Cours DCEM1 9 Janvier 2012 ND

Bactériologie des :
- Infections ORL
- Infections respiratoires
Dr N. DEGAND
Laboratoire de Bactériologie
09/01/2012
I- Infections ORL
• Angines bactériennes
–
–
–
–
Rappels: Streptocoques
angine à S. pyogenes
angine à C. diphtheriae (diphthérie)
angine à association fuso-spirillaire (Angine de Vincent)
• Otites et sinusites bactériennes
– Otites
– Sinusites
– principales bactéries en cause:
• S. pneumoniae
• H. influenzae
• M. catarrhalis
II- Infections respiratoires
• Infections respiratoires:
– généralités / prélèvements
• Pneumonies bactériennes
–
–
–
–
–
Pneumonie à Streptococcus pneumoniae
Legionellose (Legionella pneumophila)
Pneumonie à Mycoplasma pneumoniae
Pneumonie à Chlamydophila pneumoniae
Coqueluche (Bordetella pertussis)
Infections O.R.L
Rappel: Streptocoques
• Genre: Streptococcus
– cocci Gram positif en chaînettes
– Catalase: NEGATIVE
Rappel: Streptocoques
β-hémolyse
= hémolyse complète
(translucide)
Groupe A, B, C, G, F, etc…
α –hémolyse
= hémolyse verdâtre
= Streptocoques « viridans »
= Streptocoques « oraux »
Rappel: Streptocoques
• Streptocoques α–hémolytiques
= hémolyse verdâtre
= Streptocoques « viridans »
= Streptocoques « oraux »
= appartiennent à flore commensale de
l’oropharynx
Habituellement peu ou pas pathogènes
Nb: Exception+++: S. pneumoniae
(Pneumocoque)
Rappel: Streptocoques
• Streptocoques β–hémolytiques
= hémolyse complète (translucide)
= Streptocoques « pathogènes »
– Différenciés en fonction de leur antigène de
surface (antigène de Lancefield)
– Detécté par groupage (agglutination de
particules de latex)
• Groupe « A » = S. pyogenes
• Groupe « B »= S. agalactiae
Angine à S. pyogenes
• Diagnostic clinique:
– Douleur pharyngée
– +/- fièvre
– Angine érythémateuse (amygdale rouge)
Ou érythémato-pultacée (rouge + points blanchâtres)
• Nb:
Étiologie virale (= 60 à 90%)
Étiologie bactérienne: S. pyogenes +++
(surtout 5-15 ans)
Angine à S. pyogenes
Forme « érythémato-pultacée »
Angine à S. pyogenes
• Diagnostic biologique direct:
– TDR (Test de Diagnostic Rapide):
• Lors de l’examen clinique
• Par écouvillon pharyngé
• Détection en qq minutes d’antigènes spécifiques
de S. pyogenes (Se= 95% Sp=95%)
http://www.ameli.fr/fileadmin/user_upload/docu
ments/tdr-depliant.pdf
– Culture bactério sur écouvillon pharyngé
Angine à S. pyogenes
• Culture: milieux enrichis
(gélose au sang)
mise en évidence
β-hémolyse
Angine à S. pyogenes
• Groupage Lancefield « A »:
=détection de l’antigène A
(agglutination de billes
de latex)
A= S. pyogenes
• Tests complémentaires
– Bacitracine: Sensible (1)
– Optochine: Résistant (2)
1
2
Angine à S. pyogenes
• Diagnostic biologique indirect
=Sérologie: recherche d’anticorps
anti- Streptococcus pyogenes
• Anticorps anti-streptolysine (ASLO)
• Anticorps anti-Streptodornase
• Anticorps anti-Streptokinase
Nb: rétrospectif (délai de positivité=3 semaines)
Angine à S. pyogenes
• ttt:
– Sensible aux β-lactamines
• Ttt par amoxicilline p.o
– En cas d’allergie: utilisation des macrolides
ou pristinamycine
C. diphtheriae
• Genre corynebacterium
• Bacilles Gram positif
« corynéformes »
• Immobile
• Non sporulé
• Non capsulé
• Virulence = toxine
(anatoxine diphtérique)
Angine à C. diphtheriae
= la diphthérie(adolescent et adulte jeune)
• Angine pseudomembraneuse (Fausses
membranes)
• Adénopathies cervicales
• Altération de l’état général
• Diagnostic: écouvillon pharyngé (examen direct
et culture)
• Diagnostic différentiel+++= Mononucléose
infectieuse (due au virus EBV)
Angine à C. diphtheriae
• Diagnostic: culture bactério écouvillon pharyngé
– Examen direct: très nombreux BGP
corynéformes (=aspect en massue, lettres de
l’alphabet, hyéroglyphes)
Angine à C. diphtheriae
– Culture:
• gélose au sang
• Culture monomorphe
à Corynebacterium
• Catalase +
• Aéro-anaérobie
Identification = C. diphtheriae
Confirmation caractère toxinogène:
recherche de la toxine sur colonie par
PCR
Angine à C. diphtheriae
• Ttt= urgence médicale
– sérothérapie (sérum anti-diphtérique)
– antibiothérapie (pénicillines, macrolides)
– vaccination (patient et entourage)
Angine de Vincent
•
•
•
•
Haleine fétide
Ulcération nécrotique de l’amygdale
Mauvaise hygiène bucco-dentaire
Diagnostic: examen direct+++: association fusospirillaire (F. necrophorum + B. vincentii)
Nb: diagnostic différentiel: syphilis
(Treponema pallidum) peut aussi donner angine
ulcéro-nécrotique (chancre)
Angine de Vincent
F. necrophorum
B. vincentii
Examen direct:
Bacille Gram négatif anaérobie strict « fusiformes »
= F. necrophorum
Spirochètes (bactéries spiralées)= B. vincentii
Angine de Vincent
• Ttt antibiotique:
– Pénicilline
– ou métronidazole (si
allergie)
B. vincentii
F. necrophorum
Sinusite bactérienne
• Diagnostic clinique:
– Douleur sinusienne (maxillaire ou frontale)
– Unilatérale
– Pulsatile
– Rhinorrhée purulente
– Obstruction nasale
– Fièvre
• Agents bactériens:
– H. influenzae, S. pneumoniae, M. catarrhalis
Sinusite bactérienne
• Diagnostic bactério:
– Rarement effectué
– Prélèvements bactério:
• Aspiration directe pus au niveau méat moyen
• Pour examen direct et culture
Otite bactérienne
• Forme la plus fréquente: otite moyenne aigue
• Diagnostic clinique:
– Otalgie
– Fièvre
– Examen otoscopique+++ (opacité tympanique)
• Agents bactériens:
– H. influenzae, S. pneumoniae, M. catarrhalis
(S. pyogenes et S. aureus: <5%)
Otite bactérienne
• Diagnostic bactério (examen direct et
culture):
– Par paracentèse
• Si forme hyperalgique nourrisson <3 mois
• Si échec de ttt antibiotique
S. pneumoniae
•
•
•
•
•
Gram: diplocoque Gram +
Immobile
Capsulé
Aéro-anaérobie (ana préférentiel)
Caractères biochimiques:
– Catalase négative (Streptocoque)
– Sensibilité à l’optochine
S. pneumoniae
S. pneumoniae
=
diplocoques à
Gram positif
polynucléaires
neutrophiles
S. pneumoniae
• Culture: milieux enrichis
(gélose au sang)
– α-hémolytique
– Aspect mucoide possible
(production d’une capsule
polysaccharidique = sucre)
S. pneumoniae
• Tests complémentaires:
– Sensibilité à l’Optochine +++
S. pneumoniae
• antibiogramme
– β-lactamines: sensible
• Sensibiltié diminuée possible (=« PSDP »)
Pneumocoque de Sensibiltié Diminuée à la Pénicilline G
– aminosides: bas niveau résistance naturelle
(comme tous les strepto) mais synergie
bactéricide conservée avec β-lactamines
Haemophilus influenzae
• Petit bacille Gram – polymorphe
ou coccobacille Gram • Immobile
• Catalase + oxydase +
• Souches capsulées (plus virulentes)
ou non capsulées
• Respiration: exigence en CO2
Haemophilus influenzae
Petit bacille Gram – polymorphe ou coccobacille Gram -
Haemophilus influenzae
• Culture: bactérie
exigeante
– Milieux très enrichis
(gélose « chocolat »)
= gélose au sang cuit
– Car dépendance en
facteurs X et V
• X= hémine
• V= NAD
Haemophilus influenzae
• Dépendance en
facteurs
– Hémine (X)
– NAD (V)
X+V
Besoin des 2 (X+V)
nb: hémine présente
dans gélose au sang
Mais NAD uniquement
présent dans gélose
« chocolat »
V
X
Haemophilus influenzae
• Antibiogramme:
– Sensibilité aux β-lactamines
(amoxicilline, Amox+ac. Clavulanique, C3G)
– Résistance possible Amox si pénicillinase
• Concerne 20% des souches
• sensibiltié Amox+ac. Clav conservée
M. catarrhalis
• Cocci Gram
négatif
• en diplocoques
grains de café ou
tétrades
(idem Neisseria)
• Catalase +
• Oxydase +
• Aérobie strict
M. catarrhalis
• Culture:
– Gélose au sang
• Tests complémentaires:
– Présence d’une pénicillinase détectée par le
test de céfinase
– Hydrolyse de la tributyrine (tributyrine +)
M. catarrhalis
• Antibiogramme:
– Résistance naturelle à
pénicilline G et amoxicilline
(production de pénicillinase)
cf test « céfinase »
PG
– Ttt par amoxicilline +
acide clavulanique
(restauration de la
sensibilité par l’acide
clavulanique)
AMX
AMX+
Ac. clav
PG=R
AMX=R
AMX+ac. Clav=S
Infections respiratoires
Infections respiratoires
Pneumonie bactérienne « typique »
•début brutal, opacité systématisée
•=Pneumonie Franche lobaire aigue
(PFLA)
S. pneumoniae
Pneumonie bactérienne « atypique »
•début progressif,
•opacités mal systématisées
•=Pneumonie interstitielle diffuse
Ex: Mycoplasma pneumoniæ
Chlamydophila pneumoniae
Legionella pneumophila
Infections respiratoires
• Exacerbations de BPCO:
– Surinfections chez des patients ayant une
BPCO (Broncho Pneumopathie Chronique
Obstructive)
– Étiologie bactérienne:
• H. influenzae
• S. pneumoniae
• M. catarrhalis
Infections respiratoires
• Diagnostic bactério direct:
– Examen direct et culture (ECBC, aspiration trachéale,
LBA, PDP, etc…)
• Pour bactéries cultivables:
– S. pneumoniae
– M. catarrhalis
– H. influenzae
• Pour recherches spécifiques (à préciser+++):
– L. pneumophila
Nb: ECBC + facile à réaliser mais + souvent contaminé
par flore oro-pharyngée
LBA plus ciblé mais nécessite fibroscopie
Infections respiratoires
ECBC modalités
• Faire pratiquer un lavage
des dents et un rinçage
abondant de la bouche
• Prélever les
expectorations obtenues
après des efforts de toux
ou si besoin après
kinésithérapie.
• Recueillir des
expectorations dans un
poudrier stérile.
Infections respiratoires
ECBC: Examen direct: Gram et classe de Bartlett
Classes selon Bartlett
Murray Washington
Cellules épithéliales /
champ
Leucocytes / champ
1
>25
<10
2
>25
10-25
3
>25
>25
4
10-25
>25
5
<10
>25
Cellules épithéliales = contamination salivaire
Leucocytes
= infection
Prélèvement interprétable si nombre de leucocytes >
ou égal à cellules épithéliales
Infections respiratoires
LBA modalités
• Sous fibroscopie bronchique
• Sédation par hypnovel
• Bloquer l’extrêmité du fibroscope dans
une bronche segmentaire ou soussegmentaire (lingula ou lobe moyen).
• Injection de 20-60 ml de sérum
physiologique
• aspiration douce (éviter de collaber la
bronche)
• rendement 30 - 70 %.
Infections respiratoires
• Diagnostic bactério direct (suite):
– PCR sur prélèvements respiratoires (ECBC,
aspiration trachéale, sécrétions nasales, LBA)
• Pour bactéries non ou difficilement cultivables:
–
–
–
–
M. pneumoniae
C. pneumoniae
L. pneumophila
B. pertussis / B. parapertussis
• Technique très sensible et très spécifique
– ECBC/LBA pour M. pneumoniae, C. pneumoniae,
L. Pneumophila
– Idem ou sur sécrétions nasales seules pour B. pertussis / B.
parapertussis
Infections respiratoires
• Diagnostic bactério direct (suite):
– Antigénurie
• Recherche d’antigènes bactériens spécifiques dans les urines
• Traduisant une infection invasive
• Disponible pour:
– S. pneumoniae
– L. pneumophila
• Diagnostic bactério indirect (sérologies):
– M. pneumoniae
– L. pneumophila
– C. pneumophila
Nb: Intérêt limité, retrospectif
Pneumonie à S. pneumoniae
• Diagnostic clinique:
–
–
–
–
Pneumonie « typique »
Début brutal +++
Fièvre 40°C
Opacités systématisées
à la radio de thorax
– 1/3 des pneumonies
bactériennes de l’enfant
Pneumonie à S. pneumoniae
• Diagnostic bactério:
– Examen direct et culture sur ECBC
(cf S. pneumoniae culture)
– Antigénurie Pneumocoque
• Sensibiltié 80%, mais peu spécifique
• faux positif si bactériurie associée (réaction croisée)
• Faux positif chez l’enfant dû à portage oro-pharyngé de S.
pneumoniae
• Positivité persistante si Atcd de Pneumonie à Pneumo <3
mois, de vaccination pneumococcique dans les 5j
A prescrire uniquement en cas de
contexte clinique évocateur +++
Ex: Ag Pneumo +
Pneumonie à S. pneumoniae
• Ttt:
– β-lactamines: pénicilline A= amoxicilline
• Même en cas de PSDP
(Pneumocoque de Sensibiltié Diminuée à la
Pénicilline G)
Legionella pneumophila
•
•
•
•
Agent de la Legionellose
Bactérie intracellulaire
aérobie strict
Habitat: bactérie hydrique +++
– Vit en eau chaude < 55°C
– Détruite si t° > 60°C
• petit bacille à Gram négatif (coloration
difficile au Gram)
Legionella pneumophila
• Culture: milieux très
enrichis (BCYE)
(Charbon, extraits de
levure, cystéine)
Legionella pneumophila
• 1976: congrès de l’American Legion
(Philadelphie),
• 40 participants décédés de pneumonie
foudroyante ="maladie des légionnaires"
• isolement par McDade à partir d’autopsies d'une
bactérie "nouvelle" = Legionella pneumophila
• transmission par voie respiratoire par inhalation
d'aérosols d’eau contaminée (climatisations,
tours aéro-réfrigérantes…).
Nb: surveillance réseau eaux chaudes
(établissements de santé et thermaux)
• Pas de transmission inter-humaine
Legionella pneumophila
• Diagnostic biologique direct:
– Antigénurie: détecte L. pneumophila sérotype 1
• Sensibiltié 80% spécificité 90%
– PCR sur prélèvements respiratoires
– Culture (ECBC, LBA) sur milieu BCYE
Ex: Ag Legio +
• Diagnostic biologique indirect:
– Sérologie (mise en évidence d’anticorps=rétrospectif)
• augmentation du titre d’anticorps (x4) en 15
jours d’intervalle à un 2ème titre minimum de 128
• titre d’anticorps élevé (≥ 256)
Legionella pneumophila
• Ttt ATB:
– Actif sur bactéries intracellulaires
• Fluroquinolones
• Macrolides
• Déclaration obligatoire à l’ARS
Mycoplasma pneumoniae
• Bactérie intracellulaire
• Dépourvue de paroi
(=peptidoglycane)
• culture sur milieux
spécifiques
(milieux au jaune
d’œuf):
culture non effectuée en routine
Mycoplasma pneumoniae
• Diagnostic clinique:
–
–
–
–
–
–
–
Pneumonie « atypique »
Début progressif
Toux
Céphalées
Rash cutané
Anémie hémolytique
Fréquent grand enfant
Adulte jeune
Mycoplasma pneumoniae
• Diagnostic biologique:
– PCR sur prélèvements respiratoires +++
– Sérologie: peu d’intérêt (mise en évidence
d’anticorps=rétrospectif)
• Ttt ATB:
–
–
–
–
Résistance naturelle aux β-lactamines
(absence de peptidoglycane)
antibiotiques à diffusion intracellulaire
Ttt par:
• 1er choix Macrolides ou cyclines
• 2ème choix fluroquinolones
Chlamydophila pneumoniae
• Pneumonie « atypique »
– début progressif
– syndrome grippal
– opacité non systématisée
(hétérogène)
• C. pneumoniae=
– Bactérie intracellulaire
– Dépourvue de paroi = peptidoglycane
(donc resistante aux β-lactamines)
( idem M. pneumoniae)
Chlamydophila pneumoniae
•
corps élémentaire (CE):
– forme infectieuse extracellulaire
non réplicante
•
corps réticulé (CR):
– forme intracellulaire
non infectieuse mais réplicante
• cycle de développement:
– Attachement et entrée du CE
dans la cellule hôte
– Différenciation du CE en CR
– Multiplication du CR dans
le cytoplasme
– Différenciation des CR en CE
– Sortie des CE (éclatement de la cellule)
Chlamydophila pneumoniae
• Diagnostic biologique:
– PCR sur prélèvements respiratoires +++
– Sérologie: peu d’intérêt (mise en évidence
d’anticorps=rétrospectif)
• Ttt ATB:
– Résistance naturelle aux β-lactamines
(absence de peptidoglycane)
– antibiotiques à diffusion intracellulaire
– Ttt par:
• 1er choix Macrolides ou cyclines
• 2ème choix fluroquinolones
Bordetella pertussis
•
•
•
•
•
Agent de la coqueluche
coccobacille à Gram négatif
aérobie strict
Catalase + oxydase +
Virulence: la toxine pertussique
– Plusieurs effets biologiques:
• Facteur promoteur de lymphocytose
• Facteur histamino-sensibilisant
• Facteur activant les îlots de Langerhans
Nb: immunité acquise par anticorps anti-toxine
(post-vaccination ou post-infection)
Bordetella pertussis
B. pertussis: aspect de coccobacille à Gram négatif
Coqueluche
• Diagnostic clinique:
–
–
–
–
Incubation: 7-10j
Phase catarrhale initiale
Puis quintes de toux
Reprise inspiratoire bruyante
= chant du coq
– Pas de fièvre
– Grave chez nourrisson non vacciné (<1 mois+++)
– Bactéries en cause: B. pertussis (95%) et B.
parapertussis (5%)
Coqueluche
• Diagnostic biologique d’orientation:
– NFS: hyperlymphocytose
• Diagnostic bactério:
– Diagnostic direct:
• PCR spécifique de B. pertussis / B. parapertussis
sur sécrétions nasales (aspiration ou écouvillon)
• Culture: abandonné (peu sensible)
– Diagnostic indirect:
• Sérologie: recherche d’anticorps spécifiques
anti-B. pertussis
nb: sérologie sans intérêt < 3 semaines
Ou si vaccination < 3 ans
Coqueluche
• Hospitalisation (si forme grave)
• Ttt antibiotique:
– Macrolides
• Antibioprophylaxie de l’entourage
• Vaccination +++