Equipe « Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques » (PMB) Isolement de bactéries fibrolytiques intestinales : Mise au point de la méthode d’isolement et des conditions de culture Contexte : Bien que présentes en faible abondance, certaines espèces du microbiote intestinal des mammifères ont un rôle clé de voûte ce qui signifie que leur absence diminuerait grandement la dégradation ou l’utilisation d’un substrat important et affecterait ainsi le reste de la communauté microbienne (Ze et al, 2013). C’est le cas des bactéries fibrolytiques impliquées dans la dégradation des polysaccharides constitutifs des parois végétales (cellulose, hémicelluloses et pectines) (Flint et al, 2012; Ze et al 2013). Grâce à la dégradation et à la fermentation des polysaccharides en acides gras à chaîne courte (AGCC), les microorganismes fibrolytiques contribuent à fournir de l’énergie à l’hôte qui les héberge et jouent un rôle central dans des processus biochimiques et physiologiques impactant la santé de l’hôte. Malgré leur rôle clé, ces bactéries fibrolytiques ont fait l’objet de très peu d’études jusqu’à aujourd’hui, en particulier parce qu’elles sont très sensibles à l’oxygène, ce qui complique leur étude et la mise en œuvre de leur production et de leur utilisation à grande échelle. Pourtant elles pourraient être utilisées en tant que microorganismes d’intérêt pour améliorer le fonctionnement intestinal. Objectif : Le projet vise à mettre au point une méthode d’isolement de bactéries fibrolytiques issues du gros intestin du cheval et de l’humain et des conditions optimales de culture. Déroulement : Le stage aura une durée de 5 à 6 mois. Pendant le stage, l’étudiant aura pour principales missions : - La recherche bibliographique sur les milieux et conditions de culture des bactéries fibrolytiques, l’isolement de bactéries fibrolytiques, la caractérisation métabolique et génomique des bactéries fibrolytiques isolées, les analyses et discussion des résultats. Profil de stage recherché : - Maitrise des outils de microbiologie et de biologie moléculaires (extraction d’ADN, PCR) Analyse d’articles scientifiques en anglais Aptitude au travail en équipe Autonomie Pour toute question supplémentaire ou candidature, veuillez nous contacter à l’adresse suivante : [email protected]