Actualités sur les arbovirus: émergence et diagnostic

Actualités sur les arbovirus: émergence et diagnostic
Isabelle Leparc-Goffart
IRBA – Institut de Recherche Biomédicale des Armées
UMR 190 Virus Emergents
CNR arbovirus
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°1
Généralités arbovirus (arthropod-borne viruses)
Définition: Virus transmis par les arthropodes suceurs de sang
moustiques, tiques, phlébotomes, culicoïdes
Moustiques:
Aedes albopictus (2-10mm)
Chikungunya, alphavirus
Dengue, flavivirus
Culicoïdes, 1-3mm, Oropouche,
orthobunyavirus
Tiques, CCHF Nairovirus
Culex pipiens (5-7mm)
West Nile, flavivirus
Phlebotome, 2mm,
Toscana, phebovirus
> 100 pathogènes pour
l’homme
7 virus de fièvres
hémorragiques
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°2
Arbovirus et France métropolitaine
1. Arbovirus pouvant émerger: Dengue/Chikungunya
2. Arbovirus ayant circulé et pouvant ré-émerger: West-Nile
3. Arbovirus endémique: Toscana
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°3
Arbovirus et France métropolitaine
1. Arbovirus pouvant émerger: Dengue/Chikungunya
2. Arbovirus ayant circulé et pouvant ré-émerger: West-Nile
3. Arbovirus endémique: Toscana
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°4
La dengue
•  1ère arbovirose humaine
•  Vecteurs: Aedes aegypti, Aedes albopictus
•  2, 5 milliards d’individus exposés
•  50 à 100 millions cas / an, (1 % de DH)
•  30000 décès / an (enfants ++)
•  Flaviviridae, genre flavivirus
•  4 sérotypes de virus de la dengue: D1 à D4
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I. Leparc-Goffart
N°5
La dengue dans le monde
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°6
La dengue en Afrique depuis 2010
Madère, 2012,
D1
Mali, 2013 D1
Sénégal, 2013 D1
Benin 2011 D1
Djibouti, 2011 D1,2012- 2013
D3, 2014 D2
Cap Vert, 2009, D3
Somalie, 2012 D1
Burkina Faso, 2012 D2,
2013 D1 et D3
Kenya, 2011,
2013
Tanzanie, 2013 D1
Togo 2013 D3
Cameroun 2010 D1
Gabon, 1998, 2007 D2,
2010 D1 D2 D3, 2013 D1 et D3
Angola, 2013
D1 D3, 2014
D4
Comores 2010,
2013
Mayotte, 2013
2014 D2
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I. Leparc-Goffart
N°7
Augmentation X30 du nombre de cas
Malaisie
SFM – 25 mars 2015
Singapoure
I. Leparc-Goffart
N°8
Infection par le virus de la dengue
Infection par le virus de la dengue
Symptomatique
Asymptomatique (50-85%)
Fièvre
indifférenciée
(syndrome viral)
(15-50%)
Biologie non spécifique:
leucopénie
thrombopénie
Dengue hémorragique
(fuite plasmatique)
Syndrome
de la dengue
Sans
hémorragie
fièvre élevée
céphalées intenses
myalgies
douleur rétro-orbitaire
rash
Avec hémorragie
anormale
Dengue
Pas de choc
Dengue avec syndrome
de choc
Dengue
hémorragique
Maladie à déclaration obligatoire
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°9
Cinétique de l’infection
Symptômes
Symptômes
IgM
IgG
IgG
Virémie
Virémie
IgM?
J-7
J-2 J0
J7
3-6 mois
J-7
Primo-infection dengue
J-2 J0
J7
Dengue secondaire
  ≤ 7 jours : Détection par RT PCR (+Isolement viral)
  ≥ 5 jours Sérologie : IgM et IgG
Sérologie nécessite 2 prélèvements dont 1 tardif (≥ 15 jours)
Remarques:
kit NS1 (dengue secondaire, sérotype);
Sérocroisement flavivirus
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I. Leparc-Goffart
N°10
Chikungunya virus
Vector: genus Aedes;
Togaviridae, genus Alphavirus
1952, Tanzania
Symptoms
IgG
IgM
Viraemia
D-7
D-2 D0
3-6 months
D7
Clinical manifestations:
- Sudden onset with high grade fever (> 38,5°C)
- severe arthralgias
- myalgias, skin rash, headache
- chronic arthritis for several months in some
patients
S.-D. Thiberville et al. / Antiviral Research 99 (2013) 345–370
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I. Leparc-Goffart
N°11
S.-D. Thiberville et al. / Antiviral Research 99 (2013) 345–370
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°12
Novembre / Décembre 2013
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°13
Emergence du Chikungunya aux Amériques
18th November 2013:
5 patients without any travel history
presenting severe arthralgia after a
« dengue-like » fever episode
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Saint Martin
I. Leparc-Goffart
N°14
Alert
18/11/2013:
Alert by clinician to
public health services
5 suspected cases
22/11/2013:
Epidemiological and
entomological
investigation
8 suspected cases
SFM – 25 mars 2015
26/11/2013:
French National
Reference Center
(NRC) alert. Sending
of samples
05/12/2013:
positive CHIKV RTPCR.
CHIKV emergence is
confirmed
1st
10/12/2013:
NGS sequencing: the
virus belongs to the
Asian genotype, and
not ECSA.
02/12/2013:
Analysis at the French NRC: serology
and RT-PCR
Detection of recent alphavirus infection by
serology
I. Leparc-Goffart
N°15
Phylogeny of CHIKV Saint Martin
Leparc-Goffart et al, 2014 The Lancet
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°16
Epidemic curve of the first cases in St Martin
Cassadou et al, 2014 Eurosurveillance
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°17
Aujourd’hui
Plus d’1.2 million cas suspect
Figueiredo ML et al. Emerging alphaviruses in the Americas: Chikungunya and Mayaro.
Rev Soc Bras Med Trop. 2014
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°18
Chikungunya aux Antilles 2013-2015
Plus de 160 000 cas de novembre 2013 à février 2015 Martinique et Guadeloupe, Cas sporadique
St Martin et St Barthélémy, Transmission
virale modérée
Mar$nique, fin épidémie novembre 2014 Saint Mar$n Guadeloupe, fin épidémie janvier 2015 Saint Barthélémy SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°19
Guyane 2014 - 2015
13000 cas depuis février 2014, épidémie en cours
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I. Leparc-Goffart
N°20
Dengue, chikungunya, Pourquoi?
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°21
Situation fin 2014
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°22
Dengue et chikungunya
Surveillance en France
•  Surveillance des cas importés (tout le territoire): maladies à déclaration
obligatoire
•  Surveillance renforcée
– 
– 
– 
– 
– 
depuis 2006
Mai-novembre
Département où Aedes albopicus est présent
Réseau de laboratoire et Centre National de Référence des arbovirus
Définition cas suspect de dengue:
•  fièvre supérieure à 38,5°C d’apparition brutale
•  au moins un signe algique (céphalées, arthralgies, myalgies, lombalgies ou douleur rétro-orbitaire)
•  absence de tout point d’appel infectieux
–  Définition cas suspect de chikungunya:
•  fièvre supérieure à 38,5°C d’apparition brutale
•  arthralgies
–  Lutte anti-vectorielle
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I. Leparc-Goffart
N°23
Cas importés Dengue/Chik, dpt 1, mai-novembre
2007-2014
• 
5 à 188 cas importés de
dengue
• 
0 à 443 cas importés de
chikungunya
•  2 cas autochtones,
Dengue 1 (origine
Antilles), Nice 2010
•  2 cas autochtones,
Chikungunya (origine
Inde), Fréjus 2010
Épidémie majeure dengue
Antilles, 80000 cas
6 départements niv1
2 cas autochtones
de Dengue 1
Epidémie dengue Antilles
17 départements niv 1
Epidémie chikungunya
Antilles
18 départements niv 1
1 cas autochtone de
Dengue 2
2 cas autochtones
de Chikungunya
•  1 cas autochtone,
Dengue 2, Bouches du
Rhône 2013
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°24
Propagation de l’épidémie à partir des Caraibes ?
  Aux iles alentour où Ae aegypti est present:
Oui
  Amérique Centrale et Amérique du Sud où Ae aegypti est present :
Oui
  Aux lies du Pacifique où Ae aegypti est present :
Oui
  Europe où Ae albopictus est present:
???
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°25
Emergences en 2014
Épidémie majeure dengue
Antilles, 80000 cas
6 départements niv1
2 cas autochtones
de Dengue 1
Epidémie dengue Antilles
17 départements niv 1
Epidémie chikungunya
Antilles
18 départements niv 1
3 émergences du virus de la
Dengue:
-  Dengue 1 génotype V,
Toulon (1 cas)
-  Dengue 2, Toulon (1 cas)
-  Dengue 2, Aubagne (2
cas)
1 cas autochtone de
Dengue 2
2 cas autochtones
de Chikungunya
SFM – 25 mars 2015
1 émergence du virus
chikungunya, Montpellier, 11
cas
I. Leparc-Goffart
N°26
Propagation de l’épidémie à partir des Caraibes ?
•  432 cas importés dans les régions de France métropolitaine où Ae.
albopictus est present, pendant la période d’activité des mousitques
 Pas de transmission autochthone détectée
•  10 cas importés à partir d’autres régions du monde (Afrique et Asie)
 Transmission autochthone détectée
CHIKV génotype ECSA
 Suggère une compétence faible du vecteur Ae. albopictus présent en
France métropolitaine pour CHIKV génotype Asie
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I. Leparc-Goffart
N°27
CHIKV emergence in France, 2014
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°28
Cas autochtones en 2014
2 cas liés de dengue à Aubagne
Foyer de 11 cas de chikungunya
2 cas isolés de dengue à
dans un quartier de Montpellier
Toulon Hyères
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I. Leparc-Goffart
N°29
Risque pour l’Europe
Aedes Albopictus en Europe
From European Center for Disease Control 2014
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°30
Arbovirus et France métropolitaine
1. Arbovirus pouvant émerger: Dengue/Chikungunya
2. Arbovirus ayant circulé et pouvant ré-émerger: West-Nile
3. Arbovirus endémique: Toscana
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°31
Un cycle complexe
Oiseaux migrateurs
Emergence de cas
cliniques
Introduction
Transmission
directe (orofécale)
Oiseaux
sauvages ou
domestiques
Chevaux
Oiseaux sauvages ou
domestiques
Moustiques non
strictement
ornithophiles
(Culex sp.) ou
« bridge
vectors » (Aedes
sp.) ?
Amplification
Cycle enzootique : Moustiques
ornithophiles Culex sp.
Transmission
orale
Prédateurs ou
charognards
Infection chronique
(oiseaux ou autres)
Pradier S et al., 2012
SFM – 25 mars 2015
Oiseaux sauvages ou
domestiques
Persistance
Transmission
continue
Hommes
Amplification
secondaire
potentielle
Autres hôtes (écureuils,
lapins, alligators…
Transmission verticale
Moustiques
I. Leparc-Goffart
N°32
Virus West Nile:
Arbovirus, Répartition mondiale
  Transmission par moustiques du genre Culex
  Flaviviridae, genre flavivirus
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°33
West Nile en Europe, 2014
Lignée 1
SFM – 25 mars 2015
Lignée 2
I. Leparc-Goffart
N°34
3
4
Infection par le virus West Nile
Incubation : 3-15j
Formes asymptomatiques : 70-79%
Infections bénignes < 20%
Syndrome grippal
Formes neuro-invasives: 1%
encéphalites> méningites> paralysie flasque aiguë, SGB
Mortalité: 5 à 10 %
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°35
Formes neuro-invasives de West-Nile chez l’homme
Données similaires sur l’épidémie de Grèce;
Différence sur la mortalité: 8% Israel,17% Grèce
Kopel et al., Eurosurveillance 2011 Papa et al., Eurosurveillance 2010 SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°36
2
WN en France
•  ∼1960: détection en Camargue
•  2000: cas équins en Camargue
•  2003: cas humains et équins dans le Var
•  2004: cas équins en Camargue
•  2006: cas équins dans les Pyrénées-Orientales
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°37
Cinétique d’infection
Problèmes:
Diagnostic sérologique;
sérocroisement flavivirus
Persistance des IgM
Symptômes
neurologiques
Fièvre
IgG
IgM
Virémie
Virurie
J0
J-7
SFM – 25 mars 2015
3-6 à 12 mois
I. Leparc-Goffart
N°38
7
Stratégie diagnostic
• 
Jusqu’à 2013:
 syndrome neuromeningé: détection des IgM et des IgG LCR + Sérum
• 
Pour 2014:
 syndrome neuromeningé:
 détection des IgM et des IgG Sérum +/- LCR
  Si positif: recherche de virus dans les urines
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°39
3
9
Surveillance
 Détecter au plus tôt la circulation virale
Plan de surveillance West Nile
- Syndrome neuro-méningé (sérologie sur sérum ±LCR) chez l’homme
- Cas equins
- Oiseaux morts
 Importance: dons de sang
et don d’organes
Lecollinet et al., 2013. Livre Le virus du Nil occidental, Editions QUAE
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°40
4
0
Arbovirus et France métropolitaine
1. Arbovirus pouvant émerger: Dengue/Chikungunya
2. Arbovirus ayant circulé et pouvant ré-émerger: West-Nile
3. Arbovirus endémique: Toscana
SFM – 25 mars 2015
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N°41
Fièvres à Phlébotome
Toscana (Tos), Sandfly fever Naples (SFN), Sandfly fever Sicilian (SFS)
Bunyaviridae/phlébovirus
RVF
TOS
SFN
SFS
1943 Italie troupes US
  Maladie :
syndrome grippal, souvent limité, évolution favorable (« fièvre de 3 jours »)
MAIS : malaise, céphalées, fièvre
⇒  encéphalite/méningo encéphalite (TOS)
⇒  des virus peu étudiés mais bien présents Sud France
⇒  Développement des outils de diagnostic
⇒  Surveillance West Nile / surveillance chik dengue renforcée
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I. Leparc-Goffart
N°42
Toscana, 2015
SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°43
Toscana et diversité génétique
Bichaud et al 2013 Clin Microbiol Infect SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°44
Infection humaine par le Virus Toscana
Nombre de cas
12
10
8
6
4
2
0
2003
2004
SFM – 25 mars 2015
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
I. Leparc-Goffart
2012
2013
N°45
Infection humaine par le Virus Toscana
Localisation: Vecteur ? Réservoir ?
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I. Leparc-Goffart
N°46
Etude Priam – Séroprévalence donneur de sang
0.75% 0.8% 0.0% 1.7% 0.37% 0.7% 7.3% 5.5% 2.5% 0.0% 4.3% 1.2% 1.7% 3% 2.5% 3.7% 1.8% 7.9% 6.3% 10.2% 9.7% 2.5% 0.8% 2.8% SFM – 25 mars 2015
I. Leparc-Goffart
N°47
•  Octobre 2013: émergence du virus Zika en Polynésie Français
•  Novembre 2013: émergence CHIKV dans les Caraïbes
•  Aout/Septembre 2014: émergences Dengue/CHIKV en France
métropolitaine
•  2015????
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I. Leparc-Goffart
N°48
Centre National de Référence des Arbovirus(IRBA):
Dr Olivier Flusin, Dr Christine Prat
Riyadh Omarjee, Dr Raafat Fares
Patrick Gravier, Laetitia Boubis, Bernard Tenebray, Olivier Merle
UMR D190 « Virus Emergents »
X. de Lamballerie, Rémi Charrel, and co.
EFS: Pierre Gallian, and co.
Réseau de laboratoires, Entomologistes , InVS, CIRE, ARS
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I. Leparc-Goffart
N°49