MICROBIOLOGIE I

MICROBIOLOGIE I
•Les procaryotes on en commun avec les eucaryotes: la membrane cytoplasmique
et où ils peuvent éventuellement faire une photosynthèse contrairement aux
eucaryotes.
•Les procaryotes ont une structure génomique en adn à double hélice directement
dans le cytoplasme se divisant par réplication semi conservatrice grâce au
ribosome 70S, exactement comme les mitochondries et les chloroplastes qui sont
des organites eucaryotes.
Les algues
Aquatiques,
Chlorophyllienne,
adaptées au sel,
entre 0 et 80 °C
Euglénophytes
Chlorophytes
Chrysophytes
Phéophytes
Rhodophytes
Les champignons
Pas de photosynthèse
Mycélien
Hétérotrophe
Grande activité enzymatique
Lyphe: filament mycélien
Champignons inférieurs:
siphomycetes (mycélium non
cloisonné)
-myxomycètes
-phycomycètes
_zygomycètes
Champignons supérieurs:
septomyètes(mycélium cloisoné):
-Ascomycètes (spores endogènes)
-Basidomycèts (spores exogènes)
Les bactéries:
Procaryotes
Diversité mal connue
Divisions:
1- Gracilicutes (gram-)
2- Firmicutes (gram+)
3- Tenericutes (pas de paroie)
4- Mendosicutes (ne resssemble
à rien)
5- Archéobactéries
A l'intérieur des divisions on les
différencient par leur:
_ type respiratoire
_ type trophique:
¤ phototrpohe (auto/hétéro)
¤Chémotrophe (auto/hétéro/lito)
Les protozoaires
Pas de paroie
Pas de photosynthèse
Unicellulaire
Eau douce
Parasite/bactériophage
Mobilité:
_ Flagelles
_ Rhizopodes
-amibes nues
-amibes à thèques
_ Ciliés
_ Sporozoaires
IDENTIFICATION D UN MICRO-
ORGANISME
I Caractères phenotypiques:
_ Morphologique: forme, cytoplasme, mobilité, spore...
_ Trophiques et culturaux: Source d'énergie, de carbone, d'azote, de minéraux...
_ Caractères biochimiques: les différents métabolismes
_ Caractères antigèniques: constitution de la paroie, pour cela on mets en contact
avec notre organisme et l'on observe (couteux) ou étude avec des anticorps.

_ Lyspotropie: sensibilité à certains phages
_ Antibiotypie
_ Bactériocinotypie
_ Pathogénicité: symptômes à la suite d'une infection
II Caractères génétiques:
_ Détermination du GC%
_Empreinte d'ADN et ribotypage
_ Hybridation: après dénaturation de l'ADN on observe sa renaturation en présence
de brins d'ADN connus
_ Séquençage de l'ARN ribosomique 16S: on compare aux bases de données
_ Méthode PCR: On pose une amorce sur un brin d'ADN, s'il y a amplification c'est
que notre amorce a bien reconnu la séquence d'ADN
croissance BACTERIENNE
A la Nième génération on a 2^n cellules
Xn = 2^(n) * X0
X = X0 * 2 ^ (µt)
X = X0 * e ^ (kt) [ou k = µ * ln2]
g = 1 / µ
R = M / C0
M = Xf - X0
(µ) : nombre de dédoublement par unité de temps, taux de croissance. Il est
génétiquement déterminer. Il atteint son maximum pendant la phase exponentielle
et on compare les différents µ de la croissance au µmax
(g) : temps de génération, quel temps pour un doublement
(X): nombre de cellules au temps t
(M): croissance totale, qui dépend surtout du carbone et sert à calculer le
rendement de la croissance
(R): rendement de la croissance en tel ou tel composé ( où C0 est la concentration
initiale de ce composé. Le rendement du glucose est toujours supérieur aux autres.
Les conditions sont optimales pour une bactérie s'il n'y a pas de temps de latence,
c'est qu'il n'y a pas besoin de temps d'adaptation.
On détermine 3 groupes de bactéries selon la température qui donne leur croissance
max:
–thermophile: entre 55°c et 75°c
–mésophie: entre 30°c et 45°c
–psychrophile: entre 5°c et 10°c

Généralement la bactérie est en milieu limité et sa courbe de croissance a cette
allure:
1: phase stationnaire
2: phase d'accélération, atteinte de µmax
3: phase exponentielle de croissance
4: ralentissement de la croissance
5: phase plateau, stationnaire finale
6: déclin, mortalité
Détermination graphique du temps de latence (phase 1 + 2) :
rôles des micro-organismes
1 Agents biochimique:
–formation des sols
–décomposition de la matière
organique
–transformation d'éléments (N; Mg ...)
–dépôt de matières économiquement
importante (pétrole ...)
2 Pathogènes:
–homme et animaux
–phytopathogène
3 Producteurs d'antagonistes:
–antibiotiques
–vitamines
4 Symbioses
–agents de la digestion chez les
ruminants

–produisent des facteurs de croissance
chez certains organismes supérieurs
–fixation symbiotique d'azote
écologie microbienne
I interactions entre bactéries
Neutralisme : 0/0
C'est en général que les bactéries sont très éloignées
Commensalisme : +/0
-par modification de l'environement
-> pour faire du vin
Trop grande pression osmotique due au sucre. Des bactéries osmophiles vont
dégrader le sucre en alcool ce qui va diminuer la pression et permettre à d'autres
bactéries de prendre la relève.
->moisissure de pain
Le pain ne moisit qu'avec l'humidité sauf si il est contaminé par un certains bacillus.
Il est peu exigeant et produit de l'eau pendant sa croissance, permettant la
moisissure.
–par production d'éléments essentiels
-> vin
L'alcool précédemment produite est transformée en acide acétique.
->azote
Des micro-organismes transforment la matière organique en azote qui est ensuite
disponible pour les plantes.
H t rotrophe Ch miolitotrophe Ch miolitotropheé é é é
MO_________>NH4 ___________>NO2_____________>NO3
+ +
–par élémination d'un facteur antimicrobien
-> le lait
str ptocoque lactis ----0---> geotrichumé
lait _______________> acide lactique____________>
<---+---
Lorsque la concentration d'acide lactique atteint 1% cela inhibe streptocoque lactis

ce qui laisse la place a geotrichum qui utilise l'acide lactique (Attention ceci ne
correspond pas à un effet positif sur geotrichum mais à une autoinhibation).
Géotrichum utilisa l'acide lactique, donc sa concentration baisse et streptocoque
lactis peu redémarrer.
MUTUALISME : + / +
–par production de nouveau produit métabolique
A et B ont mutuellement besoin l'un de l'autre pour pousser parce que A produit ce
dont a besoin B et B produit ce dont à besoin A
–Synergie
Les bactéries font plus ensemble qu' isolées, souvent elles ont une conformation
complémentaire et une fois complexées elles s'activent.
COMPETITON : - / -
Les populations se gênent mais il n'y a pas d'attaque de l'une sur l'autre. Cela peut
être du à:
–un taux de croissance plus élevé
–plus de tolérance au milieu
–...
ANTAGONISME: - / o = il y a une attaque
–Substance non-organique
H2O2; NH3; H2S...
MO____________________>NH4__________>NO2___________>NO3
|____________>NH3
Or NH3 inhibe la production de NO3, la quantité NO2 va augmenter ce qui peut
être toxique pour la bactérie
–Substance organique faiblement toxique
- Substance organique toxique
Actif a faible concentration.
•Antibiotique
•bactériocine: Ont une concentration seuil où elles deviennent efficaces.
Elles peuvent être bactériocides ou bactériostatique (stopper la croissance). Pas plus
de 1% de la population produit la bactériocine.
–bactériophage tempéré