Développement de biopuces dédiées à la détection et

THÈSE
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE GRENOBLE
Spécialité : Biotechnologies pour la santé / Pharmacie
Arrêté ministériel : 7 août 2006
Présentée par
Sihem BOUGUELIA
Thèse dirigée par Thierry LIVACHE et
Codirigée par Yoann ROUPIOZ et Pascal MAILLEY
Préparée au sein du Laboratoire CREAB /SPrAM /INAC /CEA
Grenoble
Dans l'École Doctorale d’Ingénierie pour la Santé, la Cognition
et l’Environnement (EDISCE)
Développement de biopuces
dédiées à la détection et
quantification de bactéries
pathogènes à faibles taux
Thèse soutenue publiquement le 12/10/2012,
Devant le jury composé de :
M. Emmanuel DROUET
Professeur à l’Université Joseph Fourier, Grenoble, Président
M. Bruno LE PIOUFLE
Professeur à SATIE ENS Cachan, Rapporteur
M. Philippe RENAUD
Professeur à l’EPFL, Lausanne, Rapporteur
M. Thierry LIVACHE
Directeur de thèse, ingénieur CEA Grenoble, Membre
M. Yoann ROUPIOZ
Co-directeur, chargé de recherches CNRS, CEA Grenoble, Membre
M. Abdelkader BOUBETRA
Responsable du département Biologie, ISHA Paris, Invité

« Pour que la loi du progrès existât, il faudrait que chacun voulût la créer »
Charles Baudelaire
A ma famille,

Remerciements
Mes travaux de thèse ont été réalisés au sein du « Groupe de Chimie pour la Reconnaissance
et l’Etude des Assemblages Biologiques » dirigés par monsieur Thierry Livache et monsieur
Yoann Roupioz, à l’Institut de Nanosciences et de Cryogénie du CEA Grenoble.
Je souhaite adresser mes remerciements :
Aux membres de jury de cette thèse : M. Emmanuel Drouet et M. Abdelkader Boubetra, qui
m’ont fait l’honneur d’avoir accepté d’examiner ce travail ; M. Bruno Le Pioufle et M.
Philippe Renaud pour l’intérêt qu’ils ont porté à mes travaux et d’avoir accepté d’être
rapporteur de cette thèse.
Au groupe pneumocoque (IBS, Grenoble) : Thierry Vernet pour m’avoir accueilli dans son
laboratoire, Claire Durmort pour son implication dans le projet. Les autres scientifiques,
doctorants et personnels techniques que j’ai côtoyé durant cette période également.
A Thierry Livache pour la confiance qu’il m’a accordée, pour le grand intérêt qu’il a porté à
mes travaux, mais aussi pour son soutien et ses conseils au quotidien. « Thierry, je n’oublierai
jamais nos discussions constructives et tardives au laboratoire (oui, plutôt disponible en fin de
journée !). Je te remercie du fond du cœur de m’avoir appris comment voir la science avec un
œil de chercheuse ».
A Yoann Roupioz pour l’encadrement et le suivi au quotidien pendant le master et la thèse. Je
te remercie pour ton efficacité, ton écoute, ton organisation et tes conseils avisés. J’ai appris à
mieux maitriser ma sensibilité grâce à toi.
A toute l’équipe du CREAB : Roberto Calmczuk pour ses conseils et son aide sur le volet
modélisation, Loïc Leory pour la partie optique et instrumentale, Sébastien Dumenil pour tous
les problèmes techniques rencontrés. Ainsi qu’à toutes les personnes qui ont directement
participé à la réussite de ce projet.
A André, Yanxia, Radek, Feriel, Sami, Laure, Camille, Maria, Loïc...et tous les autres
membres du CREAB passés et présents, pour leur gentillesse, leur joie de vivre et pour avoir
amélioré chaque jour l’ambiance au sein du laboratoire.
A l’équipe de la jeune société PrestoDiag, à laquelle je souhaite une grande réussite.
Enfin, je remercie infiniment ma famille, et plus particulièrement mes parents et mon ami
pour leurs encouragements et leur soutien sans faille pendant les moments difficiles…Et bien
sûr un grand merci à tous mes amis, les membres de la Dream Team du LTM et d’Aitap.