S.Bigot-sujet stage M2 infectiologie - Spiral

Caractérisation d’un système de sécrétion et de son rôle dans la virulence d’Acinetobacter baumannii L’apparition de souches bactériennes multi-­‐résistantes est actuellement un problème d’ordre majeur et de nombreuses recherches visent à développer de nouvelles molécules ciblant spécifiquement les facteurs de virulence produits par ces pathogènes. Les infections nosocomiales causées par la bactérie Acinetobacter baumannii sont de plus en plus nombreuses en France comme dans toute l’Europe. C’est pourquoi les chercheurs portent actuellement de plus en plus d’attention à cette bactérie et que nous essayons de comprendre quels sont les mécanismes responsables de sa virulence afin de traiter les infections. Au laboratoire, nous avons pu identifier la présence de systèmes de sécrétion de type V (SSTV) dans plusieurs souches d’A. baumannii. Les SSTV sont retrouvés dans plusieurs bactéries pathogènes et sont impliqués dans la pathogénicité de celles-­‐ci comme cela est le cas pour Bordetella pertussis, agent responsable de la coqueluche. Le SSTV produit des exoprotéines qui, attachées à la membrane bactérienne ou relarguées dans le milieu extracellulaire, sont principalement des adhésines (adhésion aux bactéries ou aux cellules hôtes), des cytolysines (activité cytotoxique ou hémolytique) ou des effecteurs anti-­‐bactérien (« killing » d’autres bactéries). Le but de ce stage est de caractériser la fonction d’un SSTV présent chez une souche d’A. baumannii étudiée au laboratoire. Nous déterminerons tout d’abord dans quelles conditions ce système est produit (test de différents milieux de culture bactériens, différentes températures, en contact avec des cellules eucaryotes…). L’exoprotéine produite par ce système est prédite pour fonctionner comme une hémolysine ou cytolysine mais également comme un effecteur anti-­‐bactérien. Afin de déterminer une potentielle fonction hémolytique, nous réaliserons des tests d’hémolyses sur boîtes au sang mais nous utiliserons également directement des cellules érythrocytaires. L’activité cytolytique sera déterminée avec des macrophages ou cellules eucaryotes humaines par des tests de cytotoxicité (relargage de la lactate déshydrogénase…). Enfin, nous étudierons l’activité anti-­‐bactérienne en réalisant des tests de compétition entre bactéries. Nous envisageons également une approche in vitro par purification biochimique du domaine effecteur. Celui-­‐ci est prédit pour former des pores dans les membranes grâce à une multimérisation mais également prédit pour porter une activité nucléasique. Nous évaluerons donc sa conformation et sa capacité à multimériser puis nous réaliserons des tests in vitro de dégradation d’ARN ou d’ADN pour identifier une potentielle activité nucléasique. Ce stage fait appel à plusieurs techniques : biologie moléculaire, génétique bactérienne (création de mutants de délétion), techniques de biologie cellulaire, purification de protéines, tests in vitro. Maître de stage : Sarah Bigot (Chargée de Recherche) Contact : [email protected] Tel. +33 4 72 72 26 21 « Cell Biology of Bacterial Pathogenicity team-­‐ dirigée par Suzana Salcedo » BMSSI -­‐ CNRS UMR 5086 -­‐ Université Lyon 1 Institute of Biology and Chemistry of Proteins 7, passage du Vercors -­‐ 69367 Lyon – France http://perso.ibcp.fr/suzana.salcedo/