Master Ecosciences, Microbiologie PROPOSITION SUJET

MasterEcosciences,Microbiologie
ParcoursRecherche«EcologieMicrobienne»
BâtimentDubois–2èmeétage
UniversitéClaudeBernardLyon1
69622–VILLEURBANNECEDEX
Tel:0472431377
E‐mail:master2.ecomi@univ‐lyon1.fr
http://spiral.univ‐lyon1.fr/Files_m/M5298/WEB/EcologieMicrobienne.htm
PROPOSITIONSUJETdeMASTER2015‐2016
TITRE:InfluencedugénotypedelaplantesurlerecrutementdebactériesPGPRendophytes
Nom,PrénomduMaitredeStage: WISNIEWSKI‐DYÉFlorence
Qualité: Professeur
Téléphone: 0472445889  E‐mail:florence.wisniewski@univ‐lyon1.fr
Laboratoired’accueil,Responsableetéquipe:
UMRCNRS5557EcologieMicrobienne(équipeRhizosphère)
PrYvanMOËNNE‐LOCCOZ
Adresse: UniversitéClaudeBernardLyon1
43,Boulevarddu11Novembre1918
69622VILLEURBANNECEDEX
Tel:+33(0)472431349
Nomducandidatéventuellementproposé:
S'iln'estpasretenu,acceptez‐vousunautrecandidat?   Oui‐Non
Descriptiondusujetauverso

Sujet(objectif,démarcheettechnique,collaboration(s),...):
Contexte.Lesconditionsdedéveloppementdesplantessontfortementinfluencéesparlesinteractionsde
symbioseassociativeentrelesrhizobactériesstimulatricesdelacroissancedesplantes(PGPR)etlesracines.
LeseffetsphytostimulateursdesPGPRreposentsurdiversmécanismes;ellespeuventfavoriserl’acquisition
deressourcesnutritionnellestellesl’azote,lephosphoreoulefer,empêcherledéveloppementde
microorganismespathogènesvialasynthèsedecomposésantimicrobiens(antagonisme),stimuler
directementlacroissancevégétaleenproduisantdeshormonesvégétalesouendiminuantletauxd’éthylène
végétal,stimulerlesdéfensesdelaplante.Sicetteassociationestgénéralementconsidéréecommepeuou
passpécifique,plusieursétudesontrapportél’importancedescombinaisonsentregénotypesbactérienset
végétaux,suggérantl’existenced’unespécificitéd’hôte.CertainesPGPRontlacapacitédecoloniserlestissus
racinaires(souchesendophytes)etd’exercerleureffetbénéfiqueinplanta;ilaétéproposéquelessouches
endophytesétaientplusefficacespourpromouvoirlacroissancedelaplante.Cependant,lemicrobiote
endophyteestpeuétudiéycomprisdansdesplantesdegrandeculture,etaucuneétuden’aétéentreprise
surplusieursgénotypesd’unemêmeplante.
Hypothèse.L’hypothèsedetravailestquelegénotypedelaplanteseraitprépondérantdanslerecrutement
debactériesPGPRendophytes.Ainsiàpartirdumicrobioted’unmêmesol,différentsgénotypesd’unemême
plantepourraitrecruterdespopulationsdifférentesdebactériesendophytes.
Objectif.L’objectifestdoncd’étudierl’influencedugénotypedelaplantesurlerecrutementdebactéries
PGPRendophytes.
Méthodes.Dixgénotypesdeblétendre(desvariétéscourammentutiliséesenFranceetdesvariétésplus
ancestrales)serontcultivésenserredansunsold’intérêtayantdéjàétéplantéavecdublé.Lemicrobiote
endophytecultivableseraéchantillonnédefaçonexhaustive(surmilieunonsélectif)surdesplantsdeblé
âgésdeunmoisetsurlesgrainesdebléavantplantation.Lacollectiondesouchesseracribléepourla
présencedegènescodantdespropriétésphytostimulatrices(criblesPCR,notammentsurlesgènesnifHet
budA),etpardestestsbiochimiquesd’activitésphytostimulatrices(criblesfonctionnelsciblantlacapacitéà
produiredeshormonesdetypeauxineetàsolubiliserlephosphate).Lessouchespositivespouraumoinsun
cribleserontcaractériséestaxonomiquement,parséquençaged’ungènedeménage(gènecodantl’ARNr
16S).Siletempslepermet,cessouchesseronttestéespourleurcapacitéàstimulerlacroissancedublé,en
comparaisonavecdessouchesPGPRmodèles.Cestestsd’inoculationserontréalisésinvitroensystème
simplifié.
Résultatsattendus.Lesrésultatsattendussont(i)lamiseenévidencedel’importancedugénotypedeblé
surlacommunautébactérienneendophyte,(ii)l’isolementdenouvellessouchesPGPR,quipourraientparla
suitefairel’objetd’unevalorisationagronomique,(iii)unemeilleureconnaissancedeladiversitégénétique
desbactériesendophytesdublé,(iv)unemeilleureconnaissancedeladistributiondespropriétés
phytostimulatricesdesbactériesendophytesdublé.
Collaborations.L’étudeproposées’inscritdanslecadreduprojetMIC‐CERES(co‐financéparlesfondations
AgropolisetCariplo)etseracomplémentairedu«profilage»dumicrobiomerhizosphériqueet
endophytiquedublé(quiseraréaliséparunpost‐doctorantfinancésurleprojet).Letravailproposésera
réaliséencollaborationavecDrLionelMOULIN(UMR«InteractionsPlant‐Microbes‐Environment»,IRD
Montpellier),porteurduprojetMIC‐CERES,etDrDanielMULLERetDrClairePRIGENT‐COMBARETde
l’équipeRhizosphère.