Département des Sciences des Denrées alimentaires - ULg

3/05/13 09:32Département des Sciences des Denrées alimentaires - ULg - Faculté de Médecine vétérinaire
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Métagénomique
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La métagénomique appliquée à la microbiologie alimentaire
La métagénomique est une discipline récente qui s’attache à attribuer une identité, taxonomique, génique
ou fonctionnelle, à des fragments d’ADN d’origine inconnue. Son développement et son utilité bénéficient
grandement de l’essor des techniques de séquençage de troisième génération qui permettent d’obtenir d’un
échantillon de grandes quantités de séquences d’ADN de petites tailles. L’écologie microbienne et la santé
intestinale sont les thématiques ayant le plus approfondi la métagénomique et les possibilités qu’elle offre.
Plusieurs études séminales dans ces domaines montrent bien que la diversité et la richesse de la
population bactérienne est encore sous estimée.
La microbiologie alimentaire s’attache non seulement au suivi de bactéries pathogènes mais également à
l’étude des Alores bactériennes contaminantes et altérantes. Cette discipline est un vaste domaine dans
lequel de nombreuses matrices alimentaires sont étudiées. Il s’agit d’autant de biotopes microbiens dont les
connaissances actuelles se limitent au mieux aux espèces altérantes ou pathogènes; d’où le fait que la
métagénomique offre des possibilités très intéressantes.
Une meilleure connaissance de ces Alores permettrait, par exemple, d’améliorer les procédés de fabrication
ainsi que la qualité des denrées alimentaires
Ce projet a pour but de d’appliquer l’analyse métagénomique à l’étude de Alores alimentaires lors du
vieillissement des denrées alimentaires. Cette science représente une rupture technologique par rapport
aux méthodes d’analyse traditionnelles utilisées dans les laboratoires d’analyse (techniques culture
dépendantes) mais aussi par rapport aux techniques culture indépendantes qui ont déjà été investiguées
jusqu’ici (qPCR, clonage, DGGE).
Actuellement, si la métagénomique devient incontournable dans l’étude des populations microbiennes, elle
souffre encore de lacunes. Par exemple, la normalisation de l’analyse, aboutissant à des données
quantifiables ou comparables, n’est pas encore au point. De même, dans le cas d’étude de la diversité de
population, il n’existe pas encore de consensus sur le choix de la cible d’ADN à séquencer : utiliser un gène
ribosomique (16S ou 23S) dont le nombre de copie est variable par espèce ou un gène conservé en
monocopie mais dont la variabilité est moindre. Ces paramètres ainsi que les stratégies d’analyse doivent
donc être investiguées afin de déterminer si ils peuvent être transposés pour la microbiologie alimentaire et
si ils peuvent satisfaire aux exigences de normalisation et de reproductibilité existant dans ce domaine.
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Prof. Georges Daube - Tél [phone]
Bernard Taminiau - Tél [phone]
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