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Programme_UE_LV342
Plan de cours Microbiologie
I Introduction à la microbiologie
Qu’est-ce que la microbiologie, objectifs du cours
Distinction 3 domaines du vivant
Présentation des microrganismes eucaryotes (levures, champignons, algues)
Protozoaires et virus voir cours spécifiques
L’arbre du vivant Présentation des microorganismes procaryotes distinction
bactéries/archae
Quelques éléments sur la croissance bactérienne (également en TD). Introduire la notion
de régulation (Facteurs sigma alternatifs).
II Diversité et classification des bactéries et des archae
Diversité nutritionnelle
Autotrophie (CO2= source de C) et hétérotrophie (composés organiques)
Chimiotrophes (lithotrophes et organotrophes) et phototrophes (les cyanobactéries et
l’adaptation à la lumière)
Diversité du métabolisme énergétique
Fermentation, respiration avec et sans oxygène
Classification classique (Bergey)
Critéres morphologiques (diversité des formes) et biochimiques, distinction Gram+/Gram -
Classification par l’ARN 16S et par d’autres méthodes moléculaires:
Hybridation d’ADN bacterien (Tm), hybridation sur puces
Introduction à la génomique et la métagénomique
II Les microorganismes dans leur environnement
L’ADN mobile chez les microrganismes
La transformation, Les phages et les bactéries lysogènes
Les plasmides et leur capacité de conjugaison voir résistance aux antibiotiques, les
transposons outils de mutagénèse
Introduction à l’Ecologie microbienne
Les microorganismes dans les cycles géochimiques (exemple le cycle de l’azote). La fixation
de l’azote et le fonctionnement de la nitrogénase
Interactions avec d’autres organismes symbiose, mutualisme
Symbiose pour la fixation de l’azote: rhizobium et la formation d’un nodule chez les
légumineuses Dialogue moléculaire,
Syntrophie: bactéries et archae dans la dégradation de la cellulose dans le rumen
Microorganismes agents de maladies chez l’homme (2hr)
Différents types de maladies infectieuses et les infections nosocomiales
Exemple de Bio films, la carie dentaire
Facteurs de virulence des microorganismes : invasion, colonisation échapper aux défenses
de l’hôte
Traiter en détail un exemple (le cholera) notions d’ilots de pathogénicité, rôle des phages,
mode d’action de la toxine cholérique.
III Chimiothérapie anti-bactérienne
Les familles/ les cibles
La résistance aux antibiotiques
Production d’antibiotiques

IV Microorganismes eucaryotes
Présentation, quelques définitions
microorganismes photosynthétiques, biofuels de deuxième génération
Les parasites Exemple le Plasmodium
Le cycle du paludisme
Comment Plasmodium échappe au système immunitaire
Quelles stratégies de lutte anti-malaria (médicaments, vaccins..)
Les levures taxonomie, cycle, diversité, exemple Candida albicans (protéases, dimorphisme)
Un oomycete phytophthora infestans , proximité des plasmodium
Plan du cours de virologie
I Présentation des virus (1hr)
Qu’est-ce qu’un virus diversité du matériel génétique (ADN ds, ss, linéaire, circulaire ; ARN
+ ou – ARN ds…..), des hôtes (vertébrés, invertébrés, bactéries,archae, plantes), des
milieux (sol, océan, homme)
Quelques exemples de structure : le TMV, le HIV , le virus grippe, un bactériophage
II Les cycles viraux des outils pour la compréhension du vivant
Le cycle de multiplication des virus
Notion de récepteur (quelques exemples)
Comment les virus répliquent leurs génomes (compartiment, enzyme, matrice)
Diversité des mécanismes d’expression de protéines virales (polyprotéine, décalage du
cadre de lecture, épissage)
Quelques cycles productifs :
SV40 (phase précoce et phase tardive)
Grippe (entrée, assemblage et sortie, notion de réassortiment)
Retrovirus (entrée, réplication, expression des protéines)
III Les virus agents de maladies
Structure et épidémiologie
Les différents types d’infection virale (notion de latence)
Diagnostic des infections virales
Traitements antiviraux
Travaux pratiques (2 x 4hr) sur 2 jours différents
Observation et identification de microorganismes procaryotes et eucaryotes,
Détermination par galeries Api
Mise en évidence de la flore microbienne cutanée
Détermination de la sensibilité aux agents antibactériens (antibiogramme)
Mise en évidence des propriétés acidifiantes des bactéries lactiques
Travaux dirigés (3 x 2hr)
Séance 1
Vibrio cholerae et le cholera une histoire d’eau, une histoire d’O …..
Transfert par conjugaison chez Yersinia pseudotuberculosis, du « déjà vu » ?
Séance 2
Production d’un aminoglycoside par Streptomyces coelicolor
Production de gellane par Sphingomonas paucimobilis
Séance 3
Virus de la grippe espagnol H1N1 et la suite
HCV vers une solution vaccinale ?