Partie 1 : Evaluer la concordance d`un test diagnostique

MMEDB283 : TP tests diagnostiques
Partie 1 : Evaluer la concordance d’un test diagnostique
La trypanosomiase
Contexte
Les trypanosomiases sont des infections dues aux parasites trypanosomes. Les
trypanosomiases humaines sont endémiques dans 2 régions du monde : l’Afrique
(maladie du sommeil) et l’Amérique du Sud (maladie de Chagas). Elles sont en
général transmises par des piqures d’animaux hématophages : punaises nommées
réduves (en Amérique latine), glossine surnommée mouche tsé-tsé (en Afrique).
Caractéristiques du test diagnostique
Le diagnostic de certitude de la maladie du sommeil repose sur la mise en évidence
des trypanosomes par l’examen au microscope de différents liquides biologiques. Il
existe également des tests sérologiques parmi lesquels on retrouve les tests CATT.
Ces tests consistent à faire réagir une goutte de sang sur un réactif placé sur un
support. Un de ces tests, le CATT-R250, est vendu en kit dans lequel un mélange
doit être reconstitué pour la réalisation du test. Une fois reconstitué, le mélange ne
peut pas être conservé à température ambiante et est donc peu stable. Un nouveau
format du test diagnostique a donc été développé : le CATT-D10. Dans le but d’
évaluer la fiabilité de ce nouveau test diagnostique, des échantillons provenant d’
individus sains ou malade ont été envoyés en laboratoire. Deux techniciens différents
ont réalisé ce nouveau test sur les échantillons.
Données
Technicien 2
+
-
Technicien 1
+
15
3
18
-
1
21
22
16
25
40
Questions
D’après les données dont vous disposez, analysez la concordance entre les diagnostics des
deux techniciens.

La mesure de l’activité tumorale
Contexte
Pour certains cancers traités par radiothérapie, les patients sont parfois amenés à passer un
scanner (PET scan) avant et après traitement afin d’évaluer l’effet de celui-ci sur l’activité
tumorale. Les données de l’imagerie sont ensuite analysées par des logiciels appropriés afin
de déterminer le volume et l’activité tumorale.
Test diagnostique
Dans ce contexte, une étude est menée afin de voir si les mesures d’activité tumorale
données par deux logiciels différents sont bien concordantes. Les images réalisées par PET
scan de patients traités sont analysées avec les deux logiciels.
Questions
Les mesures fournies par les deux logiciels sont-elles concordantes ?

Données
Activité tumorale mesurée par
patient n*
logiciel A
logiciel B
1
17
19
2
17
17
3
3
3
4
7
4
5
10
12
6
15
15
7
6
6
8
2
3
9
5
9
10
3
3
11
11
11
12
7
8
13
13
17
14
13
14
15
6
6
16
16
23
17
11
12
18
10
10
19
3
3
20
12
15
21
4
4
22
18
19
23
5
5
24
12
12
25
6
7
26
7
9
27
16
17
28
5
5
29
4
9
30
11
13

Partie 2 : Evaluer la fiabilité d’un test diagnostique
Le cancer du Côlon
Contexte
Le cancer du côlon se développe à partir de la muqueuse du gros intestin ou côlon. Les
cancers du côlon et du rectum (dernière partie du colon) étant assez semblables, on les
regroupe sous le terme de cancer colorectal.
C'est le troisième cancer chez l'homme (après le cancer du poumon pour les fumeurs, et
celui de la prostate), ces derniers étant plus touchés que les femmes. Il s'agit
essentiellement d'un cancer de l'âge mûr, près de 85 % des cas survenant après 65 ans. En
Belgique, on recense chaque année 7 000 nouveaux cas de cancers colorectaux.
La mortalité de cette maladie est assez élevée. Cependant, ce cancer est lent à se
développer. S’il est diagnostiqué à un stade précoce, une simple chirurgie suffit à obtenir
une guérison dans une majorité des cas. Généralement, le cancer se développe à partir
d’excroissances bénignes appelées polypes dont la formation est attribuable à une
prolifération trop rapide des cellules qui tapissent la paroi du colon. Ces polypes peuvent
évoluer vers un cancer dans les 5 à 10 ans.
Test diagnostique
Un des tests diagnostiques est le test immunologique qui recherche la présence de sang
occulte dans les selles. Il détecte la présence d’hémoglobine humaine grâce à des anticorps
spécifiques anti-globine humaine (la globine étant la partie protéique de l’hémoglobine). Ce
test donne pour chaque patient la concentration en sang dans les selles (en ng
d'hémoglobine/ ml de selles).
Le test immunologique a été effectué chez des individus malades et chez des individus sains.
Questions
1) Evaluez ce nouveau test diagnostique quantitatif avec les outils appropriés
2) Identifiez le meilleur seuil pour discriminer les patients malades des individus sains
3) Décrivez la fiabilité de ce test diagnostique (rendu binaire) en calculant et
interprétant les paramètres fondamentaux ou résumés qui vous semblent pertinents.
4) Quand cela est possible, calculez et interprétez les intervalles de confiance de ces
paramètres.

Données
Etat
Concentration
1
Sain
3
2
Sain
7
3
Sain
8
4
Sain
9
5
Malade
10
6
Sain
12
7
Sain
14
8
Malade
16
9
Sain
21
10
Malade
26
11
Sain
41
12
Sain
42
13
Sain
42
14
Sain
44
15
Malade
45
16
Sain
47
17
Malade
49
18
Sain
51
19
Sain
59
20
Sain
65
21
Sain
72
22
Sain
74
23
Sain
77
24
Sain
85
25
Malade
90
26
Malade
90
27
Sain
103
28
Malade
109
29
Malade
112
30
Malade
129
31
Malade
133
32
Malade
147
33
Malade
166
34
Malade
173
35
Malade
176
36
Malade
221
37
Malade
250
38
Malade
251
39
Malade
271
40
Malade
339
Figure 1: Représentation de la concentration en
Hémoglobine dans les selles (ng/ml) selon l'état du patient:
malade (gauche) ou sain (droite).
Tableau 1: Statistiques descriptives
Malades
Sains
Moyenne
140
44
Variance (S2)
8430
878