BTS BIOANALYSES ET CONTROLES
4. Systématique des microorganismes
1. Principes et méthodes de la taxonomie bactérienne
1.1. Classification phénotypique
De nombreuses manipulations au laboratoire mettent en évidence les différences phénotypiques entre les
bactéries :
aspect macroscopique des colonies ;
morphologie et structure de la cellule (forme, Gram, flagelle, capsule, spore…) ;
conditions de culture (type trophique, type respiratoire, température optimale, pH optimal,
concentration en dioxygène, exigences nutritionnelles particulières…) ;
caractères biochimiques (ONPG, mannitol, indole, TDA…) ;
Sérotypie (antigènes O et H des entérobactéries, antigènes des streptocoques…) ;
Lysotypie (sensibilité aux phages) ;
Antibiotypie (sensibilité aux antibiotiques).
Ainsi, le placement d'une souche bactérienne dans la famille des Enterobacteriaceae nécessite que cette
souche soit constituée de bacilles à Gram négatif, non sporulés, AAF, oxydase négative… Cette méthode
de classement a ses limites : la forme peut varier en fonction du milieu de culture et peut être parfois
difficile à définir (bacilles coccoïdes et coques cocco-bacillaires…), une activité enzymatique donnée
peut ne pas être détectée lors de l’utilisation d’un substrat synthétique, deux bactéries éloignées peuvent
présenter des antigènes en commun…
Dans cette classification, les caractères phénotypiques utilisés sont peu nombreux (une centaine au
maximum) par rapport au nombre de gènes habituellement présents chez les bactéries (5 000 environ).
De plus, ces caractères sont hiérarchisés les uns par rapport aux d’autres. Par exemple, le résultat de la
coloration de Gram est considéré comme beaucoup plus significatif que l’utilisation du sorbitol. Une telle
conception facilite l’identification bactérienne, mais elle est néanmoins subjective (car elle attribue une
« valeur » différente aux caractères utilisés).
1.2. Classification génotypique
Les progrès de la biologie moléculaire ont permis de comparer les bactéries entre elles d’une manière plus
rigoureuse. La classification est obtenue par la comparaison molécules d’ADN des bactéries.
1.2.1. Le GC% (ou coefficient de Chargaff)
Chaque base azotée est présente dans une certaine concentration molaire dans une molécule d’ADN
donnée. Cette molécule d’ADN peut être caractérisée par le rapport molaire des bases :