Télécharger la communication

BIOPATHOLOGIE
GROUPE DE TRAVAIL
BIOPATHOLOGIE GSF
• ICGC
F. CHIBON, BORDEAUX
• SARI
T. LESLUYES, BORDEAUX
• MPNST
S. LE GUELLEC, TOULOUSE
• SARCOMES EPITHÉLIOÏDES
F. LE LOARER, LYON
• PROJETS OSTÉO
A. BROUCHET, TOULOUSE
• OSTEOSARCOMES ET HIPPO
F. RÉDINI, NANTES
• PROJET PDX
S. CARRÈRE, MONTPELLIER
ICGC LEIOMYOSARCOMAS
Funded by ITMO cancer (INCa / INSERM)
• 2 SERIES
• 60 CASES: 2015-2016
• 200 CASES: 2016-2018
• PRIMARY LMS (+ 3 CASES
WITH METASTASIS)
• UNTREATED
• PATIENT CONSENT
• FROZEN TISSUE
• BLOOD SAMPLE
• INCLUDED IN NETSARC,
RREPS
• 3 LOCATIONS
• INTRA-ABDOMINAL (1/3)
• EXTREMITIES (1/3)
• GYN (1/3)
INCLUSION
INCLUSION
30
23
Pas assez d'ARN après ex
15
ARN après extraction de m
Nombre d'échantillons INC
(plusieurs fragments)
8
0
Marseille IPC
Tours TROUSSEAU
Paris IGR
Toulouse IUCT
Lille COL
Bordeaux BERGONIE
Somatic Coding Variants
1,5 somatic mutations per
coding MB
Modifié de Lawrence et al. (Nature, 2013)
Mutational signatures:
Clustering
RNAseq:
Clustering
A1
A2
B1
B2
Restructuration du
génome: CNV &
Translocations
Age
?
APOBEC
MMR
Oncogènes et GST: Mutations
TUMEURS MALIGNES DES GAINES
DES NERFS PÉRIPHÉRIQUES (MPNST) S. Le Guellec, Institut Regaud, Oncopole, Toulouse
D.Pissaloux/ S. Paindavoine, Institut Léon Bérard, Lyon
1- Cohorte clinique MPNST (GSF)
2- Cohorte (GSF) avec relecture/IHC/BM
CGH-array (60K,Agilent)
97 MPNST (FFPE)
Forme « NF1 »
Forme sporadique
54 cas
(2Rx)
43 cas
(2Rx)
Extraction ADN: SBEC - Oncopole, Toulouse
CGH-array (Agilent) : D.Pissaloux/ S. Paindavoine, Centre Léon Bérard, Lyon
Analyse: S. Le Guellec / F. Chibon, Institut Bergonié, Bordeaux
Statistique: T. Filleron, Oncopole, Toulouse
4 types de profils génomiques
«Perte »
«Gain »
«Peu remanié»
«Très remanié»
•
Approche génomique (97 cas)
➔Analyses des données génomiques
➔Corrélation aux données cliniques et pronostiques
•
Etude en RNAseq (40 cas)
➔Mutations, transcrits, variants
➔Niveau d’expression (analyse transcriptionnelle)
GSF, Bruges, 2016
Session Biopathologie
PROJET: SARCOMES EPITHELIOIDES FRANÇOIS LE LOARER
Tumeurs Rhabdoides
?
SARCOMES
EPITHELIOIDES
AT/RT, MRT
Biomarqueur diagnostic
SMARCB1
SMARCB1
• Candidat génomique
• Candidat transcriptomique
(collab F Bourdeaut)
Axe 1: clinique
INACTIVATION SOMATIQUE DE SMARCB1
F LE LOARER et al.
• SE, TYPE DISTAL
• INDEX
• FEMME, 25 ANS
• RÉMISSION
C
FISH SMARCB1
Fibroblastes
Kératinocytes
SMARCB1
Axe 2: thérapeutique
F LE LOARER et al.
PERSPECTIVES THERAPEUTIQUES
a-CGH : whole genome view
> Fréquence élevée délétions en 22q11 dans sarcomes épithélioides
Axe 3: Diagnostic
F LE LOARER et al.
SARCOMES INCLASSES AVEC
PHENOTYPE EPITHELIOIDE/RHABDOIDE
Localisation
nombre
IHC PERTE SMARCA4
Thorax
6
4/4
Tissus mous
7
0/7
Gyneco
3
0/3
Gastro
2
0/2
SMARCB1
Ganglion
1
3/3
β actin
SMARCC1
BAF53 A/B
BAP55
SMARCA4
ARID1A/1B
SMARCA4/A2
BAF45A/
B/C/D
SMARCE1
SMARCC2
SMARCB1 SMARCD1/2/3
METHODES:TUMEURS
• ETENDRE LA SÉRIE ÉTUDIÉE EN ACGH
• CARACTÉRISATION GÉNOMIQUE DES
DÉLÉTIONS 22Q12
• APPEL À CAS DANS LE CADRE DU RREPS
• PUCE CUSTOM DENSIFIÉE: 1 SONDE /247 PB
EN 22Q12
METHODES:IN VITRO
• 2 LIGNÉES DE SE..
• DÉVELOPPEMENT D’AUTRES LIGNÉES DE SE
SOUHAITÉE
• CENTRES PARTICIPANTS POUR FOURNIR
TUMEURS À L’ÉTAT FRAIS?
CARACTÉRISER LE MICROENVIRONNEMENT OSSEUX ET IMMUNITAIRE
DES OSTÉOSARCOMES SUR LES BIOPSIES ET LES PIÈCES
CHIRURGICALES ANNE BROUCHET (TOULOUSE)
- Question: Quelle est l’action du Zométa sur le microenvironnement
osseux et immunitaire ?
- Ressources: TMA patients OS2006 (n=113) + 7 pièces résection (Zet Z+)
- Analyses: IHC:
- expression CD 68 selon 3 critères (présence cellules géantes
pluri-nucléées/ % cellules macrophagiques/forme des MF),
- expression CD 163, CD 206,
- Expression RANK, RANKL,
- expression PDL-1 sur les cellules ostéosarcomateuses et de
PD1 sur Lymphocytes;
- Corrélation des 3 critères avec :
La réponse à la chimiothérapie
TMA (BIOPSIES OS2006) FAISABILITÉ
Plus de cell CD68+
multinucléées =
Plus de méta
- Présence cellules géantes plurinucléées: Oui/
Non
- % cellules macrophagiques
- Forme des macrophages
Ronds/Allongés/Mixtes
Ronds
Allongés
Mixtes
SIGNIFICATIF ++++: Meilleure survie globale et survie sans progression quand
le taux de macrophages est plus élevé
p = 0,0131
p = 0.0032
CD 163+
--- < 50%
--- > ou = 50%
CD 163+
--- < 20%
--- > ou = 20%
TMA (BIOPSIES OS2006)
- Plus de cellules CD68+ multinucléées (ostéoclastes) corrélé avec plus de méta
- Très peu de cas avec infiltrat lymphocytaire
9/54 ostéosarcomes expriment PDL-1 (qd il y a des lympho uniquement ) ; 4/54 PD1
Aucune corrélation avec l’apparition des métastases, la survie globale ou sans progression
- Aucune corrélation entre expression CD 68, CD 163, CD 206, PD1 PDL-1 et réponse à la
chimiothérapie
Sur les pièces chirurgicales (n=7; 2 BR et 5 MR)
Expression de CD 3, CD 20, CD 68, CD 34, RANK, RANKL, Ki67; comparaison CD68, RANK et
RANKL entre BR, MR, Z+, ZRésultats:
- BR: Pas beaucoup d’intérêt des immunomarquages => Peu de cellules inflammatoires et peu
de macrophages
- MR avec ou sans ZOMETA?
Densité osseuse augmentée sous zométa
Taux de macrophages variable quelque soit le traitement Z+, ZForte expression de RANKL dans tous les cas
⇒ Difficile de conclure sur l’effet du ZOMETA par cette approche, bien que sur 2 cas MR Z+, un
possède beaucoup de macrophages et un autre cas très peu. Autre approche???
RÔLE DE LA VOIE HIPPO DANS L’OSTÉOSARCOME : APPLICATIONS THÉRAPEUTIQUES POTENTIELLES (F
RÉDINI - NANTES)
Survie cellulaire
Prolifération
Différenciation
Développement
tissulaire
régénération
Rôle oncogène
Œsophage, colon, sarcomes, …
verteporfin
In vivo, la verteporfin inhibe la croissance tumorale
In vitro:
In vivo, la verteporfin
inhibe l’ostéolyse
associée au
développement tumoral
- Inhibition de
l’ostéoclastogenè
se
- Diminution de
l’expression des
gènes marqueurs
de
l’ostéoclastogenè
la verteporfin inhibe le développement de métastases
pulmonaires in vivo, et l’invasion/migration in vitro
Inhibition de l’activité de la
MMP-2 in vitro
Diminution du
CONCLUSIONS
Verteporfin
Cellules tumorales
Inhibe la croissance
nombre de
tumorale in vivo
métastases in vivo
Inhibe la prolifération in
Inhibition de la
vivo et in vitro
Apoptose ?
migration, invasion et
activitéRécepteurs
de MMP-2 in
?
Inhibition de la réponse
vitro
Intéraction
au TGF-ß médiée par
protéiques YAP/
Smad3
Verteporfin
TEAD/Smad?
Verteporfin
Cercle vicieux
Diminue l’ostéolyse in
TGF-ß
vivo
Inhibe
l’ostéoclastogenèse in
vitro
Ostéoblastogenèse ?
Ostéoclastes
ETAT DES LIEUX ET PERSPECTIVES DE DÉVELOPPEMENT
DES MODÈLES PDTX DE SARCOMES (SÉBASTIEN
CARRÈRE – MONTPELLIER)
42 échantillons de sarcomes
LDD, LWD, L Myxoide, LMS, sarcome inclassé
Blocs histologiques
issus de tumeurs de
patient
Taux de réussite:
55%
32 greffes sur Souris PDTX
10 échecs
Echantillons
Echantillons
plasma et
congelés de tumeurs sérum en
de patient
cours
12 réussites 10 en attente
Caractérisation histologique (7 cas: LMS, LPS dédiff et bien diff):
Globalement, histologiquement stable
Lipo dédiff: augmentation du nombre de mitoses: sélection clones plus
agressifs (cellularité, Ki67, mitoses)
CARACTÉRISATION GÉNOMIQUE
Pour chaque cas:
- tumeur patient (1)
- Passage p1 souris (2)
- Passage p5 souris (3)
Le statut mutationnel du patient est conservé de la tumeur initiale aux
diff passages souris
Toute amplification/délétion l’est aux différents passages
(1)
Ex: Leiomyosarcome
(2)
(3)
CARACTÉRISATION ARN (MDM2)
! Conservation de l’amplification
! MDM2 non amplifié
! TAS (tissu adipeux sain)
! Leiomyosarcomes
(ident pour CDK4)
CONCLUSIONS
⦿
⦿
Faisabilité du modèle
Stabilité des caractéristiques tumorales
Histologique
Génomique
ARN
• Modèle à plus grande échelle (! puissance statistique)
• Développer une plateforme « PDTX sarcomes » à Montpellier
• Partenariat avec Bordeaux (CGH, ARN sequencing)