I. SOUBEYRAN - Recherche de mutation BRCA

Statut BRCA des patientes atteintes de
cancer de l’ovaire : où va-t-on ?
Isabelle RAY-COQUARD (LYON)
Alain LORTHOLARY (Nantes)
Statut BRCA des patientes atteintes de
cancer de l’ovaire : où va-t-on ?
L’avis d’un onco-généticien
K Ovaire
Gilda Radner
1987
Décédée K ovaire 41
4 sœurs K ovaire
- prise de conscience
- Registre
- Augmentation des publi
BRCA
BRCA 1 cloné en 1994
BRCA 2 cloné en 1995
Nouveautés
20 ans après le clonage de BRCA :
 1) révolution technique
NGS
 2) révolution thérapeutique
anti PARP
 3) révolution médiatique Angelina Joli
CAS CLINIQUE
Arbre généalogique famille N° 4000 X
sein
33
ovaire
50
45
sein
42
Particularité du K ovaire BRCA +
 Tumeur de haut grade
(Malpica)
séreux de haut grade : mutation BRCA + dans 17 % des cas
 Age diagnostic plus précoce
 Meilleur pronostic (6 études + Chetrit JCO 2008)
 Réponse anti parp
Poly(ADP-ribose) polymérase: nouvelle cible
PARP Inhibiteurs: nouvelle famille
Activité maximale en cas de profil génomique BRCA+
En cas de T platine sensible
(study 19 Ledermann et al)
Statut BRCA : différents aspects =
génétique et thérapeutique entremêlées
 Aspect constitutionnel , génétique, hérédité
Transmission, tests prédictifs …
 Aspect somatique
 Aspect thérapeutique : chirurgie prophylactique, anti
parp
Indications de consultation d’oncogénétique K ovaire
Un cas de cancer de l’ovaire < 70 ans
ou + âgée si haut grade
 BRCA + en somatique non systématiquement +
en constit
 BRCA – en somatique ne peut exclure tout à fait
une mut en constit (faux neg ? Pb technique)
A l’inverse une mut BRCA + en constit sera à priori
+ en somatique
News
 Risque BRCA2 > BRCA 1 pour les autres K que
spectre sein -ovaire
K sein chez l’homme,
K prostate,
K pancréas
Génétique moléculaire
 Nouvelle technologie = NGS,
nouveaux gènes
panel de gènes ,
 Circuit rapide ou non
Fonction essais thérapeutiques, olaparib, chirurgie
prophylactique
conclusion
 Le somatique peut suffire pour le traitement
 La CS d’onco-génétique reste indispensable pour le
constitutionnel et parler aux patientes de
prédisposition familiale
Statut BRCA des patientes atteintes de
cancer de l’ovaire : où va-t-on ?
L’avis d’un oncologue
Quand un test pronostique devient un
test prédictif ……
 Recherche mutation BRCA pour les cancers de l’ovaire
relevant d’un traitement par olaparib
 Recherche constitutionnelle versus somatique
 Que les gènes BRCA 1 et 2?
 Que les cancers de l’ovaire ?
AMM
En monothérapie pour le traitement d'entretien des
patientes adultes atteintes d’un cancer épithélial séreux
de haut grade de l'ovaire, des trompes de Fallope ou
péritonéal primitif, récidivant et sensible au platine
avec une mutation du gène BRCA (germinale et / ou
somatique) et qui sont en réponse (réponse complète
ou réponse partielle) à une chimiothérapie à base de
platine.
Sous type de cancer de l’ovaire : Fréquence
des mutations constitutionnelles BRCA1/2,
Etude de population
-
-
Cas consécutifs non apparentés et non sélectionnés pour l’histoire familiale
(n’exclut pas les ATCD familiaux)
-
1001 femmes atteintes d’une tumeur ovarienne épithéliale maligne, non
mucineuse
-
Recherche mutations BRCA1/2 ponctuelles et RGT
141 mutations chez 141 femmes : 88 BRCA1 (62,4%) et 53 BRCA2 (37,6%)
 14,1% BRCA1/2 mutations (95% IC : 11,9-16,3)
 16,6% BRCA1/2 mutations parmi les séreuses
 16,8% BRCA1/2 mutations parmi tous les haut grades
 17,1% BRCA1/2 mutations parmi les haut grade séreux
 40% des femmes mutées ont un antécédent familial
Alsop K et al. J Clin Oncol, juillet 2012;erratum novembre 2012
Age: Predicted BRCA1 and BRCA2 carrier
probability for breast and ovarian cancer
cases
Breast cancer
Ovarian cancer
Age at onset BRCA1
(years)
BRCA2
BRCA1
BRCA2
30
5.1%
5.0%
0.6%
0.8%
40
1.6%
2.0%
8.2%
0.4%
50
0.4%
1.5%
1.8%
1.6%
60
0.2%
1.2%
1.3%
0.8%
70
0.1%
0.8%
0.1%
0.1%
• Among ovarian cancer cases diagnosed at 40 years, the probability of BRCA1/2
germline mutation is 8.6%
• Among ovarian cancer cases diagnosed at 70 years, the probability of BRCA1/2
germline mutation is 0.2%, a figure similar to general population
Antoniou et al, Br J Cancer, 2004
Histoire familiale et cancer de l’ovaire?
Patientes mutées BRCA et
histoire familiale évocatrice
15 à 44% des patientes mutées
BRCA constitutionnelles n’ont pas
d’histoire familiale de cancer du
sein et/ou de l’ovaire
En dehors de l’étude de Malander, pour
chaque étude, la somme présence d’une
histoire familiale et absence d’histoire familiale
représente 100% des effectifs.
Alsop K, et al. J Clin Oncol 2012;30(21):2654‒2663.
Majdak EJ, et al. Eur J Cancer 2005;41(1):143–150.
Malander S, et al. Eur J Cancer 2004;40(3):422‒428.
Jacobi CE, et al. Genet Med 2007;9(3):173–179.
Rafnar T, et al. Eur J Cancer 2004;40(18):2788–2793.
Sarantaus L, et al. Eur J Hum Genet 2001;9(6):424–430.
Stratton JF, et al. N Engl J Med 1997;336(16):1125–1130.
Yazici H, et al. Hum Mutat 2002;20(1):28–34.
Danish study in population-based series of patients
with newly diagnosed ovarian cancer (MALOVA study)

10% had ≥1 family
history of
breast/ovarian
cancer
Invasive epithelial ovarian
cancer (N=445)
BRCA mutations 5.8%
(BRCA1: 22 patients;
BRCA2: 5 patients)
Serous
62%
Endometrioid
Mucinous
Clear cell
Other
7%
Undifferentiated
2%
13%
10%
BRCA
mutations
5.4%
BRCA
mutations
5.4%
BRCA
mutations
0%
BRCA
mutations
9.1%
BRCA
mutations
12.5%
BRCA
mutations
13.3%
No tumours from BRCA mutation
carriers were mucinous
Soegaard M, et al. Clin Cancer Res 2008;14(12):3761‒3767.
7%
Fréquence de l’inactivation somatique de BRCA1/2
dans les cancers de l’ovaire
Tumor Tissue
Nb mutations/tumors
Germline
mutations
Somatic
mutations
Futreal, 1994
BRCA1
Breast (17qLOH)
Ovary (17qLOH)
3/32 (10%)
1/12 (10%)
3
1
0 (0%)
0(0%)
Merajver, 1995
BRCA1
Ovary
4/47 (9%)
0
4 (9%)
Lancaster, 1996
BRCA2
Breast
Ovary
2/70 (2,8%)
0/55
1
0
1 (1.4%)
0
Hennessy, 2010
BRCA1/BRCA2
Ovary
BRCA1
BRCA2
31/235 (13%)
13/235 (5%)
12/21 studied
(57%)
5/7 studied
(71%)
9/21studied
(43%)
2/7studied
(29%)
Cancer Atlas,
2011
BRCA1/BRCA2
Ovary high grade
BRCA1
BRCA2
38/316 (12%)
35/316 (11%)
27 (9%)
25 (8%)
11 (3%)
10 (3%)
23% mutations identifiées:
(17/23) 75% sont constitutionnelles et (6/23) 25 % strictement somatiques
Mutations constitutionelles et tumorales
Study 19: BRCA mutation status
Germline BRCA
Tumour BRCA
Mutant
Wild type
Unknown
significance
Missing*
TOTAL
Mutant
71
3
0
22
96
Wild type
20
69
6
22
117
Unknown
significance
0
0
4
1
5
Missing
20
14
2
11
47
TOTAL
111
86
12
56
265
gBRCAm: n=96
gBRCAwt or unknown significance: n=122 (defined as ‘gBRCA wild type or gBRCA mutations of unknown significance’)
BRCAm dataset: defined as either tumour or germline mt (n= 136)
BRCAwt or unknown significance dataset: defined as ‘Either wild type or mutation of unknown significance by either germline or
tumour (and not BRCAm)’ (n= 118) CAVEAT some of the patients with missing tumour and wild type gBRCA could be tBRCA mt
Three patients have been defined as BRCA wt in tumour, BRCAm in germline; however, as single exon indels are not reported in tumour,
these are considered false negatives by the tumour test
wt, wild-type; gBRCAm, germline BRCA mutation; tBRCAm, tumour BRCA mutation
Ledermann J et al. J Clin Oncol 2013;31(15S):abstr 5505
En somme,
• Mutations délétères BRCA constitutionnelles 8 et 14%
• Mutations délétères BRCA somatiques 7 to 8%
• Séreux et haut grade sur représentés
• BRCA1/2 germline mutation 4–5% des bas grades !
• Age médian 56 ans mais ne s’arrête pas à 70 ans!
• Intrication entre médecine prédictive et pronostique
• Arrivée des tests somatiques
Mutations somatiques BRCA1/2
Quel matériel?
 Quel matériel?
 Bloc formol
 Prélèvement pré chimio >>> postchimio
 > 30% cellules tumorales
Problèmes
– Quantité ADN (30 à 200ng fonction technique)
– Qualité ADN (fragmentation, artéfacts)
Isabelle Soubeyran, comm personelle Monaco Janv 2016
Plateformes hospitalières de
Génétique somatique
28 plateformes soutenues INCa/DGOS
CHU et CLCC
Multidisciplinarité: biologistes, généticiens, pathologistes
(dédommagement des pathologistes de ville pour l’envoi des blocs)
Maillage du territoire (régions…)
Equité d’accès aux soins innovants
Pas de facturation au patient
Assurer la qualité des tests
Translocation BRCR-ABL, translocations ALK,
mutations BRAF, mutations EGFR, mutations
KRAS, mutations KIT et PDGFRA, amplification
HER2, BRCA
Mutations somatiques BRCA1/2
Comment?
BRCA1
BRCA2
 Gènes suppresseurs de tumeur de grande taille
 BRCA1 : 22 exons codants
 BRCA2 : 26 exons codants
 Mutations nombreuses ++++ (pas de hot-spots)
 Nécessité couverture complète
Technique NGS (Next-Generation Sequencing)
Mutations somatiques BRCA1/2
Limites du NGS
• Détection des grands réarrangements
–
–
–
–
Déf = délétion ou duplication > 1 exon
Fréquence 6 à 10% des mutations
Techniques de choix : CGH-array ou MLPA
Détection théoriquement possible en NGS mais
• Constitutionnel > somatique
• Technique capture > ampliseq
• Congélation > formol

Travail bioinfo ++++
Exome
Judkins, Cancer November 1, 2012
Bilan analyse BRCA dans Essai PAOLA1
Blood BRCA
Tumor BRCA
Nb of samples
Nb of samples
Nb of Nb of realized Average time
Nb of Nb of realized Average time
Screening center
Median time with detected
Median time with detected
expected test tests
for result
expected test tests
for result
mutation
mutation
39
30
47
49
7
144
83
35
32
25
Institut Curie
Caen
34
24
29
29
4
50
44
15
17
15
APHP
43
27
50
42
6
41
32
47
48
8
Bordeaux
33
15
32
30
5
36
20
48
42
6
Gustave Roussy
36
22
57
51
3
36
25
54
54
4
TOTAL/AVERAGE
185
118
43
42
25
307
204
40
42
58
Circuit de prescription et de rendu des résultats des
tests BRCA
dans le cadre de l’AMM Olaparib
Accord d’experts avec le Groupe Génétique et Cancer
Diagnostic initial
Rechute sensible
Circuit standard
Circuit rapide
coordination consultations et laboratoires correspondants
Consultation d’oncogénétique
habituelle (information dans le
cadre de la recherche d’une
mutation constitutionnelle)
Circuit labo habituel (mutation
constitutionnelle)
Résultats rendus à, et par
l’oncogénéticien
1-2 mois
5-6 mois
Cancer de l’ovaire (haut grade)
Statut BRCA
constitutionnel inconnu
Pas de mutation BRCA
constitutionnelle identifiée*
Consultation d’oncogénétique
rapide (< 15j) et étude
constitutionnelle
rapide
Initier l’analyse tumorale via
l’oncologue
En parallèle, initier l’analyse
tumorale via l’oncologue
ou l’oncogénéticien
Les résultats de la recherche
tumorale peuvent être rendus
par l’oncologue qui doit
s’assurer qu’une consultation
d’oncogénétique est prévue
Les résultats de la recherche
tumorale sont rendus par
l’oncologue; Le résultat est
transmis à l’oncogénéticien et
au laboratoire génétique
constitutionnelle
*pas d’indication à réaliser une recherche tumorale en cas de mutation constitutionnelle connue de BRCA . Si analyse ancienne, reconsidérer en parallèle une nouvelle analyse constitutionnelle
Evolution :
Concept de tumeur BRCA-like ou RH-déficiente
 50% séreux haut grade ont une
altération de la RH
 Mutations BRCA (20%)
 Autres gènes RH
 Méthylation
 Autres…
Konstantinopoulos et al, Cancer Discovery, Nov 2015
Evolution : comment identifier les tumeurs
RH-déficient ?
1 - Étendre le panel NGS (ex: BRCA, autre….)
Evolution : comment identifier les
tumeurs RH-déficient ?
2 - Recherche de signatures lésionnelles corrélée aux défauts de RH
 SNP array: détecte perte d’hétérozygotie et gains/pertes génomiques 
scores




whole-genome tumor LOH score (Abkevich 2012),
telomeric allelic imbalance (TAI) score (Birkbak 2012),
large-scale state transitions (LST) score (Popova 2012),
HRD score (Timms 2014)
 Exomes : score mutationnel – LOH
Les anomalies de réparation par recombinaison homologue (HRD) entraînent une perte d'hétérozygotie qui
peut être mesurée par une analyse génomique par NGS
BRCAmut
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14 15 16 17 18 19 20 21 22
Hypothèse 1
BRCA-like
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14 15 16 17 18 19 20 21 22
BRCAWT
Profil génomique
LOH similaire
BRCA : réponse
au rucaparib
Hypothèse 2
Biomarqueurs
négatifs
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14 15 16 17 18 19 20 21 22
Profil génomique
LOH différent :
pas d’efficacité du
rucaparib
Étude ARIEL2
Essai de phase II prospectif pour identifier les patientes susceptibles
de répondre au rucaparib selon l’analyse génétique tumorale
 Rucaparib : inhibiteur de PARP, inhibant la réparation de l’ADN
 Voie orale : 600 mg x 2/24 h
 Cancer de l’ovaire avec mutation germinale BRCA :
taux de réponse de 74 % (Shapira-Frommer R et al., abstr. 5513)
Critères d’inclusion
(n = 180)
• Haut grade
séreux/endométrioïdes
• max. BRCA connu
à l’inclusion n = 15
• > 1 CT à base de platine
• Rechute platine sensible,
maladie mesurable
• Tissu tumoral (biopsie à
l’inclusion et tissu archivé)
gBRCA = gerlmine BRCA.
NGS du tissu
tumoral
permet de
classer les
patientes
Rucaparib
600 mg x 2/24 h
jusqu’à
progression
BRCAmut
Analyse
des sous-groupes HRD
Critère principal
BRCA-like
• SSP
Critères secondaires
• RO
Biomarqueur
négatif
• RECIST
• RECIST + CA-125
• Toxicité
• PK
Étude ARIEL2
Parameter
Median age, years (range)
Total
(N=204)
Distribution of HRD
molecular subgroups
65 (31–86)
ECOG PS grade
0 / 1 / Pending (%)
65 / 35 / <1
Biomarker
negative
34%
(n=70)
Diagnosis†
Epithelial ovarian cancer (%)
Primary peritoneal / fallopian tube cancer (%)
80
Unclassifie
d 6%
(n=12)
tBRCAmut*
20%
(n=40)
12 / 8
Histology
Serous / endometrioid / mixed (%)
97 / 2 / 2
No. of prior treatment regimens
Median no. of regimens (range)
1 (1–6)
1 (%)
58
≥2 (%)
42
Median no. of platinum-based regimens (range)
tBRCA-like
40%
(n=82)
1 (1–5)
1 (%)
59
≥2 (%)
41
Platinum-free interval to latest platinum regimen
†1
6–12 months
48
>12 months
52
patient with unknown diagnosis.
*Enrollment of known germline BRCA patients
was capped.
Data cut-off date: 01SEP2015.
ECOG=Eastern Cooperative Oncology Group;
PS=performance status.
ARIEL2: Primary efficacy analysis: PFS
in BRCAmut and BRCA-like versus
Biomarker Negative patients
PFS
Progression-free survival by HRD
molecular subgroup
1.0
0.9
0.8
0.7
0.6
0.5
0.4
0.3
0.2
0.1
0
BRCAmut
BRCA-like
Biomarker Negative
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12 13 14
Time (months)
Available (endpoint reached)
BRCAmut
40 (0) 39 (0) 35 (1) 35 (1) 28 (3) 27 (3) 18 (5) 17 (5) 10 (8) 7 (10) 5 (11) 4 (11) 1 (12) 0 (12)
BRCA-like
81 (0) 72 (2) 48 (15) 45 (16) 24 (24) 23 (24) 13 (26) 12 (26) 5 (28) 4 (29) 3 (29) 2 (30) 1 (30) 1 (30) 0 (30)
Biomarker Negative 69 (0) 62 (0) 37 (17) 35 (18) 18 (27) 16 (29) 8 (31) 7 (31) 3 (33) 1 (34) 1 (34) 0 (35)
10
McNeish et al, ASCO 2015
HRD Subgroup
Median PFS, mo (90%
CI)
BRCAmut
9.4 (7.3, Not Reached)
BRCA-like
7.1 (3.7, 10.8)
Biomarker
Negative
3.7 (3.5, 5.5)
Subgroup
Comparison
Hazard Ratio (90% CI)
BRCAmut vs
Biomarker
Negative
0.47 (0.35, 0.64)
BRCA-like vs
Biomarker
CI=confidence interval.
Negative
0.61 (0.41, 0.92)
Tumors with RAD51C alterations
are tBRCA-like (high genomic
LOH) and responded to rucaparib
HR-pathway
gene
Genetic
alteration type
Germline/somatic
inference
HRD molecular
subgroup
RECIST
response
CA-125
response
ATM
Truncation
Somatic
Indeterminate
NE
NE
ATM
Homozygous del
Somatic
SD
Yes
BRIP1
Truncation
Germline
Indeterminate
Biomarker negative
PR
No
BRIP1
Splice
Germline
Biomarker negative
SD
No
CHEK2
Splice
Biomarker negative
SD
No
CHEK2
Truncation
Indeterminate
Germline
tBRCA-like
SD
No
FANCA
Homozygous del
Somatic
tBRCA-like
SD
NE
FANCI
Truncation
Germline
Biomarker negative
PD
No
NBN
NBN
Truncation
Truncation
Germline
Germline
Biomarker negative
CR
Yes
Indeterminate
SD
NE
RAD51C
Truncation
Germline
tBRCA-like
PR
Yes
RAD51C
Homozygous del
Somatic
tBRCA-like
PR
Yes
RAD51C
Splice
Germline
tBRCA-like
PR
Yes
RAD51C
Splice
Germline
tBRCA-like
SD
Yes
RAD51L1
Truncation
Indeterminate
Biomarker negative
SD
No
RAD51L3
Truncation
Germline
tBRCA-like
NE
NE
RAD51L3
Truncation
Indeterminate
tBRCA-like
SD
Yes
RAD54L
Truncation
Somatic (subclonal)
Biomarker negative
SD
NE
PR=partial response; SD=stable disease; PD=progressive disease; NE=not evaluable.
Evolution : autres tumeurs que les
carcinomes ovariens ?
Study 42: Phase II, open-label, non-randomised, non-comparative
multicentre study gBRCA1/2 mutation
Tumour type
Response status, n (%)
Tumour response rate
CR*
PR*
SD ≥8 weeks
SD
Unconfirmed PR†
PD‡
RECIST progression
Early death§
Not evaluable
No follow-up
assessments
SD <8 weeks
Ovarian
(n=193)
Breast
(n=62)
Pancreas
(n=23)
Prostate
(n=8)
Other
(n=12)
Total
(n=298)
60 (31.1)
6 (3.1)
54 (28)
78 (40)
64 (33)
12 (6)
41 (21)
33 (17)
8 (4)
14 (7)
8 (12.9)
0
8 (13)
29 (47)
22 (36)
7 (11)
23 (37)
16 (26)
7 (11)
2 (3)
5 (21.7)
1 (4.3)
4 (17)
8 (35)
5 (22)
3 (13)
9 (39)
6 (26)
3 (13)
1 (4)
4 (50.0)
0
4 (50)
2 (25)
2 (25)
0
2 (25)
1 (13)
1 (13)
0
1 (8.3)
0
1 (8.3)
7 (58)
6 (50)
1 (8.3)
3 (25)
3 (25)
0
1 (8.3)
78 (26.2)
7 (2.3)
71 (23.8)
124 (42)
99 (33)
23 (8)
78 (26)
59 (20)
19 (6)
18 (6)
12 (6)
2 (3)
1 (4)
0
0
15 (5)
2 (1)
0
0
0
1 (8.3)
3 (1)
Kaufman B, et al. J Clin Oncol 2013;31(suppl):abstr 11024; Kaufman B, et al. J Clin Oncol 2013; ASCO Poster 11024
Tests BRCA1/2 :
tests de prédisposition et tests théranostiques,
des défis à relever !
•
Courts délais de résultat : consultation et étude laboratoire
•
Qualité des études tumorales:
•
Panel BRCA faisable en somatique sur tissu fixé
•
Mais besoin d’identifier les tumeurs RH-déficientes susceptibles de bénéficier
des traitements, au-delà des mutations BRCA
•
Augmentation nécessaire des capacités de test BRCA et autres gènes
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Intérêt d’une signature tumorale de BRCAness
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Equité territoriale d’accès
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Situation contrainte : financement, démographie médicale
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Maintien d’une information de qualité des patients
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Comment faire et qui peut/doit le faire ?
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Comment organiser les consultations dites thérapeutiques en maintenant une
information éclairée et adaptée au risque familial?
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Maintien de la qualité de l’interprétation du résultat (UV)
Conclusion …. de l’oncologue
 Le somatique peut doit suffire pour initier le traitement
 La CS d’onco-génétique reste indispensable pour
l’approche constitutionnelle et pour parler aux patientes
de prédisposition familiale