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Janvier 2007
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Droit de l’environnement
Fasken Martineau DuMoulin S.E.N.C.R.L., s.r.l.
Marie-Claude Bellemare se spécialise en droit de l'environnement et de l'énergie. À ce titre, elle travaille auprès de
divers clients oeuvrant dans différents secteurs économiques. Elle conseille ces derniers concernant les aspects de leurs
activités ayant ou pouvant avoir des conséquences environnementales. Elle rend également des avis sur la façon de se
conformer aux lois et règlements environnementaux et sur les moyens d'obtenir les autorisations et permis
environnementaux. Elle conseille aussi certains clients sur les changements climatiques et sur les réductions d'émissions
de gaz à effet de serre.
Téléphone : 514 397 7571 Courriel : [email protected].com
Milieux humides : Attention, terrain miné!
Au cours des derniers mois, une
couverture médiatique très importante a
été accordée aux projets ayant des impacts
sur les milieux humides. Au cours des 40
dernières années, 4 000 hectares de
milieux humides auraient disparus le long
du Fleuve Saint-Laurent et plus de 90%
des milieux humides en zones rurales
auraient été dégradés ou convertis1. La
destruction des milieux humides résulte
généralement de projets immobiliers
(construction de résidences, de centres
commerciaux, d’autoroutes, etc.) ou
encore des activités agricoles.
Alors qu’au cours des dernières années,
les demandes de certificats d’autorisation
sur des sites impliquant des milieux
humides ont engendré des réponses de
natures diverses de la part du ministère
du Développement durable, de
l’Environnement et des Parcs du Québec
(« MDDEP »), le MDDEP a décidé
d’élaborer une démarche sur laquelle il
entend dorénavant s’appuyer pour évaluer
les projets qui lui seront soumis pour
1 Nathalie Collard, « Le saccage des
marécages », La Presse, 17 septembre
2006, A14.
autorisation. Cette démarche, qui a pris la
forme d’une note d’instruction, a été
communiquée à toutes les directions
régionales du MDDEP.2
Rappelons que les milieux humides sont
des écosystèmes dynamiques et essentiels
pour la diversité biologique et la santé des
cours d’eaux. En effet, les milieux
humides sont des lieux importants pour la
reproduction, l’alimentation et l’habitat de
nombreuses espèces vivantes. De plus, la
qualité des eaux souterraines dépend de la
protection qui est accordée aux milieux
humides, lesquels filtrent les
contaminants et les bactéries.
Note d’instruction No 06-01
Aux termes de la Loi sur la qualité de
l’environnement3, un certificat
d’autorisation doit être obtenu auprès du
MDDEP préalablement à tous travaux ou
activités dans un cours d'eau, un étang, un
marais, un marécage ou une tourbière.
2 Note d’instruction No 06-01, Traitement
des demandes de certificat d’autorisation
des projets dans les milieux humides, 30
novembre 2006.
3 L.R.Q. c. Q-2, art. 22 (2).

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Par sa note d’instruction, le MDDEP
souhaite mieux encadrer l’analyse des
demandes de certificats d’autorisation
pour les projets impliquant des milieux
humides. Le but de la note d’instruction
est de deux ordres :
• Définir les conditions d’analyse et
de délivrance des certificats
d’autorisation en fonction des
catégories de milieux humides
impliqués; et
• Distinguer l’envergure des projets
en fonction de l’emplacement de
ces milieux humides.
Ainsi, trois scénarios d’analyse sont
envisagés par le MDDEP.
a) Scénario 1
Le premier scénario vise les demandes de
certificats d’autorisation impliquant des
milieux humides de faible superficie et de
faible valeur écologique. Ces milieux
humides doivent répondre à l’ensemble
des caractéristiques suivantes :
• La superficie totale du milieu
humide est, pour les basses terres
du Saint-Laurent et la plaine du
Lac Saint-Jean, inférieure à 0,5
hectare ou, pour les autres parties
du Québec, inférieure à 1,0
hectare;
• Ce milieu humide ne constitue pas
une tourbière ombrotrophe (bog)
ou minérotrophe (fen);
• Ce milieu humide ne comporte pas
de liens hydrologiques de surface
avec un cours d’eau; et
• Ce milieu humide ne renferme pas
d’espèces floristiques ou fauniques
désignées4 « menacées » ou
« vulnérables ».
Si un projet implique un milieu humide
de faible superficie et de faible valeur
écologique, la demande de certificat
d’autorisation doit être accompagnée
d’une déclaration signée par un
professionnel oeuvrant dans le domaine
de l’écologie ou de la biologie. Par cette
déclaration, le professionnel doit attester
que les critères qualifiant le site de
« milieu humide de faible superficie et de
faible valeur écologique » sont respectés.
À cet égard, la note d’instruction donne
un exemple de la forme et du contenu de
cette déclaration.
Dans un tel cas, et dans la mesure où le
projet est conforme à la loi, la direction
régionale du MDDEP délivrera
l’autorisation sans que des mesures
d’atténuation ne soient requises.
b) Scénario 2
Le deuxième scénario vise les demandes
de certificats d’autorisation impliquant
des milieux humides qualifiés
d’intermédiaire en ce qui a trait à leur
superficie et à leur valeur écologique. Ces
milieux humides doivent répondre à
l’ensemble des caractéristiques
suivantes :
• La superficie totale du milieu
humide se situe, pour les basses
terres du Saint-Laurent et la plaine
4 Loi sur les espèces menacées ou
vulnérables (L.R.Q. c. E-12.01);
Règlement sur les espèces menacées ou
vulnérables et leurs habitats (R.R.Q. c. E-
12.01, r. 04) et Règlement sur les espèces
fauniques menacées ou vulnérables et
leurs habitats (R.R.Q. c. E-12.01, r. 0.2.3).

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du Lac Saint-Jean, entre 0,5 et 5
hectares ou, pour les autres parties
du Québec, entre 1,0 et 10,
hectares;
• Ce milieu humide ne constitue pas
une tourbière ombrotrophe (bog)
ou minérotrophe (fen);
• Ce milieu humide ne comporte pas
de liens hydrologiques de surface
avec un cours d’eau; et
• Ce milieu humide ne renferme pas
d’espèces floristiques ou fauniques
désignées5 « menacées » ou
« vulnérables ».
Dans ce cas, la direction régionale du
MDDEP doit, préalablement à la
délivrance du certificat d’autorisation,
appliquer les principes d’atténuation. Il
faut donc évaluer s’il est possible d’éviter
la destruction du milieu humide en
choisissant un projet ou un site de
remplacement. S’il n’existe aucune
solution de rechange possible pour le
projet ou sa localisation, il faut alors
appliquer les principes de minimisation à
toutes les étapes du projet.
Le demandeur devra donc présenter une
approche de design qui cherche à intégrer,
dans la mesure du possible, le milieu
humide et les éléments qui le composent.
À titre d’exemple, il devra éviter les
zones sensibles, minimiser la
fragmentation des habitats, maintenir des
corridors biologiques et les liens
hydrologiques entre les écosystèmes
résiduels, etc. De plus, les pertes
inévitables du milieu humide devront être
compensées en respectant un ratio de
5 Idem, note 4.
compensation proportionnel à la valeur
écologique du milieu humide détruit ou
perturbé. Le lieu de compensation devra
se trouver, par ordre de préférence, sur le
site même du projet, sur un site adjacent
au projet ou, ailleurs dans le même bassin
versant.
Une fois ces éléments incorporés à la
demande de certificat d’autorisation, et
dans la mesure où le projet est conforme à
la loi, la direction régionale du MDDEP
délivrera le certificat d’autorisation.
c) Scénario 3
Le troisième scénario vise les demandes
de certificats d’autorisation impliquant
des milieux humides de grande superficie
et de grande valeur écologique. Ces
milieux humides doivent répondre à l’une
des caractéristiques suivantes :
• La superficie totale du milieu
humide est, pour les basses terres
du Saint-Laurent et la plaine du Lac
Saint-Jean, supérieure à 5 hectares
ou, pour les autres parties du
Québec, est supérieure à 10
hectares; ou
• Ce milieu humide constitue une
tourbière ombrotrophe (bog) ou
minérotrophe (fen); ou
• Ce milieu humide a un lien
hydrologique de surface avec un
cours d’eau; ou
• Ce milieu humide renferme des
espèces floristiques ou fauniques
désignées6 « menacées » ou
« vulnérables ».
6 Idem, note 4.

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Soulignons que si un milieu humide ne
correspond pas aux critères du Scénario 1
ou à ceux du Scénario 2, il est régi par le
processus d’approbation du Scénario 3.
L’analyse d’une demande de certificat
d’autorisation impliquant des milieux
humides de grande superficie et de grande
valeur écologique doit respecter les
principes d’atténuation décrit au Scénario
2, i.e. éviter la destruction du milieu
humide ou, s’il n’existe aucune solution
de rechange raisonnable pour le projet ou
pour sa localisation, appliquer les
principes de minimisation à toutes les
étapes du projet.
Ce processus d’analyse repose par ailleurs
sur une évaluation globale et territoriale
du projet. À cet égard, dans le cadre de sa
demande de certificat d’autorisation, le
demandeur devra déposer un document
qui présente le projet dans une
perspective plus globale et territoriale sur
la base des inventaires cartographiques
des milieux humides disponibles. S’il
n’existe aucun inventaire cartographique,
l’analyse sera faite au cas par cas.
L’évaluation de la valeur écologique du
milieu humide prendra en compte
l’importance qu’occupe le milieu humide
en comparaison aux autres milieux
humides environnants. D’autres facteurs
seront aussi considérés, à savoir : la
superficie, la fragmentation, les
communautés végétales présentes, la
présence d’espèces floristiques ou
fauniques menacées ou vulnérables, la
connectivité hydrologique avec d’autres
milieux humides, lacs ou cours d’eau
avoisinants et la nature du milieu
environnant.
Dans le cadre de l’analyse d’une demande
de certificat d’autorisation impliquant des
milieux humides de grande superficie et
de grande valeur écologique, la direction
régionale du MDDEP pourra, au besoin,
consulter, au sein du MDDEP, la
Direction du patrimoine écologique et des
parcs (« DPÉP ») ainsi que la Direction
des politiques de l’eau (« DPE »). Si tel
devait être le cas, la recommandation de
la direction régionale devra intégrer les
avis fournis par la DPÉP et la DPE.
Les conclusions de ce processus
d’analyse pourraient conduire au refus par
la direction régionale du MDDEP de la
demande de certificat d’autorisation,
notamment si le projet a un impact sur un
milieu humide d’intérêt national.
Afin de permettre une analyse rapide et
efficace de leurs demandes de certificats
d’autorisation, les promoteurs devront
donc faire une évaluation des lieux où ils
souhaitent réaliser leurs projets afin de
déterminer s’il y a présence de milieux
humides. S’il y a présence de milieux
humides, cet aspect devra être pris en
considération dans l’élaboration des
projets et dans la rédaction des demandes
de certificats d’autorisation. Des
modifications aux projets doivent par
ailleurs être envisagées s’il est question
de milieux humides de moyenne ou
grande importance selon la localisation, la
superficie et la valeur écologie des lieux.
L’application de la note d’instruction par
les directions régionales du MDDEP
permettra d’uniformiser les exigences à
remplir par les promoteurs ainsi que
l’analyse par le MDDEP des demandes de
certificats d’autorisation. D’ici quelques

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mois, le MDDEP devrait par ailleurs
rendre public une politique sur les
milieux humides afin d’accroître le
niveau de protection accordée aux
milieux humides et assurer une meilleure
gestion des projets impliquant de tels
milieux.
Ce bulletin se veut un outil d’information à l’intention des clients sur les récents développements en droit de l’environnement. Ce bulletin ne constitue pas
une opinion juridique et aucun geste de nature juridique ne devrait être posé sur la base de ce bulletin sans consulter auparavant un avocat qui saura
analyser le sujet à une situation donnée.
© 2007 Fasken Martineau DuMoulin S.E.N.C.R.L., s.r.l.
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