Travail sur la structure des protéines Nom : Code PDB de la protéine : Courte présentation du contenu du PDB (max. 10 lignes) Décrire ce que contient le PDB (une protéine, un inhibiteur, des atomes métalliques, provenance de la protéine, éventuellement utilité de cette protéine). Image d'une protéine (mode ribbon) Image d'une protéine (mode ribbon) dans laquelle on peut facilement voir les structures secondaires hélices alpha et plans beta (feuilles plissées). Figure Angle des liaisons amides "peptidiques" de la protéine (FigAngles) Montrer l'angle des liaisons amides (OMEGA) (plan ou pas plan ? cis ou trans ? commenter un résidu exotique (angle inhabituel)) Figure Configuration R ou S Montrer si les acides aminés sont de configuration R ou S. Donner un exemple sur une Alanine et sur une Cystéine (2 images et ajoutés R ou S sur l'image). Figure Ponts disulfures Combien de ponts disulfures comporte la protéine ? Créer une image permettant de les compter. Figure Ramachandran Donner le diagramme de Ramachandran et discuter brièvement. Commenter un résidu exotique (place inhabituelle). Figure Hélice Montrer la distance entre un tour d'hélice. Il est plus facile de faire le calcul sur 2 ou 3 trois tours et de diviser par 2 ou 3 Figure Montrer si l'hélice est droite ou gauche Figure Visualiser une hélice et montrer les ponts hydrogènes qui la stabilise Figure Montrer le nombre d'atomes entre un pont hydrogène sur une hélice Figure Feuilles plissées (plan beta) Montrer la distance entre 2 et 3 carbones alpha consécutifs dans un plan beta Figure Montrer les ponts hydrogènes qui stabilisent un plan beta (parallèle et/ou antiparallèle) Figure Protéine / substrat ou inhibiteur Montrer les différents résidus de la protéine a moins de 4A de l'inhibiteur. Indiquer sur l’image le type de résidu et son numéro de séquence. Figure Donner une image du site catalytique avec son inhibiteur Figure