Legionella, M. pneumoniae

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Bactériologie des infections
respiratoires
Prof. Gérard Lina
UE 13 Agents infectieux
Année Universitaire 2016-2017
05/09/2016
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OBJECTIFS
• Connaître les différentes types d’infections
respiratoires et leurs étiologies
• Comprendre la stratégie de la démarche
étiologiques
• Savoir interpréter les résultats
bactériologiques
• Connaître la stratégie thérapeutique
antibiotique
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PLAN
•
•
•
•
•
Généralités
Angines bactériennes
Epiglottites
Coqueluche
Pneumonie bactériennes
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CONNAISSANCES ANTERIEURES
• Cours d’immunologie
• Cours d’anatomie
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GENERALITES
• Infections respiratoires très fréquentes
– Morbidité et mortalité +++
– Tous âges tous terrains
– Nombreux agents infectieux
» Virus > bactéries > champignon
• Nombreux types d’infections
– Supérieures :
» flore commensale abondante
» Angine, rhinopharyngite, otite,
sinusite, laryngite
– Inférieurs :
» flore peu abondante mais pas stérile
» Bronchite, pneumonie
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ANGINES
• Généralités
– Infection des amygdales :
» Fièvre, odynophagie, adénopathie(s) satellite(s)
– Incidence 9 millions /an en France
– Origine virale >> bactérienne
• 4 types d’Angines
–
–
–
–
Erythémateuses /érythématopultacés
Pseudo-membraneuses
Ulcéreuses / ulcéro-nécrotiques
Vésiculeuses
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Angines érythémateuses /erythématopultacées
• Etiologies
– 60-90% virale : rhinovirus, coronavirus, VRS…
– 10-40% bactérien :
» Streptococcus pyogenes (streptocoque béta-hémolytique
du groupe A)
» Autres streptocoquesbéta-hémolytique du groupe C et G)
» Arcanobacterium haemolyticum
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Streptococcus pyogenes = streptocoque A
• Généralité
– Habitat
» Bactérie strictement humaine
» Oropharynx (5% portage)
– Transmission aérienne, contact direct
• Caractéristiques bactériologiques
– Cocci Gram positif, en chainette
– Bêta-hémolytique
– Produit de nombreuses toxines
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Devenir des angine à Strepto A (1)
• Evolution favorable +++
• Rare complications favorisées
par absence TT d’antibiotique
1. Toxiniques lié à la production
de superantigènes
» Scarlatine :
• Eruption cutané, nausées, langue framboisé
» Choc toxique
• Idem + choc et défaillance d’organes
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Devenir des angine à Strepto A (2)
• Rare complications
favorisées par absence de
TT d’antibiotique
2.
Suppuratives
» Phlegmon péri-amydalien, cellulite…
3. Syndromes post streptococciques (>10 J)
» Rhumatisme articulaire aigue
• Atteinte articulaire et cardiaque…
» Glomérulonéphrite
• Atteinte rénale : œdème, hypertension…
» Erythème noueux
• Dermohypodermite inflammatoire
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Prise en charge des angines à strepto A
• Test Diagnostic Rapide : test immunochromatographique, détecte les Ag du Streptocoque A
• VPM ≥ 96%; VPP > 90%
• Si TDR positif, traitement antibiotique :
– Amoxicilline, toujours sensible
– Céphalosporine ou macrolides si allergie
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Prise en charge des complications des angines à
strepto A
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• Scarlatine = angine
• Choc toxique streptococcique
– Hémocultures….
– Mortalité 30% -> hospitalisation USI
– Amoxicilline+ gentamicine+clindamycine +/- IV Ig
polyvalente
• Phlegmon et cellulite
– Drainage chirurgicale + antibiothérapie
• Complications post-streptococcique
– Diagnostic pat sérologie streptococcique
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Angines pseudo-membraneuses
• Etiologies
– majoritairement virale :
» Mononucléose infectieuse par virus Epstein-Barr
– Exceptionnellement bactérienne :
» Diphtérie par Corynebactérium diphteriae toxinogène
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Diphtérie
• Clinique = Urgence diagnostic et thérapeutique
– Absence de vaccination (europe de l’est, mayotte..)
– Angine + dysphonie+ voix et toux rauque (croup)
– Complications toxiniques :
» Myocardique, neurologique
• Diagnostic
– Clinique +
– Prélèvement de amygdale + prévenir laboratoire
• Traitement
–
–
–
–
Hospitalisation
Antibiothérapie (Amoxicilline)
Sérothérapie spécifique + vaccination
Maladie à déclaration obligatoire
• Prévention par la vaccination
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Angines ulcéro-nécrotiques
• Angine de Vincent toujours bactérienne
–
–
–
–
–
Infection fusobactérium et spiroquète non cultivable
Mauvaise hygiène dentaire
Diagnostic clinique + ED sur prélèvement d’amygdale
Risque d’extension -> syndrome de Lemière
Traitement amoxicilline ou metronidazole
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Angines vésiculeuse
• Angines toujours virales
– Herpangines (Coxsackie A)
– Syndrome pied-mains bouche (Coxsackie A, entrovirus)
» Stomatite + éruption vesiculeurse mains et pieds
– Angine herpétiques
» Gingivostomatites
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EPIGLOTTITES
• Infection à Haemophilus influenzae B
• Clinique :
– Dyspnée laryngée brutal fébrile
– Tirage et refut position allongé
• Diagnostic
– Hémoculture uniquement
– CI prélèvement locaux = risque de spasme laryngé
• Prise en charge
–
–
–
–
Urgence thérapeutique
Hospitalisation en USI
Intubation
Céphalosporine de 3ème génération
• Prévention par la vaccination H. influenzae B
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COQUELUCHE
• Strictement humain
• Infections trachéo-bronchique
• Extrêmement contagieux
– Nouveaux nées, parents, grand parents
• Bordetella pertusis et para-pertusis
– Cocco-bacile Gram négatif
– Strictement humain
– Producteur de toxine pertusis responsable de
» Lésion de l’épithélium
» Hyperlymphocytose
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Présentation clinique de la coqueluche
• Non vaccinée ou pas à jour de vaccination
• Nourrisson :
– Incubation 10 jours
– Phase catarrhale (rhinite) 10 jours
– Toux caractéristique 4 à 5 semaines
» Quinte de toux expiratoire cyanosante +/émétisante
» Reprise inspiratoire bruyante chant du coq »
» Risque d’asphyxie, bradycardie, syncope…
– Phase de convalescence 3-5 semaines
https://www.you
• Adolescent, adulte, personne agée :
tube.com/watch?
v=ziDvavxtIt0
– Toux prolongé
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Diagnostic bactériologique de la coqueluche
• Prélèvement des secrétions rhinopharyngées
– Lavage nasal sérum physiologique
– Ecouvillon spéciaux
• Bactérie fragile et nécessitant des milieux spécifiques
– Indiquer la recherche spécifique sur le bon de prescription
– Bactériologie standard
» Pas d’examen direct
» Culture longue 3 à 7 jours
» Peu sensible (Se 50-60% 1ère semaine toux)
– Recherche par biologie moléculaire
» Plus rapide (24h)
» Plus sensible (Se 80% 3ères semaine de toux)
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Traitement curatif de la coqueluche
• Hospitalisation
– systématique enfant < 3 mois (mortalité +++)
– chambre seul
• Antibiothérapie
– Macrolides (erythromycine, clarythromycine ou
azitromycine)
– Action :
» Diminution voir arrêt de l’évolution si phase catarrhale
» Bloque la transmission
• Vaccination (a vérifier)
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Traitement préventif de la coqueluche
• Vaccination
– Vaccin acellulaire contre la toxine pertusis (pas de CI)
– Schéma vaccinal
• Primo-vaccination dès 2 mois ( 3 à 1 mois d’intervalle)
• 2 rappels: 16-18 mois et à 11-13 ans
• Pour adulte, 1 rappel est recommandé:
– À l’âge de 26-28 ans (si rappel > 10 ans)
– Futurs parents et entourage d’une grossesse
– Personnel soignant et/ou en contact avec les nourrissons.
•
•
Antibiothérapie préventive chez les sujets contacts
Eviction scolaire
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INFECTIONS BRONCHO-PULMONAIRES
• Bronchite/trachéo-bronchite
– Très fréquent (10 millions/ans)
– Origine virale
• Exacerbation aiguë de bronchite chronique
– Fréquent (2 millions/an)
– Viral ou bactérien
– Diagnostic = prélèvement respiratoire =
pneumonie
• Pneumonie…
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PNEUMONIE / PLEURO-PNEUMONIE
• Généralité :
– Infection du parenchyme pulmonaire
– Incidence 400 000 cas/an
• Etiologie
– Virale, surtout chez le nourrisson (VRS, Grippe..)
– Bactérienne, différent en fonction :
» Age du patient
» Contexte communautaire /hospitalier
» Type de pneumonie
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Epidémiologie bactérienne des pneumonies
•
•
•
•
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•
•
•
•
•
Streptococcus pneumoniae
Mycoplama pneumoniae
Haemophylus influenzae
Bramamella catarrhalis
Communautaire
Mycobacterium tuberculosis
Clamydia pneumoniae
Legionella pneumoniae
Staphylococcus aureus
Entérobactéries : Klebsiella pneumonaie, Escherichia Coli
Pseudomonas aeruginosa
nosocomiale
Acinetobacter baumanii
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Streptococcus pneumoniae
• Commensale du rhinopharynx humain
– 5-60% selon l’âge et la saison
• Transmission interhumain, gouttelettes
• Première étiologie des pneumonies
• Pneumonie franche lobaire aiguë
– Extrême de la vie < 2 ans et > 65 ans
– Début brutal, fièvre importante
– Opacité homogène
• Amoxicilline traitement de référence
– même pour ses souches de sensibilités diminuées
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Legionella
• Bactérie de l’eau
• Transmission par aérosols :
– douche, tour aéro-réfrigerante, spa…
– risque épidémie +++ -> déclaration obligatoire
• Nombreuses espèces
– Legionella pnemophila sérogoupe 1 la plus pathogène
• Bacille à multiplication intra-cellulaire
– Antibiotique à diffusion intra-cellulaire
– Macrolides : Azithromicine
– Fluoroquinolones : levofloxacine
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Legionellose
• Terrain
– Homme > femme
– Éthylo-tabagique, immunodéprimé
• Cliniquement
– Incubation ≈7 jours
– Pneumopathie atypique sévère
» Diarrhée, trouble de la conscience
» Cytolyse hépatique + hyponatrémie
– Echec du traitement amoxicilline
• Mortalité 11%
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Legionellose
• Terrain
– Homme > femme
– Éthylo-tabagique, immunodéprimé
• Cliniquement
– Incubation ≈7 jours
– Pneumopathie atypique sévère
» Diarrhée, trouble de la conscience
» Cytolyse hépatique + hyponatrémie
– Echec du traitement amoxicilline
• Mortalité 11%
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Contraintes du diagnostic bactériologique
des infections respiratoires
• Anatomique
– Flore contaminante
• Bactériologique
– bactérie fragile
– opportunistes/pathogènes stricts
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Flore
contaminante
Site de
l’infection
• Prélèvements à acheminer rapidement au
laboratoire
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Type de prélèvements
• Lavage rhinopharyngé
– M. pneumoniae (comme pour la coqueluche)
• Examen cytobactériologique
– Expectoration = examen cytobactériologie des crachats
– Aspiration trachéale, brossage bronchique protégé, lavage
bronchoalvéolaire, minilavage
– Interprétation en fonction de la cytologie et/ou de la
numération bactérienne et du type de bactérie
• Ponction Pleurale
• Recherche d’antigènes urinaires
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Examen cytobactériologique des crachats
• Recueil
– Matin, rinçage buco-dentaire, effort de toux
• Examen direct
– Dénombrement leucocytes/cellule épithéliale*
– Bactérie ? (coloration de Gram)
C Epithéliale
Leucocytes
interprétation
culture
> 25
< 25
salivaire
Non*
> 25
> 25
douteux
oui
< 25
> 25
purulent
oui
– Seuil culture positif ≥107bactérie par ml
– L. pneumophilla, M. pneumonae, C. pneumonaie,
Mycobactérie pas recherchées systématiquement
* Sauf neutopénie
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Aspiration endotrachéale
• Recueil
– Aspiration par sonde d’intubation
• Examen direct
– Bactérie ? (coloration de Gram)
• Culture systématique
– Seuil ≥105bactérie par ml
• Avantage/inconvénient
– Facile non invasif
– Fait à l’aveugle, risque contamination
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Brossage bronchique protégé
• Recueil
– Par fibroscopie dans la 4e petite bronche territoire suspect
– Brosse en nylon dans double cathéter
• Examen direct
– Bactérie ? (coloration de Gram)
• Culture systématique
– Seuil ≥103bactérie par ml
– mois si fait sous antibiotique
• Avantage/inconvénient
– Précis
– Invasif, faible quantité de prélèvement
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Lavage broncho-alvéolaire
• Recueil
– Par fibroscopie, injection –ré-aspiration 100 à 200 ml serum
physiologique
• Examen direct
– Bactérie ? (coloration de Gram)
• Culture systématique
– Seuil ≥104bactérie par ml
– mois si fait sous antibiotique
• Avantage/inconvénient
– Explore un vaste territoire
– Invasif
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Mini-Lavage broncho-alvéolaire
• Recueil
– Injection –ré-aspiration de 20 ml sérum physiologique dans un
double cathéter
• Examen direct
– Bactérie ? (coloration de Gram)
• Culture systématique
– Seuil ≥103bactérie par ml
– mois si fait sous antibiotique
• Avantage/inconvénient
– Explore un vaste territoire
– Mieux supporter que le LBA
– Invasif
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Ponction pleurale
• Recueil
– A l’aveugle ou diriger (Echographie)
• Examen direct
– Nombre de leucocytes + formule leucocytaire
– Bactérie ? (coloration de Gram)
• Culture systématique
– Pas de seuil
– Risque contaminants de la peau
• Avantage/inconvénient
– Action trérapeutique
– Invasif
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Tests rapides
• Antigène urinaire
– L. pneumophilla
» Excellente Se, Sp pour le sérotype 1 (96%)
– S. pneumonae
» Peux Se et Sp
• Examen Biologie Moléculaire
– Sur prélèvements pulmonaires
– Recherche
» L pneumophilla
» M. pneumonaie (rhinopharyngé)
» C. Pneumoniae
» M. tuberculosis complex
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Autres examens
• Sérologie pour les pneumopathies atypiques
– Test de dernier recourt
– Diagnostic tardif (2 serum à + de 15 J d’interval)
– Parfois utile pour :
» C. pneumoniae
» M. pneumonaie
» Legionella
• +/- Hémocultures
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Pièges diagnostic
• Absence de recherche systématique :
– Legionella, M. tuberculosis, M. pneumoniae
• Absence de seuil pour les pathogène pulmonaire
strict :
– Legionella, M. tuberculosis, Nocardia, Actinomyces
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Orientation étiologique
pneumopathie
< 40°C
≥ 40°C
Début brutal
Pneumocoque
Pneumonie franche
Lobaire aiguë
Début rapide
Tble digestif
Tble neurologique
Légionellose
Scolarisé
Début progressif
Toux sèche
Lent
Baisse état générale
Sueur
Mycoplasme
Tuberculose
Pneumonie atypique
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Stratégies diagnostiques des pneumonies
Acquises en ville
non hospitalisées
Pas de prélèvement
Hospitalisées hors réa
Hémoculture
Bactério des expectorations
+/- Ag urinaire légio
Hospitalisé en réa
Hémoculture
Prélèvement broncho-pulmonaire
Ag urinaire légionella
Ag urinaire pneumocoque
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Stratégie thérapeutique probabiliste
• Pneumonie communautaire aiguë (S. pneumoniae)
– Amoxicilline
– Amoxicilline + acide clavulanique si comorbidité
• Pneumonie post syndrome grippale
(S. pneumoniae, S. aureus; H. influenza, S pyogenes)
– Amoxicilline + acide clavulanique
• Pneumonie communautaire aiguë atypique
(M. pneumoniae, Legionella)
– Azithromycine ou levofloxacine
• Pneumonie communautaire aiguë grave (réa)
– Cefotaxime + levofloxacine
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A RETENIR (1)
o Angines
o Virale >> bactérienne
o Angine érythémato+/-pultacé : TDR à la recherche de S. pyogenes, si +
amoxicilline pour prévention des complications
o Angine ulcéro ncrosant = angine de Vincent, amoxicilline
o Dipthérie, rique lié à la toxine -> amoxicillien + serotérapie
o Epiglottite
o H. influenae serotype B, urgence thérapeutique rare
o Coqueluche
o
o
o
o
Infection par B. pertussis ou B. para-pertussis
Touche toute la population, potentielement très grave chez nourrisson
Quinte de toux avec chant du coq/ toux chronique
Traitement curatif par macrolide, préventif par vaccin antitoxine
pertussis
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A RETENIR (2)
o Pneumonie
o Communautaire : S. pneumoniae +++, H. influenza, Legionella, M.
pneumoniae, M. tuberculosis…
o Nosocomiale : P. aeruginosa, S. aureus, enterobactérie….
o Prélèvements :
o Ag Urinaire Legionella >> pneumocoque
o examen cytobacteriologique des crachats (107/mL), aspitation tracheale
(105/mL), Brossage bronchique (103/mL), LBA (104/mL), miniLBA (103/mL),
poncion pleurale, hémoculture.
o Legionella, M. tuberculosis pas de seuil
o Traitement
o S. pneumoniae: amoxicilline
o H. influneza : amoxicilline + acide clavulanique
o Legionella, M. pneumoniae : azithromycine ou levofloxacine
o Déclaration obligatoire des légionelloses
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MOTS EN ANGLAIS
o Tonsillitis, scarlet fever, diphtheria, Vincent’s
stomatitis/acute necrotizing ulcerative gingivitis,
epiglottitis, whooping cough, bronchitis,
pneumonia, pleural effusion, ventilator –
associated pneumonia
o Nasopharyngeal wash/lavage, sputum, bronchoalveolar lavage, bronchial aspiration, protected
distal sampling, pleural fluid
o Legionella/pneumococcal urinary antigen assays
05/09/2016
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REFERENCES
o E. Pilly, Maladie Infectieuses et Tropical, Collège des
Universitaires de Maladies Infectieuses et Tropicales.
o Conférence de consensus : Prise en charge des
infecHons des voies respiratoires basses de l’adulte
immunocompétent, SPILF 2006
o Recommandaton : antbiothérapie par voie générale
dans les infectons respiratoires basses de l’adulte – Mise
au point (21/07/2010), AFSSAPS/SPILF
o RecommandaHon : Traitement antbiotque de la
légionellose chez l’adulte – Actualisaton, AFSSAPS 2011
o REMIC, Référentel en microbiologie médicale, 5ème
éditon 2015
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Des questions
Prof Gérard Lina
[email protected]
UE 13 Agents infectieux
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