Appel à candidatures : Contacts et adresses correspondance
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Appel à candidatures : Année de campagne : 2013 N° appel à candidatures : P2 2424 Publication : Publication le : 11/04/2013 Etablissement : UNIVERSITE AIX-MARSEILLE Lieu d'exercice des fonctions : AIX MARSEILLE AIX MARSEILLE 13000 Section1 : 87 - Sc. biologiques, fondamentales et cliniques (ex 41è) Composante/UFR : UFR Pharmacie Laboratoire 1 : UM63(200817431S)-UNITE DE RECHERCHE SUR LES MAL... Quotité du support : Temps plein Etat du support : Susceptible d'être vacant Date d'ouverture des candidatures : 11/04/2013 Date de clôture des candidatures : 02/05/2013 Date de dernière mise à jour : 12/04/2013 Contacts et adresses correspondance : Contact pédagogique et scientifique : VOIR FICHE PROFIL Contact administratif: VALERIE ASPORD N° de téléphone: 04 91 39 66 18 N° de fax: 04 91 39 66 18 E-mail: [email protected] Dossier à envoyer à : JARDIN DU PHARO 58 BOULEVARD CHARLES-LIVON 13284, MARSEILLE CEDEX 07 Spécifications générales de cet appel à candidatures : Profil appel à candidatures : Microbiologie et microbiote digestif Projet de recherche : Etude des bactéries émergentes et de leur résistome dans le tube digestif humain Job profile : Microbiology, gut microbiota and antibiotic resistance Research field Euraxess (Obligatoire) : Assistant in Microbiology Champs de recherche EURAXESS : Biological sciences - Appel à candidatures : Année de campagne : 2013 N° appel à candidatures : P2 2424 Etablissement : UNIVERSITE AIX-MARSEILLE Spécifications detaillées de cet appel à candidatures : Enseignement Département d’enseignement : Département de Biologie Pharmaceutique – Laboratoire de Microbiologie - Pr JeanMarc Rolain Lieu d’exercice : Faculté de Pharmacie Nom du directeur du département : Pr Philippe Charpiot/ Nom du responsable Laboratoire de Microbiologie Pr JeanMarc Rolain Tél : 04 86 13 68 28 e-mail : [email protected] Recherche Lieu d’exercice : Equipe Pr Jean-Marc Rolain – « MUCOVISCIDOSE, MICROBIOTE ET PRISE EN CHARGE THERAPEUTIQUE » Faculté de Pharmacie Nom du laboratoire : URMITE CNRS-IRD-INSERM, IHU Méditerranée Infection Nom du directeur du laboratoire : Pr Didier Raoult Tél : 04 91 38 55 17 e-mail : [email protected] Informations complémentaires Compétences particulières requises : Culture bactérienne axénique et cellulaire - Biologie moléculaire – Séquençage – Taxonomie bactérienne – Bioinformatique – Spectrométrie de masse Enseignement - filières de formations concernées : Socle Commun de Connaissances des études de Pharmacie : - Microbiologie L2 – L3 – M1 – M2 - Travaux pratiques, Enseignements Dirigés L2, L3, M1 et UE initiation à la recherche - UE Initiation à la recherche - Master Recherche « Sciences de la Santé » Mention « Pathologie Humaine », Spécialité « Maladies Transmissibles et Pathologies tropicales ». - objectifs pédagogiques : Les activités pédagogiques seront centrées sur l'enseignement et la formation en Microbiologie générale et spécialisée et plus particulièrement pour les enseignements sous forme de travaux pratiques et de travaux dirigés de la L2 au M2 des études de Pharmacie incluant les UE d’initiation à la recherche. Ces enseignements concernent également une participation au Master Pathologie Humaine Spécialité « Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales ». Recherche - discipline : Microbiologie : culture, génomique et métagénomique des bactéries émergentes et étude de leur résistome dans le tube digestif humain - projet : Le projet de recherche de ce poste correspond à un profil d’excellence scientifique visant à découvrir par des approches innovantes de culture à haut débit et par analyse génomique et métagénomique de nouvelles bactéries présentes dans le tube digestif humain, notamment chez les patients mucoviscidosiques, et d’analyser leur contenu génomique afin de caractériser le répertoire génomique incluant les gènes de résistance aux antibiotiques. Le projet vise à isoler et à caractériser ces nouveaux agents microbiens et à comprendre la dynamique de transmission des gènes de résistance aux agents antimicrobiens. Le projet vise à consolider et à développer au sein de l’équipe du Pr Jean-Marc Rolain à la Faculté de Pharmacie rattachée à l'URMITE CNRS-IRD-INSERM, IHU Méditerranée Infection, les axes de recherche concernant l'identification et la description de ces pathogènes émergents et de caractériser leur résistome après analyse génomique et/ou métagénomique. En effet les travaux récents réalisés au sein de l’unité ont montré d’une part qu’il existait une importante diversité microbienne au sein du tube digestif humain jusqu’alors inconnue et que le « pool » de gènes de résistance aux agents antimicrobiens associé à ces bactéries était considérable. La caractérisation phénotypique et génomique de ces bactéries est un enjeu majeur de santé publique pour comprendre l’évolution des microbiotes digestifs en fonction des thérapeutiques et/ou des origines des patients et pour découvrir de nouvelles bactéries et de nouveaux gènes de résistance aux agents antimicrobiens au sein de ces microbiotes afin de caractériser leur dynamique de transmission. Les activités de recherche de l'équipe dans ces domaines ces dernières années ont permis d'identifier et de caractériser de nombreux pathogènes émergents ainsi que de nombreux gènes de résistance aux antibiotiques et l'équipe a ainsi acquis une renommée internationale dans ce domaine. Cette recherche d’excellence demande des connaissances polyvalentes touchant la culture bactérienne axénique et cellulaire pour l’isolement et la détection de bactéries de culture difficile, les techniques d’amplification moléculaire et d’analyse génomique par séquençage, l’utilisation des bases de données et des outils de bioinformatique et la taxonomie. Par ailleurs une connaissance des techniques d’identification et d’analyse des microorganismes par spectrométrie de masse est vivement souhaitée. Ce poste permettra de stabiliser et de développer le potentiel de recherche d’excellence dans la découverte et l’identification de nouveaux agents pathogènes et des supports génétiques de la résistance aux antibiotiques et de leur propagation qui représentent un enjeu majeur de santé publique. - mots clés : pathogènes émergents- culture bactérienne - identification moléculaire –spectrométrie de masse – génomique – métagénomique – microbiote digestif – résistance aux antibiotiques
