Département des Sciences des Denrées alimentaires - ULg - Faculté de Médecine vétérinaire 3/05/13 09:32 Métagénomique Accueil Historique Retour Recherche Enseignement Prestations Publications Personnel Liens Contacts Accès Evénements Unité pilote La métagénomique appliquée à la microbiologie alimentaire La métagénomique est une discipline récente qui s’attache à attribuer une identité, taxonomique, génique ou fonctionnelle, à des fragments d’ADN d’origine inconnue. Son développement et son utilité bénéficient grandement de l’essor des techniques de séquençage de troisième génération qui permettent d’obtenir d’un échantillon de grandes quantités de séquences d’ADN de petites tailles. L’écologie microbienne et la santé intestinale sont les thématiques ayant le plus approfondi la métagénomique et les possibilités qu’elle offre. Plusieurs études séminales dans ces domaines montrent bien que la diversité et la richesse de la population bactérienne est encore sous estimée. La microbiologie alimentaire s’attache non seulement au suivi de bactéries pathogènes mais également à l’étude des Alores bactériennes contaminantes et altérantes. Cette discipline est un vaste domaine dans lequel de nombreuses matrices alimentaires sont étudiées. Il s’agit d’autant de biotopes microbiens dont les connaissances actuelles se limitent au mieux aux espèces altérantes ou pathogènes; d’où le fait que la métagénomique offre des possibilités très intéressantes. Une meilleure connaissance de ces Alores permettrait, par exemple, d’améliorer les procédés de fabrication ainsi que la qualité des denrées alimentaires Ce projet a pour but de d’appliquer l’analyse métagénomique à l’étude de Alores alimentaires lors du vieillissement des denrées alimentaires. Cette science représente une rupture technologique par rapport aux méthodes d’analyse traditionnelles utilisées dans les laboratoires d’analyse (techniques culture dépendantes) mais aussi par rapport aux techniques culture indépendantes qui ont déjà été investiguées jusqu’ici (qPCR, clonage, DGGE). Actuellement, si la métagénomique devient incontournable dans l’étude des populations microbiennes, elle souffre encore de lacunes. Par exemple, la normalisation de l’analyse, aboutissant à des données quantifiables ou comparables, n’est pas encore au point. De même, dans le cas d’étude de la diversité de population, il n’existe pas encore de consensus sur le choix de la cible d’ADN à séquencer : utiliser un gène ribosomique (16S ou 23S) dont le nombre de copie est variable par espèce ou un gène conservé en monocopie mais dont la variabilité est moindre. Ces paramètres ainsi que les stratégies d’analyse doivent donc être investiguées afin de déterminer si ils peuvent être transposés pour la microbiologie alimentaire et si ils peuvent satisfaire aux exigences de normalisation et de reproductibilité existant dans ce domaine. Contact Prof. Georges Daube - Tél +32 (0) 4 366 40 15 Bernard Taminiau - Tél +32 (0) 4 366 42 26 © 2009, ULg - Faculté de Médecine vétérinaire - Département des Sciences des Denrées alimentaires. All rights reserved - E-mail info http://www.dda.ulg.ac.be/pages/fr/rech17.php Page 1 sur 1