Agents infectieux, écologie microbienne Généralités Principes fondamentaux A. Cécille, PH hygiéniste – IFSI 2014-2015 Qu’est-ce qu’un micro-organisme ? Bactéries Virus Champignons Parasites ATNC = agents infectieux Ecologie microbienne • Nb bactéries >> nb cellules constitutives du corps humain Flore cutanée >1010 bactéries 100 à 1000000 / cm2 A quel niveau du corps sommes-nous porteurs de bactéries sans être Effet malades ? « barrière » contre les agents pathogènes Flore digestive Colon : 1014 bactéries - Terre : 1010 humains Flore oropharyngée : 1010 bactéries Micro-organismes : les différentes « sortes » Commensal : vit sur la peau et les muqueuses de l’hôte (homme ou animal) – au contact des cellules animales et humaines – équilibre des flores – effet barrière contre les bactéries pathogènes Exemple : Staphylococcus epidermidis Micro-organismes : les différentes « sortes » Pathogène : Provoque la maladie chez l’homme – pathogène spécifique : provoque une maladie cliniquement définie (ex : Salmonelles => typhoïde) – pathogène opportuniste : provoque une maladie seulement chez des individus dont le système immunitaire est affaibli (responsable d’infections « opportunistes »). Ex : infection à Pseudomonas aeruginosa chez le patient sous chimiothérapie anticancéreuse entraînant une chute des globules blancs Saprophyte : Vit dans l’environnement, retrouvé transitoirement sur l’homme, généralement inoffensif ex : Aspergillus Une infection, c’est quoi ? Le diabète est-il une infection ? Un infarctus, est-ce une infection ? Infection : définition Agression d’un organisme par un micro-organisme => "Maladie causée par la multiplication d'un microorganisme chez une personne" Infection : définition La maladie infectieuse est la conséquence d’une rupture d’équilibre entre les moyens de défense de l’hôte (homme) qui sont débordés et la virulence* des microorganismes (bactérie, virus, champignon ou parasite) *capacité d’un micro-organisme à déclencher une maladie infectieuse chez un hôte sain (définie par la dose infestante : plus celle-ci est faible plus le micro-organisme est virulent) avec le concours éventuel de facteurs extérieurs. Moyens de défense • Barrières anatomiques – Peau intacte : barrière quasi imperméable (porte d’entrée si effraction) – Liquides biologiques : drainage, élimination des germes • Substances chimiques : enzymes digestives • Flore commensale (compétition) • Rate : rôle dans l’élimination de certaines bactéries • Réaction inflammatoire par le système immunitaire L’infection : facteurs de risques Diminution des défenses Effraction de la barrière cutanée : intervention chirurgicale, cathétérisme, sondage Traitement antibiotique : déséquilibre de la flore de barrière Ages extrêmes Pathologies associées : aplasie, diabète, maladie infectieuse Médicaments : corticoïdes, chimiothérapie anti K ….affaiblissement du système immunitaire Avant l’infection La contamination : Phase de transfert de µ-organismes Exemples : • Contamination de la peau (transfert du germe de la peau du patient vers celle du soignant & inversement) Prévention ? • Contamination par l’air lors de la réalisation de prélèvements respiratoires pour rechercher une tuberculose chez un patient (transfert du BK de l’air contaminé vers les voies respiratoires) • Contamination virale par piqûre avec une aiguille souillée lors de la prise de sang (transfert du virus du sang du patient vers le sang du soignant) Voies de contamination • Endogène : le sujet s’infecte à partir de ses propres germes (commensaux) - Exemple d’infection d’origine endogène : infection urinaire, souvent avec les germes initialement présents dans le tube digestif • Exogène : Le sujet s’infecte avec des microorganismes de son environnement (mains des autres personnes, objets, air, eau, aliments,…) - Exemples d’infections d’origine exogène : tuberculose, légionellose, salmonellose, grippe, … Voies de contamination Directe Contact avec un individu (ou un animal) porteur du micro-organisme (malade ou porteur sain) – Manuportée +++ (infections digestives, transmission des bactéries multirésistantes) – Aéroportée (infections respiratoires : rougeole, tuberculose, …) – Sexuelle (infections sexuellement transmissibles (IST) : VIH, syphilis, ...) – Sanguine (contamination lors de transfusions ou piqûre accidentelle : hépatites, VIH, …) – Materno-fœtale (VIH, cytomégalovirus, …) Indirecte Transmission par l’intermédiaire d’un vecteur inanimé de l’environnement (ex : jouet contaminé par un rotavirus) ou d’un vecteur vivant (ex : moustique pour le paludisme, tique pour la maladie de Lyme). Modes de transmission • Le plus courant : infection croisée Transport de la bactérie responsable d’une infection chez un malade (réservoir) à un autre patient Transmission directe par manuportage (attention lors des soins !) Après la contamination, mais avant l’infection Colonisation : Croissance et multiplication de la bactérie sans symptômes (absence de signes d’infection sur les examens cliniques, radiologiques, …) ; ne nécessite généralement pas de traitement anti-infectieux Exemples : • colonisation d’un cathéter par une bactérie • colonisation respiratoire par le pneumocoque Du réservoir à l’infection Réservoir endogène Patient lui-même Colonisation Microorganismes Nombre Virulence Hôte Défenses locales et générales Etat immunitaire Infection Réservoir exogène Environnement (eau, air, aliments) L’entourage familial Lors des soins : Matériel médico-chirurgical Personnel (manuportage) Attention aux infections nosocomiales et/ou associées aux soins ! Facteurs de défense • Immunité innée Composants bactériens => activation d’éléments de défense immunitaire (globules blancs, complément, cytokines,...) au siège de l'effraction bactérienne => réaction inflammatoire (afflux au site de l’infection de cellules sanguines avec vasodilatation et apports de facteurs hormonaux) - FIEVRE => élimination de l'agent pathogène • Si exagération de cette immunité innée, il y a sepsis (choc septique). Facteurs de défense • Immunité spécifique – Production d’anticorps par les lymphocytes B activés (plasmocytes) • opsonisation • phagocytose Opsonisation d’une bactérie par des anticorps et phagocytose Infections : définitions • Infection nosocomiale : infection survenant au cours ou à la suite d’une hospitalisation et absente à l’admission à l’hôpital (>48h après admission) • Infection associée aux soins : infection survenant au cours ou à la suite d’une prise en charge d’un patient, ni présente, ni en incubation au début de la prise en charge dans le système de santé (hôpital, soins à domicile, cabinet médical, …) • Infection communautaire : infection survenant en dehors de tout système de santé Le diagnostic d’une infection • Clinique, radiologique, … • Biologique : – diagnostic direct : recherche directe de la présence du micro-organisme ou de ses composants, (protéines, génome) dans les produits biologiques => identification – diagnostic indirect : recherche de l'apparition dans le sang d'une réponse immunitaire sous forme d'anticorps spécifiques dirigés contre le micro-organisme Protection contre la contamination et l’infection Précautions « standard » Protection contre la contamination et l’infection Précautions « standard » Protection contre la contamination et l’infection Précautions « standard » Autres mesures de prévention de la contamination • Entretien de l’environnement (surfaces, eau, air) • Mesures spécifiques au niveau des blocs opératoires (tenue stérile pour les chirurgiens, filtration de l’air, …) • Précautions complémentaires = Mesures « d’isolement » – des patients porteurs de germes hautement transmissibles (prévention de la dissémination des germes : précautions septiques) : on fait + que les précautions de type « standard » – des patients très immunodéprimés (prévention de la contamination des sujets fragilisés : isolement protecteur) • Vaccination (tétanos, polio, ROR, grippe, …) • Immunoprophylaxie (injection d’anticorps) • … Mesures curatives • Antisepsie : si contamination d’une peau lésée En fonction du produit utilisé • Diminution de la multiplication des micro-organismes Ou • Destruction des microorganismes Certains produits antiseptiques sont actifs à la fois sur les bactéries, les virus, les champignons Mesures curatives • Chimiothérapie anti-infectieuse – – – – contre les bactéries : antibiotiques contre les virus : antiviraux contre les champignons : antifongiques contre les parasites : antiparasitaires • Action ciblée, spécifique • Si utilisation inappropriée (antibiotiques) : risque de déséquilibre de la flore de barrière voire sélection de bactéries très résistantes Et les ATNC ? • • • • • • PRIONS Susceptibles d’infecter l’homme et animal Atteintes dégénératives du SNC Evolution lente Absence de connaissances précises sur leur structure Pathologie transmissible expérimentalement => modification de structure des protéines • Virus atypique ? Structure purement protéique ? • Frontière de l’infectiologie et de la biologie cellulaire • Exceptionnelle résistance aux agents physiques et chimiques => Méthodes de désinfection et d’élimination des déchets spécifiques