Manuel de microbiologie appliquée à l`usage des

Manuel de microbiologie appliquée à l’usage des techniciens de
l’agroalimentaire et des laboratoires
Partie 1:
Microbiologie de base.
1-1-Généralités, origine des microbes.
1-2-Anatomie des microorganismes.
1-2-1-La taille.
1-2-2-La cellule :
Membrane.
Cytoplasme.
Appareil nucléaire.
1-2-3- Les éléments facultatifs :
Flagelles.
Spores.
Capsules.
1-3-Physiologie de la cellule bactérienne.
1-3-1-Environnement : facteurs physico-chimiques intervenants.
1-3-1-1-La température.
1-3-1-2-Le pH ou potentiel Hydrogène (acidité ± forte du milieu).
1-3-1-3-L’aw, activité de l’eau ou eau libre.
1-3-1-4-Le rH ou potentiel d’oxydo – réduction (besoins ± en oxygène libre ou dissous).
1-3-2-Besoins énergétiques : nutriments et inhibiteurs.
Carbone - azote - phosphore et soufre - minéraux- acides aminés.
1-4-Multiplication.
1-4-1-Mode de reproduction bactérienne: la scissiparité.
1-4-2-Courbes de croissance.
1-4-3-Mesures de croissance bactérienne.
1-5-Le virus et le bactériophage.
Partie 2 :
Les différents microorganismes rencontrés dans les produits alimentaires et leur
environnement.
2-1-Origine : les microorganismes sont partout.
2-1-1-Corps humain ou animal.
2-1-2-Air.
2-1-3-Eaux.
2-1-4-Sols.
2-1-5-Aliments.
2-2- Les coques Gram +.
2-2-1- Micrococcaceae :
*Micrococcus.
*Staphylococcus.
2-2-2- Deinococcaceae :
*Streptococcus.
*Leuconostoc.
*Pediococcus.
*Pneumonoccus.
2-3-Les bacilles Gram +.
2-3-1- Les bacilles Gram + non sporulés :
*Lactobacillus.
*Listeria.
*Erysipelothrix.
*Kurthia.
*Mycobacterium.
*Corynebacterium.
*Microbacterium.
*Brochothrix.
*Arthrobacter.
*Propionibacterium.
*Cellulomonas.
2-3-2- Les bacilles Gram+ sporulés :
*Bacillus.
* Clostridium.
2-4-Les coques Gram - .
2-4-1-Neisseria.
2-4-2- Acinetobacter.
2-5-Les bacilles Gram -.
2-5-1- Enterobacteriaceae :
*Les coliformes (Citrobacter, Enterobacter,Erwinia ex Enterobacter agglomerans, Hafnia)
et
*Escherichia coli.
*Klebsiella.
*Cronobacter (ex Enterobacter sakazakii).
*Serratia.
*Salmonella.
*Shigella.
*Yersinia.
* Proteus et Providencia.
2-5-2-Pseudomonadaceae :
*Pseudomonas.
*Xanthomonas.
*Alteromonas.
*Alcaligenes.
*Cytophaga.
*Chromobacterium.
*Flavobacterium.
*Chriseobacterium (ex Flavobacterium).
2-5-3- Vibrionaceae :
*Vibrio cholerae, V. parahaemolyticus, V. vulnificus.
*Aeromonas.
*Campylobacter et Helicobacter.
*Plesiomonas.
2-5-4-Brucellaceae :
*Brucella melitensis, B. abortus, B. suis.
2-5-5-Legionellaceae :
*Legionella (non alimentaire).
2-6-Les mycètes.
2-6-1- Les levures.
2-6-2- Les dermatophytes.
2-6-3- Les moisissures.
*Partie 3 :
Origine et rôle des différents microorganismes.
3-1-Source des microorganismes.
3-2-Actions sur les aliments.
3-2-1-Utiles.
3-2-2-Saprophytes.
3-2-3-Nuisibles, altérants la qualité marchande des aliments.
3-3-Actions sur le consommateur.
3-3-1-Aliments vénéneux.
3-3-2-Aliments nocifs.
3-3-3-Aliments toxiques.
3-3-4-Aliments contaminés par des produits chimiques.
3-3-5-Aliments allergisants.
3-3-6-Aliments vecteurs de parasites.
3-3-7-Aliments vecteurs de virus.
3-3-8-Aliments vecteurs de microorganismes pathogènes et/ou toxinogènes.
3-4-Maladies induites par les microorganismes.
3-5-Les toxi-infections alimentaires.
*Partie 4 :
Le laboratoire de microbiologie des eaux et des aliments.
4-1- Les différents types de laboratoires, généralités.
4-2- Conditions minimales pour la création des divers types de laboratoires.
4-2-1-Salle de prélèvement, type 1.
4-2-2-Mini laboratoire, type 2.
4-2-3-Le laboratoire d’auto-contrôle, type 3.
4-3- Le laboratoire de référence, type 4.
4-3-1-Environnement, nuisances.
4-3-2-Spécificité d’installation des locaux et besoins en matériels.
4-3-3-Aménagement des différentes salles du laboratoire de microbiologie.
4-3-4-Matériels et suivis des équipements selon la norme NF EN ISO 7218 amendée.
4-3-5-Consommables et petits matériels à usage unique ou non.
4-4- Entretien /nettoyage.
4-5- Procédures techniques.
*Partie 5 :
Tests de contrôle et mises en analyses, calculs et résultats.
5-1-La normalisation.
*ISO.
*CEN.
*AFNOR.
*Méthodes de routine.
*Méthodes validées.
5-1-1-Rédaction d’une norme.
5-1-2-Mise à jour des normes à utiliser en microbiologie des aliments et des eaux.
5-2-L’échantillon pour analyses.
5-2-1-Généralités.
5-2-2-Prélèvement d’échantillons pour analyse microbiologique.
5-2-2-1-Précautions au moment du prélèvement.
5-2-2-2-Liste non exhaustive des matériels nécessaires à la réalisation des divers prélèvements pour
analyse microbiologique.
5-2-2-3-Vocabulaire.
5-2-2-4-Contexte du prélèvement.
5-2-2-5-Cas particuliers de divers produits alimentaires :
Produits appertisés.
Eaux non embouteillées.
5-2-3-Températures de transport des différents types d’échantillons vers les laboratoires internes ou
externes d’analyses.
5-2-4-Traitement de l’échantillon à l’arrivée au laboratoire.
5-2-4-1-Réception, conditions d’acceptation, fiche d’enregistrement à l’arrivée au laboratoire.
5-2-4-2-Stockage, conservation avant analyse.
5-2-4-3-Stockage, conservation après analyse.
5-3-Les mises en analyses.
5-3-1-Verrerie et consommables.
5-3-2- Les milieux de culture et réactifs.
5-3-2-1-Généralités.
5-3-2-2-Choix des origines commerciales.
5-3-2-3-Préparation des différents milieux de culture au laboratoire.
5-3-2-4-Contrôle à l’arrivée au laboratoire, des boîtes de milieux déshydratés ou de composants
déshydratés.
5-3-2-5-Validation des lots de milieux fabriqués au laboratoire, par lot autoclavé.
5-3-3-Milieux classiques et Pétri-films.
5-3-4-Mise en analyses.
5-3-4-1-Préparation de l’échantillon, de la SM et des dilutions.
5-3-4-2-Dénombrements.
5-3-4-3-Protocole d’essais à blanc.
5-3-4-4-Dénombrements et recherches :
*Dénombrement des GA 30° C.
*Dénombrement des bactéries lactiques.
*Dénombrement des Pseudomonas.
*Dénombrement des coliformes à 30° C.
*Dénombrement des coliformes thermotolérants.
*Dénombrement des E.coli β glucuronidase +.
*Méthode de routine pour les coliformes et les E.coli.
*Dénombrement des Entérobactéries.
*Dénombrement des Cronobacter sagazakii.
*Recherche des Salmonella.
*Recherche et dénombrement des staphylocoques coagulase +.
*Dénombrement des Bacillus cereus présomptifs.
*Dénombrement des bactéries SR.
*Dénombrement des ASR.
*Dénombrement des Clostridium perfringens.
*Méthode de routine pour BSR, ASR et Clostridium perfringens.
*Recherche et dénombrement des Listeria monocytogenes.
*Recherche et dénombrement des Vibrio entéropathogènes.
5-3-5 –Analyses particulières ou spécifiques.
5-3-5-1-Les eaux :
*Analyses microbiologiques d’eau douce, d’eau de mer et de glace.
*Analyses microbiologiques de l’eau traitée pour la consommation et en atelier de transformation
agroalimentaire.
5-3-5-2-Produits de la mer, exemple : les crevettes :
*Protocole de réception et de mise en analyse des crevettes congelées pour l’export.
*Protocole simplifié de recherche des Salmonella dans la chair de crevette en auto- contrôle usine.
*Protocole simplifié pour la recherche ou le dénombrement des Listeria monocytogenes dans des
crevettes ou autres produits de la mer cuits en auto- contrôle d’usine.
*Protocole de recherche et de dénombrement des Vibrio potentiellement pathogènes par voie
digestive dans les crevettes ou les eaux.
*Protocole simplifié de dénombrements des Clostridium perfringens dans les crevettes ou autres
produits de la mer.
5-3-5-3-Les produits laitiers :
*Flore du lait cru à la ferme.
*Test de stabilité.
*Contrôles libératoires.
*Préparation des échantillons pour l’analyse microbiologique.
5-3-5-4-Les produits céréaliers :
*Mise en analyse des céréales.
*Méthode spécifique de dénombrement des levures et moisissures dans les produits à aw faible <
0,95.
5-3-5-5-Les conserves :
*Contrôle de la stabilité.
*Détermination du pH des conserves.
*Tests de stabilité ou stérilité commerciale.
*Tests de stérilité ou stérilité biologique.
*Identification d’un défaut.
*Dénombrement des Bacillus et /ou Clostridium thermophiles, spores et formes végétatives.
5-3-5-6-Recherches spécifiques : ABVT et TMA.
5-3-6- Microorganismes à rechercher selon les différentes matrices alimentaires.
5-4-Tests de contrôle de surface.
5-4-1-Méthode destructrice.
5-4-2-Méthode du ruban adhésif.
5-4-3-Boites de Rhodes et LGDR.
5-4-4-Ecouvillons.
5-4-5-Chiffonnettes.
5-4-6-Contrôle de l’aero-contamination.
5-4-7-Contrôle des matériels au contact des aliments.
5-4-8-Méthode par enrichissement en milieu liquide.
5-5-Rapports d’essais.
5-5-1- Incertitudes.
5-5-2-Validation des résultats.
5-5-3-Rédaction du rapport.
5-5-4-Avis et interprétations.
5-5-5-Traçabilité et archivage.
Annexe
Index
Légende des illustrations