ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE

UMR 1071 Inserm/Université d’Auvergne M2iSH, USC INRA2018 (Pr Nicolas Barnich)
Directeurs de thèse : Denis Pezet (PUPH), co-directeur Mathilde Bonnet (MCU)
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Infection chronique du colon par les souches d’Escherichia coli pathogènes: Impact sur le
microbiote intestinal et la carcinogenèse colique.
Le cancer colorectal (CCR) est une maladie multifactorielle où le microbiote intestinal semble jouer un rôle.
Chez les patients atteints de CCR, une colonisation anormale de la muqueuse par des souches d’E. coli
pathogènes produisant une genotoxine (E. coli-pks) a été montrée. Ce sujet a pour but d’étudier les effets de
l’infection chronique du colon par ces souches E. coli-pks sur : (i) les cellules épithéliales (ii) sur le reste du
microbiote. L’effet de l’infection portera principalement sur l’induction d’un stress oxydant dans les cellules
épithéliales en dosant l’activité d’enzymes pro-oxydantes ou anti-oxydantes, des cytokines pro-
inflammatoires et des marqueurs de dommages cellulaires. Les modifications du microbiote de souris
prédisposées au CCR (APCmin/+) chroniquement infectées par les souches E. coli-pks, seront évaluées par
des techniques de séquençage haut débit et de PCR quantitative et seront corrélées au développement
tumoral. Des transferts de flore de ces souris infectées sont envisagés chez des animaux axéniques afin de
déterminer les effets carcinogènes de la dysbiose induite. Ces études seront complétées sur des
prélèvements de patients.
Ce projet permettra de définir si les souches E. coli-pks sont directement pro-carcinogènes et/ou
indirectement en induisant des modifications du microbiote qui pourront secondairement induire la
carcinogènese.
-Bonnet M et al.. Colonization of the human gut by E. coli and colorectal cancer risk. Clin Cancer Res,
2014.
-Cougnoux et al. Bacterial genotoxin colibactin promotes colon tumour growth by inducing a
senescence-associated secretory phenotype Gut, 2014