generalites sur le monde vivant

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1 SENILLE Violette
BIOCHIMIE
GENERALITES SUR LE MONDE VIVANT
DE L’ORGANISME VIVANT A LA MOLECULE
I. Introduction 7
II. Principales caractéristiques de la matière vivante . 8
1 . Propriétés particulières . 8
2 . La biochimie cherche à comprendre ces propriétés . 9
3 . Quelques propriétés générales de la matière vivante . 9
4 . Espace , temps et énergie cellulaire . 11
III. Les biomolécules constituants la matière vivante . 13
1 . Composition chimique . 13
2 . Les principales biomolécules cellulaires . 14
L’EAU – H
2
O
I. Introduction . 17
II. Les propriétés physiques de l’eau sont inhabituelles . 17
1 . Des propriétés particulières . 17
2 . Des liaisons de faible énergie . 20
3 . L’eau est un excellent solvant . 22
III. Ionisation de l’eau . 23
1 . Rappel . 23
2 . Echelle des pH . 23
3 . Les acides forts . 24
4 . Les acides faibles . 24
5 . Les valeurs de pKa . 25
6 . Les courbes de titrage . 25
7 . Les solutions tampon . 27

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STRUCTURE , CONFORMATION ET FONCTION
DES PROTEINES
ACIDES AMINES ET PEPTIDES
I. Introduction . 29
II. Les acides aminés . 29
1 . Structure générale . 29
2 . Conformation et activité optique . 30
3 . Propriétés des chaînes latérales . 31
4 . L’ionisation . 33
5 . Méthodes de séparation . 36
6 . Quelques réactions chimiques . 39
III. Les peptides . 39
1 . La liaison peptidique . 39
2 . Séparation des peptides . 40
3 . Réactions chimiques . 41
4 . Activité biologique . 44
LES PROTEINES
I. Introduction . 45
II. Propriétés générales . 45
1 . Des fonctions biologiques différentes . 45
2 . Origine de la diversité . 46
3 . Des formes différentes . 47
4 . Des groupements chimiques différents . 48
5 . Taille des protéines . 48
III. Purification . 49
1 . Préparation des extraits . 49
2 . Les méthodes de séparation . 54
3 . Les méthodes analytiques . 59
4 . Protocoles de purification . 63

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IV. Caractérisation . 63
1 . Détermination de la masse moléculaire . 63
2 . Détermination de la composition en acides aminés . 66
V. Notion de relation structure-fonction . 68
1 . La liaison peptidique : la structure primaire . 68
2 . La structure secondaire . 69
3 . La structure tertiaire . 72
4 . La structure quaternaire . 74
STRUCTURE ET FONCTION DES LIPIDES
ET DES SUCRES
LES LIPIDES
I. Introduction . 76
1 . Définition . 76
2 . Les différents types . 76
II. Structure des principaux lipides . 76
1 . Les acides gras . 76
2 . Les triacyls glycérols . 78
3 . Les cirres . 79
4 . Les phospholipides . 80
5 . Les sphingolipides . 81
6 . Les stéroïdes . 82
III. Structure des lipides dans l’eau . 83
1 . Caractère amphipatique . 83
2 . Organisation . 84
IV. Les membranes biologiques . 86
1 . Généralités . 86
2 . Les cellules des membranes . 87
3 . Perméabilité membranaire . 88

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LES GLUCIDES
I. Introduction . 90
II. Les polysaccharides . 90
1 . Amidon et glycogène . 90
2 . La cellulose . 92
3 . Les parois cellulaires . 93
III. Les glycoprotéines . 94
1 . Structure . 94
2 . Information . 96
IV. Les lipopolysaccharides . 96
1 . Les bactéries à Gram negatif . 96
2 . La fonction de marqueur . 97
LES ACIDES NUCLEIQUES
STRUCTURE DE L’ADN
I. Introduction . 99
II. Les nucléotides . 99
1 . Structure . 99
2 . Les quatre bases . 100
3 . Les 4 nucléosides . 101
4 . Les 4 nucléotides . 101
III. Les liaisons phospho-diesters . 102
IV. Représentation de l’ADN . 102
V. Structure dans l’espace . 103
1 . La découverte . 103
2 . La double hélice . 103
3 . Spécificité de l’appariement des bases . 105
4 . Les sillons . 105

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VI. La réplication . 107
1 . La réplication « semi-conservatif » . 107
2 . Expérience de Meselson et Stahl . 107
3 . Principe de la réplication . 108
VII. Fusion de l’ADN . 109
1 . La température de fusion . 109
2 . Exemples . 110
VIII. Caractéristiques des molécules d’ADN . 111
STRUCTURE DES ARN
I. Les différents types d’ARN cellulaire . 112
II. Généralités sur l’ARN . 112
1 . Structure des ARN . 112
2 . L’ARNm est complémentaire de l’ADN . 113
3 . Les gènes de certains virus sont faits d’ARN . 114
III. Les ARN messager . 114
IV. Les ARN de transfert . 115
TECHNIQUES D’ETUDE
I. Fragmentation de l’ADN . 116
1 . Les enzymes de restriction . 116
2 . La séquence palindromique . 116
3 . Le principe du clonage . 117
II. Séparation de fragments d’ADN . 117
1 . L’électrophorèse . 117
2 . Le Southern Blot . 118
III. La séquençage d’ADN . 118
1 . La méthode de Maxam et Gilbert . 118
2 . La méthode de Sanger . 119