Master Ecosciences, Microbiologie PROPOSITION SUJET de

MasterEcosciences,Microbiologie
ParcoursRecherche«EcologieMicrobienne»
BâtimentDubois–2èmeétage
UniversitéClaudeBernardLyon1
69622–VILLEURBANNECEDEX
Tel:0472431377
E‐mail:master2.ecomi@univ‐lyon1.fr
http://spiral.univ‐lyon1.fr/Files_m/M5298/WEB/EcologieMicrobienne.htm
PROPOSITIONSUJETdeMASTER2014‐2015
TITRE:InfluencedugénotypedelaplantesurlerecrutementdebactériesPGPRendophytes
Nom,PrénomduMaitredeStage: WISNIEWSKI‐DYÉFlorence
Qualité: MaîtredeConférences
Téléphone: 0472445889  E‐mail:florence.wisniewski@univ‐lyon1.fr
Laboratoired’accueil,Responsableetéquipe:
UMRCNRS5557EcologieMicrobienne(équipeRhizosphère)
PrYvanMOËNNE‐LOCCOZ
Adresse: UniversitéClaudeBernardLyon1
43,Boulevarddu11Novembre1918
69622VILLEURBANNECEDEX
Tel:+33(0)472431349
Nomducandidatéventuellementproposé:
S'iln'estpasretenu,acceptez‐vousunautrecandidat?   Oui‐Non
Descriptiondusujetauverso

Sujet(objectif,démarcheettechnique,collaboration(s),...):
Contexte.Lesconditionsdedéveloppementdesplantessontfortementinfluencéesparlesinteractionsde
symbioseassociativeentrelesrhizobactériesstimulatricesdelacroissancedesplantes(PGPR)etlesracines.
LeseffetsphytostimulateursdesPGPRreposentsurdiversmécanismes;ellespeuventfavoriserl’acquisition
deressourcesnutritionnellestellesl’azote,lephosphoreoulefer,empêcherledéveloppementde
microorganismespathogènesvialasynthèsedecomposésantimicrobiens(antagonisme),stimuler
directementlacroissancevégétaleenproduisantdeshormonesvégétalesouendiminuantletauxd’éthylène
végétal,stimulerlesdéfensesdelaplante.Sicetteassociationestgénéralementconsidéréecommepeuou
passpécifique,plusieursétudesontrapportél’importancedescombinaisonsentregénotypesbactérienset
végétaux,suggérantl’existenced’unespécificitéd’hôte.CertainesPGPRontlacapacitédecoloniserlestissus
racinaires(souchesendophytes)etd’exercerleureffetbénéfiqueinplanta;ilaétéproposéquelessouches
endophytesétaientplusefficacespourpromouvoirlacroissancedelaplante.Cependant,lemicrobiote
endophyteestpeuétudiéycomprisdansdesplantesdegrandeculture,etaucuneétuden’aétéentreprise
surplusieursgénotypesd’unemêmeplante.
Hypothèse.L’hypothèsedetravailestquelegénotypedelaplanteseraitprépondérantdanslerecrutement
debactériesPGPRendophytes.Ainsiàpartirdumicrobioted’unmêmesol,différentsgénotypesd’unemême
plantepourraitrecruterdespopulationsdifférentesdebactériesendophytes.
Objectif.L’objectifestdoncd’étudierl’influencedugénotypedelaplantesurlerecrutementdebactéries
PGPRendophytes.
Méthodes.Cinqgénotypesdeblé(4deblétendreetundeblédur)courammentutilisésenFranceseront
cultivésenserredansdeuxsolsd’intérêtayantdéjàétéplantésavecdublé.Lemicrobioteendophyte
cultivableseraéchantillonnédefaçonexhaustive(surmilieunonsélectif)surdesplantsdebléâgésdeun
moisetsurlesgrainesdebléavantplantation.Lacollectiondesouchesseracribléepourlaprésencede
gènescodantdespropriétésphytostimulatrices(criblesPCR,notammentsurlesgènesnifHetbudA),etpar
destestsbiochimiquesd’activitésphytostimulatrices(criblesfonctionnelsciblantlacapacitéàproduiredes
hormonesdetypeauxineetàsolubiliserlephosphate).Lessouchespositivespouraumoinsuncribleseront
caractériséestaxonomiquement,parséquençaged’ungènedeménage(gènecodantl’ARNr16S).Siletemps
lepermet,cessouchesseronttestéespourleurcapacitéàstimulerlacroissancedublé,encomparaisonavec
dessouchesPGPRmodèles.Cestestsd’inoculationserontréalisésinvitroensystèmesimplifié.
Résultatsattendus.Lesrésultatsattendussont(i)lamiseenévidencedel’importancedugénotypedeblé
surlacommunautébactérienneendophyte,(ii)l’isolementdenouvellessouchesPGPR,quipourraientparla
suitefairel’objetd’unevalorisationagronomique,(iii)unemeilleureconnaissancedeladiversitégénétique
desbactériesendophytesdublé,(iv)unemeilleureconnaissancedeladistributiondespropriétés
phytostimulatricesdesbactériesendophytesdublé.
Collaborations.L’étudeproposées’inscritdanslecadreduprojetMIC‐CERES(co‐financéparlesfondations
AgropolisetCariplo)etseracomplémentairedu«profilage»dumicrobiomerhizosphériqueet
endophytiquedublé(quiseraréaliséparunpost‐doctorantfinancésurleprojet).Letravailproposésera
réaliséencollaborationavecDrLionelMOULIN(LSTM,Montpellier),porteurduprojetMIC‐CERES,etDr
DanielMULLERetDrClairePRIGENT‐COMBARETdel’équipeRhizosphère.