pastel.archives

N°:2009ENAMXXXX
Doctorat ParisTech
T H È S E
pour obtenir le grade de docteur délivré par
L’Institut des Sciences et Industries
du Vivant et de l’Environnement
(AgroParisTech)
Spécialité : MICROBIOLOGIE
présentée et soutenue publiquement par
Marie-Pierre FORQUIN
Le 06 juillet 2010
Étude de Brevibacterium aurantiacum, une bactérie d’affinage de
fromage : de son métabolisme du soufre à son interaction avec
Kluyveromyces lactis
Directeur de thèse : Pascal BONNARME
Co-encadrement de la thèse : Isabelle MARTIN-VERSTRAETE
Jury
Mme Marie-Joëlle VIROLLE, DR, Institut de Génétique et Microbiologie, CNRS/Paris 11, Orsay Rapporteur
M. Pascal LOUBIÈRE, DR, Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, INRA, Toulouse Rapporteur
M. Eric GUEDON, CR, Institut MICALIS, INRA, Jouy en Josas Examinateur
Mme Isabelle MARTIN-VERSTRAETE, Pr, Bactéries Anaérobies et Toxines, Institut Pasteur, Paris 7 Directeur de thèse
M. Pascal BONNARME, DR, GMPA, INRA, Thiverval-Grignon Directeur de thèse
M. Colin Tinsley, Pr, Micalis, AgroParisTech, Thiverval-Grignon Président
AgroParisTech
UMR782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires
F-78850 Thiverval-Grignon

Remerciements
Je souhaite tout d’abord remercier mes nombreux directeurs d’unité, Antoine
Danchin pour m’avoir accueillie lors de ma première année de thèse au sein de
l’unité GGB à l’Institut Pasteur, Georges Corrieu, Michèle Marin, et Isabelle Souchon
directeurs successifs de l’unité GMPA à l’INRA de Versailles-Grignon.
Je voudrais remercier Marie-Joëlle Virolle et Pascal Loubière d’avoir accepté d’être
les rapporteurs de ce travail de thèse, Colin Tinsley d’avoir accepté d’être le
président de Jury et également à Eric Guedon pour son implication en tant
qu’examinateur dans ce Jury.
Un grand MERCI à Isabelle Martin-Verstraete et Pascal Bonnarme, « mes parents
scientifiques ». J’ai eu la chance d’avoir une directrice et un directeur de thèse.
Isabelle, Merci pour ta disponibilité sans faille, ta rigueur, et tes encouragements.
Pascal, Merci pour ton enthousiasme, ta disponibilité et ta confiance tout au long de
cette thèse. Vous m’avez tous les deux apporté un très bon équilibre qui m’a permis
de passer ses trois années très sereinement.
Merci à Andrea Pimenta, pour m’avoir fait découvrir le monde merveilleux de la
microbiologie. Un jour de juin 2004, tu as accepté une stagiaire de Licence qui
cherchait désespérément une expérience dans le monde de la recherche, juste pour
voir ce que c’était !! Et Merci de m’avoir reprise l’année suivante pour un stage de
maîtrise. C’est sûrement grâce à toi que j’ai réussi à rentrer dans le master Microbio
de P7. A travers toi, je remercie aussi l’université de Cergy-Pontoise et l’équipe
ERMECe pour toute ma formation.
Merci à Françoise Rul et Eric Guedon (encore) d’avoir participé à mon comité de
thèse. Merci pour nos discussions constructives lors de ces réunions qui m’ont
vraiment permis d’avancer.
Mes remerciements vont également à toutes les filles de « feu » GGB, Evelyne, Anne-
Marie, Evelyne, Emma, Olga, Marie-Françoise, Anne-Sophie, Undine, Agnieszka,
Catherine et Sandra. Avec une pensée très particulière pour Gaëlle et Emmanuelle
pour tous ces excellents moments passés ensemble (un petit café les filles ???). Quel
dommage d’avoir dû vous quitter si rapidement.
Merci à la promo Pasteur microbiologie 2005, c’était une année terrible !!!
Merci à « mon » équipe puce, Caroline Proux de PF2 pour mon « instruction puce », à
Valentin Loux, Mr Design des oligos, Julie Aubert, Mme Stat, merci pour votre
disponibilité et votre patience.
Merci à l’ensemble de l’équipe métabolome : Christophe Junot, Jean-François,
Geoffrey, Ying, Ludo, Jérôme, et bien sur Aurélie. Merci pour ces journées

mémorables où l’Orbitrap fonctionnait très bien dans l’après midi et qu’il décidait de
s’arrêter vers 22h quand tout le monde était parti ou encore lors qu’il y a eu une
coupure d’électricité générale à Jussieu alors que Bob fonctionnait très bien. Ca a été
un véritable plaisir de travailler avec vous.
Merci également à tous ceux que j’ai croisés au cours de cette thèse au GMPA, les
nombreux stagiaires : Stéphanie, Tiphaine, Karine, Raquel, Anne-Laure, Rachel,
Monseratte, Angélique, Romain, Jean-Jacques, Audrey, Stéphane et Romain, et à ceux
que j’ai oubliés bien sûr. Merci à toute l’équipe 1 : Françoise (merci pour tes précieux
conseils), Christophe, Tatiana (pour ton aide dans la 1ere partie de cette thèse)
Sophie, Sandra, Alain, Pawinee et Soulaf (les trois thésards partis) Chrisse, Jessie et
Julie (les petites nouvelles). Merci aux autres : Les Isabelles, Fernanda, Stéphanie,
Violaine, Catherine, Armelle, la baronne, Thibaut, Asma, Anne, Maud, Marie-Noëlle,
David, Fred, Jérôme, David, Stéphanie, Marion, Jean-Marie, Sébastien, Steven,
Cédric, Michel, Mariette, Bruno, Hervé, David, Inès, Clément, Aurélie, Florence et
Valérie (nos secrétaires de choc). Vous avez fait la richesse de ces 2 années.
Un mot particulier pour Anne-So’ (alors comment va ta toute petite fille ?) et à ma
tata Roselyne. Merci pour votre accueil, votre bonne humeur, votre disponibilité et
votre soutien tout au long de ces 2 dernières années de thèse.
Merci aux voisins de la génétique. Merci pour le prêt de la machine à café quand la
nôtre est en panne, et de toutes ses petites choses qui nous manquent du coté GMPA.
Un grand Merci à l’équipe des bon moments du GMPA : Yohan (qui est parti vers
d’autres aventures) ; ma petite Reinette; Perrine, Séverine, Yoann alias Koala (les
thésards de Catherine); le quatuor inséparable : Aline, Julie (ma colocataire de
bureau), Jérôme et Thomas. Merci pour votre soutien, vos conseils et votre bonne
humeur pendant cette thèse et plus particulièrement pendant cette fin de rédaction,
vous avez été toujours mon écoute, n’est-ce pas Jérôme ? Merci pour les petites
discussions.
Je ne peux pas faire des remerciements sans parler d’Agnès mon « Alter-Ego
levurien ». J’ai commencé par te martyriser dès le M2 lorsque tu t’es retrouvée dans
le binôme voisin, 7 semaines de TP de folie !!! Merci pour tout, Cocotte, pour ta
patience (je me souviendrai toujours de ton regard noir quand je dis une bêtise), pour
ton écoute (c’est que je parle beaucoup moi), pour nos discussions pendant nos
semaines « manip co-cultures » ou pendant nos virées en voiture lorsque l’on s’est
baladé dans l’Ile de France pour les manips. Que puis-je dire d’autre à part : Merci
pour ton amitié et tu vas me manquer Cocotte.
Un petit mot aux non-scientifiques ou les hors-labo qui ont su me soutenir pendant
toute cette thèse. Hélène, Maimou, Johanna, Auré, Anthony, Caro, Fro, yannick,
Lord, Antoine, Marion, Nico, Sarah, Julien, Claire, Sophie, Bubu, Julien, Erwan,
Sandra, Zoé, Gauthier (oh un scientifique). Merci pour votre amitié qui me fait
beaucoup de bien dans ces moments stressants.

Je vais terminer par ceux qui me soutiennent depuis des années et particulièrement
pendant ces 3 années : Ma famille. Mes parents qui m’ont soutenue pendant toutes
mes études, Ben, Elo, Lolo (ma correctrice d’orthographe, bien plus performante que
le correcteur word), Benoît, et mes neveux et nièces préférés : Cléo, Solène et
Arthur (dans l’ordre d’arrivée) ; Pépé et tous les autres. Merci.
Juste un mot très particulier pour mon Christophe, merci pour ces trois dernières
années de vie commune. En thèse tous les deux, et on ne c’est même pas pouillé, bon
d’accord, heureusement que l’on a pas écrit notre thèse en même temps. Ne
t’inquiètes pas, on n’est pas obligé de se marier si je trouve un poste !!! Mille fois
Merci.
MERCI à vous tous…