Simon ROUX

Analyse des données de séquençage massif
par des méthodes phylogénétiques
Roux S., Taib N., Mangot J.F., Hugoni M., Mary I., Ravet V., Bronner G., Enault F., Debroas D.
Équipe Microbiologie de l'Environnement et Bioinformatique
Laboratoire Micro-organismes : Génome et Environnement
UMR CNRS 6023 – Université Blaise Pascal

Caractérisation des microbiomes
Majorité des espèces ( > 99% bactéries ) non cultivées.
Grande richesse : 4.1030 bactéries sur terre, formant plus de 109 espèces

Méthodes d'analyse des séquences
Recherche de similarité (BLAST, Uclust, …)
Classification bayésienne (RDP Classifier, Mothur, ...)
Approches phylogénétiques (STAP, RAIphy, ...)

Approches phylogénétiques
Caractérisation taxonomique de l'assemblage microbien
Détection de nouveaux clades
Analyse de liens évolutifs

Caractérisation taxonomique de l'assemblage microbien
Détection de nouveaux clades
Analyse de liens évolutifs
Approches phylogénétiques
Newton et al.,
2007