Principales bactéries d`intérêt médical Coques à gram positif (CGP

Principales bactéries d’intérêt médical
Coques à gram positif (CGP)
1. Staphylococcus : CGP en amas
. Staphylococcus aureus (staphylocoque doré) à coagulase positive
-Infections cutanées et des tissus mous (impétigo, folliculite, furoncle, anthrax, furonculose, abcès…),
pneumonies, infections urinaires, infections ostéo-articulaires, bactériémies, endocardites, toxiinfections (toxines TSST-1, PVL, entérotoxines)…
-Portage nasal  dépistage
-Culture facile
-Traitement : souche sensible (SASM)  pénicillines M ; souche résistante (SARM)  glycopeptides
(infections nosocomiales)
. Staphylocoques à coagulase négative (staphylocoques blancs)
-Peu pathogènes (sauf si matériel), souvent contaminants
-Staphylococcus saprophyticus : infections urinaires chez la femme jeune
2. Streptococcus : CGP en chaînettes
. Streptococcus pyogenes (streptocoque -hémolytique du groupe A)
-Réservoir pharyngé (enfant)
-Angines (scarlatine, RAA, GNA), infections cutanées (érysipèle, impétigo, fasciite nécrosante),
bactériémies…
-Multi-sensible aux ATB (pénicillines), résistance croissante aux macrolides
. Streptococcus agalactiae (streptocoque -hémolytique du groupe B)
-Portage vaginal  ATBprophylaxie (pénicilline)
-Infections du post-partum (endométrites), infections materno-fœtales (sepsis, méningite), infections
ostéo-articulaires et cutanées chez l’adulte
. Streptococcus pneumoniae (pneumocoque)
-Diplocoque capsulé  sérotypes (vaccination)
-Portage oro-pharyngé, transmission aérienne
-Infections ORL (sinusites, OMA), pneumonies, méningites, arthrites…
-Problème de résistance aux ATB (PSDP, Ery-R)
. Streptocoques - ou non-hémolytiques (« viridans »)
-Commensaux de la flore oro-pharyngée
-Endocardites
3. Enterococcus : CGP en chaînettes
. E. faecalis, E. faecium
-Commensaux du tube digestif
-Infections urinaires et intra-abdominales, bactériémies, endocardites
-Problème de multi-résistance aux ATB (ERV)
Bacilles à Gram positif (BGP)
1. Listeria monocytogenes :
-Non sporulé, pousse de 4 à 45°C  contaminant de la chaîne du froid
-Bactérie saprophyte, ingestion d’aliments contaminés
-Méningite chez l’adulte fragile
-Listériose materno-fœtale (septicémie, méningite du nouvé-né)
-Diagnostic par culture
-Traitement par pénicillines A
2. Corynébactéries :
. Corynebacterium diphtheriae (bacille diphtérique)
-Non sporulé
-Strictement humain à transmission aérienne
-Production d’une toxine (vaccination)
-Diphtérie = angine à fausses membranes (urgence médicale)
3. Clostridies : BGP anaérobies sporulés producteurs de toxines
. Clostridium perfringens : gangrène gazeuse ; traitement par pénicilline, métronidazole
. Clostridium tetani : tétanos (vaccination)
. Clostridium botulinum : botulisme
. Clostridium difficile : diarrhée post-ATB ; traitement par métronidazole, vancomycine per
os (problème récidives)
4. Bacillus anthracis
-BGP sporulé producteur de toxine
-Zoonose  charbon cutané ou pulmonaire (très grave)
Coques à Gram négatif (CGN)
1. Neisseria :
. Neisseria meningitidis = méningocoque
-Bactérie fragile
-Septicémies +/- méningite purulente , purpura fulminans
-Diagnostic et sérotypage par ED, culture et PCR
-Tt curatif par C3G et prophylactique par rifampicine, vaccination (sérotype C)
-Déclaration obligatoire ARS
. Neisseria gonorrhoeae = gonocoque
-Très fragile  IST
-Urétrite très symptomatique chez l’homme, peu symptomatique chez la femme (stérilité)
-Culture difficile
-Problème de résistance acquise aux ATB
Bacilles à Gram négatif (BGN)
1. Entérobactéries
. Escherichia coli = colibacille
-Commensal du tube digestif
-Infections urinaires, diarrhées (EHEC, EPEC, EIEC, ETEC…), infections abdominales, méningites néonatales (E. coli K1), bactériémies…
-Culture facile
-Naturellement multi-sensible aux ATB mais émergence de résistance acquise (BLSE, quinolones…)
. Salmonella
-Nombreux sérotypes
-Contamination alimentaire (eau, œufs ...)
-Diarrhées invasives +/- septicémie (fièvres typhoïde et paratyphoïdes), possibilité de TIAC (1ère cause)
-Sensible aux antibiotiques, mais nombreuses R acquises
-Vaccination vis à vis de S. Typhi et S. Paratyphi
. Shigella
-Contamination alimentaire ou interhumaine
-Diarrhée invasive
2.
3.
4.
5.
6.
. Yersinia pestis = agent de la peste
. Entérobactéries opportunistes : Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Citrobacter…
-Bactéries responsables d’infections nosocomiales
-Fréquentes résistances acquises aux ATB  ATBgramme
Pseudomonas aeruginosa = bacille pyocyanique
-Bactérie aérobie stricte de l’environnement
-Opportuniste hospitalier : pneumonies, infections urinaires, infections cutanées, bactériémies…
-pathogène majeur chez les patients atteints de mucoviscidose
-Multi-résistant aux ATB (ATBgramme)
Acinetobacter baumannii :
-Bactérie aérobie stricte de l’environnement
-Opportuniste hospitalier : infections urinaires et respiratoires, bactériémies…
-Multi-résistant aux ATB (ATBgramme)
Vibrio cholerae
-Notion de retour de pays d’endémie, contamination par l’eau++
-Diarrhée toxique afécale
-Rôle majeur de la déshydratation
-Vaccination
Haemophilus :
. Haemophilus influenzae
-Souches capsulées  sérotype b invasif (vaccination HIb)
-Infections ORL (sinusites, OMA, épiglottite), surinfections broncho-pulmonaires (mucoviscidose),
méningites…
-Sensible aux ATB (-lactamines) mais peut produire une pénicillinase
. Haemophilus ducreyi
-Chancre mou
-Culture très difficile
Bordetella pertussis = bacille de Bordet-Gengou :
-Agent de la coqueluche, maladie humaine très contagieuse (infection respiratoire)
-Culture difficile  PCR
-Vaccination
7. Legionella pneumophila  légionellose
-15 sérogroupes dont sérogroupe 1++
-Bactérie de l’environnement (eau), pas de transmission interhumaine
-Maladie des légionnaires (pneumonie atypique grave chez sujets fragiles)
-Diagnostic par antigénurie, IFD, culture, sérologie
-Traitement par macrolides ou FQ
8. Pasteurella multocida  pasteurellose
-Bactérie commensale de la gueule des animaux (chiens, chats)
-Infections par morsure, griffade
9. Francisella tularensis  tularémie
-Réservoir = lièvres et lapins  chasseurs
-Traverse la peau saine  gants (bio-terrorisme)
10. Campylobacter
-Contamination alimentaire (volaille)
-Diarrhée invasive, TIAC
-Tt par macrolides
11. Helicobacter pylori
-Bactérie de la muqueuse gastrique
-Ulcères gastriques et duodénaux, cancers gastriques, lymphomes du MALT (seule bactérie cancérigène)
-Diagnostic assez difficile (culture, histologie, PCR++)
-Tt par trithérapie : amoxicilline + clarithomycine + IPP
Autres
1.
2.
3.
4.
Treponema pallidum = tréponème pâle
-Spirochète (bactérie hélicoïdale) non colorable au Gram  microscopie à fond noir
-Non cultivable in vitro
-Syphilis acquise avec 3 phases (1ère phase = chancre)
-Syphilis congénitale (>4ème mois)
-Diagnostic sérologique (VDRL, TPHA, FTA, WB)
-Traitement par pénicilline G
Chlamydiae = bactéries de petite taille, intracellulaires obligatoires (CE/CR)
. Chlamydia pneumoniae
-Infections respiratoires (pneumonies atypiques)
-Diagnostic sérologique
-Traitement par macrolides ou cyclines
. Chlamydia trachomatis
-Sérotypes A à C : trachome épidémique (Afrique, Asie)
-Sérotypes D à K : IST (UNG), conjonctivites, syndrome de Fiessinger-Leroy-Reiter (arthrite +
conjonctivite + urétrite), salpingites (stérilité)
-Sérotypes L1 à L3 : lymphogranulomatose vénérienne (LGV ou maladie de Nicolas-Favre)
-Diagnostic par PCR
-Traitement par cyclines, macrolides ou FQ
Mycoplasmes = absence de paroi  non colorable au Gram, pas S aux bétalactamines
. Mycoplasma pneumoniae
-Infections respiratoires (pneumonies atypiques)
-Diagnostic sérologique
-Traitement par macrolides ou cyclines
. Mycoplasmes génitaux : Ureaplasma urealyticum, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium
-UNG, endométrites
-Culture, PCR
-Traitement par cyclines, macrolides ou FQ
Mycobactéries = BAAR
. Tuberculose : Mycobacterium tuberculosis (+++) = BK, M. bovis (+),M. africanum (rare)
-BK = pathogène strict de l’homme, contamination aérienne++
-Rôle de l’infection VIH (réactivation)
-Formes pulmonaires et extra-pulmonaires (ganglionnaires, séreuses, génito-urinaires, osseuses,
disséminées…)
-Intracellulaire facultatif, induction d’une hypersensibilité tissulaire (allergie tuberculinique : IDR)
-Prélèvements répétés car production intermittente (3 jours de suite) : expectoration ou tubage
gastrique
-BAAR (coloration de Ziehl)
-Culture lente sur milieux spécifiques (20 jours sur milieu solide Löwenstein-Jensen ; 10 jours en milieu
liquide) +ATBgramme
-Importance du diagnostic moléculaire PCR temps réel + détection sensibilité à la rifampicine
-Tt curatif par association d’antituberculeux prolongé (6 mois) avec rifampicine + isoniazide +
éthambutol + pyrazinamide
-Vaccination BCG
. Lèpre : M. leprae, BAAR, difficilement cultivable
. Autres mycobactéries non tuberculeuses (dites atypiques) : M. avium-intracellulare, M. marinum, M. kansasii,
M. xenopi en particulier chez l’immunodéprimé (BAAR)
Principales caractéristiques des antibiotiques
ATB inhibant la synthèse de la paroi
. Fosfomycine
-Large spectre ; à utiliser en association
-Inhibition précoce des précurseurs du peptidoglycane
-Résistance chromosomique (staphylocoques)
. -lactamines
-ATB bactéricides temps-dép. faiblement toxiques
-Spectres variables (inactifs sur les mycoplasmes)
-Très utilisés+++
-Différentes sous-classes :
.Pénicillines G et V ; pénicillines M (oxacilline pour staphylocoques méti-S) ; pénicllines A (amoxicilline
pour BGN) ; pénicillines anti-pyocyanique (ticarcilline, pipéracilline)
.Céphalosporines : C1G (céfalotine, G+) ; C2G (céfuroxime, G+) ; C3G (céfotaxime et ceftazidime, BGN) ;
C4G (céfépime, BGN)
.Monobactames : aztréonam (BGN)
.Carbapénèmes : imipénème (G+ et G-)
.Inhibiteurs de -lactamases : acide clavulanique, tazobactam (G+ et G-)
-Inhibition de la transpeptidation (fixation aux PLP)
-Résistance par modification de la cible (mecA/PLP2a chez le SARM, gènes mosaïques chez le PSDP) ;
imperméabilité/efflux actif (P. aeruginosa); -lactamases+++ (BGN, BLSE et carbapénèmases)
. Glycopeptides
-Vancomycine et téicoplanine, usage parentéral
- ATB bactéricides temps-dép. (lents), néphro- et oto-toxiques  dosages
-Spectre limité aux G+
- Inhibition de la transpeptidation et la transglycosylation (fixation aux extrémités D-Ala-D-Ala)
-Résistance par modification de la cible (D-Ala-D-Ala  D-Ala-D-Lac ou D-Ala-D-Ser) : Van (entérocoques, ERV)
ATB actifs sur les membranes cellulaires
. Polymyxines
-Colistine
-ATB bactéricides sur G. Lipopeptides cycliques
-Daptomycine
-ATB bactéricide (rapide) sur G+
ATB inhibant la synthèse ou le fonctionenement de l’ADN
. Rifampicine
-ATB bactéricide
-Large spectre (dont BK) à utiliser en association
-Inhibition de la transcription (fixation sur l’ARN polymérase – rpoB)
-Résistance par modification de cible par mutations chromosomiques (RRDR)
. Quinolones
-ATB bactéricides, contre-indiqués chez l’enfant <15 ans
-Classification en générations : Q1G (acide nalidixique) ; fluoroquinolones FQ (ofloxacine, ciprofloxacine,
lévofloxacine, moxifloxacine…)
-Spectre large (FQ)
-Inhibition des topoisomérases de type II (ADN gyrase et topoisomérase IV)
-Résistance chromosomique (modifications de la cible – QRDR ; imperméabilité/efflux actif) fréquente et
résistance plasmidique récente
. Sulfamides et 2,4-diaminopyrimidines
-Association : Sulfaméthoxazole + triméthoprime = cotrimoxazole (Bactrim)
-Inhibition de la synthèse des folates : DHPS (Sul) et DHFR (DAP)
-Résistance par mécanismes divers
. 5-nitro-imidazolés
-Métronidazole, ATB bactéricide
-Spectre limité aux anaérobies + certains parasites
-Mécanises d’action et de résistance complexes
ATB inhibant la synthèse protéique
. Aminosides
-ATB bactéricides (rapides) concentration-dép., à usage parentéral
-Néphro- et oto-toxiques  dosages
-Large spectre (sauf anaérobies) mais nombreuses résistances acquises
-Synergie avec -lactamines, glycopeptides et FQ
-Classification :
.streptomycine : BK
.groupe gentamicine-amikacine-tobramycine-nétilmicine : G+/G.spectinomycine : gonocoque
-Inhibition de la synthèse protéique (fixation sur sous-unité 30S – 16S)
-Résistance par inactivation enzymatique, imperméabilité/efflux actif, modification de la cible (mutation ou
méthylation)
. Tétracyclines
-ATB bactériostatiques, contre-indiqués chez l’enfant <8 ans
-Spectre large (dont intracellulaires) mais nombreuses résistances acquises
-Classification en générations : 1G (tétracycline), 2G (doxycycline, minocycline), 3G (tigécycline)
-Inhibition de la synthèse protéique (fixation sur sous-unité 30S)
-Résistance par efflux actif, protection ribosomale
. Macrolides et appentés (MLS)
-Macrolides (bactériostatiques) : 14 atomes (érythromycine), 15 atomes (azithromycine), 16 atomes (spiramycine)
-lincosamides (bactériostatiques) : lincomycine, clindamycine
-Streptogramines (bactéricides) : mélange de composes A + B (pristinamycine, quinupristine-dalfopristine)
-Spectre (G+, quelques G-, intracellulaires) et mode d‘action communs
-Inhibition de la synthèse protéique (fixation sur sous-unité 50S – 23S)
-Résistance par modification de la cible (méthylation par Erm), efflux actif
. Phénicolés
-Chloramphénicol, thiamphénicol
-ATB bactériostatiques à large spectre mais nombreuses résistances acquises
-Très peu utilisés car myélotoxicité+++
-Inhibition de la synthèse protéique (fixation sur sous-unité 50S – 23S)
-Résistance par inactivation enzymatique, modification de la cible (méthylation par Cfr)
. Acide fusidique
-ATB bactériostatique à utiliser en association
-Spectre étroit (G+, staphylocoques)
-Inhibition de la phase d’élongation (EF-G)
-Résistance par modification de la cible (mutations chromosomiques)
. Oxazolidinones
-Linézolide
-ATB bactériostatique à spectre étroit (G+)
-Inhibition précoce de la synthèse protéique (fixation sur sous-unité 50S – 23S)
-Résistance par modification de la cible (mutatons, méthylation par Cfr)
Etude de la sensibilité in vitro aux ATB
. CMI et CMB, tolérance (CMB>>CMI)
. Catégorisation clinique SIR
. Antibiogramme : par diffusion en milieu gélosé (disques), automatisés en milieu liquide
. Mesure de la CMI : en milieu gélosé, en milieu liquide (micro-dilution), par E-test
. Association d’ATB : élargissement du spectre, prévention de l’émergence de mutants résistants, obtention d’une
synergie, diminution de la durée de traitement, association pour la diffusion
. Méthodes par PCR : rifampicine et BK, méticilline et S. aureus, clarithromycine et H. pylori
. Surveillance d’un traitement : aminosides, glycopeptides