Phylogène

L. Guérin Ecole Active Bilingue Jeannine Manuel.
Fiche technique : Phylogène (classification des animaux et végétaux)
Objectifs de la fiche :
1. Ouvrir une collection d’animaux / végétaux.
2. Construire / compléter une matrice (choix des espèces et des caractères).
3. Polariser et coder les caractères.
4. Etablir des parentés à partir d’une matrice.
5. Ouvrir une matrice déjà complétée.
6. Ouvrir et comparer des molécules.
Sélectionner
une
collection Comparer Tableau de
référence Classer Etablir des parentés Imprimer
Observer Construire
une matrice Polariser et coder Grouper
Ouvrir un
fichier de
groupes
Ouvrir un
fichier de
séquences
Objectif 1 : Ouvrir une collection d’animaux / végétaux
Cliquer sur l’icône 1 « sélectionner une collection ». Choisir alors dans la liste, la collection de votre
choix.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

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Objectif 2 : Construire / compléter une matrice (choix des espèces et caractères)
Après avoir sélectionné votre collection, cliquer sur l’icône 4 « construire une matrice » qui permet
d’afficher la fenêtre ci-dessous afin de choisir les espèces et les caractères étudiés.
Sélectionner alors les espèces et les caractères voulus en cliquant directement dessus. Une matrice
vide alors s’affiche : à vous de la remplir maintenant !
Pour cela, cliquer directement sur la première case vide à remplir, afin d’obtenir les informations.
Une fois la matrice complétée, corriger votre travail en cliquant sur « vérifier », le logiciel affiche alors
les éventuelles erreurs.
Une fenêtre indique alors les différentes réponses
possibles !
Pour connaître la réponse, il suffit de lire l’autre
fenêtre apparue en bas à droite :
 Dans cet exemple, on voit que l’embryon de
babouin possède un amnios : Sélectionner la
réponse « Présent ».
Choix des caractères
Choix des espèces

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Objectif 3 : Polariser et coder les caractères.
Cette étape vous permet de réfléchir en amont avant de construire votre arbre. En effet vous allez coder :
• Les caractères primitifs en bleu.
• Les caractères dérivés en jaune.
Les erreurs apparaissent entourées en
rouge. A vous de les corriger !
Etape 1 :
Sélectionner dans le menu déroulant,
l’espèce « extragroupe » et colorer les états
primitifs en bleu !
Etape 2 :
Sélectionner la couleur jaune puis cliquer directement
dans la matrice, pour faire apparaître les caractères à
l’état dérivé en jaune ! Vérifier votre travail à la fin.

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Objectif 4 : Etablir des parentés à partir d’une matrice
Vous allez maintenant pouvoir construire un arbre phylogénétique à partir de votre matrice. Pour
cela cliquer sur l’icône 9 « établir les parentés ». Vous allez devoir maintenant construire un arbre
phylogénétique en respectant les consignes suivantes :
• Règle 1 : on regroupe ensemble, uniquement les espèces qui partagent un caractère dérivé.
LE JAUNE REPRESENTE L’ETAT DERIVE (= EVOLUE) DU CARCTERE
LE BLEU REPRESENTE L’ETAT PRIMITIF (= ANCESTRAL) DU CARACTERE
• Règle 2 : chaque nœud établi correspond donc à l’état dérivé du caractère qui est partagé par les
espèces du groupe formé.
• Règle 3 : on ne revient jamais en arrière, c’est à dire qu’une espèce isolée exclue d’un groupe ne
peut jamais rejoindre une de ces espèces plus tard (avec un nouveau caractère).
• Règle 4 : il faut chercher les caractères qui regroupent le plus grand nombre d’espèces partageant
la nouveauté.
Cliquer dans la matrice en bas sur les
espèces que vous souhaitez classer : elles
apparaissent alors dans la fenêtre de classification.
En cliquant sur une tête de colonne, vous
faites apparaître en jaune le caractère à l’état
évolué et en bleu, le caractère à l’état ancestral.
Appliquer la règle 1, en regroupant les
espèces qui partagent ce caractère à l’état évolué.
Avec l’outil « sélection » regrouper
les espèces qui partagent ce caractère à l’état évolué
en cliquant sur les branches jusqu’au nœud
Ces 4 espèces appartiennent au même groupe
(clade) car elles partagent une même innovation
évolutive : crânes et vertèbres présents.

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Le caractère « Amnios » à l’état évolué est
partagé par 3 espèces.
Il faut donc les regrouper de la même façon.
Avec l’outil « sélection » regrouper les
espèces qui partagent ce caractère à l’état évolué
en cliquant sur les branches jusqu’au nœud.
Ces 3 espèces appartiennent au même groupe (clade)
car elles partagent une même innovation évolutive :
amnios présent chez l’embryon.
Le caractère « Placenta » à l’état évolué est
partagé par 2 espèces.
Il faut donc les regrouper de la même façon.
Avec l’outil « sélection » regrouper les
espèces qui partagent ce caractère à l’état évolué
en cliquant sur les branches jusqu’au nœud.
Ces 2 espèces appartiennent au même groupe (clade)
car elles partagent une même innovation évolutive :
placenta présent chez l’embryon.