le point sur… Diagnostic microbiologique de la pneumonie Les pneumonies causent une mortalité et une morbidité signi­ ficatives. De manière simplifiée, deux types de pneumonie sont décrits : la pneumonie communautaire et la pneumonie noso­ comiale avec le pneumocoque et l’Haemophilus influenzae comme causes principales pour la première, le Pseudomonas et diverses entérobactéries pour la deuxième. La réalité est cependant plus complexe puisque l’on distingue aussi la pneu­ monie d’aspiration par exemple. La culture est très importante dans le cas des pneumonies nosocomiales car elle permet de déterminer la sensibilité aux antibiotiques de l’agent infectieux et d’adapter le traitement. Pour les patients immunosupprimés, le diagnostic différentiel est plus large et la recherche par tests moléculaires de certains virus, de champignons filamenteux et du Pneumocystis peut se révéler informative. Rev Med Suisse 2014 ; 10 : 2126-9 K. Jaton J. Schrenzel G. Greub Dr Katia Jaton Pr Gilbert Greub Institut de microbiologie Université de Lausanne et CHUV Service des maladies infectieuses (GG) CHUV, 1011 Lausanne [email protected] [email protected] Pr Jacques Schrenzel Laboratoire de bactériologie HUG, 1211 Genève 14 [email protected] Microbiological diagnosis of pneumonia Pneumonia is an importance cause of morta­ lity and morbidity in adults. Two types of pneu­ monia are defined : community-acquired and nosocomial pneumonia with their correspon­ ding etiology such as pneumococci or Haemo­ philus influenzae and Pseudomonas or entero­ bacteriaceae, respectively. However, the rea­ lity is more complex with aspiration pneumonia, pneumonia in immunocompromised patient, and pneumonia in ventilated patients. Culture in the case of nosocomial pneumonia is es­ pecially important to obtain the antibiotic susceptibility of the infectious agent and to adjust therapy. Moreover for immunocompro­ mised patients, the differential diagnosis is much wider looking for viruses, filamentous fungi and Pneumocystis can be very informa­ tive, using new molecular assays. 2126 introduction : pneumonie La pneumonie est une infection des voies aériennes inférieu­res se manifestant, par exemple, par a) des signes d’inflammation ou de pathologies locales telles que la toux, des expectorations productives, une dyspnée ; b) des signes d’inflammation gé­ nérale tels que fièvre, leucocytose et c) caractérisée par la pré­ sence d’un infiltrat visible sur une plage pulmonaire à la radio­ graphie thoracique.1 La présence de cet infiltrat permet de différencier la pneumonie de la bronchite. Ainsi, le vrai défi pour le clinicien n’est pas de poser le diagnostic de pneumonie, mais bien d’en identifier la cause. La pneumonie est une maladie fréquente associée à une mortalité significative,2,3 et possède souvent un certain potentiel épidémique. On distingue les pneumonies atypiques, souvent caractérisées par une inflammation interstitielle épargnant les alvéoles, et les pneumonies lobaires, caractérisées par un comblement des alvéoles. Cependant, la réalité est plus complexe puisque par exemple la légionellose, due à un germe atypique, cause souvent une atteinte lobaire. pourquoi identifier l’agent d’une pneumonie ? Identifier l’agent étiologique d’une pneumonie permet de choisir le traitement le mieux adapté. Lorsque la cause est bactérienne, ceci permet une antibiothé­ rapie ciblée, qui aura moins d’effets secondaires qu’une association d’antibioti­ques et sera associée à une moindre pression de sélection (moins de développement de résistance bactérienne aux antibiotiques).4 Le diagnostic étiologique est plus complexe chez les patients immunosupprimés, comme les greffés, chez lesquels les virus respiratoires et les pathogènes opportunistes s’ajoutent au diagnostic différentiel. L’identification de l’agent d’une pneumonie est donc encore plus im­ portante actuellement du fait de l’augmentation des résistances bactériennes et du nombre croissant de sujets immunosupprimés. En effet, le diagnostic étiolo­ gique peut améliorer la prise en charge du patient en influençant la décision de donner ou d’arrêter le traitement antibiotique, d’initier un traitement antiviral, et/ Revue Médicale Suisse – www.revmed.ch – 12 novembre 2014 06_09_38211.indd 1 Revue Médicale Suisse – www.revmed.ch – 12 novembre 2014 0 06.11.14 08:53 ou de prendre des mesures d’isolement afin de prévenir la transmission en milieu hospitalier par exemple. agents étiologiques des pneumonies Les agents les plus fréquents de la pneumonie commu­ nautaire sont le pneumocoque (Streptococcus pneumoniae) et l’Haemophilus influenzae. Mycoplasma pneumoniae est également un agent fréquent de pneumonie communautaire, survenant souvent par vagues épidémiques en automne, principale­ ment chez les enfants d’âge scolaire et les adultes exposés (parents, enseignants…). Contrairement au pneumocoque qui cause généralement une pneumonie lobaire, Mycoplasma pneumoniae est un agent causant souvent des pneumonies interstitielles. Quant à Chlamydia pneumoniae, il a été long­ temps considéré comme un agent de pneumonie commu­ nautaire fréquent sur la base d’études qui montraient jus­ qu’à L 70% de séroprévalence chez l’adulte.5 Cependant, C. pneumoniae est rarement détecté en dehors d’épidémie (0,4% de prévalence), probablement parce qu’il n’est pas souvent recherché dans le contexte où il est présent : toux chronique et asthme communautaire.6,7 Les agents les plus fréquents de pneumonie nosocomiale sont le Pseudomonas aeruginosa et diverses entérobactéries (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, Mor­ ganella morganii et Citrobacter freundii, par exemple). D’au­tres bactéries non fermentatives peuvent également causer des pneumonies nosocomiales, dont notamment Stenotrophomo­ nas maltophilia. Plusieurs espèces bactériennes peuvent cau­ ser des pneumonies communautaires et des pneumonies nosocomiales, comme notamment Staphylococcus aureus et Legionella pneumophila. A ce jour, le traitement empirique de la pneumonie est basé sur l’étiologie probable dans une population donnée et, malgré tous les progrès diagnostiques, l’étiologie de la pneumonie est établie dans moins de la moitié des cas.8,9 Mycoplasma pneumoniae ou Chlamydia pneumoniae, la qualité de l’expectoration est moins importante car l’amplification ne sera pas perturbée par la présence de l’ADN des autres bactéries.10 Mais comme la charge bactérienne est généra­ lement 1000 x plus importante au niveau du tractus respi­ ratoire inférieur qu’au niveau de l’oropharynx, on risque des faux négatifs. Lorsque les expectorations ne sont pas disponibles, il est possible de recourir à des prélèvements par bronchoscopie. On distingue alors deux types principaux de prélève­ment : l’aspiration bronchique et le lavage broncho-alvéolaire (LBA). L’aspiration bronchique est plus souvent contaminée par de la flore oropharyngée que le LBA, et la signification clinique d’un germe obtenu en faible quantité dans une aspiration bronchique sera moindre que si ce même germe est obtenu par LBA. La présence de bactéries dans le liquide du LBA en quantité supérieure à 10 4 bactéries par ml suggère que cette bactérie est en situation pathogène.1 Pour les virus respiratoires, un frottis nasopharyngé est suffisant car les virus se retrouvent en grande quantité dans comment identifier l’agent d’une pneumonie ? Prélèvements Afin d’identifier l’agent étiologique d’une pneumonie, divers échantillons peuvent être utiles. L’expectoration est un prélèvement partiellement représentatif du tractus res­ piratoire inférieur. Ce prélèvement est obtenu de manière indirecte et transite au niveau de l’oropharynx. Lors du passage dans la cavité buccale, le prélèvement peut être contaminé par de la flore oropharyngée. Il est donc indis­ pensable que ce type de prélèvement soit examiné par une coloration de Gram afin de juger de sa qualité avant ensemencement (figure 1). La qualité de l’expectoration sera considérée comme acceptable s’il y a présence de beaucoup de leucocytes (expectoration purulente) et de peu de cellules épithéliales (d’origine buccale). La pré­ sence d’une flore polymicrobienne est également un signe d’une mauvaise qualité d’expectoration sauf lors de pneu­ monie d’aspiration. La qualité de l’expectoration peut être améliorée, par exemple via une induction par physiothéra­ pie. Lorsqu’on recherche l’agent pathogène par une PCR ciblée, qui ne va amplifier que ce que l’on cherche comme 0 Revue Médicale Suisse – www.revmed.ch – 12 novembre 2014 06_09_38211.indd 2 Figure 1. Examen direct A. Expectoration de bonne qualité, avec la présence de nombreux polymorphonucléaires. B. Expectoration de mauvaise qualité, avec la présence de nombreuses cellules épithéliales. Revue Médicale Suisse – www.revmed.ch – 12 novembre 2014 2127 06.11.14 08:53 toute la sphère ORL. Ce type de prélèvement est également plus facile à obtenir (surtout chez les enfants). Le diagnostic de pneumonie peut parfois également se faire de manière indirecte pour certains pathogènes, en re­ cherchant les antigènes bactériens au niveau des urines comme pour les pneumocoques et les légionelles. Enfin, la présence d’une bactériémie dans le contexte d’une pneu­ monie cliniquement documentée permet parfois d’identi­ fier l’agent étiologique par hémoculture. Examen direct L’examen direct à la recherche des bactéries, telles que le pneumocoque et l’Haemophilus influenzae, se pratique sur des prélèvements provenant du tractus respiratoire inférieur et permet non seulement d’évaluer la qualité de l’échantil­ lon (figure 1), mais également de donner une réponse rapide préliminaire au clinicien. La sensibilité de cet examen est cependant faible, puisque l’on ne détecte qu’environ une bac­térie par champ microscopique au grossissement de 1000 x lorsque 10 5 bactéries par ml d’échantillon sont pré­ sentes. De plus, l’examen direct par coloration de Gram ne permet qu’une identification présomptive de l’agent étio­ logique. Ainsi, par exemple, si l’on retrouve des diploco­ ques Gram positif avec un halo témoin de la présence d’une capsule, on suspectera qu’il s’agit d’un pneumocoque, mais le diag­nostic définitif devra être apporté par d’autres tech­ niques, dont la culture. Culture Trois types de gélose sont ensemencés afin de cultiver la plupart des agents bactériens de pneumonie (figure 2). La gélose au sang de mouton permettra de détecter diverses espèces bactériennes, dont le pneumocoque, qui se carac­ térise par une alpha-hémolyse (hémolyse partielle) et une sensibilité à l’optochine. La flore oropharyngée rendant la visualisation et l’isolement des pneumocoques présents dans l’isolement très difficiles, on utilise un disque d’opto­ chine mis systématiquement sur la gélose afin d’aisément différencier les Streptococcus pneumoniae sensibles à l’opto­ chine des autres streptocoques alpha-hémolytiques, large­ ment présents dans la flore oropharyngée et résistant à l’op­ tochine. Outre la gélose au sang, on ensemence également une gélose au sang cuit (gélose chocolat) contenant un antibio­ tique, la bacitracine, qui permet d’inhiber la croissance des streptocoques et de la plupart des bactéries présentes dans la flore oropharyngée. Cette gélose chocolat bacitracine per­ met la croissance d’Haemophilus influenzae, notamment grâce à la présence de cofacteurs indispensables. La troisième gélose ensemencée en routine pour des prélèvements respiratoires est la gélose McConkey, une gélose sélective et différentielle qui permet la croissance des bacilles Gram négatif : entérobactéries et germes non fermentatifs surtout présents dans les cas d’infections no­ socomiales. Enfin, selon la situation clinique et sur demande des médecins cliniciens, il est possible d’ajouter d’autres milieux de culture, dont par exemple une gélose contenant de la cystéine et du fer indispensables à la croissance de Legio­ nella pneumophila. Cependant, le temps de rendu du résultat 2128 Revue Médicale Suisse – www.revmed.ch – 12 novembre 2014 06_09_38211.indd 3 pour Legionella pneumophila peut être de plusieurs jours et, actuellement, la PCR est préférée à la culture. Le seul in­ convénient au diagnostic moléculaire est que seule l’espèce «pneumophila» est généralement recherchée, mais plusieurs autres espèces peuvent être détectées avec des PCR dé­ diées ou spécifiques au genre.11,12 Des milieux de culture particuliers sont également indis­ pensables pour détecter la présence par culture de l’agent de la tuberculose (Mycobacterium tuberculosis). Ainsi, même si la culture est une approche non dirigée permettant d’iden­ tifier de nombreux germes différents, potentiellement en cause dans la pneumonie d’un patient donné, il est indis­ pensable qu’une bonne communication entre le médecin traitant et le microbiologiste soit assurée afin d’effectuer un ensemencement et des examens complémentaires sur mesure selon le germe suspecté. Certaines bactéries, dites intracellulaires obligatoires telles que Chlamydia pneumoniae ou Coxiella burnetii, ne pous­ sent qu’en culture cellulaire. Cette technique complexe est de moins en moins utilisée dans les laboratoires diagnosti­ ques, ayant été largement remplacée par des approches de diag­nostic moléculaire et la sérologie. Biologie moléculaire La détection moléculaire de S. pneumoniae et H. influenzae dans les prélèvements respiratoires n’a que peu de valeur ajoutée lorsque les résultats ne sont pas quantitatifs. En effet, un résultat positif peut correspondre à une colonisa­ tion ou à une infection. Un résultat PCR quantitatif élevé peut suggérer une infection mais pour les pneumocoques, du fait de la relation génétique très proche entre le pneu­ mocoque et le Streptococcus mitis, le risque de faux positifs liés à la présence d’un Streptococcus mitis est grand si la PCR A B C D Figure 2. Culture A. Streptococcus pneumoniae : notez l’alpha-hémolyse (hémolyse incomplète, verdissante) et la sensibilité à l’optochine ; B. Haemophilus influenzae : croissance sur gélose chocolat-bacitracine ; C. Pseudomonas : lactose négatif sur gélose McConkey et D. Legionella pneumophila : croissance sur gélose au charbon (BCYE). Revue Médicale Suisse – www.revmed.ch – 12 novembre 2014 0 06.11.14 08:53 n’est pas absolument spécifique. Par contre, en raison des difficultés à cultiver les agents responsables surtout des pneumonies atypiques, tels que Legionella pneumophila, Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneu­ moniae, Chlamydia psittaci et Coxiella burnetii, ou la détection des virus respiratoires, le diagnostic moléculaire s’est déve­ loppé de manière drastique et de nombreuses études ont été effectuées.13,14 La PCR en temps réel est en général la méthode la plus sensible et la plus rapide donnant un ré­ sultat en moins de 24 heures. La valeur prédictive négative de ces tests est généralement excellente et peut (si ces ré­ sultats sont rapi­des) réduire la consommation inutile d’anti­ biotiques prescrits empiriquement.15,16 Un autre domaine où le diagnostic moléculaire est très utile est le diagnostic de la tuberculose. En effet, Mycobac­ terium tuberculosis, en raison de sa croissance lente et de sa nature pauci-bactérienne, est difficile à mettre en évidence par culture. Il nécessite des milieux particuliers et huit se­ maines de culture avant de considérer que cette dernière est négative. Les PCR ont raccourci de manière très im­ portante ce diagnostic, permettant, grâce à des systèmes miniaturisés comme le GeneXpert, de savoir en moins de 2 heures s’il y a ou non de l’ADN de M. tuberculosis dans un prélèvement et s’il existe une possible résistance à la rifam­ picine.17,18 Finalement, lorsqu’aucun germe n’a été documenté par les approches de biologie moléculaire et de culture classi­ ques, la PCR eubactérienne à large spectre peut être effec­ tuée sur des prélèvements normalement stériles tels que le liquide pleural ou des biopsies pulmonaires. Cette PCR peut détecter la plupart des bactéries grâce à la conserva­ tion de la cible de cette PCR, le gène codant pour la sousunité 16S de l’ARN ribosomal. Elle n’est pas appliquée aux autres prélèvements respiratoires.10 Sérologie La sérologie est peu utilisée pour le diagnostic de la pneumonie en raison de l’élévation retardée des anticorps, qui ne permet généralement qu’un diagnostic rétrospectif sur le sérum du patient convalescent. De plus, la spécificité de la sérologie est souvent imparfaite en raison de réactions croisées, notamment à IgM entre divers agents. conclusion Le diagnostic microbiologique est particulièrement utile au clinicien afin d’adapter l’antibiothérapie au vu de la grande variété d’agents de pneumonie. Le diagnostic étiologique repose sur l’examen de Gram, la culture, la PCR et la séro­ logie, et ces approches ont toutes des avantages et des li­ mites qui méritent d’être connues du praticien afin de faci­ liter l’interprétation des résultats. De plus, les résultats ob­ tenus doivent toujours être confrontés au tableau clinique puisque la présence de certains germes dans les expecto­ rations peut n’être que le reflet d’une colonisation. Les auteurs n’ont déclaré aucun conflit d’intérêts en relation avec cet article. Implications pratiques > Les agents les plus fréquents de la pneumonie communautaire bactérienne sont le pneumocoque (Streptococcus pneumoniae) et l’Haemophilus influenzae. Une culture est nécessaire pour mettre en évidence ces agents pathogènes > Par contre, du fait des difficultés pour cultiver les agents responsables des pneumonies dites «atypiques», la mise en évidence de Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia psittaci, Coxiella burnetii et Legionella pneumophila se fait par biologie moléculaire > La place des panels moléculaires, pour effectuer un diag­nostic syndromique, reste encore à définir Bibliographie 1 Mandell G, Douglas G, Bennett J. 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