Appel à candidatures : Contacts et adresses correspondance

Appel à candidatures :
Année de campagne : 2013
N° appel à candidatures : P2 2424
Publication : Publication le : 11/04/2013
Etablissement : UNIVERSITE AIX-MARSEILLE
Lieu d'exercice des fonctions : AIX MARSEILLE
AIX MARSEILLE
13000
Section1 : 87 - Sc. biologiques, fondamentales et cliniques (ex 41è)
Composante/UFR : UFR Pharmacie
Laboratoire 1 : UM63(200817431S)-UNITE DE RECHERCHE SUR LES
MAL...
Quotité du support : Temps plein
Etat du support : Susceptible d'être vacant
Date d'ouverture des candidatures : 11/04/2013
Date de clôture des candidatures : 02/05/2013
Date de dernière mise à jour : 12/04/2013
Contacts et adresses correspondance :
Contact pédagogique et scientifique : VOIR FICHE PROFIL
Contact administratif: VALERIE ASPORD
N° de téléphone: 04 91 39 66 18
N° de fax: [phone]
E-mail: [email protected]
Dossier à envoyer à : JARDIN DU PHARO
58 BOULEVARD CHARLES-LIVON
13284, MARSEILLE CEDEX 07
Spécifications générales de cet appel à candidatures :
Profil appel à candidatures : Microbiologie et microbiote digestif
Projet de recherche : Etude des bactéries émergentes et
de leur résistome dans le tube digestif humain
Job profile : Microbiology, gut microbiota and antibiotic resistance
Research field Euraxess (Obligatoire) : Assistant in
Microbiology
Champs de recherche EURAXESS : Biological sciences -

Appel à candidatures :
Année de campagne : 2013
N° appel à candidatures : P2 2424
Etablissement : UNIVERSITE AIX-MARSEILLE
Spécifications detaillées de cet appel à candidatures :

Enseignement
Département d’enseignement : Département de Biologie Pharmaceutique – Laboratoire de Microbiologie - Pr Jean-
Marc Rolain
Lieu d’exercice : Faculté de Pharmacie
Nom du directeur du département : Pr Philippe Charpiot/ Nom du responsable Laboratoire de Microbiologie Pr Jean-
Marc Rolain
Tél : [phone] e-mail : [email protected]
Recherche
Lieu d’exercice : Equipe Pr Jean-Marc Rolain – « MUCOVISCIDOSE, MICROBIOTE ET PRISE EN CHARGE
THERAPEUTIQUE » Faculté de Pharmacie
Nom du laboratoire : URMITE CNRS-IRD-INSERM, IHU Méditerranée Infection
Nom du directeur du laboratoire : Pr Didier Raoult
Tél : [phone] e-mail : [email protected]
Informations complémentaires
Compétences particulières requises : Culture bactérienne axénique et cellulaire - Biologie moléculaire –
Séquençage – Taxonomie bactérienne – Bioinformatique – Spectrométrie de masse
Enseignement
- filières de formations concernées :
Socle Commun de Connaissances des études de Pharmacie :
- Microbiologie L2 – L3 – M1 – M2
- Travaux pratiques, Enseignements Dirigés L2, L3, M1 et UE initiation à la recherche
- UE Initiation à la recherche
- Master Recherche « Sciences de la Santé » Mention « Pathologie Humaine », Spécialité « Maladies Transmissibles
et Pathologies tropicales ».
- objectifs pédagogiques : Les activités pédagogiques seront centrées sur l'enseignement et la formation en
Microbiologie générale et spécialisée et plus particulièrement pour les enseignements sous forme de travaux
pratiques et de travaux dirigés de la L2 au M2 des études de Pharmacie incluant les UE d’initiation à la recherche.
Ces enseignements concernent également une participation au Master Pathologie Humaine Spécialité « Maladies
Transmissibles et Pathologies Tropicales ».
Recherche
- discipline : Microbiologie : culture, génomique et métagénomique des bactéries émergentes et étude de leur
résistome dans le tube digestif humain
- projet : Le projet de recherche de ce poste correspond à un profil d’excellence scientifique visant à découvrir par
des approches innovantes de culture à haut débit et par analyse génomique et métagénomique de nouvelles
bactéries présentes dans le tube digestif humain, notamment chez les patients mucoviscidosiques, et d’analyser leur
contenu génomique afin de caractériser le répertoire génomique incluant les gènes de résistance aux antibiotiques.
Le projet vise à isoler et à caractériser ces nouveaux agents microbiens et à comprendre la dynamique de
transmission des gènes de résistance aux agents antimicrobiens. Le projet vise à consolider et à développer au sein
de l’équipe du Pr Jean-Marc Rolain à la Faculté de Pharmacie rattachée à l'URMITE CNRS-IRD-INSERM, IHU

Méditerranée Infection, les axes de recherche concernant l'identification et la description de ces pathogènes
émergents et de caractériser leur résistome après analyse génomique et/ou métagénomique. En effet les travaux
récents réalisés au sein de l’unité ont montré d’une part qu’il existait une importante diversité microbienne au sein du
tube digestif humain jusqu’alors inconnue et que le « pool » de gènes de résistance aux agents antimicrobiens
associé à ces bactéries était considérable. La caractérisation phénotypique et génomique de ces bactéries est un
enjeu majeur de santé publique pour comprendre l’évolution des microbiotes digestifs en fonction des thérapeutiques
et/ou des origines des patients et pour découvrir de nouvelles bactéries et de nouveaux gènes de résistance aux
agents antimicrobiens au sein de ces microbiotes afin de caractériser leur dynamique de transmission. Les activités
de recherche de l'équipe dans ces domaines ces dernières années ont permis d'identifier et de caractériser de
nombreux pathogènes émergents ainsi que de nombreux gènes de résistance aux antibiotiques et l'équipe a ainsi
acquis une renommée internationale dans ce domaine. Cette recherche d’excellence demande des connaissances
polyvalentes touchant la culture bactérienne axénique et cellulaire pour l’isolement et la détection de bactéries de
culture difficile, les techniques d’amplification moléculaire et d’analyse génomique par séquençage, l’utilisation des
bases de données et des outils de bioinformatique et la taxonomie. Par ailleurs une connaissance des techniques
d’identification et d’analyse des microorganismes par spectrométrie de masse est vivement souhaitée. Ce poste
permettra de stabiliser et de développer le potentiel de recherche d’excellence dans la découverte et l’identification
de nouveaux agents pathogènes et des supports génétiques de la résistance aux antibiotiques et de leur propagation
qui représentent un enjeu majeur de santé publique.
- mots clés : pathogènes émergents- culture bactérienne - identification moléculaire –spectrométrie de masse –
génomique – métagénomique – microbiote digestif – résistance aux antibiotiques