Lettre d`intention « Examens par Hybridation in situ en Fluorescence
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Lettre d'intention « Examens par Hybridation in situ en Fluorescence (FISH) ou chromogénique (SISH, CISH) sur noyaux interphasiques » Titre du projet Examens par Hybridation in situ en Fluorescence (FISH) ou chromogénique (SISH, CISH) sur noyaux interphasiques Acronyme FSCHYBRID Première soumission de ce projet de recueil de données ? OUI Nom et prénom de l’investigateur-coordinateur (représentants le GFCO et la SFP) Pr Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU – CHU Rennes Pr Frederique PENAULT LLORCA – CLCC Clermont-Ferrand Financement(s) antérieur(s) dans le cadre des appels à projet de la DGOS OUI programme biomarqueurs émergent (INCa et IFCT pour le poumon) essai clinique ACSé (INCa-Unicancer) Sociétés savantes coordinatrices GFCO (MA BELAUD-ROTUREAU) - SFP (F PENAULT LLORCA) Médecin, Chirurgien-Dentiste / Biologiste / Infirmière / autres Paramédicaux Biologiste, Anatomopathologiste,Techniciens et ingénieurs en biologie Etablissement-coordonateur responsable du budget pour le Ministère de la santé Domaine de Recherche Oncologie – liste des tumeurs concernées présentées dans le tableau ci-joint. Nom du méthodologiste (+ tel + email) – à préciser Nom de l’économiste de la santé (si nécessaire) (+ tel + email) – à préciser Structure responsable de la gestion de projet– à préciser Structure responsable de l’assurance qualité– à préciser Structure responsable de la gestion de données et des statistiques– à préciser Nombre prévisionnel de centres d’inclusion (NC) 28 plateformes financées par l’INCa Co-investigateurs (1 à N) Nom Pr Florence PEDEUTOUR Dr Anne MC LEER Dr Daniel PISSALOUX Dr Nathalie AUGER Etablissement Domaine d’expertise Ville Pays Hôpital E-mail Tel Spécialité}] CHU Nice Génétique des tumeurs solides CHU Grenoble Génétique des tumeurs solides CLCC Lyon Génétique des tumeurs solides CLCC IGR Génétique des tumeurs 1 PROJET DE RECHERCHE Rationnel (contexte et hypothèses) L’hybridation in situ en fluorescence (FISH) est une technique d’étude du génome qui consiste à hybrider une sonde fluorescente, c’est-à-dire une séquence d’ADN dans laquelle a été introduit un nucléotide couplé à une molécule fluorescente, sur une préparation chromosomique ou sur des noyaux en interphase. Après hybridation, on peut visualiser directement la cible que l’on veut étudier en détectant avec un microscope à épifluorescence le signal fluorescent produit par la sonde. Différentes sondes, de tailles variables et marquées avec des fluorochromes différents, peuvent être utilisées de façon concomitante. Il devient possible de ce fait d'étudier simultanément plusieurs régions du génome. Des systèmes de révélation chromogéniques ont également été développés (SISH, CISH) pour s’affranchir de l’utilisation de microscope à épifluorescence. En oncologie, la FISH/SISH/CISH sur noyaux interphasiques permet de détecter la très grande majorité des anomalies chromosomiques des cancers comme des remaniements structurels (translocations, inversions, inertions…), délétions ou amplifications associés à divers types ou sous-types de tumeurs : carcinomes, sarcomes, gliomes, lymphomes, etc… Ces techniques, développées à l’origine par des cytogénéticiens sont maintenant utilisées quotidiennement par les biologistes et les anatomo-pathologistes. Les analyses peuvent être réalisées sur pratiquement tout type de prélèvement cellulaire ou tissulaire, à l’état frais, congelé ou fixé par le formol. Ces activités sont ciblées par l’INCa et la DGOS dans le cadre des plateformes de génétique moléculaire des cancers (programmes biomarqueurs émergents, ACSé, …). Le résultat des analyses a un impact essentiel pour le diagnostic, et/ou le pronostic et/ou le choix du traitement (théranostique). Les techniques de FISH/SISH/CISH sur noyaux interphasiques permettent ainsi de déterminer le statut de biomarqueurs (cf liste figurant dans ce document) indispensables à la prise en charge des patients atteints d’un cancer. Publications des investigateurs en rapport avec la lettre d’intention : - - - - - - - - - - - Pham-Ledard A, Cowppli-Bony A, Doussau A, Prochazkova-Carlotti M, Laharanne E, Jouary T, Belaud-Rotureau MA, Vergier B, Merlio JP, Beylot-Barry M. Diagnostic and prognostic value of BCL2 rearrangement in 53 patients with follicular lymphoma presenting as primary skin lesions. Am J Clin Pathol. 2015 Mar;143(3):362-73 Zwaenepoel K, Merkle D, Cabillic F, Berg E, Belaud-Rotureau MA, Grazioli V, Herelle O, Hummel M, Le Calve M, Lenze D, Mende S, Pauwels P, Quilichini B, Repetti E. Automation of ALK gene rearrangement testing with fluorescence in situ hybridization (FISH): a feasibility study. Exp Mol Pathol. 2015 Feb;98(1):113-8. Parker D, Belaud-Rotureau MA. 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Lantuejoul S, Rouquette I, Blons H, Le Stang N, Ilie M, Begueret H, Grégoire V, Hofman P, Gros A, Garcia S, Monhoven N, Devouassoux-Shisheboran M, Mansuet-Lupo A, Thivolet F, Antoine M, Vignaud JM, Penault-Llorca F, GalateauSallé F, McLeer-Florin A. French multicentric validation of ALK rearrangement diagnostic in 547 lung adenocarcinomas. Eur Respir J. 2015 Jul;46(1):207-18. Mescam-Mancini L, Lantuéjoul S, Moro-Sibilot D, Rouquette I, Souquet PJ, Audigier-Valette C, Sabourin JC, Decroisette C, Sakhri L, Brambilla E, McLeer-Florin A. On the relevance of a testing algorithm for the detection of ROS1rearranged lung adenocarcinomas. Lung Cancer. 2014 Feb;83(2):168-73. 2 - - - - - - - - - - - - - - - Bavieri M, Tiseo M, Lantuejoul S, McLeer-Florin A, Lasagni A, Fantini R, Rossi G. Fishing for ALK with immunohistochemistry may predict response to crizotinib. Tumori. 2013 Sep-Oct;99(5):e229-32. doi: 10.1700/1377.15321. Ferretti GR, Busser B, de Fraipont F, Reymond E, McLeer-Florin A, Mescam-Mancini L, Moro-Sibilot D, Brambilla E, Lantuejoul S. Adequacy of CT-guided biopsies with histomolecular subtyping of pulmonary adenocarcinomas: influence of ATS/ERS/IASLC guidelines. Lung Cancer. 2013 Oct;82(1):69-75. doi: 10.1016/j.lungcan.2013.07.010. Pros E, Lantuejoul S, Sanchez-Verde L, Castillo SD, Bonastre E, Suarez-Gauthier A, Conde E, Cigudosa JC, LopezRios F, Torres-Lanzas J, Castellví J, Ramon y Cajal S, Brambilla E, Sanchez-Cespedes M. Determining the profiles and parameters for gene amplification testing of growth factor receptors in lung cancer. Int J Cancer. 2013 Aug 15;133(4):898-907. doi: 10.1002/ijc.28090. McLeer-Florin A, Moro-Sibilot D, Melis A, Salameire D, Lefebvre C, Ceccaldi F, de Fraipont F, Brambilla E, Lantuejoul S. Dual IHC and FISH testing for ALK gene rearrangement in lung adenocarcinomas in a routine practice: a French study. 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Pailler E, Adam J, Barthélémy A, Oulhen M, Auger N, Valent A, Borget I, Planchard D, Taylor M, André F, Soria JC, Vielh P, Besse B, Farace F. Detection of circulating tumor cells harboring a unique ALK rearrangement in ALK-positive non-small-cell lung cancer. J Clin Oncol. 2013 Jun 20;31(18):2273-81. von Laffert M, Warth A, Penzel R, Schirmacher P, Kerr KM, Elmberger G, Schildhaus HU, Büttner R, Lopez-Rios F, Reu S, Kirchner T, Pauwels P, Specht K, Drecoll E, Höfler H, Aust D, Baretton G, Bubendorf L, Stallmann S, FisselerEckhoff A, Soltermann A, Tischler V, Moch H, Penault-Llorca F, Hager H, Schäper F, Lenze D, Hummel M, Dietel M. Multicenter immunohistochemical ALK-testing of non-small-cell lung cancer shows high concordance after harmonization of techniques and interpretation criteria. J Thorac Oncol. 2014 Nov;9(11):1685-92. Franchet C, Filleron T, Cayre A, Mounié E, Penault-Llorca F, Jacquemier J, Macgrogan G, Arnould L, Lacroix-Triki M. Instant-quality fluorescence in-situ hybridization as a new tool for HER2 testing in breast cancer: a comparative study. Histopathology. 2014 Jan;64(2):274-83. Jacquemier J, Spyratos F, Esterni B, Mozziconacci MJ, Antoine M, Arnould L, Lizard S, Bertheau P, Lehmann-Che J, Fournier CB, Krieger S, Bibeau F, Lamy PJ, Chenard MP, Legrain M, Guinebretière JM, Loussouarn D, Macgrogan G, Hostein I, Mathieu MC, Lacroix L, Valent A, Robin YM, Revillion F, Triki ML, Seaume A, Salomon AV, de Cremoux P, Portefaix G, Xerri L, Vacher S, Bièche I, Penault-Llorca F. SISH/CISH or qPCR as alternative techniques to FISH for 3 determination of HER2 amplification status on breast tumors core needle biopsies: a multicenter experience based on 840 cases. BMC Cancer. 2013 Jul 22;13:351. Valent A, Penault-Llorca F, Cayre A, Kroemer G. 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Nitta H, Hauss-Wegrzyniak B, Lehrkamp M, Murillo AE, Gaire F, Farrell M, Walk E, Penault-Llorca F, Kurosumi M, Dietel M, Wang L, Loftus M, Pettay J, Tubbs RR, Grogan TM. Development of automated brightfield double in situ hybridization (BDISH) application for HER2 gene and chromosome 17 centromere (CEN 17) for breast carcinomas and an assay performance comparison to manual dual color HER2 fluorescence in situ hybridization (FISH). Diagn Pathol. 2008 Oct 22;3:41. Tuefferd M, Couturier J, Penault-Llorca F, Vincent-Salomon A, Broët P, Guastalla JP, Allouache D, Combe M, Weber B, Pujade-Lauraine E, Camilleri-Broët S. HER2 status in ovarian carcinomas: a multicenter GINECO study of 320 patients. PLoS One. 2007 Nov 7;2(11):e1138. Arnould L, Arveux P, Couturier J, Gelly-Marty M, Loustalot C, Ettore F, Sagan C, Antoine M, Penault-Llorca F, Vasseur B, Fumoleau P, Coudert BP. Pathologic complete response to trastuzumab-based neoadjuvant therapy is related to the level of HER-2 amplification. 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Avec les stratégies multicouleurs en émergence, la détermination simultanée du statut de plusieurs biomarqueurs (ALK et ROS1 par exemple) dans une cellule tumorale est possible. Objet de la Recherche Les techniques de FISH/SISH/CISH sur noyaux interphasiques Mots Clés [5] FISH, SISH, CISH , noyaux interphasiques, 4 Objectif Principal Cette lettre d’intention adresse des biomarqueurs utilisés en diagnostic de routine avec des niveaux de preuve suffisant pour être considéré dans une évaluation par l’HAS. Elle correspond à une évolution du code A070 sur les éléments suivants : - Libellé : Examen par Hybridation in situ en Fluorescence ou chromogénique (FISH, SISH, CISH) sur noyaux interphasiques. Une cotation par sonde. - Revalorisation : ces actes sont cotés NABM904 B500 – 135€ pour les analyses de cytogénétique (Hybridation sur noyaux interphasiques). Le coût des analyses indiquées dans cette lettre d’intention est similaire. Une cotation permettant la réalisation des lames blanches et la sélection des zones tumorales d’intérêt est également à identifier. - Cotation : AHC/BHN et inscription sur la liste RiHN dans la catégorie « Tumeurs solides » pour permettre la réalisation de ces actes par des biologistes et des pathologistes ce qui correspond à la réalité du terrain. - Panel de cibles validées par les experts et revue régulièrement (démarche similaire au panel NGS INCa). Pathologie Tumeurs pulmonaires Tumeurs cérébrales Tumeurs rénales Sarcomes Lymphomes Cancers de l’estomac et de l’œsophage Cancers de l’ovaire Cancers du sein Cancers de la prostate Carcinomes de la thyroïde Cancers ORL : Cancers du côlon Tumeurs mélaniques Mésothéliomes Sarcomes granulocytaires Tumeurs endométriales Biomarqueurs ALK, ROS-1, RET, c-MET, FGFR, NTRK, NRG1 PTEN, EGFR, PDGFRA, CDKN2A/2B, c-MYC, ALK, N-MYC, MET, délétions 1p/19q, del 1p36, ampli 11q, +7q/-10q TFE3, TFEB, VHL, CCND1, c-MYC, ETV6, ALK, NONO, nombre de copies des chromosomes 7 et 17 MDM2, EWSR1, DDIT3, FOXO1, SS18, TFE3, ETV6, PDGFB, CIC, FUS, NCOA2, JAZF1, YWHAE, PHF1, USP6, PAX3, PAX7, CAMTA1, HMGA2, PLAG1, WT1, RB1, ERG, CDKN2A, CDK4, ALK, c-MYC, COL1A1, NR4A3, WWTR1, SMARCA4, SMARCB1, HMGA1, COL1A1-PDGFB, WWTR1-CAMTA1, FOXO1-PAX7, FOX01-PAX3, BCOR-CCNB3, EWSR1-FLI1, EWSR1-ERG, HEY1-NCOA2 BCL2, BCL6, c-MYC, MALT1, BCL10, CCND1, CDKN2A, ALK, PDL1, IGH, IG, IG BCR/ABL, KMT2A, TLX1, TLX3, CALM/AF10 HER2, MET MET, FOX2, HER2 FGFR, CCND1, ETV6, MAML2, MYB, NFIB ERG RET CCND1, CDKN2A, PLAG1, NFIB HER2 CDKN2A, NRAS, NRTK, ALK, ROS-1 MET, BRAF, CCND1 CDKN2A KMT2A, RUNX1/RUNX1T1, CBFB JAZF, YWHAE1 Objectifs Secondaires A préciser Critère d'évaluation principal (en lien avec l’objectif principal) A préciser 5 Critères d'évaluation secondaires (en lien avec les objectifs secondaires) A préciser Population d’étude Tous patients atteints d’une tumeur solide figurant dans la liste précédente. Plan expérimental Revue systématique Les marqueurs de cette lettre sont déjà validés et utilisés en routine. Ils peuvent faire l’objet d’une étude par la HAS. Si Analyse Médico-économique Non précisé Si groupe comparateur : Non précisé Durée de la participation de chaque patient Données de la littérature et recrutement actuel des plateformes. Durée prévisionnelle de Recrutement (DUR) En cours d’évaluation Nombre de patients / observations prévu(e)s à recruter (NP) En cours d’évaluation Nombre de patients / observations à recruter / mois / centre ((NP/DUR)/NC) En cours d’évaluation Nombre attendu de patients éligibles dans les centres En cours d’évaluation Participation d’un réseau de recherche En cours d’évaluation Participation de partenaires industriels En cours d’évaluation Autres éléments garantissant la faisabilité du projet Analyses déjà réalisées en routine Bénéfices attendus pour le patient et/ou pour la santé publique Amélioration du diagnostic des tumeurs solides MOTS CLES COMMENTAIRES DES EXPERTS [citer] ET REPONSES CORRESPONDANTES1 1 Item à compléter si le projet a déjà été soumis à un appel à projets de la DGOS. 6
