Correction de la colle n°4 : Biologie moléculaire et Biochimie 1 : AE 8 : AE 15 : AD Annulée 29 : AD 36 : DE 2 : AB 9 : BE 16 : DE 23 : BC 30 : AE 37 : BC 3 : BE 10 : BC 17 : CD 24 : BD 31 : BCDE 38 : BE 4 : BE 11 : BE 18 : AE 25 : D 32 : BE 39 : CE 5 : CE 12 : BD 19 : BE 26 : B 33 : BD 40 CD 6 : BC 13 : AD 20 : AD 27 : CE 34 : AC 41 : BD 7 : BE 14 : AE 21 : CD 28 : BC 35 : CE 42 : CE Barème : Questions de cours : 0 – 0,5 – 1 ; Exercices : 0 – 2 Partie Biologie Moléculaire (QCM 1 à 26) Question 1 : AE A. vrai B. faux, c’est une base C. faux, la thymine est une base de l’ADN, le nucléoside contenant la thymine est donc la désoxy-thymine. D. Faux, 2 seulement E. Vrai Question 2 : AB A. vrai, un grand et un petit sillon B. vrai. C. faux 2 bases de natures différentes : une base purique et une base pyrimidique. D. Faux, plus grand diamètre. E. Faux, double hélice gauche. Question 3 : BE A. faux, antiparallèles B. vrai C. faux, il existe la fibre de 10nm et la fibre de 25nm. D. faux, taille du génome proportionnelle à la taille des individus. E. vrai Question 4 : BE A. faux, ce sont les ARNr qui représentent 82% des ARN B. vrai C. faux, la fraction codante est de moins de 2% D. faux, dans les centromères et les télomères. c’est méchant mais c’est le genre de piège qui tombe au concours. E. Vrai. Question 5 : CE A. Faux, cas des tumeurs B. Faux, 260nm C. Vrai D. Faux, la polymérase ajoute des nucléotides alors que la nucléase coupe l’ADN E. Vrai Conformément à la loi du 11 mars 1957, aucune reproduction, même partielle ne pourra être faite sans accord préalable de l’ATMC. Cette épreuve est rédigée par des étudiants bénévoles, et n’engage ni la responsabilité de la faculté de Médecine, ni celle des enseignants. 1 Question 6 : BC A. Faux, cibles des endonucléases spécifiques dont les enzymes de restriction. B. Vrai C. Vrai D. Faux, les ligases utilisent toujours de l’ATP à l’inverse des lyases. E. Faux, les substrats sont des nucléotides triphosphates mais ce sont des nucléotides monophosphates qui sont ajoutés. Question 7 : BE A. Faux, 5’ vers 3’ B. vrai C. faux D. faux, thermorésistante E. vrai Question 8 : AE A. Vrai B. Faux, il le rend inactif C. Faux, il permet de sélectionner les cellules qui ont bien intégrées le plasmide D. Faux, elle permet de reconnaître la duplication ou la délétion de grands segments du génome. E. Vrai Question 9 : BE A. (Faux) La réplication consiste en la synthèse d'acides désoxyribonucléiques qui reproduit exactement le génome d'une cellule au cours du cycle cellulaire afin de préparer la division de cette cellule. B. (Vrai) C. (Faux) La formation du primosome a lieu durant l'initiation. D. (Faux) Les deux fourches de réplication progressent en sens opposé. E. (Vrai) Question 10 : BC A. (Faux) oriC est une séquence riche en A/T. B. (Vrai) C. (Vrai) Présence des protéines SSB ! (cf diapo 13) D. (Faux) Il existe 2 liaisons hydrogènes entre une adénine et une thymine. E. (Faux) ADN polymérase utilise des petits fragments d'ARN comme amorce. Question 11 : cochez les réponses fausses (BE) A. (Vrai) B. (Faux) Pol III possède une fonction exonucléase 3' → 5'. C. (Vrai) D. (Vrai) E. (Faux) Chez les eucaryotes, à l'inverse des procaryotes, il existe plusieurs origines de réplication. Conformément à la loi du 11 mars 1957, aucune reproduction, même partielle ne pourra être faite sans accord préalable de l’ATMC. Cette épreuve est rédigée par des étudiants bénévoles, et n’engage ni la responsabilité de la faculté de Médecine, ni celle des enseignants. 2 Question 12 : cochez les réponses fausses (BD) A. (Vrai) B. (Faux) La télomérase permet de protéger les extrémités 5'. C. (Vrai) D. (Faux) La télomérase est active dans toutes les cellules germinales et seulement certaines somatiques. E. (Vrai) Question 13 : AD A. (Vrai) B. (Faux) Toujours identiques ! C. (Faux) La ligation se fait au niveau des jonctions de Hollyday. D. (Vrai) E. (Faux) RecA possède plusieurs sites spécifiques de liaison à l'ADN. Question 14 : AE A. (Vrai) B. (Faux) Les transposons sont de 2 types, spécifiques et non spécifiques. C. (Faux) Les recombinaisons homotopiques (entre 2 allèles) et les recombinaisons ectopiques (entre 2 loci non homologues) peuvent mener à des pathologies. D. (Faux) Le rétinoblastome est une tumeur due à une délétion emportant le gène normal. E. (Vrai) Question 15 : cochez les réponses fausses (AD) A. (Faux) Transposon = gène sauteur, donc jamais à l'état libre B. (Vrai) C. (Vrai) D. (Faux) La séquence LINE est un rétrotransposon. E. (Vrai) Question 16 : cochez les réponses fausses (DE) A. (Vrai) B. (Vrai) C. (Vrai) D. (Faux) La transposase reconnaît, coupe et lie un tranposon à sa séquence cible. E. (Faux) Les transposons favorisent la recombinaison. Question 17 : cochez les réponses fausses (CD) A. Vrai B. Vrai C. Faux : La 8-oxoguanine (8-oxoG) favorise les transversions G : C → T : A. D. Faux : La réparation directe par photoréaction n’existe pas chez l’espère humaine. E. Vrai Conformément à la loi du 11 mars 1957, aucune reproduction, même partielle ne pourra être faite sans accord préalable de l’ATMC. Cette épreuve est rédigée par des étudiants bénévoles, et n’engage ni la responsabilité de la faculté de Médecine, ni celle des enseignants. 3 Question 18 : AE A. Vrai B. Faux : La O6-méthylguanine-méthyltransférase (MGMT) est une fausse enzyme puisqu’elle est inactivée après la réaction. C. Faux : Le système de réparation NER chez E.Coli débute par la détection des lésions par UvrA, s’en suit la dissociation des deux brins par UvrB, et la création de deux incisions par UvrC. UvrD est une hélicase qui libère le nucléotide excisé et dégage une région simple brin. D. Faux : Xeroderma Pigmentosum est une maladie qui n’induit pas d’anomalie des membres et de la face. E. Vrai Question 19 : BE A. Faux : Lors des cassures double-brin, seule la recombinaison homologue permet de retrouver la molécule d’ADN initiale. B. Vrai C. Faux : Les radiations ionisantes provoquent l’ionisation du désoxyribose, de manière indirecte par ionisation de l’eau. D. Faux : Les pontages inter-brins (DSB) sont réparés par recombinaison homologue et nonhomologue. E. Vrai Question 20 : AD A. VRAI. Brin transcrit = brin antisens = brin matriciel. Et brin codant = brin sens B. FAUX. Le brin d’ADN matrice est lu dans le sens 3’5’ et la synthèse se fait dans le sens 5’3’ C. FAUX. La séquence de l’ARNm est identique à celle du brin sens de l’ADN (mis à part le fait que U remplace T). D. VRAI. Savoir aussi que la transcription est moins fidèle que la réplication. Donc se souvenir tout simplement que les ADN polymérases sont « plus performantes » que les ARN polymérases ! E. FAUX. Chez les eucaryotes, c’est l’ARN polymérase de type II qui permet la transcription des gènes codant pour les protéines. Question 21 : CD A. FAUX. Lors de l’initiation, l’interaction entre la polymérase et la région -35 du promoteur se fait par l’intermédiaire d’un motif hélice-boucle-hélice. L’interaction avec la région -10 est plus complexe : elle se fait grâce à une hélice alpha. B. FAUX. L’ARN polymérase peut initier la synthèse d’ARN de novo, c’est-à-dire sans amorce. C. VRAI. Attention à ne pas se faire piéger entre ribonucléotides et désoxyribonucléotides. D. VRAI. E. FAUX. Sur le transcrit, les signaux de terminaison rho-indépendants contiennent une séquence en bases répétée inversée, suivie d’une série de paires de bases A:T. Conformément à la loi du 11 mars 1957, aucune reproduction, même partielle ne pourra être faite sans accord préalable de l’ATMC. Cette épreuve est rédigée par des étudiants bénévoles, et n’engage ni la responsabilité de la faculté de Médecine, ni celle des enseignants. 4 Question 22 (question annulée): C A. FAUX. Dans le noyau chez les eucaryotes. B. FAUX : La boîte TATA est un complexe génomique. C. VRAI. D. FAUX. Le départ de la polymérase du promoteur (lancement de la phase d’élongation) nécessite laPHOSPHORYLATION de son domaine carboxy-terminal (domaine CTD) E. FAUX. Pendant la phase de terminaison, le clivage du transcrit fait apparaître une extrémité 3’ libre, à partir de laquelle il va y avoir polyadénylation par la polyA polymérase (PAP). Question 23 : BC A. FAUX. Il s’agit de la 7-méthyl-guanine B. VRAI C. VRAI. Les RNPsn (small nuclear ribonucleo protein particle, ou snurps) sont en fait des ribonucléoprotéines qui opèrent au sein d’un complexe ribonucléoprotéique : le spliceosome. Les petits ARN nucléaires (snRNA) au sein du RNPsn reconnaissent les signaux aux sites d’épissage et au site de branchement en formant des hybrides ARNARN. D. FAUX. Deux réactions de transestérifications successives. E. FAUX. L’épissage se fait de manière co-transcriptionnelle(tout au long de la transcription). Question 24 : BD A. FAUX. Préférence pour le glucose. B. VRAI C. FAUX. Forte affinité D. VRAI E. FAUX. La protéine CAP stimule la transcription de gènes du catabolisme du lactose (ou d’autres sucres) en favorisant le recrutement de la polymérase sur les promoteurs auxquels elle se lie. Question 25 : Réponse : D Question 26 : Réponse : B Partie Biochimie (QCMs 27 à 42) Question 27 : CE A : Si elle y participe B : Solvant polaire D : Ils sont insolubles Question 28 : BC A : c’est sur leur chaine latérale que c’est variable D : Tous « L » (sauf la glycine qui en a pas) E : Tous une fonction acide carboxylique et une fonction amine Conformément à la loi du 11 mars 1957, aucune reproduction, même partielle ne pourra être faite sans accord préalable de l’ATMC. Cette épreuve est rédigée par des étudiants bénévoles, et n’engage ni la responsabilité de la faculté de Médecine, ni celle des enseignants. 5 Question 29 : AD B : c’est la glycine C : comporte une fonction acide carboxylique sur leur chaine latérale E : Pour les basiques : pHi = (pka2+pka3)/2 Question 30 : AE B : Ce sont les fonctions alcool et acide C : C’est la fonction thiol D : C’est la fonction acide carboxylique Question 31 : BCDE A : Il est excitateur E : L’histidine est bien le précurseur de l’histamine. L’histamine a un rôle dans la réaction immuno-allergique. Question 32 : BE A : ce sont des liaisons amiDes C. C’est la chymotrypsine D. C’est la vasopressine ; le glutathion a un rôle dans la neutralisation des peroxydes Question 33 : BD A : liaisons covalentes ; C : la structure tridimensionnelle est déterminée par la séquence en acides aminés ; E : R représente la partie variable des acides aminés Question 34 : AC B : un pont disulfure est une liaison covalente entre deux atomes de soufre ; D : la dénaturation est une disparition des liaisons stabilisatrices dans la protéine ; E : réversible Question 35 : CE A : structures secondaires ; B : hélice droite ; D : 3,6 résidus/tour Question 36 : DE A : ordonnée et active ; B : groupements apolaires hydrophobes ; C : empêchent l'agrégation des protéines Conformément à la loi du 11 mars 1957, aucune reproduction, même partielle ne pourra être faite sans accord préalable de l’ATMC. Cette épreuve est rédigée par des étudiants bénévoles, et n’engage ni la responsabilité de la faculté de Médecine, ni celle des enseignants. 6 Question 37 : BC A : l'hémoglobine est une protéine allostérique ; D : le dioxygène se lie au fer ferreux Fe2+ ; E : c'est l'inverse Question 38 : BE A : la structure secondaire du collagène est une hélice gauche (et la structure tertiaire une triple hélice droite) ; C : hélices α ; D : protéine fibrillaire Question 39 : CE A : le site catalytique est responsable de la transformation du substrat, le site de fixation est responsable de la liaison enzyme-substrat ; ces deux sites forment le site actif ; B : Koshland : ajustement induit = changement de conformation au moment de la liaison ; D : modifient la vitesse de réaction mais pas le sens (E : Vrai, exemple des protéases qui hydrolysent uniquement les protéines constituées d'acides aminés de série L) Question 40 : CD A : une enzyme est capable de catalyser plusieurs réactions à la suite ; B : une ΔG négative signifie que l'état final a une énergie libre plus basse que l'état initial donc il y a eu libération d'énergie : la réaction est exergonique ; E : certaines enzymes comme l'hexokinase ont une faible spécificité donc peuvent fixer plusieurs substrats différents Question 41 : BD 1 2 3 pH = 1 +2 +3 +1 pH =6 0 +2 -2 pH=12 -2 -1 -3 La fonction basique quand le pH est neutre « donne » un cation ; la fonction acide quand le pH est neutre « donne » un anion (d’où le tableau précédent) A : Si à pH neutre C : Les 3 migrent vers l’anode E : Non elle sépare en fonction de la densité Conformément à la loi du 11 mars 1957, aucune reproduction, même partielle ne pourra être faite sans accord préalable de l’ATMC. Cette épreuve est rédigée par des étudiants bénévoles, et n’engage ni la responsabilité de la faculté de Médecine, ni celle des enseignants. 7 Question 42 : CE Le composé peptidique A comporte 6 acides aminés mais l’hydrolyse acide totale ne permet d’identifier que 5 acides aminés différents 6 AA mais 5 à l’hydrolyse totale donc soit Trp détruit par l’hydrolyse acide soit 2 AA identiques Hexapeptide: a-b-c-d-e-f L’hydrolyse chimique par BrCN sur le composé A libère un tetrapeptide B et un dipeptide C. BrCN : coupe la liaison peptidique en C-term d’une Met Donc : a-b-c-d/e-f où d= Met a-b-c-Mer = tétrapeptide B et e-f = dipeptide C L’action du réactif d’Edman sur le peptide B libère le PTH-Ala. Edman : Séquençage par le résidu N-term Donc : a-b-c-Met où a=Ala Ala-b-c-Met = tétrapeptide B Une analyse par spectrométrie de masse nous indique qu’un acide aminé à fonction amide est situé du côté carboxyterminal du dipeptide C Donc e-f où f=Gln ou Asn e-Gln ou e-Asn = dipeptide C L’acide aminé restant dans le dipeptide C est un acide aminé qui n’a pas de carbone α. Donc e-Gln ou e-Asn où e= Gly Gly-Asn ou Gly-Gln = dipeptide C : Réponse E Enfin l’hydrolyse chymotripsique sur le tetrapeptide B libère un dipeptide et 2 acides aminés seuls. La chymotrypsine est une endopeptidase qui coupe la liaison peptidique du côté C-term d’un AA aromatique Donc Ala-b/c/Met Ala-b = dipeptide c = peptide seul et Met=peptide seul où b et c sont des AA aromatiques : Phé, Tyr, Trp On regarde les propositions, il n’y a pas de Trp donc on écarte la possibilité qu’il y a eu du Trp détruit par l’hydrolyse acide, donc il y a 2 acides aminés identiques qui sont aromatiques : réponse C A : Faux car 6 acides aminés différents B : Faux car pas Met en 4ème position D : Faux car Pro possède un carbone alpha Conformément à la loi du 11 mars 1957, aucune reproduction, même partielle ne pourra être faite sans accord préalable de l’ATMC. Cette épreuve est rédigée par des étudiants bénévoles, et n’engage ni la responsabilité de la faculté de Médecine, ni celle des enseignants. 8