Travail sur la structure des protéines

Travail sur la structure des protéines
Nom :
Code PDB de la protéine :
Courte présentation du contenu du PDB (max. 10 lignes)
Décrire ce que contient le PDB (une protéine, un inhibiteur, des atomes métalliques,
provenance de la protéine, éventuellement utilité de cette protéine).
Image d'une protéine (mode ribbon)
Image d'une protéine (mode ribbon) dans laquelle on peut facilement voir les structures
secondaires hélices alpha et plans beta (feuilles plissées).
Figure
Angle des liaisons amides "peptidiques" de la protéine (FigAngles)
Montrer l'angle des liaisons amides (OMEGA) (plan ou pas plan ? cis ou trans ?
commenter un résidu exotique (angle inhabituel))
Figure
Configuration R ou S
Montrer si les acides aminés sont de configuration R ou S. Donner un exemple sur une
Alanine et sur une Cystéine (2 images et ajoutés R ou S sur l'image).
Figure
Ponts disulfures
Combien de ponts disulfures comporte la protéine ? Créer une image permettant de les
compter.
Figure

Ramachandran
Donner le diagramme de Ramachandran et discuter brièvement. Commenter un résidu
exotique (place inhabituelle).
Figure
Hélice
Montrer la distance entre un tour d'hélice. Il est plus facile de faire le calcul sur 2 ou 3
trois tours et de diviser par 2 ou 3
Figure
Montrer si l'hélice est droite ou gauche
Figure
Visualiser une hélice et montrer les ponts hydrogènes qui la stabilise
Figure
Montrer le nombre d'atomes entre un pont hydrogène sur une hélice
Figure
Feuilles plissées (plan beta)
Montrer la distance entre 2 et 3 carbones alpha consécutifs dans un plan beta
Figure
Montrer les ponts hydrogènes qui stabilisent un plan beta (parallèle et/ou antiparallèle)
Figure

Protéine / substrat ou inhibiteur
Montrer les différents résidus de la protéine a moins de 4A de l'inhibiteur. Indiquer sur
l’image le type de résidu et son numéro de séquence.
Figure
Donner une image du site catalytique avec son inhibiteur
Figure