
Conclusion.
— The distribution of germs in our study is comparable to the literature, however,
antibiotic
resistance is higher in our study, which is probably a result of the inappropriate use
of
these drugs in our country, therefore it is important for us to create a good strategy to
supply
and distribute these drugs, as well as the review of the empirical treatment of UTI in
our
country.
Level
of evidence.— 4.
©
2016 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.

348 N.S.M. Hailaji et al.
Introduction
Les
infections urinaires (IU) sont fréquentes aussi bien en
milieu
hospitalier qu’en milieu communautaire. Au cours
de
ces dernières années, on a assisté à une augmentation
de
l’incidence
des résistances aux antibiotiques des germes
responsables
des IU,
notamment à cause de l’émergence
des
entérobactéries productrices
d’une bêtalactamase dite
à
spectre étendu (BLSE) [1,2].
Dans
notre pays l’examen cytobactériologique des urines
(ECBU),
qui est le seul élément de diagnostic de certitude,
n’est
que rarement demandé en cas de suspicion d’IU, l’auto
médication
est aussi une pratique courante de nos patients.
Ces
facteurs, entre autres, ont amené à une forte sélection
des
bactéries multirésistantes. Pour ces raisons l’étude de
l’épidémiologie
des bactéries responsables des IU et surtout
leur
sensibilité aux antibiotiques nous semblent nécessaires
pour
aboutir à des recommandations thérapeutiques des IU
en
Mauritanie.
Le
but
de ce travail était d’étudier l’épidémiologie des
germes
responsables
des
infections urinaires toutes confon-
dues
(hautes
et basses),
ainsi que leur sensibilité aux
antibiotiques
au niveau
de 3
laboratoires d’analyses médi-
cales
dans
la
ville de Nouakchott chez tous les patients se
présentant
à
ces laboratoires
pour
ECBU durant une période
de
six mois,
afin
de mieux guider l’antibiothérapie de pre-
mière
intention.
Patients et méthodes
Nous
rapportons les résultats d’une étude prospective
descriptive
réalisée entre janvier et juin 2014 au niveau
de
3 laboratoires d’analyses médicales dans la ville de
Nouakchott,
il s’agit : du laboratoire de bactériologie du
centre
hospitalier national (CHN) de Nouakchott, du labo-
ratoire
d’analyses médicales MEDILAB et du laboratoire
d’analyses
médicales MAURILAB, chez tous les patients
se
présentant à ces structures pour ECBU durant cette
période.
Pour
éviter toute souillure par la flore commensale le
protocole
de prélèvement a été bien expliqué aux patients
ou
le cas échéant, au personnel médical.
Critères d’inclusion et d’exclusion
Ont été inclus dans notre étude tous les patients ayant une
leucocyturie
supérieure ou égale à 104/mL associée à :
•une
bactériurie supérieure ou égale à 103UFC/mL chez
l’homme
;
•une
bactériurie supérieure ou égale à 103UFC/mL chez la
femme
si le germe isolé est Escherichia coli ou Staphylo-
coccus
saprophyticus
;
•une
bactériurie
supérieure ou égale à 104UFC/mL chez la
femme
si
le germe isolé est autre que les deux espèces
précédentes.
Chez
les patients sondés le seuil de bactériurie était de
105UFC/mL
[3].
Ont
été exclus tous les patients ayant un ECBU négatif ou
positif
associé à une parasitose.
Méthodologie
L’identification
a été réalisée selon les caractères mor-
phologiques,
culturaux et métaboliques des germes, et
l’antibiogramme
a été réalisé selon les recommandations
du
Comité de l’antibiogramme de la Société franc¸aise de
microbiologie
(CA-SFM) [4]. La recherche de sécrétion de
ß-lactamases
à spectre étendu (BLSE) a été établie par le
test
de synergie entre un disque central d’amoxicilline-acide
clavulanique
distant de 30 mm des disques de céfotaxime,
ceftazidime
et ceftriaxone. La saisie et l’analyse des don-
nées
ont
été effectuées
à l’aide du logiciel SPSS Statistics 20.
Résultats
Nous avons étudié 3082 prélèvements d’urines dont
568
répondaient aux critères d’infection urinaire, soit
18,4
% de positivité. Ces infections ont concerné des
patients
hospitalisés (17,8 %) et surtout des consultants
externes
(82,2 %). L’âge moyen dans notre série était de
44,7
ans avec des extrêmes de 15 jours et 91 ans.
Le
sexe féminin était prédominant avec 61,7 % de femmes
pour
38,3 % d’hommes, ce qui correspond à un sex-ratio F/H
de
1,6.
Parmi
les malades, 64,9 % (368) avaient au moins
un
des symptômes
urinaires
suivants (brûlure miction-
nelle,
dysurie, pollakiurie,
hématurie). Les autres patients
présentaient
d’autres
symptômes (douleurs
abdominales,
syndrome
infectieux chez
l’enfant, fièvre. . .).
Ont
été effectués
à domicile 73,2 % des prélèvements,
20,7
%
à
l’hôpital et
6,1 % au niveau des laboratoires.
L’infection
urinaire était présente chez 49,3 % de patients
hospitalisés
(76/154),
28,9
% de
consultants externes
(349/1208),
64,9
%
de patients
sondés (74/114), 52,4 % de
patients
diabétiques (86/164), et sur 756 femmes, 98 étaient
enceintes
dont 38 ont développé une UI soit 38,7 %.
Les
bacilles Gram négatif représentaient 94 % des souches
bactériennes
isolées, dont 92,2 %, sont des entérobactéries
et
les cocci gram positif représentaient 6 %. La fréquence
de
répartition des souches bactériennes isolées dans notre
étude
est représentée dans le Tableau 1.
Tableau
1 Fréquence de répartition des souches bac-
tériennes
isolées d’examens cytobactériologiques des
urines.
Germes Effectif Pourcentage (%)
Escherichia coli 366
64,4
Klebsiella
spp 137 24,1
Staphylococcus
aureus 30 5,7
Proteus
mirabilis 11 1,9
Pseudomonas
aeruginosa 9 1,6
Citrobacter
koseri 4
0,7
Enterobacter
cloacae 4 0,7
Staphylococcus
saprophyticus 4
0,7
Acinetobacter
baumannii 1 0,2
Morganella
morganii 1
0,2
Salmonella
spp 1 0,2
Total
568 100,0

La sensibilité aux antibiotiques des bactéries uropathogènes 349
Tableau 2 Pourcentage des souches BLSE au sein de chaque entérobactérie.
Souche E-BLSE Entérobactérie Pourcentage (%)
Escherichia
coli 38 366 10,4
Klebsiella
spp 28 137 20,4
Enterobacter
cloacae 1 4 25
Proteus
mirabilis 0 11 0
Citrobacter
koseri 0
4 0
Total 67
522 12,8
BLSE : bêtalactamase à spectre étendu ; E-BLSE : entérobactéries productrices des BLSE.
Tableau
3 Pourcentage de résistance aux antibiotiques
des
souches d’Escherichia coli et de Klebsiella spp
isolées.
Antibiotique
Escherichia coli Klebsiella spp
Amoxicilline 82,1 RN
Amoxicilline
+ acide
clavulanique
28,2 35,1
Ticarcilline
77,2 RN
Imipeneme
1 0
Cefalotine
60,9 60,7
Cefoxitine
19,8
31,5
Cefotaxime
18,4 37,9
Netilmicine
3 7,6
Gentamicine
13,5
19,5
Ofloxacine
28,3 36,5
Ciprofloxacine
28,6 33,6
Colistine
1,7 0,8
Acide
nalidixique 40,6 48,0
Cotrimoxazole
58,4 44,6
Fosfomycine
4,3 21,2
Nitrofuranes
38,9 30,9
Tétracycline
66,1 49
RN : résistance naturelle.
La production de BLSE a été observée chez 67 souches
d’entérobactéries
soit une prévalence globale de 12,8 %. Les
souches
d’E. coli et de Klebsiella spp produisent une BLSE
respectivement
dans 10,4 et 20,4 % des cas.
Parmi
74 souches hospitalières, 8 produisent une BLSE,
soit
10,8 % et sur 332 germes externes, 26 produisent une
BLSE,
soit 7,8 %.
La
répartition des entérobactéries productrices des BLSE
(E-BLSE)
au sein de chaque espèce isolée est représentée
dans
le Tableau 2.
En
ce
qui concerne la résistance nous avons constaté des
résistances
plus
élevées aux bêtalactamines, aux quinolones
de
1re génération,
aux fluoroquinolones et au cotrimoxa-
zole.
Les
pourcentages de résistance aux antibiotiques des
souches
d’E.
coli
et de Klebsiella spp isolées sont présentés
dans
le
Tableau
3.
Discussion
Notre étude montre que l’épidémiologie des infections uri-
naires
au niveau de ces trois laboratoires est globalement
comparable aux données de la littérature mondiale en ce
qui
concerne l’âge, le sexe, le terrain et le germe le plus
fréquemment
responsable qui est l’E. coli. Cette dernière a
dominé
le profil épidémiologique aussi bien pour les germes
hospitaliers
(50 %) que communautaires (61,7 %).
Notre
taux d’ECBU positif, qui est de 18,4 %, est un
peu
plus élevé que celui trouvé par Ben Haj Khalifa et al.
en
Tunisie (15,44 %) [5] et Romli au Maroc (11 %) [2]. Ces
prélèvements
concernaient essentiellement des consultants
externes
(82,2 %). Une situation qui trouve sa justification
dans
le
fait que l’IU constitue une des infections bacté-
riennes
communautaires les
plus fréquentes [6].
Les
bacilles
à
Gram négatif, dans notre étude, repré-
sentaient
94
% de l’ensemble des germes isolés. Ils sont
représentés
essentiellement par
les entérobactéries (92,2 %)
avec
en
tète
de liste l’E. coli (64,4 %). Notre constat est
partagé
par
d’autres auteurs
avec des taux variables [2,7,8].
La
physiopathologie ascendante
de l’IU ainsi que la
forte
colonisation
du périnée
par les entérobactéries
d’origine
digestive,
associées aux
facteurs
spécifiques
d’uropathogénicité
telles que
les adhésines
bactériennes
capables
de se lier à l’épithélium urinaire expliquent cette
prédominance
[6,9].
Parmi
les entérobactéries isolées dans notre étude, Kleb-
siella
spp vient en deuxième position avec 24,1 %, un résultat
proche
de celui trouvé par d’autres études avec des taux
variables
[10,11].
Le
taux de prévalence des E-BLSE dans notre étude était
de
12,8 %. En fait, ce taux varie d’un pays à un autre et
d’un
centre à un autre. À titre d’exemple, les pays du Sud
de
l’Europe enregistraient des taux dépassant les 10 % ; en
revanche,
ceux du Nord en enregistraient moins de 5 % [12].
Au
Maroc, Lahlou et al. ont retrouvé un taux de 9 % [11].
En
2010, une étude réalisée dans un service d’urologie à
l’hôpital
Ibn Sina de Rabat a montré un taux de 17,5 % [13].
Notre
taux de prévalence de 12,8 % doit attirer notre
attention
sur l’ampleur de la dissémination inéluctable et
éventuellement
dramatique de ces souches en l’absence de
mesures
de lutte et de prévention, surtout que la majorité
de
nos malades (82,2 %) étaient des consultants externes.
Ceci
serait lié à l’importance de la prévalence du portage
fécal
des E-BLSE chez nos patients en communautaire.
Il
est donc évident que ce type de souches n’est plus
l’apanage
du
milieu hospitalier,
comme en témoignent par
ailleurs,
les données
de la littérature mondiale.
Notre
étude met l’accent sur la place majeure de Kleb-
siella
avec environ 41,8 % des isolats des E-BLSE ; Klebsiella
est
en même temps la bactérie la plus pourvoyeuse de BLSE

350 N.S.M. Hailaji et al.
Tableau 4 La répartition des entérobactéries BLSE ainsi que le pourcentage du phénotype BLSE pour chaque entéro-
bactérie
isolée.
Souche E-BLSE
Pourcentage (%) Entérobactéries Pourcentage (%)
Escherichia coli 38 56,71 366 10,4
Klebsiella
spp 28 41,79 137 20,4
Enterobacter
cloacae 1 1,49 4 25
Proteus
mirabilis 0
0 11 0
Citrobacter
koseri 0
0 4 0
Total
67 100 522 12,8
BLSE : bêtalactamase à spectre étendu ; E-BLSE : entérobactéries productrices des BLSE.
au sein de son genre à raison de 20,4 % de toutes les Kleb-
sielles
suivie
d’E. coli 10,4 %, constat reproduit par Lahlou
et
al.
[11].
Pour
Ben Haj Khalifa et al., Klebsiella produisait des
BLSE
dans
20,2 % des cas [14], alors que pour Romli et al.
ce
taux
touche
25 % des cas [2]. Cependant, certains
auteurs
relatent
un déclin
de cette dominance en faveur
d’Enterobacter
ou d’E.
coli [15,16].
La
répartition
des entérobactéries
productrices des BLSE
ainsi
que
le pourcentage
du
phénotype BLSE pour chaque
espèce
sont
représentés dans le
Tableau
4.
Profil de sensibilité des souches d’E. coli
Notre étude confirme le caractère inquiétant de l’évolution
de
la résistance d’E. coli aux Aminopenicillines. Ainsi, il
apparaît
que seules 17,9 % des souches d’E. coli sont sen-
sibles
à l’amoxicilline. Cette observation est conforme
aux
résultats de certains auteurs notamment africains :
Podie
à Cotonou a obtenu 19,9 % de souches sensibles à
l’amoxicilline
[17], pour Aknaf 17,2 % de souches d’E. coli
sont
sensibles à l’amoxicilline [18].
Ce
taux de résistance élevé peut être expliqué par
l’utilisation
médicale
abusive de cet antibiotique dans nos
structures
sanitaires mais aussi par l’automédication.
Par
ailleurs, une étude réalisée en France a trouvé que
plus
de 50 % des ces souches sont résistantes à l’amoxicilline
[19].
Les
aminosides
gardent une bonne activité, essentiel-
lement
l’amikacine
et
à moindre degré la gentamicine
atteignant
respectivement
99
% et 85,9 %.
Les
résistances acquises concernent surtout les entéro-
bactéries
productrices de BLSE, ce constat est d’ailleurs
partagé
par d’autres auteurs [9,11].
L’émergence
de souches résistantes à la cefotaxime, qui
est
l’un des antibiotiques les plus actifs sur les entérobac-
téries,
est de plus en plus observée [9]. Dans notre étude,
le
taux de résistance d’E. coli à cet antibiotique était de
18,4
%, contrairement à ce qui a été montré par d’autres
études
qui ont trouvé un taux de résistance inférieur à 5 %
[20—22].
Le
taux de résistance d’E. coli au cotrimoxazole était de
50,7
%, il est nettement supérieur à celui noté en Europe
(20
à 30 %) [22,23]. Cette molécule est à éviter en première
intention
par nos praticiens car son taux de résistance est
assez
élevé.
Dans notre travail, les taux de résistance d’E. coli à
la
ciprofloxacine et à l’acide nalidixique sont respective-
ment
de
28,6 % et 40,6 %, des résultats proches de ceux
rapportés
par Lahlou Amine [11]. Par contre, d’autres
études
ont trouvé un taux de résistance inférieur à 20 %
[21,24].
En
France, la
résistance des souches d’E. coli aux fluoro-
quinolones
est très
variable : 3 % à 25 % selon la présentation
clinique
et le
terrain [3].
Cette
émergence de
la
résistance pourrait être expli-
quée
par le fait
qu’un
traitement probabiliste de première
intention
d’une
IU, à
base d’une fluoroquinolone est souvent
utilisé
dans notre
pays.
L’émergence
de la
résistance
des entérobactéries aux
quinolones
et
aux fluoroquinolones
constitue le prin-
cipal
problème lié
à leur utilisation. Cette résistance
fait
intervenir différents mécanismes dont le plus fré-
quent
est la modification des cibles, ADN gyrase et/ou
topoisomérase
IV par mutation ponctuelle d’un acide
aminé.
Profil
de sensibilité des souches de Klebsiella
spp
Nous avons enregistré 48 % de résistance pour l’acide
nalidixique,
36,5 % pour l’ofloxacine et 33,6 % pour la cipro-
floxacine.
À
Bamako, Tahirou a trouvé que la sensibilité de Kleb-
siella
pneumoniae aux céphalosporines de deuxième et
troisième
générations
est de 84 % pour la cefoxitine et 58 %
pour
la
cefotaxime [25]. Dans notre travail, nous avons
enregistré
62,1
% de sensibilité pour cefotaxime et 68,5 %
pour
cefoxitine.
Ce taux de sensibilité plus élevé pour la
cefoxitine
que pour la cefotaxime s’explique par le nombre
important
des souches productrices des BLSE parmi les
souches
de Klebsiella isolées.
Il
est à signaler que la production des BLSE ne pourrait
expliquer
seule le taux élevé de résistance aux cépha-
losporines
de 3egénération dans notre série, d’autres
mécanismes
de résistance telle que la production de cépha-
losporinases
plasmidiques, y seraient probablement associés
[26].
Il
est à noter également que 21,2 % des souches de Kleb-
siella
étaient résistantes à la fosfomycine, sans qu’on ait
une
explication de cette résistance élevée par rapport à la
littérature.