Identification bactérienne: Paramètres de croissance Milieu de croissance complexe • Fait à partir de d’ingrédients riches et complexes – – – – Ex. Extraits de protéines de soya Extraits de protéines de lait Produits sanguins Just de tomate, etc. • Composition chimique spécifique non connue • Peut être sélective et/ou différentielle 2 Milieu de croissance défini • Composition chimique connue Peut contenir jusqu’à 80 ingrédients – Peut être très simple – Permet la croissance d’un nombre restreint d'organismes – Composition hautement variable en fonction du microorganisme – • Peut être sélective et/ou différentielle 3 Milieu de croissance sélectif • Contient des constituants qui inhibent ou tuent les organismes non-voulus – Ex. Un milieu contenant de la pénicilline permet seulement la croissance d’organismes résistants à la pénicilline. 4 Milieu de croissance différentiel • Permet la discrimination de différentes espèces • Contient souvent des indicateurs de pH – Permet la discrimination de différents métablismes Production de produits alcalins qui donne une couleur rouge au milieu La production de produits acides rendent donne une couleur jaune au milieu 5 Nutrition • Macronutrients – C,H,N,O,P,S Carbone • Le carbone est necessaire afin de faire la synthèse de tout produit organique, tel que : – – – – Glucides Lipides Protéines Acides nucléiques Sources de carbone • Organique – – – – – – – Monosaccharides Disaccharides Polysaccharides Protéines Lipides Acides nucléiques Phénols, Etc. • Inorganique – CO2 – CO Phosphore • Nécéssaire afin de faire la synthèse des : – – – – Acides nucléiques Phospholipides ATP Utilisé comme tampon (pH) • Sources: – Organique and inorganique • La forme inorganique est plus souvent utilisée (PO4) Azote • Nécéssaire afin de faire la synthèse des : – Acides aminés – Acides nucléiques – Peptidoglycanes • Sources: – Organique: Acides aminés – Inorganique: NH3, NO3, & N2 Sulfure • Nécéssaire afin de faire la synthèse des : – Acides aminés (Cystéine/Méthionine) – Vitamines (thiamine and biotine) • Sources: – Organique: Acides aminés • Cystéine and méthionine – Inorganique: • S, SO4 Hydrogène et oxygène • Nécéssaire afin de faire la synthèse de produits organiques!! – – – – Glucides Lipides Protéines Acides nucléiques • Sources: – Organique: • Carbone organique – Inorganique: • H2 (Methanogènes seulement) Classification nutritionelle • Sources de carbone – Hétérotrophes: • Produits organiques préformés – Autotrophes: • Molécules inorganiques – CO2 et CO Classification nutritionnelle (suite) • Sources d’énergie – Phototrophes: • Lumière – Chimiotrophes: • Oxidation de produits organiques et inorganiques • Source d’e– Organotrophes: • Molécules organiques réduites – Lithotrophes: • Molécules inorganiques réduites Types nutritionnels • • • • Autotrophes photolithotrophes Hétérotrophes photoorganotrophes Autotrophes chimio-lithotrophes Hétérotrophes chimio-organotrophes Paramètres environnementaux • Disponibilité d’oxygène • pH • Température 16 Exigences d’oxygène • Aérobie: – Besoin absolu d’oxygène afin de survivre – Utilisé comme accepteur d’électrons final – Utilisé par des bactéries qui ont un métabolisme respiratoire oxidatif ou aérobique • Microaérophilique: – Besoin absolu d’oxygène à basses concentrations – Hautes concentrations sont néfastes Exigences d’oxygène (suite) • Anaérobie/Aérotolérant: – Oxygène n’est pas necessaire à la croissance ou survie mais est toléré • Anaérobes facultatives : – Exigence facultative d’oxygène – Peut utiliser l’oxygène ou non – Possède un métabolisme dépendant et indépendant à l’oxygène • Anaérobie strict ou obligatoire: – Oxygène n’est ni utilisé ou toléré; ne peut pas survivre en présente d’oxygène. Métabolisme bactérien • La pluspart des microorganismes utilisent le carbone dans la voie métabolique glycolitique → pyruvate • Différentes voies métaboliques sont utilisées afin de métaboliser le pyruvate – Respiration/Oxidation – Fermentation Métabolisme bactérien (suite) • Respiration – Peut se produire aérobiquement ou anaérobiquement – Utilisent tous deux un accepteur final d’électron inorganique • Respiration aérobique utilise l’O2 • Respiration anaérobique utilise des molécules inorganiques différentes de l’O2 (Ex. NO3-) – Produit final : H2O Métabolisme bactérien (suite) • Fermentation – Pyruvate est métabolisé anaérobiquement – Utilise un accepteur d’électrons organiques – Plusieurs différents accepteurs d’électrons utilisés par différents microorganismes • Différents produits finaux sont générés en function de l’ accepteur final d’electron – Très utile afin de faire l’identification microbiale Fermentations • Sous-produits : – La pluspart génèrent des sous-produits acides + gaz (CO2) – Quelques-uns génèrent seulement de l’acide ou du gaz Paramètres utilisés lors de l’identification bactérienne -Présence d’enzymes exocellulaires -α-amylase, etc… -Utilisation d’oxygène (anaérobique vs. aérobique) -pentes, etc… -Produits de respiration anaérobique -Nitrate réductase, etc… -Produits de fermentation -Éthanol, etc… -Survie sur un milieu sélectif -Survie en presence d’antibiotiques, etc…