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Programme_UE_LV342 Plan de cours Microbiologie I Introduction à la microbiologie Qu’est-ce que la microbiologie, objectifs du cours Distinction 3 domaines du vivant Présentation des microrganismes eucaryotes (levures, champignons, algues) Protozoaires et virus voir cours spécifiques L’arbre du vivant Présentation des microorganismes procaryotes distinction bactéries/archae Quelques éléments sur la croissance bactérienne (également en TD). Introduire la notion de régulation (Facteurs sigma alternatifs). II Diversité et classification des bactéries et des archae Diversité nutritionnelle Autotrophie (CO2= source de C) et hétérotrophie (composés organiques) Chimiotrophes (lithotrophes et organotrophes) et phototrophes (les cyanobactéries et l’adaptation à la lumière) Diversité du métabolisme énergétique Fermentation, respiration avec et sans oxygène Classification classique (Bergey) Critéres morphologiques (diversité des formes) et biochimiques, distinction Gram+/Gram Classification par l’ARN 16S et par d’autres méthodes moléculaires: Hybridation d’ADN bacterien (Tm), hybridation sur puces Introduction à la génomique et la métagénomique II Les microorganismes dans leur environnement L’ADN mobile chez les microrganismes La transformation, Les phages et les bactéries lysogènes Les plasmides et leur capacité de conjugaison voir résistance aux antibiotiques, les transposons outils de mutagénèse Introduction à l’Ecologie microbienne Les microorganismes dans les cycles géochimiques (exemple le cycle de l’azote). La fixation de l’azote et le fonctionnement de la nitrogénase Interactions avec d’autres organismes symbiose, mutualisme Symbiose pour la fixation de l’azote: rhizobium et la formation d’un nodule chez les légumineuses Dialogue moléculaire, Syntrophie: bactéries et archae dans la dégradation de la cellulose dans le rumen Microorganismes agents de maladies chez l’homme (2hr) Différents types de maladies infectieuses et les infections nosocomiales Exemple de Bio films, la carie dentaire Facteurs de virulence des microorganismes : invasion, colonisation échapper aux défenses de l’hôte Traiter en détail un exemple (le cholera) notions d’ilots de pathogénicité, rôle des phages, mode d’action de la toxine cholérique. III Chimiothérapie anti-bactérienne Les familles/ les cibles La résistance aux antibiotiques Production d’antibiotiques IV Microorganismes eucaryotes Présentation, quelques définitions microorganismes photosynthétiques, biofuels de deuxième génération Les parasites Exemple le Plasmodium Le cycle du paludisme Comment Plasmodium échappe au système immunitaire Quelles stratégies de lutte anti-malaria (médicaments, vaccins..) Les levures taxonomie, cycle, diversité, exemple Candida albicans (protéases, dimorphisme) Un oomycete phytophthora infestans , proximité des plasmodium Plan du cours de virologie I Présentation des virus (1hr) Qu’est-ce qu’un virus diversité du matériel génétique (ADN ds, ss, linéaire, circulaire ; ARN + ou – ARN ds…..), des hôtes (vertébrés, invertébrés, bactéries,archae, plantes), des milieux (sol, océan, homme) Quelques exemples de structure : le TMV, le HIV , le virus grippe, un bactériophage II Les cycles viraux des outils pour la compréhension du vivant Le cycle de multiplication des virus Notion de récepteur (quelques exemples) Comment les virus répliquent leurs génomes (compartiment, enzyme, matrice) Diversité des mécanismes d’expression de protéines virales (polyprotéine, décalage du cadre de lecture, épissage) Quelques cycles productifs : SV40 (phase précoce et phase tardive) Grippe (entrée, assemblage et sortie, notion de réassortiment) Retrovirus (entrée, réplication, expression des protéines) III Les virus agents de maladies Structure et épidémiologie Les différents types d’infection virale (notion de latence) Diagnostic des infections virales Traitements antiviraux Travaux pratiques (2 x 4hr) sur 2 jours différents Observation et identification de microorganismes procaryotes et eucaryotes, Détermination par galeries Api Mise en évidence de la flore microbienne cutanée Détermination de la sensibilité aux agents antibactériens (antibiogramme) Mise en évidence des propriétés acidifiantes des bactéries lactiques Travaux dirigés (3 x 2hr) Séance 1 Vibrio cholerae et le cholera une histoire d’eau, une histoire d’O ….. Transfert par conjugaison chez Yersinia pseudotuberculosis, du « déjà vu » ? Séance 2 Production d’un aminoglycoside par Streptomyces coelicolor Production de gellane par Sphingomonas paucimobilis Séance 3 Virus de la grippe espagnol H1N1 et la suite HCV vers une solution vaccinale ?
