hors Respiratoire

DFGSM-3/Bactériologie
2016-2017
Bactéries des infections
respiratoires hautes et basses
et quelques espèces apparentées
hors Respiratoire
Bactéries des infections respiratoires hautes et basses
et quelques espèces apparentées
objectifs
- Connaître la flore commensale normale des voies respiratoires
- Comprendre l’influence du biotope respiratoire sur :
le type de bactéries potentiellement responsables d’infections
l’analyse bactériologique et ses résultats
- Connaître les principales espèces responsables d’infections respiratoires, et :
leurs principales espèces apparentées
la pathologie extra-respiratoire de toutes ces espèces
Bactéries des infections respiratoires hautes et basses
et quelques espèces apparentées
1 - Flore du tractus respiratoire
hors Respiratoire
2 - Infections respiratoires hautes
espèces commensales
- Streptocoques A (C, G…)
- Streptococcus pneumoniae
- Haemophilus influenzae
espèces pathogènes obligatoires
- Bordetella pertussis
- Corynebacterium diphtheriae
et pathologie extra-respiratoire
et autres corynébactéries
3 - Infections respiratoires basses
- Pseudomonas aeruginosa
- Legionella pneumophila
- Chlamydia pneumoniae
- Mycoplasma pneumoniae
- Mycobacterium tuberculosis
et autres Pseudomonaceae
et autres Chlamydiae
et autres mycoplasmes
et autres mycobactéries :
M. leprae
M. avium M. intracellulare
M. ulcerans
M. marinum
1. flore du tractus respiratoire
VARS : espèces de la flore bactérienne commensale
Oro-pharynx : 108 – 109 bact. / mL de salive
espèces permanentes
staphylocoques,
streptocoques (H)
corynebactéries
Neisseria
Haemophilus
spirochètes
entérobactéries
anaérobies …
espèces transitoires
N. meningitidis
S. aureus
S. pneumoniae
S. pyogenes
C. diphtheriae
H. influenzae
K. pneumoniae
P. aeruginosa …
Trachée : flore réduite
(Toux, Appareil ciliaire, Immunité humorale et cellulaire)
Voies basses : normalement stériles
VARS : espèces de la flore bactérienne commensale
Oro-pharynx : 108 – 109 bact. / mL de salive
espèces permanentes
staphylocoques,
streptocoques (H)
corynebactéries
Neisseria
Haemophilus
spirochètes
entérobactéries
anaérobies …
espèces transitoires
N. meningitidis
S. aureus
S. pneumoniae
S. pyogenes
C. diphtheriae
H. influenzae
K. pneumoniae
P. aeruginosa …
Trachée : flore réduite
(Toux, Appareil ciliaire, Immunité humorale et cellulaire)
Voies basses : normalement stériles
… et espèces pathogènes
Pathogènes opportunistes
tous …
transitoires +++
permanentes +
Pathogènes obligatoires
B. pertussis
C. diphtheriae (tox+)
C. pneumoniae
M. pneumoniae
B.K.
Legionella
VARS : espèces de la flore bactérienne commensale
Oro-pharynx : 108 – 109 bact. / mL de salive
espèces permanentes
staphylocoques,
streptocoques (H)
corynebactéries
Neisseria
Haemophilus
spirochètes
entérobactéries
anaérobies …
espèces transitoires
N. meningitidis
S. aureus
S. pneumoniae
S. pyogenes
H. influenzae
K. pneumoniae
P. aeruginosa
C. diphtheriae …
Trachée : flore réduite
(Toux, Appareil ciliaire, Immunité humorale et cellulaire)
Voies basses : normalement stériles
… et espèces pathogènes
Pathogènes opportunistes
tous …
permanentes +
transitoires +++
Pathogènes obligatoires
B.K.
Legionella
B. pertussis
M. pneumoniae
C. pneumoniae
C. diphtheriae (tox+)
2. Inf. respiratoires hautes
angines, rhinopharyngites, sinusites, otites
Des germes de la flore commensale
- Streptocoque A (C, G…)
- Streptococcus pneumoniae,
- Haemophilus influenzae,
Des espèces pathogènes obligatoires
- Bordetella pertussis (coqueluche)
- Corynebacterium diphtheriae (diphtérie)
Présenté par :
Pr. Pauline BOUTOUX
Streptococcus pyogenes
chaînettes
Genre Streptococcus
- flores cutanéomuqueuses
- cocci Gram positif en chaînettes
- exigeant (milieux au sang)
- anaérobie-aéro-tolérant
- 20 groupes antigéniques (polyoside C)
- Capsule : adhérence, échappement
hors Respiratoire
S. pyogenes (= strepto A)
- amygdales / porteurs sains
- béta-hémolytique, groupe antigénique A
- protéine M et nombreuses toxines
- angines, otites, phlegmon, scarlatine
- également : affection cutanées, génitales, bactériémies,
choc toxique, complications post-streptococciques
Diagnostic
- « doctor test » : antigènes de groupe A
- culture
- sérodiagnostic rétrospectif
Antibiothérapie
- Aminopénicilline (+ macrolides)
b-hémolyse
Doctor test
négatif
positif
Streptococcus pyogenes
chaînettes
Protéine M
Capture C4b BP
Capture IgA
anti-opsonisation
phagocytose réduite
Ac. lipotéichoïque
+ Capsule
(Ac. hyaluronique)
Protéine M
F
Peptidoglycane
Membrane plasmique
cytoplasme
Substances extra-cellulaires
Streptolysines
Streptokinases, C5a peptidase
Streptodornases
…
Toxines pyrogéniques
Mimetisme
protéines de surface humaines
 Auto-anticorps
Hors sérum :
Détournement du collagène (ponts fibronectine)
Aggrégats  Invasion tissulaire
Streptocoques
Non hémolytiques
Streptocoques
-hémolytiques
hémolyse incomplète
b-hémolytiques
hémolyse complète
du groupe B (S. agalactiae)
flore maternelle
méningite néo-natale
peu virulents
(flore orale +++)
…
plus virulents
du groupe A (S. pyogenes)
strictement humain
du groupe G (S. dysgalactiae)
moins fréquent, terrain
digestif  animal
mêmes
pathologies
Streptococcus pneumoniae
Diplocoque capsulé
Bactériologie
- diplocoque
- capsule (variation antigénique, vaccin)
- -hémolyse
- nombreuses toxines, hyaluronidase, fibrinolysine …
- liées à la paroi : pneumolysine*, protéine A
infection
- muqueuse oro-pahryngée humaine, exclusivement
- nombreux porteur sains (commensalisme, terrain)
- transmission inter-humaine, sans épidémie
- infection endogène (sujets fragilisés, âges extrêmes)
- *réaction inflammatoire intense
Pathologie
- rhinites, sinusites otites …
Potentiel invasif :
- Pneumonie Franche Lobaire Aiguë
- dissémination hématogène :
- bactériémie
- méningite
- endocardite, péritonite, etc.
-hémolyse
=/ b-hémolyse
Vaccin
Mortalité +++
Streptococcus pneumoniae
Transformation
incorporation d’ADN étranger (autres streptocoques oraux +++)
Transglycane
ext.
ADN-ligand
DNAse
Porine
PG
Mb Ct
Mb Ct
int.
Transloquase
Gènes mosaïques  protéines hybrides : transpeptidases d’affinité réduite pour les b-lactamines (PSDP)
Streptococcus pneumoniae
PSDP
Antibiotiques
- Pneumocoque de Sensibilité Diminuée à la Pénicilline (PSDP) :
résistance :
Péni-G : CMI > 1 µg/mL
+ Amox : CMI > 2
+ C3G
: CMI > 2
co-résistances
(Erythromycine, Cotrimoxazole, Tétracyclines)
Vaccination
- Sujets vulnérables (âge, tabac, cardio-pneumopathie, splénectomie, immunodépression)
- Vaccin : selon l’âge
< 5 ans (conjugué, 13-valent [PREVNAR] ; 2, 4 et 11 mois)
> 5 ans (polysaccharidique, 23-valent [PNEUMO 23] ; rappel 5 – 7 ans)
Haemophilus influenzae
Cocco-BGN
Bactériologie
- coccobacille Gram négatif
- exigeant : facteurs de croissance (NAD, Hémine)
- VARS exclusivement
- colonisation permanente
infection
- migration accidentelle : oreille moyenne, bronches, LCR
- souches non capsulées :
surinfection opportunistes locales : ORL, bronchopulmonaires
- souches capsulées (type b +++)
invasion, méningite, épiglottite (enfant +++)
Antibiothérapie
- Amoxicilline + acide clavulanique (+ C3G)
1992
bactériémie
Vaccin (2, 4 et 11 mois)
- spécifique des capsules de type b : méningite ++
- baisse du portage des souches capsulées
- peu d’effet sur les autres pathologies (otites …)
dues principalement à des souches non capsulées+
méningite
Haemophilus influenzae
Cocco-BGN
Pili (porteurs d’adhésines)
- adhésion
- internalisation dans les cellules épithéliales
IgA protéases
- échappement aux défenses mucosales
Capsule (inconstante)
- invasion : (internalisation dans les cellules endothéliales)
barrière sanguine et hématoencéphalique
- survie des bactéries circulantes
- polysaccharide antigénique (6 types : a  f ; b +++)
- Ac protecteurs
IgA sécrétoire
Chaîne J / Pièce sécrétoire
Haemophilus influenzae
Incidence
et
Immunité
selon l’âge
Bordetella pertussis
B. pertussis / Coqueluche
Caractères généraux
- petit cocco-bacille Gram négatif
- fragile
- croissance lente et fastidieuse (milieux spéciaux, 4 à 7 jours)
- espèces voisines :
B. parapertussis (paracoqueluche)
B. bronchiseptica (infection respiratoire persistante)
Cocco-BGN
Epidémiologie
- contamination par voie aérienne (contagion)
- maladie infantile fréquente et grave (épidémies) : pays sans vaccination
- résurgence : adulte anciennement vacciné (immunité s’amenuisant dans le temps)
formes frustres du jeune adulte (protection réduite avec l’âge)
France
contagieuses pour le nourrisson, non encore vacciné
France
- 200 à 600 cas/an  hospitalisation (75 %)
- 1ère cause de décès avant 3 mois (Détresse Respiratoire Aiguë)
B. pertussis / Coqueluche
Adhésines (tropisme bronchiolaire, cellules ciliées)
- Protéines de surface:
Fimbriae  activation récepteurs FHA
Pertactine  activation de la FHA
- Hémagglutinine filamenteuse (FHA)
Hématies, Cellules ciliées (bronchioles)
Accumulation de mucus + paralysie ciliaire
- Toxine pertussique (fraction B)  leucocytes
Toxines (non invasive)
- Toxine pertussique (fraction A) :
AMPc : cytolyse, hyperlymphocytose
- Adényl-cyclase hémolysine
hémolyse, apoptose (macrophages alvéolaires)
- Toxine cyto-trachéale : destruction de l’épithélium cilié
- Toxine dermonécrotique : idem
Paralysie et destruction ciliaire + inflammation (cytonécrose, exsudation +++)
Tableau sévère (asphyxie) : toxines +++ / peu de bactéries
AC protecteurs, vaccin (immunité limitée 10 - 15 ans)
Pas de passage materno-foetal
Toxine pertussique
B. pertussis / Coqueluche
Diagnostic bactériologique
- germe fragile, culture très difficile : sensibilité < 50 %
- intérêt dans les formes atypiques
- prélèvement des mucosités : aspiration nasale ou bronchique
- acheminement rapide, milieu de transport
- intérêt de la PCR +++
Antibiotiques
- résistance : péni G, C1G, C2G
- intérêt : macrolides+++
- prévention des complications pleuro-pulmonaires et ORL
Prévention
- vaccination (Pentacoq), précoce : m2, m3 et m11 (et rappel +++ : 6, 12, 25 ans)
- antibioprophylaxie (macrolides) des sujets contacts
Corynebacterium diphtheriae
C. diphtheriae / diphtérie
Corynebacterium spp
BGP coryneforme
- Bacilles, Gram +, irréguliers (en massue, en haltères)
- Groupement "en palissade", "lettres de l’alphabet"

genre « morphologique »
- Habitat : téguments, muqueuses, et VARS
- Exigeant des milieux enrichis
C. diphtheriae
- Toxine diphtérique, de type A-B : inconstante
Toxine diphtérique
inconstante (d’origine phagique)
tropisme : système sympathique périphérique
blocage de la synthèse protéique (ARNt)  mort cellulaire
- Anticorps anti-toxine, Vaccination (anatoxine)
Diphtérie
- Transmission inter-humaine (sécrétions rhino-pharyngées)
depuis : malades, formes frustres, atypiques ou inapparentes
- Rare en France (vaccination)
- Cas importés
C. diphtheriae / diphtérie
Pathologie
- Angine diphtérique : prolifération bactérienne locale, pas d’invasion
pseudomembrannes (nécrose + inflammation) : voile, amygdales, piliers
- Croup : laryngite asphyxiante
- Manifestations générales : toxine neurotrope diffusante
fatigue, léthargie, stupeur, coma
paralysies sévères : myocarde, rein, surrénales (léthalité : 5 à 10 %)
Diagnostic biologique
- Confirmation étiologique d’un diagnostic clinique
- Mise en évidence de la toxine (souche toxinogène)
- Déclaration obligatoire
Prélèvement
- Ecouvillonnage (périphérie des fausses membranes)
- Culture sur milieux spécifiques :
Loeffler : rapide, présomptif (toutes les corynébactéries)
Téllurite : sélectif, plus lent (3 à 4 jours)
- Confirmation de l’identification (éventuellement : C. ulcerans)
- Mise en évidence de la toxine
Immunoprécipitation
Effet cytopathogène (cultures cellulaires)
PCR (gène tox)+++
- Par étapes
- Suivi +++
C. diphtheriae / diphtérie
Traitement en urgence
- Sur arguments cliniques et épidémiologiques
- Avant confirmation bactériologique
- Sérothérapie antitoxique
Antibiothérapie
- Traitement d’appoint (arrêter la production de toxines)
- Péni G, macrolides (cyclines, chloramphénicol, aminosides)
Mesures d’accompagnement
- Isolement, éviction scolaire, D.O.
- Dépistage et antibiothérapie des porteurs dans l’entourage
- Vaccination ou rappel de l’entourage
- Suivi du traitement : 3 cultures négatives
Vaccination
- Obligatoire (m2, m4, m11, 6, 12, 25, 45, 65, 75 ans…) [DTPC]
- Rappel avant voyages en zone d’endémie (pays de l’Est)
Autres corynébactéries
hors Respiratoire
- Nombreuses espèces
- Commensales de la peau et des muqueuses
- Le plus souvent non pathogènes
Contamination possible des prélèvements
- Pouvoir pathogène : défenses abaissées
- 2 espèces hautement résistantes  traitement par Vancomycine, Quinolones
C. jeikeium
- Immunosuppression (cathéters, antibiothérapie large spectre)
- Bactériémies, péritonites, méningites, pneumonies …
- Endocardites (porteurs de prothèses valvulaires)
C. urealyticum
- Immunodéprimés, sujet âgés, avec sonde urinaire
- Infection urinaire avec lithiases (uréase  alcalinisation), cystites, pyélonéphrites
3. Inf. respiratoires basses
Présenté par :
Pr. Paul BAHOUT
Inf. respiratoires bactériennes basses
Germes banals (flore)
- Infections bronchiques communautaires :
H. influenzae, pneumocoque
- Surinfections bronchiques hospitalières :
entérobactéries, staphylocoques, Pseudomonas, Acinetobacter
- Infections parenchymateuses :
pneumocoque, staphylocoques, K. pneumoniae, anaérobies
Germes atypiques (pathogènes spécifiques)
Légionelles
M. pneumoniae
Chlamydia …
BK
Cytobactériologie broncho-pulmonaire
Difficultés
- Prélèvement : risque de contamination oro-pharyngée
- Pathogènes potentiels = présents à l’état commensal
Précautions
- Analyse sans délai
- Prélèvements profonds (mais invasifs !)
- Expectoration
- Aspiration bronchique (sonde d’intubation)
- Mini-lavage (cathéter protégé / à l’aveugle)
- Lavage bronchiolo-alvéolaire (sous fibroscopie)
- Brossage bronchique protégé (faible quantité)
Interprétation
- Ecarter les prélèvements « salivaires » (cytologie)
- Tenir compte de la quantité de bactéries et de leucocytes (numération)
Biomasse
Prélèvements
contaminant
pathogène
Temps
Cytobactériologie broncho-pulmonaire
Prélèvements à visée bactériologique
A l’aveugle
prélèvement global
Sous fibroscopie
dirigé  foyer
Non protégé
passage septique
- Expectoration
- Aspiration bronchique
- Fibro-aspiration
- Lavage Bronchiolo-Alvéolaire (4 x 50 mL)
Protégé
double KT
obturation
- Mini LBA (20 mL)
- Aspir. distale protégée (1mL)
- Brossage bronchique (1mL)
Interprétation
Qualité du prélèvement :
cytologie, aspect « salivaire » / aspect « bronchique »
Bactériologie quantitative :
contamination / infection : > 107 UFC / mL, > 105, > 104, > 103
Autres signes infectieux
polynucléaires
Biomasse
contaminant
pathogène
Temps
Pseudomonas aeruginosa
P. aeruginosa
Pathogène opportuniste

pathologie hospitalière variée

surinfection BPc
Caractères généraux
- bacille Gram négatif, poussant sur milieux ordinaires
- mobile polaire, aérobie stricte
- capsule inconstante d'alginate (le slime)  adhésion +++
- multirésistance fréquente (antibiotiques et antiseptiques)
Habitat et épidémiologie
- bactéries de l’environnement (sols, eaux, végétaux, flore colique transitoire)
- commune en milieu hospitalier
réseau d'eau, nébulisateurs humidificateurs
retrouvés dans les solutés antiseptiques
- diffusion épidémique possible (soins intensifs)
P. aeruginosa
H. influenzae
génome
6.3 Mb
1.8 Mb
nb de gènes
> 5 500
< 2 000
environnement
pharynx
humain
niche
P. aeruginosa
Facteurs de virulence
Facteurs d’implantation
Mobilité
Exotoxines
Echappement
dans les liquides : flagelles
Ig-protéases : élastase
en surface : pili de type IV
Anti-phagocytose
Adhésion
dépolymarisation de l’actine: ExoT
surfaces inertes : fimbriae
muqueuses : LPS
Invasion
…
sidérophores : pyocyanine, pyoverdine
dégradation du surfactant : phospholipase C
détersion muco-ciliaire : rhamnolipides
catalyse de radicaux libres : pyochéline
lésions tissulaires : ExoA, ExoS, ExoU
…
P. aeruginosa
Pathologie
Infections nosocomiales : variées
- surinfections respiratoires basses : mucoviscidose, soins intensifs
- infections cutanées : brûlures, escarres, ulcères
- sépticémie et choc (leucopénies, cancérologie)
- infections urinaires (patients sondés)
- méningite post traumatique ou post opératoire (neuro-chirurgie)
…
Infections communautaires : plus rares
- infections occulaires sur lentilles
- endocardites (toxicomanie, voie IV)
hors Respiratoire
P. aeruginosa
Laboratoire
Diagnostic bactériologique
- tous prélèvements : respiratoires, cutanés, urine, sang, pus …
- aspect typique des colonies :
reflets métalliques
pigments vert (pyoverdine) et bleu (pyocyanine)

bacille pyocyanique
- odeur typique (seringa)
Antibiotiques et antibiothérapie
- résistances naturelles : péni A (et clavulanate), céfotaxime, céphamycines,
cotrimoxazole, quinolones 1G
- traitements possibles :
carboxi- et uréido-pénicilline, C3G, carbapénèmes, aminosides, ciprofloxacine
- mais nombreuses résistances acquises : antibiogramme indispensable
Autres BGN aérobies stricts
Pathologie
- environnement, milieu hospitalier, secteur humide
- pouvoir pathogène opportuniste (immunodéprimé)
- pathologie respiratoire (+++) et autre
- multirésitance aux antibiotiques
Nombreuses espèces
- Acinetobacter baumannii
- Burkholderia cepacia
- Stenotrophomonas maltophilia
- etc.
Idem P. aeruginosa
Legionella pneumophila
L. pneumophila
Caractères généraux
- genre Legionella (1976) :
43 espèces
dont L. pneumophila
Sérotypes 1 à 14
- petit bacille Gram négatif, mobile, aérobie stricte
- croissance lente et exigeante (milieux spéciaux), 10 % de CO2
- pouvoir pathogène variable
L. pneumophila
Habitat
- bactéries de l’environnement : biofilms, protozoaires
- eaux douces (lacs, rivières)
- survie de 4 à 63°C
- eaux de distribution (froides et chaudes, circuits de climatisation)
Epidémiologie
- pneumopathies communautaires et nosocomiales
- sporadiques ou anadémiques
- pas de transmission interhumaine
- rôle du terrain (alcoolo-tabagisme, âge, diabète, cancer, immunosupression …)
- France : 1200 signalements / an (~ 1.8 p 100 000 hab.)
L. pneumophila
Physiopathologie
- infection des voies aériennes : aérosols
- résistance à la phagocytose (inhibition de la fusion phago-lysosomiale)
- lyse des macrophages alvéolaires infectés, diffusion de voisinage
Inhibition de la fusion phago-lysosomiale
- cytokines en excès, toxicité pour le parenchyme (protéases)
- rôle aggravant : âge, tabac, insuffisance respiratoire chronique et immunodépression
Clinique
- Maladie du légionnaire = légionellose
pneumonie progressive, + signes généraux : AEG, confusion, diarrhée …
rémission ou aggravation (choc, CIVD) rapide et mortelle (20 %)
foyers extra-pulmonaires : rares, mais graves
Croissance dans le macrophage
- Forme sévère de l'immunodéprimé
surinfections bactériennes, abcédations
- Fièvre de Pontiac
courante, bénigne, non pulmonaire : syndrome pseudogippal, résolution spontanée
peut laisser des « traces » immunologiques (AC résiduels)
L. pneumophila
Diagnostic étiologique d'une pneumonie

Legionellose ? D.O., intervention !
Diagnostic présomptif rapide : antigènes urinaires
- réponse en quelques heures (Imuno-chromato, ELISA)
- LP1 seulement (~ 80 % des cas)
- précoce (2 à 3 jours), parfois persistant (10 à 12 mois)
Confirmation par culture
- Retardée (5 à 10 jours)
- Prélèvements : bronchiques, sang, pus
- Milieux spécifiques (cystéine, fer) et sélectifs (antibiotiques)
- Typage (agglutination, immuns sérums) : types courants LP1 à 14
Diagnostic rétrospectif : sérologie
- Recherche des IgG, IgM et IgA (ELISA); 2 sérums à 2-3 semaines
- Séroconversion
critères indispensables : S2 > 4 x S1 et S2 > 128
peut manquer
Immuns complexes
L. pneumophila
Pneumopathie + 1 signe suivant :
. Cas confirmé :
. isolement de Legionella dans 1 prél. clinique
.  titre Ac sérique (x 4) avec 1 2ème titre minimum de 128
. présence d’Ag soluble urinaire
. IFD + sur 1 prél. clinique
. Cas probable :
. Titre unique Ac sérique  256
Rq : PCR pas reconnue comme méthode diagnostique ++
. Cas nosocomial certain : hospitalisé durant toute la période d’incubation (10 j)
. Cas nosocomial probable : hospitalisé entre 2 et 9 j avant la date des 1ers signes
L. pneumophila
Traitement
Résistance
- aux b-lactamines (b-lactamase)
Antibiothérapie
- Macrolides+++
érythromycine 2 à 3 semaines (d'abord IV)
azithromycine (PO seulement) dans les formes moins graves
- Formes graves : association quinolones ou rifampicine
Prévention
- Surveillance et décontamination des circuits d'eau chaude collectifs
- Utilisation d'eau stérile pour les aérosols (humidificateurs, nébulisateurs)
- Enquêtes épidémiologiques (recherche de la source)
Chlamydia pneumoniae
Chlamydiae
Parasite intracellulaire obligatoire
phagocytes
CR : corps réticulé
maturation
CE  CR
CE : corps élémentaire
diffusion
~ 48 h
CE  CR
Inclusions
Persistance
Chlamydia pneumoniae
Nouveau nom : Chlamydophila pneumoniae
Pathologie
- « Pneumopathies atypiques » communautaires (10 %)
- Pauci-symptomatiques : pharyngite, bronchite banale
- Formes asymptomatiques
- Séroprévalence :  75 %
- Réinfections (immunité limitée)
Diagnostic biologique
- pas de culture (labos spécialisés uniquement)
- PCR+++
- Sérologie
primo-infection : IgM (2-3 semaines / 2-6 mois)
réinfection : IgG (séroconversion 2 dilutions)
Sensibilité
titre élevé isolé : non significatif
- Rifampicine, tétracyclines, macrolides, fluoroquinolones …
autres Chlamydiae
C. psittaci
= Chlamydophila psittaci
Oiseaux (et : domestique, élevage)
- Pneumopathies atypiques traînantes
C. trachomatis
hors Respiratoire
Régions tropicales (promiscuité, hygiène)
- Trachome
- Infections sexuellement transmissibles
migrations, tourisme sexuel
urétrites, cervicites, salpingites …
Mycoplasmes
Mycoplasma pneumoniae
Ecologie
- dépourvu de paroi++
- inféodé à la muqueuse respiratoire humaine (exigence en stérols)
- portage de convalescence
Pathologie
- agent de la « pneumonie atypique » primitive : enfant adulte jeune (30 à 50 %)
- petites épidémies automno-hivernales
- formes bénignes (pharyngites, bronchites banales)
- formes latentes
- formes méningo-encéphalitique
Diagnostic, traitement
- culture difficile (> 15 j) sur milieux spéciaux : labos spécialisés
- intérêt de la PCR+++ et de la sérologie (séroconversion ou titre > 64)
- macrolides, cyclines, quinolones
Les mycoplasmes
M. pneumoniae
M. hominis
Ureaplasma spp.
Commensal
Infection
Culture
PCR
Sérologie
Non
Pulmonaire
+
++
++
Oui
Génitales
(extra-G.
ImmunoD)
+
Liquides,
biopsies
articulaires
0
0
+
0
M. genitalium
+
idem
Autres espèces
(nombreuses)
Oui
Non
hors Respiratoire
+ recherche
C. Trachomatis
Gono, Tréponème
Tuberculose, France : décès /an
Résurgence
Mycobactéries
1. Le bacille de la tuberculose
2. Le bacille de la lèpre
3. Autres mycobactéries
hors Respiratoire
Genre Mycobacterium
Principales espèces
- M. tuberculosis, M. africanum (variété)
- M. bovis : tuberculose animale, et humaine
Parasite humain ou animal obligatoire
Pouvoir pathogène spécifique
- M. leprae : bacille de la lèpre
- Mycobactéries atypiques
Bactéries de l’environnement
Commensales de l’homme ou des animaux
Nombreuses espèces ( > 100)
Pouvoir pathogène opportuniste
Genre Mycobacterium
BAAR : Ziehl-Neelssen
Bacilles
Acides mycoliques
acides gras
à très longue chaine (=> C90)
Paroi spécifique
Arabinogalactane
Peptidoglycane
Membrane cytoplasmique
Cytoplasme
Résistance lysosomiale
Échappement
Acido-Alcoolo Résistance
pas de Gram, mais : B. A. A. R.
Paroi
Diagnostic
spécifique
Diagnostic bactériologique tardif
lipidique
Croissance lente
Installation lente de la maladie
Antibiothérapie prolongée
ATB spécifiques
Antituberculeux
Traitement
spécifique
le bacille de la tuberculose :
M. tuberculosis
M. tuberculosis : épidémiologie
Habitat et épidémiologie
- Réservoir = malades (caverne)
- Contage aérien (exceptionnellement digestif)
Chaque année
- Nvx cas : 9 millions
- Décès : 1.5 million
Afrique
- SIDA +++
- Problème de santé publique dans le monde entier
- Emergence de formes multi-résistantes aux antibiotiques
en France :
Incidence (2010) : 8,1 p 100 000 - Multi-résistance : 1,6 %
baisse régulière, sauf milieu de la précarité et migrants
Facteurs favorisants
- Promiscuité
- Dénutrition
- Immunodépression
M. tuberculosis : pouvoir pathogène
Physiopathologie
- Contamination aérienne
- Phagocytose : macrophages alvéolaires
Inhibition de la fusion du lysosome,  survie dans le phagocyte
recrutement lymphocytes cytotoxiques  réaction fibroblastique périphérique
- Multiplication limitée : tubercule
nécrose caséeuse (centrale), cellules épithélioides et lymphocytes
disparition progressive (anaérobiose)
- Dans certains cas :
prolifération, ramollissement, évacuation (caverne)
dissémination sanguine, lymphatique … et aérienne
Clinique
- Primo-infection tuberculeuse / Dissémination pulmonaire / extra-pulmonaire
M. tuberculosis : diagnostic biologique
1) Diagnostic direct
Mise en évidence du BK dans les sécrétions
- pulmonaire : expectoration, fibroscopie, tubage gastrique
- extrapulmonaire : pus, LCR, ganglions, biopsies osseuses …
- examen microscopique (sécrétions pulmonaires)
détection des B.A.A.R.
recherche spécifique (auramine, Ziehl)
 présomption BK (selon le contexte)
 en quantité (sensibilité ~ 104/mL)
- PCR (coût +++) uniquement si BAAR et :
- exclusion du diagnostic TB devant tableau suspect
- immunodéprimé : autre mycobactérie ?
- échec thérapeutique : autre mycobactérie ?
- mise en culture (plus sensible, plus spécifique)
après décontamination et concentration de l’expectoration
milieux solides spéciaux, prolongée (4 à 10 semaines)
milieux liquides  lecture automatique (5 à 15 jours)
 antibiogramme (+ 5 à 15 j.)
BAAR
=
sujet
contagieux
M. tuberculosis : diagnostic biologique
2) Diagnostic indirect : recherche de l’allergie tuberculeuse (HSR)
- Enquête autour d’un cas
- Embauche, service à risque
- Formes extrapulmonaires
Intra-Dermo Réaction
- Tests cutanés : IDR à la tuberculine
- témoin d’une infection antérieure (y compris BCG)
- à interpréter selon le contexte
- Tests sanguins : Elispot-TB, QuantiFERON-TB IT®
- détection de l’IFN-g
- produit par les lymphocytes du sujet
- en présence d’antigènes M. tuberculosis
M. tuberculosis : antibiotiques
Antituberculeux
- Rifampicine : inhibition de la synthèse des acides nucléiques
- Isoniazide : inhibition de la synthèse des acides mycoliques
- Pyrazinamide (idem)
- Ethambutol : inhibition de la fixation des A.M. à la paroi
Résistance secondaire (= acquise au cours du traitement)
- Préexistence de mutants spontanés (taille de la population)
- Sélection par l’antibiotique correspondant
 association ATB impérative
Résistance primaire
- Primo-infection par un mutant résistant … non éradiqué
- Collectivités (précarité, migrants  traitements insuffisants)
Multirésistance (MDR)
- Souches résistantes à 2 antituberculeux
- Env. 20 % aux USA - risque d’émergence en France
XDR
- Ultrarésistance
- R à 3 antituberculeux
M. tuberculosis : traitement
Antituberculeux
- Trithérapie x 2 mois, puis bithérapie
- Durée totale, selon la forme :
de 6 mois (pulmonaire)
à 12 mois (méningée, osseuse)
Prophylaxie
- Vaccination
BCG
population à risque
- Isolement respiratoire
hospitalisation
jusqu’à négativation des examens directs
Précarité =
accumulation des facteurs de risque
Promiscuité
Malnutrition
Mauvais accès au soins
Mauvaise compliance
Les autres mycobactéries
M. leprae : bacille de la lèpre
Caractères bactériologiques
- Mycobactérie non cultivable
- Intérêt de l’examen microscopique (BAAR) : diagnostic, suivi du traitement
frottis de produits pathologiques
mucus nasal, sérosités dermiques des lésions
amas intracellulaires arrondis (globi)
Epidémiologie
- Réservoir strictement humain (sujets infectés)
- Endémique dans de nombreux PED
- Forme tuberculoïde : lésions folliculaires (peu de bacilles)
neuropathies périphériques, troubles sensitifs, moteurs et trophiques
- Forme lépromateuse (infiltration tissulaire, immunité déficiente)
Traitement
- Rifampicine (quinolone) : de 6 à 24 mois
Mycobactéries « atypiques »
Caractères généraux
- Bactéries de l’environnement : sols, aliments, eaux d’adduction
- Très nombreuses espèces
- Commensales :
prélèvements plurimicrobiens, contaminants des cultures
contamination du matériel médical (petites épidémies)
Pathologie
- Pouvoir pathogène opportuniste : mycobactérioses (Immunodépression,SIDA)
Pulmonaires :
M. avium – intracellulare, M. kansasii
Pus d’abcès :
M. fortuitum, M. chelonae, M. xenopi
Ganglionnaires :
M. scrofulaceum
Cutanées :
M. ulcerans, M. marinum
Mycobactéries « atypiques »
Diagnostic bactériologique
- Croissance :
plus rapide (quelques jours)
- Critères étiologiques :
1) Isolements répétés
2) d’un site approprié
3) en l’absence de bacilles de la tuberculose
- Antibiogramme impératif (forte résistance)
Bactéries des infections respiratoires hautes et basses
en résumé
- Quelques espèces pathogènes spécifiques (obligatoire)
- Potentiel pathogène (opportunisme) des espèces de la flore VARS
- Contamination possible des prélèvements  interprétation
- Caractère particulier de mycobactéries (lenteur)
- Pathologie extra-pulmonaire de la plupart des espèces